ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53699

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.009, 0.036, 0.062, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O3' A 0, 0.015, 0.052, 0.088, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.052 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.020, 0.068, 0.116, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.068 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.018, 0.072, 0.127, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.072 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.032, 0.113, 0.193, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.113 std_dev=0.080
O5' A 0, 0.021, 0.112, 0.203, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.091
C1' B 0, 0.085, 0.295, 0.504, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.295 std_dev=0.209
P A 0, 0.058, 0.309, 0.561, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.104, 0.357, 0.611, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.357 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.059, 0.353, 0.648, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.353 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.061, 0.473, 0.885, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.473 std_dev=0.412
C3' B 0, 0.076, 0.536, 0.995, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.536 std_dev=0.460
N1 B 0, 0.062, 0.537, 1.011, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.537 std_dev=0.474
O2' B 0, 0.050, 0.569, 1.088, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.569 std_dev=0.519
C4' B 0, -0.015, 0.547, 1.110, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.547 std_dev=0.562
C6 B 0, 0.016, 0.722, 1.428, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.722 std_dev=0.706
C2 B 0, -0.010, 0.760, 1.531, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.760 std_dev=0.770
O3' B 0, 0.005, 0.776, 1.547, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.776 std_dev=0.771
O2 B 0, -0.036, 0.868, 1.772, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.868 std_dev=0.904
C5' B 0, -0.102, 0.868, 1.838, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.868 std_dev=0.970
O5' B 0, -0.056, 0.981, 2.019, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.981 std_dev=1.037
C5 B 0, -0.084, 0.973, 2.031, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.973 std_dev=1.057
OP1 A 0, -0.113, 0.956, 2.024, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.956 std_dev=1.068
N3 B 0, -0.105, 0.983, 2.072, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.983 std_dev=1.089
C4 B 0, -0.130, 1.088, 2.307, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.088 std_dev=1.218
O4 B 0, -0.214, 1.350, 2.914, 3.542 max_d=3.542 avg_d=1.350 std_dev=1.564
P B 0, -0.340, 1.272, 2.885, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.272 std_dev=1.612
OP2 B 0, -0.473, 1.371, 3.215, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.371 std_dev=1.844
OP1 B 0, -0.470, 1.408, 3.286, 4.062 max_d=4.062 avg_d=1.408 std_dev=1.878

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.45 0.18 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.30 0.12 0.03
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.30 0.13 0.08
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.38 0.15 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.45 0.18 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.20 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.51 0.20 0.06
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.32 0.12 0.09
N1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.50 0.20 0.05
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.37 0.16 0.05
N6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.56 0.21 0.07
N7 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.42 0.17 0.09
N9 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.29 0.11 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.20 0.11 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.31 0.17 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.45 0.30 0.30 0.38 0.02 0.45 0.20 0.51 0.32 0.50 0.37 0.56 0.42 0.29 0.20 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.18 0.12 0.13 0.15 0.01 0.18 0.05 0.20 0.12 0.20 0.16 0.21 0.17 0.11 0.11 0.17 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.03 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.03 0.11 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.25 0.10 0.43 0.12 0.54 0.07 0.78 0.10 0.07 0.25 0.39 0.10 0.58 0.14 0.23 0.72 1.03 0.73 0.82
C2 0.07 0.22 0.12 0.26 0.21 0.31 0.15 0.34 0.11 0.14 0.25 0.25 0.20 0.38 0.24 0.09 0.31 0.39 0.23 0.27
C2' 0.06 0.15 0.11 0.40 0.03 0.50 0.11 0.73 0.14 0.03 0.14 0.27 0.08 0.51 0.05 0.24 0.73 0.97 0.73 0.80
C3' 0.05 0.21 0.11 0.40 0.10 0.50 0.06 0.74 0.10 0.05 0.22 0.33 0.10 0.54 0.13 0.22 0.72 1.01 0.72 0.81
C4 0.09 0.36 0.10 0.34 0.30 0.42 0.17 0.53 0.10 0.19 0.39 0.45 0.15 0.52 0.34 0.12 0.45 0.66 0.39 0.48
C4' 0.05 0.25 0.10 0.44 0.11 0.54 0.08 0.82 0.12 0.06 0.25 0.41 0.10 0.59 0.14 0.24 0.78 1.15 0.83 0.92
C5 0.15 0.49 0.12 0.31 0.49 0.36 0.34 0.43 0.24 0.30 0.55 0.56 0.24 0.53 0.55 0.07 0.31 0.52 0.22 0.31
C5' 0.04 0.30 0.10 0.45 0.18 0.56 0.04 0.83 0.09 0.09 0.32 0.46 0.09 0.63 0.22 0.24 0.77 1.16 0.81 0.91
C6 0.17 0.52 0.13 0.25 0.57 0.27 0.45 0.27 0.34 0.36 0.61 0.55 0.33 0.46 0.64 0.08 0.16 0.31 0.03 0.12
C8 0.12 0.48 0.10 0.37 0.43 0.45 0.25 0.60 0.16 0.25 0.53 0.60 0.15 0.61 0.49 0.12 0.48 0.78 0.43 0.54
N1 0.15 0.39 0.14 0.22 0.44 0.23 0.37 0.21 0.30 0.30 0.46 0.38 0.33 0.38 0.49 0.09 0.13 0.22 0.01 0.08
N3 0.04 0.22 0.09 0.32 0.15 0.41 0.06 0.52 0.03 0.09 0.23 0.30 0.10 0.45 0.17 0.14 0.48 0.63 0.42 0.49
N6 0.20 0.63 0.15 0.22 0.75 0.22 0.60 0.19 0.46 0.44 0.76 0.62 0.39 0.45 0.84 0.11 0.05 0.19 0.13 0.03
N7 0.16 0.55 0.11 0.33 0.55 0.39 0.37 0.48 0.26 0.33 0.63 0.64 0.22 0.58 0.63 0.08 0.35 0.61 0.26 0.37
N9 0.08 0.36 0.10 0.39 0.28 0.48 0.12 0.65 0.06 0.17 0.39 0.48 0.12 0.59 0.32 0.16 0.56 0.84 0.53 0.62
O2' 0.08 0.05 0.08 0.39 0.11 0.50 0.24 0.78 0.24 0.08 0.02 0.19 0.09 0.45 0.12 0.27 0.82 1.07 0.86 0.93
O3' 0.07 0.13 0.11 0.39 0.03 0.48 0.11 0.72 0.14 0.04 0.13 0.24 0.10 0.49 0.04 0.24 0.74 1.00 0.76 0.83
O4' 0.05 0.30 0.10 0.45 0.15 0.56 0.06 0.83 0.10 0.09 0.30 0.47 0.10 0.63 0.19 0.24 0.76 1.15 0.80 0.90
O5' 0.05 0.38 0.10 0.43 0.30 0.53 0.10 0.76 0.03 0.15 0.42 0.52 0.11 0.64 0.36 0.20 0.68 1.05 0.68 0.79
OP1 0.45 0.89 0.24 0.16 0.87 0.21 0.63 0.44 0.50 0.62 0.99 1.01 0.20 0.48 0.97 0.22 0.33 0.78 0.30 0.44
OP2 0.02 0.37 0.13 0.44 0.34 0.56 0.13 0.75 0.02 0.13 0.45 0.49 0.17 0.65 0.43 0.24 0.64 0.98 0.60 0.73
P 0.03 0.41 0.14 0.49 0.36 0.56 0.15 0.77 0.05 0.16 0.48 0.53 0.17 0.74 0.45 0.19 0.67 1.06 0.65 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.11 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.15 0.07
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.11 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.12 0.12 0.06
C4 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.07 0.10 0.09
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.08 0.09 0.04
C5 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.09 0.09
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.12 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.12 0.06
N3 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.01 0.01 0.06 0.06 0.10 0.08
O2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.03 0.03 0.05 0.08 0.13 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.12 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.11 0.10 0.03 0.00 0.09 0.01 0.11 0.11 0.10 0.06
O4 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.07 0.10 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.10 0.15 0.09
O5' 0.07 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.11 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.06 0.11 0.12 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.07 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.11 0.15 0.12 0.10 0.09 0.09 0.03 0.12 0.12 0.10 0.13 0.12 0.10 0.10 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.04 0.09 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.06 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00