ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53698

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.073, 0.208, 0.343, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.208 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.051, 0.193, 0.336, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.193 std_dev=0.142
P A 0, 0.063, 0.236, 0.409, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.236 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.072, 0.248, 0.425, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.248 std_dev=0.177
O5' A 0, 0.108, 0.288, 0.468, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.288 std_dev=0.180
OP2 A 0, 0.124, 0.307, 0.489, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.307 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.073, 0.255, 0.438, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.255 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.097, 0.286, 0.474, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.286 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.027, 0.217, 0.408, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.217 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.110, 0.307, 0.504, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.307 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.125, 0.338, 0.551, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.338 std_dev=0.213
C3' A 0, 0.104, 0.330, 0.556, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.330 std_dev=0.226
O5' B 0, 0.127, 0.363, 0.598, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.363 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.117, 0.355, 0.593, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.355 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.123, 0.361, 0.600, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.361 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.167, 0.416, 0.664, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.416 std_dev=0.248
C5' B 0, 0.155, 0.420, 0.685, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.420 std_dev=0.265
P B 0, 0.144, 0.411, 0.677, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.411 std_dev=0.267
OP1 A 0, 0.102, 0.389, 0.675, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.389 std_dev=0.287
C5 B 0, 0.191, 0.497, 0.803, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.497 std_dev=0.306
OP1 B 0, 0.175, 0.489, 0.802, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.489 std_dev=0.314
OP2 B 0, 0.143, 0.457, 0.772, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.457 std_dev=0.315
C2 B 0, 0.094, 0.410, 0.725, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.410 std_dev=0.315
O3' A 0, 0.139, 0.462, 0.785, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.462 std_dev=0.323
O2' B 0, 0.145, 0.469, 0.794, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.469 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.167, 0.507, 0.846, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.507 std_dev=0.340
N3 B 0, 0.118, 0.466, 0.814, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.466 std_dev=0.348
O2 B 0, 0.067, 0.429, 0.791, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.429 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.206, 0.573, 0.939, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.573 std_dev=0.367
O4 B 0, 0.185, 0.581, 0.978, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.581 std_dev=0.396
O3' B 0, 0.065, 0.547, 1.028, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.547 std_dev=0.481

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.03 0.15 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.14 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.16 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.03 0.15 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.06 0.19 0.08
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.06 0.20 0.08
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.19 0.09
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.03 0.18 0.06
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.05 0.13 0.02
N6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.10 0.22 0.11
N7 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.08 0.22 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.14 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 0.03 0.13 0.07 0.05
O3' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.10 0.09 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.10 0.14 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.08
O5' 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.09 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.09 0.03 0.05 0.03 0.03 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.10 0.08 0.04 0.13 0.10 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.14 0.16 0.15 0.04 0.19 0.02 0.20 0.19 0.18 0.13 0.22 0.22 0.14 0.07 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.09 0.06 0.02 0.11 0.11 0.05 0.05 0.08 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.07 0.15 0.13 0.15 0.14 0.16 0.09 0.04 0.08 0.09 0.10 0.13 0.21 0.14 0.03 0.07 0.03 0.05
C2 0.07 0.07 0.13 0.21 0.13 0.19 0.13 0.17 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.10 0.18 0.13 0.07 0.09 0.07 0.07
C2' 0.06 0.08 0.03 0.09 0.16 0.10 0.17 0.11 0.14 0.09 0.10 0.08 0.10 0.17 0.22 0.14 0.04 0.04 0.04 0.05
C3' 0.08 0.09 0.06 0.08 0.17 0.10 0.17 0.10 0.14 0.11 0.12 0.09 0.10 0.18 0.23 0.15 0.04 0.05 0.04 0.06
C4 0.06 0.06 0.11 0.19 0.13 0.18 0.13 0.16 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.19 0.13 0.06 0.10 0.06 0.07
C4' 0.03 0.03 0.02 0.10 0.13 0.12 0.14 0.13 0.09 0.04 0.07 0.07 0.11 0.16 0.22 0.13 0.02 0.07 0.02 0.05
C5 0.07 0.06 0.15 0.23 0.12 0.19 0.11 0.16 0.08 0.06 0.08 0.07 0.11 0.18 0.18 0.12 0.07 0.12 0.07 0.09
C5' 0.03 0.03 0.03 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.09 0.04 0.07 0.08 0.10 0.15 0.23 0.13 0.02 0.09 0.03 0.06
C6 0.09 0.07 0.18 0.27 0.11 0.21 0.11 0.16 0.09 0.08 0.09 0.06 0.15 0.28 0.16 0.11 0.08 0.13 0.09 0.10
C8 0.06 0.06 0.11 0.20 0.11 0.17 0.12 0.16 0.07 0.05 0.07 0.09 0.09 0.11 0.19 0.13 0.06 0.12 0.06 0.08
N1 0.08 0.08 0.18 0.26 0.12 0.21 0.11 0.17 0.09 0.08 0.10 0.06 0.14 0.26 0.16 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09
N3 0.06 0.06 0.10 0.17 0.14 0.17 0.14 0.17 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.20 0.14 0.05 0.07 0.05 0.06
N6 0.09 0.08 0.21 0.29 0.10 0.20 0.09 0.15 0.08 0.08 0.09 0.07 0.19 0.39 0.15 0.09 0.09 0.16 0.11 0.11
N7 0.07 0.06 0.14 0.23 0.11 0.19 0.11 0.16 0.08 0.06 0.08 0.08 0.11 0.18 0.18 0.12 0.07 0.13 0.07 0.09
N9 0.06 0.06 0.10 0.18 0.12 0.17 0.12 0.16 0.08 0.05 0.07 0.10 0.09 0.09 0.20 0.13 0.05 0.10 0.05 0.07
O2' 0.07 0.07 0.06 0.11 0.18 0.12 0.20 0.14 0.16 0.10 0.12 0.05 0.16 0.24 0.25 0.16 0.10 0.08 0.10 0.09
O3' 0.14 0.15 0.11 0.11 0.23 0.13 0.23 0.13 0.20 0.16 0.18 0.12 0.12 0.20 0.29 0.20 0.09 0.07 0.09 0.08
O4' 0.05 0.06 0.08 0.15 0.14 0.16 0.13 0.18 0.08 0.05 0.08 0.10 0.10 0.12 0.23 0.15 0.06 0.10 0.06 0.07
O5' 0.03 0.04 0.04 0.14 0.08 0.13 0.10 0.12 0.07 0.04 0.02 0.09 0.08 0.06 0.16 0.10 0.04 0.12 0.07 0.10
OP1 0.06 0.12 0.04 0.14 0.10 0.15 0.12 0.17 0.10 0.09 0.10 0.17 0.10 0.07 0.15 0.11 0.02 0.10 0.05 0.07
OP2 0.16 0.10 0.24 0.37 0.14 0.34 0.15 0.34 0.13 0.12 0.10 0.10 0.19 0.28 0.20 0.25 0.18 0.17 0.14 0.15
P 0.04 0.05 0.09 0.21 0.08 0.20 0.10 0.21 0.07 0.03 0.03 0.11 0.07 0.09 0.15 0.14 0.06 0.10 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.00 0.05 0.11 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.28 0.01 0.05 0.06 0.13 0.09 0.07
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.07 0.08 0.00 0.13 0.07 0.01 0.13 0.27 0.12 0.16
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.24 0.08 0.14
C4 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04
C5' 0.03 0.09 0.05 0.03 0.15 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.12 0.05 0.03 0.09 0.17 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.02 0.06 0.08 0.07 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.03 0.06 0.12 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.26 0.01 0.07 0.07 0.11 0.09 0.06
O2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.35 0.01 0.05 0.06 0.14 0.10 0.07
O2' 0.03 0.11 0.00 0.03 0.09 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.11 0.14 0.00 0.24 0.11 0.03 0.15 0.34 0.18 0.20
O3' 0.21 0.28 0.13 0.01 0.19 0.04 0.12 0.09 0.11 0.19 0.26 0.35 0.24 0.00 0.20 0.13 0.19 0.49 0.22 0.30
O4 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.20 0.00 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03 0.13 0.08 0.00 0.12 0.10 0.13 0.13
O5' 0.05 0.06 0.13 0.11 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.15 0.19 0.07 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.13 0.27 0.24 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.12 0.11 0.14 0.34 0.49 0.06 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.12 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.09 0.09 0.10 0.18 0.22 0.05 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.16 0.14 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.07 0.20 0.30 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00