ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.003, 0.016, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.011, 0.031, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.017, 0.044, 0.071, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.029, 0.129, 0.229, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.129 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.045, 0.165, 0.284, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.165 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.055, 0.176, 0.298, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.176 std_dev=0.121
N1 B 0, 0.081, 0.206, 0.331, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.206 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.099, 0.245, 0.390, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.245 std_dev=0.146
O5' A 0, 0.067, 0.214, 0.361, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.214 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.066, 0.221, 0.376, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.221 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.065, 0.222, 0.379, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.222 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.114, 0.274, 0.434, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.274 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.094, 0.257, 0.419, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.257 std_dev=0.163
O4' B 0, 0.089, 0.255, 0.422, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.255 std_dev=0.166
O2 B 0, 0.108, 0.283, 0.458, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.283 std_dev=0.175
C3' A 0, 0.077, 0.265, 0.453, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.265 std_dev=0.188
P A 0, 0.129, 0.323, 0.517, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.323 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.124, 0.342, 0.560, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.342 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.121, 0.346, 0.570, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.346 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.135, 0.371, 0.607, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.371 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.166, 0.409, 0.652, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.409 std_dev=0.243
C5' B 0, 0.185, 0.437, 0.689, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.437 std_dev=0.252
O5' B 0, 0.189, 0.447, 0.706, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.447 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.187, 0.454, 0.721, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.454 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.117, 0.393, 0.669, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.393 std_dev=0.276
C5' A 0, 0.116, 0.393, 0.671, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.393 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.140, 0.421, 0.701, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.421 std_dev=0.281
OP1 A 0, 0.186, 0.496, 0.807, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.496 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.195, 0.545, 0.894, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.545 std_dev=0.349
P B 0, 0.241, 0.595, 0.949, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.595 std_dev=0.354
O4 B 0, 0.170, 0.587, 1.004, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.587 std_dev=0.417
OP1 B 0, 0.238, 0.670, 1.101, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.670 std_dev=0.432
OP2 B 0, 0.329, 0.820, 1.311, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.820 std_dev=0.491
O3' B 0, 0.389, 1.010, 1.632, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.010 std_dev=0.622

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.15 0.10 0.14
C2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.07
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.10
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02
C8 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04
N3 0.04 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.06 0.10 0.06 0.09
N6 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.12 0.05
N7 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.09 0.05 0.09
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.07 0.13
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.16 0.13 0.16
O5' 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.08 0.10 0.04 0.08 0.11 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.10 0.05 0.02 0.09 0.14 0.03 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.06 0.12 0.06 0.05 0.07 0.08 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.07 0.10 0.05 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05 0.02 0.09 0.13 0.05 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.07 0.18 0.04 0.07 0.13 0.12 0.08 0.20 0.18 0.09 0.13 0.17 0.05 0.09
C2 0.04 0.06 0.02 0.04 0.09 0.07 0.10 0.16 0.07 0.03 0.08 0.07 0.03 0.08 0.10 0.02 0.11 0.14 0.08 0.09
C2' 0.03 0.10 0.03 0.09 0.13 0.11 0.10 0.19 0.07 0.05 0.13 0.11 0.06 0.20 0.18 0.12 0.14 0.19 0.10 0.12
C3' 0.04 0.11 0.02 0.06 0.13 0.11 0.10 0.19 0.08 0.07 0.14 0.12 0.08 0.16 0.18 0.13 0.14 0.19 0.11 0.12
C4 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.16 0.04 0.03 0.08 0.10 0.03 0.13 0.11 0.05 0.12 0.17 0.08 0.10
C4' 0.04 0.09 0.04 0.09 0.12 0.11 0.07 0.18 0.04 0.05 0.12 0.10 0.05 0.18 0.19 0.10 0.13 0.17 0.07 0.10
C5 0.03 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.08 0.16 0.07 0.02 0.07 0.08 0.05 0.08 0.09 0.06 0.13 0.20 0.12 0.13
C5' 0.02 0.08 0.01 0.05 0.11 0.11 0.07 0.19 0.04 0.04 0.12 0.09 0.07 0.13 0.19 0.11 0.14 0.18 0.09 0.11
C6 0.03 0.06 0.05 0.08 0.10 0.10 0.12 0.16 0.11 0.05 0.08 0.07 0.10 0.03 0.10 0.06 0.14 0.21 0.14 0.15
C8 0.05 0.07 0.04 0.08 0.08 0.10 0.06 0.16 0.03 0.03 0.09 0.10 0.03 0.14 0.13 0.06 0.13 0.19 0.10 0.12
N1 0.03 0.07 0.05 0.07 0.12 0.10 0.14 0.16 0.12 0.06 0.10 0.06 0.09 0.02 0.11 0.05 0.13 0.18 0.12 0.13
N3 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.15 0.03 0.04 0.08 0.09 0.04 0.14 0.11 0.03 0.10 0.14 0.07 0.07
N6 0.06 0.07 0.10 0.13 0.13 0.13 0.17 0.16 0.15 0.08 0.10 0.06 0.15 0.08 0.12 0.08 0.17 0.25 0.19 0.20
N7 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.10 0.07 0.16 0.06 0.02 0.07 0.09 0.05 0.09 0.10 0.06 0.14 0.20 0.12 0.14
N9 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.05 0.17 0.02 0.05 0.10 0.11 0.04 0.16 0.14 0.06 0.12 0.17 0.08 0.10
O2' 0.06 0.10 0.08 0.13 0.14 0.12 0.09 0.19 0.06 0.06 0.14 0.10 0.09 0.24 0.21 0.12 0.14 0.18 0.07 0.10
O3' 0.07 0.14 0.05 0.05 0.16 0.13 0.13 0.20 0.11 0.10 0.17 0.15 0.11 0.16 0.21 0.17 0.16 0.22 0.13 0.14
O4' 0.09 0.11 0.08 0.11 0.13 0.11 0.08 0.18 0.06 0.08 0.14 0.13 0.07 0.19 0.21 0.09 0.13 0.17 0.04 0.09
O5' 0.04 0.10 0.03 0.06 0.13 0.10 0.09 0.18 0.07 0.06 0.13 0.10 0.05 0.13 0.20 0.09 0.13 0.18 0.08 0.11
OP1 0.07 0.12 0.06 0.06 0.15 0.13 0.14 0.22 0.12 0.09 0.15 0.12 0.10 0.12 0.18 0.12 0.17 0.18 0.17 0.15
OP2 0.06 0.03 0.07 0.11 0.06 0.12 0.08 0.19 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.16 0.09 0.09 0.16 0.19 0.14 0.14
P 0.06 0.08 0.06 0.08 0.11 0.13 0.11 0.21 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.13 0.14 0.12 0.17 0.18 0.16 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.03 0.00 0.05 0.11 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.12 0.02 0.03 0.11 0.12 0.07 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.03 0.02 0.08 0.17 0.15 0.12
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.10 0.02 0.03 0.14 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.24 0.16 0.16
C4 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.07 0.01 0.03 0.19 0.16 0.13 0.15
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.10 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.02 0.04 0.20 0.17 0.13 0.15
C5' 0.04 0.13 0.04 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.12 0.18 0.09 0.04 0.04 0.22 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.02 0.04 0.17 0.15 0.08 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.02 0.01 0.10 0.12 0.06 0.07
N3 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.01 0.02 0.15 0.14 0.10 0.12
O2 0.06 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.19 0.01 0.04 0.08 0.11 0.06 0.07
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.16 0.02 0.11 0.04 0.08 0.09 0.18 0.23 0.00 0.14 0.16 0.03 0.08 0.21 0.19 0.15
O3' 0.10 0.12 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.09 0.08 0.10 0.19 0.14 0.00 0.08 0.07 0.06 0.25 0.16 0.15
O4 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.08 0.00 0.04 0.20 0.18 0.16 0.17
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.05 0.05 0.09 0.06
O5' 0.05 0.11 0.08 0.09 0.19 0.01 0.20 0.01 0.17 0.10 0.15 0.08 0.08 0.06 0.20 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.12 0.17 0.24 0.16 0.10 0.17 0.06 0.15 0.12 0.14 0.11 0.21 0.25 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.15 0.16 0.13 0.03 0.13 0.02 0.08 0.06 0.10 0.06 0.19 0.16 0.16 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.12 0.16 0.15 0.04 0.15 0.00 0.11 0.07 0.12 0.07 0.15 0.15 0.17 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00