ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53695

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' B 0, 0.125, 0.545, 0.964, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.545 std_dev=0.419
O4' A 0, 0.445, 1.177, 1.909, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.177 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.149, 0.905, 1.662, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.905 std_dev=0.756
C2' A 0, 0.429, 1.202, 1.974, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.202 std_dev=0.773
C3' B 0, 0.032, 0.878, 1.724, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.878 std_dev=0.846
O2' A 0, 0.488, 1.522, 2.555, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.522 std_dev=1.033
C3' A 0, 0.736, 1.831, 2.925, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.831 std_dev=1.095
C4' A 0, 0.693, 1.820, 2.947, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.820 std_dev=1.127
O3' A 0, 0.973, 2.311, 3.648, 3.215 max_d=3.215 avg_d=2.311 std_dev=1.337
C1' B 0, 1.058, 2.547, 4.036, 3.598 max_d=3.598 avg_d=2.547 std_dev=1.489
C4' B 0, 0.710, 2.249, 3.788, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.249 std_dev=1.539
O3' B 0, 0.818, 2.423, 4.028, 4.416 max_d=4.416 avg_d=2.423 std_dev=1.605
O4' B 0, 1.251, 3.006, 4.760, 4.402 max_d=4.402 avg_d=3.006 std_dev=1.754
C5' A 0, 0.968, 2.758, 4.549, 4.825 max_d=4.825 avg_d=2.758 std_dev=1.791
O5' A 0, 1.280, 3.124, 4.967, 4.750 max_d=4.750 avg_d=3.124 std_dev=1.843
O5' B 0, 0.562, 2.529, 4.496, 5.260 max_d=5.260 avg_d=2.529 std_dev=1.967
OP2 B 0, 0.420, 2.413, 4.405, 5.287 max_d=5.287 avg_d=2.413 std_dev=1.992
P A 0, 1.433, 3.695, 5.958, 5.902 max_d=5.902 avg_d=3.695 std_dev=2.262
N1 B 0, 1.538, 3.865, 6.192, 6.007 max_d=6.007 avg_d=3.865 std_dev=2.327
C5' B 0, 0.694, 3.136, 5.577, 6.336 max_d=6.336 avg_d=3.136 std_dev=2.441
OP2 A 0, 1.465, 3.943, 6.421, 6.101 max_d=6.101 avg_d=3.943 std_dev=2.478
C6 B 0, 1.589, 4.106, 6.624, 6.772 max_d=6.772 avg_d=4.106 std_dev=2.518
P B 0, 0.604, 3.351, 6.098, 7.023 max_d=7.023 avg_d=3.351 std_dev=2.747
OP1 A 0, 1.656, 4.578, 7.500, 7.488 max_d=7.488 avg_d=4.578 std_dev=2.922
O2 B 0, 2.181, 5.235, 8.288, 7.506 max_d=7.506 avg_d=5.235 std_dev=3.054
C2 B 0, 2.118, 5.199, 8.281, 7.712 max_d=7.712 avg_d=5.199 std_dev=3.082
C5 B 0, 1.982, 5.374, 8.766, 9.251 max_d=9.251 avg_d=5.374 std_dev=3.392
OP1 B 0, 1.561, 5.058, 8.555, 9.377 max_d=9.377 avg_d=5.058 std_dev=3.497
N3 B 0, 2.685, 6.662, 10.638, 10.197 max_d=10.197 avg_d=6.662 std_dev=3.976
C4 B 0, 2.606, 6.788, 10.971, 11.161 max_d=11.161 avg_d=6.788 std_dev=4.183
O4 B 0, 3.139, 8.194, 13.249, 13.535 max_d=13.535 avg_d=8.194 std_dev=5.055

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.26 0.01 0.09 0.26 0.25 0.12
C2 0.05 0.00 0.21 0.14 0.03 0.19 0.01 0.22 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.31 0.35 0.26 0.07 0.40 0.42 0.10
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.18 0.09 0.13 0.17 0.20 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.42 0.86 0.57 0.55
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.27 0.02 0.24 0.36 0.19 0.12 0.28 0.36 0.19 0.01 0.00 0.01 0.40 1.09 0.43 0.62
C4 0.01 0.03 0.11 0.17 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.19 0.15 0.05 0.24 0.47 0.12
C4' 0.00 0.19 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.28 0.11 0.19 0.04 0.23 0.09 0.22 0.02 0.01 0.01 0.40 0.19 0.11
C5 0.01 0.01 0.06 0.27 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.10 0.06 0.20 0.42 0.67 0.32
C5' 0.09 0.22 0.18 0.02 0.09 0.01 0.18 0.00 0.10 0.46 0.12 0.22 0.16 0.41 0.18 0.08 0.19 0.01 0.01 0.36 0.37 0.03
C6 0.01 0.02 0.09 0.24 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.13 0.16 0.50 0.68 0.30
C8 0.02 0.03 0.13 0.36 0.00 0.28 0.01 0.46 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.39 0.19 0.16 0.35 0.40 0.68 0.42
N1 0.03 0.01 0.17 0.19 0.02 0.11 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.24 0.21 0.07 0.49 0.56 0.19
N3 0.04 0.01 0.20 0.12 0.01 0.19 0.02 0.22 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.29 0.36 0.27 0.09 0.28 0.36 0.06
N6 0.03 0.02 0.05 0.28 0.03 0.04 0.03 0.16 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.25 0.13 0.10 0.22 0.60 0.81 0.39
N7 0.01 0.01 0.08 0.36 0.01 0.23 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.35 0.19 0.08 0.37 0.51 0.82 0.50
N9 0.00 0.04 0.03 0.19 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.17 0.08 0.01 0.10 0.16 0.44 0.15
O2' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.15 0.22 0.20 0.08 0.19 0.39 0.22 0.29 0.25 0.35 0.17 0.00 0.02 0.14 0.44 1.03 0.72 0.65
O3' 0.26 0.35 0.01 0.00 0.19 0.02 0.10 0.19 0.15 0.19 0.24 0.36 0.13 0.19 0.08 0.02 0.00 0.19 0.38 1.28 0.53 0.73
O4' 0.01 0.26 0.04 0.01 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.16 0.21 0.27 0.10 0.08 0.01 0.14 0.19 0.00 0.12 0.08 0.09 0.09
O5' 0.09 0.07 0.42 0.40 0.05 0.01 0.20 0.01 0.16 0.35 0.07 0.09 0.22 0.37 0.10 0.44 0.38 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.40 0.86 1.09 0.24 0.40 0.42 0.36 0.50 0.40 0.49 0.28 0.60 0.51 0.16 1.03 1.28 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.25 0.42 0.57 0.43 0.47 0.19 0.67 0.37 0.68 0.68 0.56 0.36 0.81 0.82 0.44 0.72 0.53 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.55 0.62 0.12 0.11 0.32 0.03 0.30 0.42 0.19 0.06 0.39 0.50 0.15 0.65 0.73 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.15 0.54 0.48 2.20 0.71 2.24 1.12 1.76 1.17 1.65 0.94 0.34 0.33 2.50 0.75 0.82 1.12 1.43 1.15
C2 0.42 0.76 0.36 0.27 1.22 0.38 1.27 0.55 1.10 0.82 1.00 0.42 0.27 0.23 1.26 0.44 0.39 0.50 0.89 0.58
C2' 0.74 1.00 0.62 0.69 2.09 1.01 2.25 1.46 1.81 1.17 1.48 0.77 0.41 0.52 2.40 1.03 1.18 1.58 1.81 1.57
C3' 0.52 0.84 0.41 0.47 2.10 0.83 2.25 1.31 1.73 1.00 1.39 0.66 0.21 0.34 2.52 0.84 0.98 1.44 1.62 1.40
C4 0.51 1.00 0.42 0.32 1.77 0.48 1.77 0.74 1.43 1.01 1.42 0.65 0.29 0.22 1.94 0.56 0.53 0.71 1.12 0.79
C4' 0.31 1.05 0.37 0.16 2.20 0.40 2.14 0.85 1.54 0.94 1.62 1.01 0.27 0.11 2.70 0.39 0.51 0.96 1.07 0.85
C5 0.46 0.97 0.32 0.20 1.65 0.32 1.59 0.49 1.27 0.93 1.37 0.61 0.26 0.20 1.83 0.45 0.36 0.52 0.97 0.60
C5' 0.31 1.07 0.42 0.16 2.15 0.21 2.01 0.58 1.41 0.90 1.64 1.03 0.37 0.15 2.67 0.15 0.30 0.76 0.85 0.60
C6 0.40 0.89 0.23 0.12 1.36 0.23 1.28 0.27 1.03 0.81 1.20 0.62 0.22 0.25 1.50 0.35 0.20 0.35 0.79 0.40
C8 0.52 1.07 0.40 0.28 1.99 0.45 1.93 0.72 1.51 1.05 1.58 0.71 0.28 0.19 2.28 0.56 0.54 0.75 1.18 0.82
N1 0.37 0.77 0.22 0.13 1.12 0.22 1.08 0.25 0.90 0.73 0.99 0.51 0.22 0.24 1.20 0.32 0.18 0.31 0.72 0.37
N3 0.51 0.92 0.45 0.37 1.61 0.54 1.68 0.82 1.42 1.00 1.27 0.65 0.29 0.27 1.69 0.58 0.58 0.75 1.11 0.82
N6 0.40 0.93 0.16 0.12 1.31 0.25 1.17 0.18 0.92 0.78 1.21 0.77 0.20 0.35 1.46 0.31 0.10 0.33 0.68 0.28
N7 0.47 1.03 0.32 0.18 1.81 0.33 1.72 0.52 1.34 0.97 1.49 0.66 0.25 0.20 2.06 0.47 0.38 0.57 1.03 0.64
N9 0.56 1.08 0.46 0.37 2.01 0.56 2.01 0.88 1.59 1.09 1.57 0.77 0.31 0.25 2.28 0.63 0.64 0.87 1.26 0.93
O2' 0.99 1.22 0.88 0.93 2.18 1.26 2.42 1.81 2.05 1.39 1.63 1.00 0.64 0.66 2.42 1.27 1.54 1.95 2.27 1.97
O3' 0.71 0.89 0.63 0.66 2.22 1.05 2.49 1.64 1.98 1.18 1.42 0.63 0.44 0.42 2.61 1.08 1.27 1.77 1.93 1.73
O4' 0.47 1.24 0.49 0.24 2.35 0.32 2.24 0.75 1.65 1.11 1.82 1.13 0.36 0.16 2.80 0.39 0.41 0.77 1.02 0.73
O5' 0.51 1.33 0.45 0.31 2.55 0.40 2.34 0.77 1.73 1.20 2.02 0.96 0.30 0.26 3.10 0.51 0.49 0.84 1.05 0.79
OP1 1.01 1.81 0.83 0.75 2.88 0.82 2.63 1.14 2.08 1.64 2.47 1.43 0.68 0.77 3.40 1.02 0.80 1.05 1.24 1.04
OP2 0.43 1.16 0.37 0.37 2.46 0.48 2.26 0.68 1.61 1.05 1.89 0.73 0.38 0.45 3.08 0.51 0.49 0.78 0.97 0.75
P 0.60 1.43 0.49 0.39 2.61 0.46 2.38 0.81 1.78 1.29 2.12 1.03 0.32 0.36 3.17 0.60 0.53 0.85 1.06 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.27 0.06 0.00 0.31 0.35 0.13 0.27
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.05 0.05 0.64 0.67 0.66 0.65
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.17 0.06 0.04 0.13 0.23 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.22 0.33 0.13
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.40 0.00 0.40 0.02 0.34 0.22 0.30 0.13 0.01 0.01 0.43 0.02 0.05 0.22 0.21 0.07
C4 0.04 0.03 0.08 0.40 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.03 0.01 0.03 0.23 0.18 0.02 0.04 1.01 1.12 1.21 1.09
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.09 0.01 0.26 0.03 0.19 0.01 0.05 0.22 0.18 0.05
C5 0.02 0.00 0.03 0.40 0.00 0.21 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.01 0.07 1.08 1.17 1.23 1.14
C5' 0.07 0.07 0.17 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.19 0.09 0.11 0.05 0.09 0.17 0.21 0.02 0.01 0.30 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.34 0.01 0.20 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.02 0.20 0.18 0.02 0.09 0.95 0.96 0.88 0.92
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.05 0.05 0.01 0.66 0.66 0.57 0.63
N3 0.02 0.01 0.13 0.30 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.00 0.00 0.02 0.19 0.03 0.05 0.04 0.81 0.88 0.95 0.87
O2 0.02 0.01 0.23 0.13 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.30 0.06 0.08 0.47 0.50 0.49 0.49
O2' 0.04 0.13 0.00 0.01 0.23 0.26 0.24 0.09 0.20 0.14 0.19 0.06 0.00 0.11 0.24 0.20 0.09 0.22 0.37 0.09
O3' 0.27 0.13 0.05 0.01 0.18 0.03 0.26 0.17 0.18 0.05 0.03 0.30 0.11 0.00 0.23 0.18 0.12 0.31 0.12 0.11
O4 0.06 0.05 0.11 0.43 0.02 0.19 0.01 0.21 0.02 0.05 0.05 0.06 0.24 0.23 0.00 0.05 1.08 1.24 1.39 1.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.04 0.08 0.20 0.18 0.05 0.00 0.31 0.38 0.18 0.30
O5' 0.31 0.64 0.07 0.05 1.01 0.05 1.08 0.01 0.95 0.66 0.81 0.47 0.09 0.12 1.08 0.31 0.00 0.06 0.01 0.01
OP1 0.35 0.67 0.22 0.22 1.12 0.22 1.17 0.30 0.96 0.66 0.88 0.50 0.22 0.31 1.24 0.38 0.06 0.00 0.03 0.02
OP2 0.13 0.66 0.33 0.21 1.21 0.18 1.23 0.28 0.88 0.57 0.95 0.49 0.37 0.12 1.39 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.65 0.13 0.07 1.09 0.05 1.14 0.01 0.92 0.63 0.87 0.49 0.09 0.11 1.20 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00