ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53700

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2' B 0, 0.100, 0.582, 1.065, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.582 std_dev=0.482
N1 B 0, 0.232, 0.795, 1.358, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.795 std_dev=0.563
C2' B 0, 0.226, 0.827, 1.427, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.827 std_dev=0.600
O4' A 0, 0.260, 0.888, 1.516, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.888 std_dev=0.628
C2' A 0, 0.286, 0.978, 1.670, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.978 std_dev=0.692
C4 B 0, 0.260, 1.033, 1.807, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.033 std_dev=0.773
C3' A 0, 0.369, 1.283, 2.198, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.283 std_dev=0.915
C4' A 0, 0.400, 1.373, 2.345, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.373 std_dev=0.973
N3 B 0, 0.341, 1.337, 2.334, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.337 std_dev=0.997
C2 B 0, 0.356, 1.364, 2.372, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.364 std_dev=1.008
C1' B 0, 0.429, 1.464, 2.500, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.464 std_dev=1.036
O2' A 0, 0.431, 1.501, 2.572, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.501 std_dev=1.070
O3' A 0, 0.409, 1.500, 2.590, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.500 std_dev=1.091
OP2 A 0, 0.425, 1.537, 2.650, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.537 std_dev=1.112
O4 B 0, 0.442, 1.615, 2.788, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.615 std_dev=1.173
C6 B 0, 0.493, 1.772, 3.052, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.772 std_dev=1.280
O5' A 0, 0.538, 1.842, 3.146, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.842 std_dev=1.304
C5 B 0, 0.481, 1.867, 3.254, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.867 std_dev=1.386
P A 0, 0.576, 1.987, 3.398, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.987 std_dev=1.411
C5' A 0, 0.588, 2.007, 3.426, 3.028 max_d=3.028 avg_d=2.007 std_dev=1.419
O3' B 0, 0.556, 2.193, 3.831, 3.934 max_d=3.934 avg_d=2.193 std_dev=1.638
C3' B 0, 0.708, 2.490, 4.273, 4.074 max_d=4.074 avg_d=2.490 std_dev=1.782
OP1 A 0, 0.773, 2.644, 4.514, 4.046 max_d=4.046 avg_d=2.644 std_dev=1.871
O2 B 0, 0.777, 2.697, 4.617, 4.317 max_d=4.317 avg_d=2.697 std_dev=1.920
O4' B 0, 0.920, 3.142, 5.364, 4.743 max_d=4.743 avg_d=3.142 std_dev=2.222
C4' B 0, 1.066, 3.649, 6.233, 5.629 max_d=5.629 avg_d=3.649 std_dev=2.583
C5' B 0, 1.520, 5.193, 8.866, 7.886 max_d=7.886 avg_d=5.193 std_dev=3.673
O5' B 0, 1.728, 5.901, 10.074, 8.880 max_d=8.880 avg_d=5.901 std_dev=4.173
OP1 B 0, 2.115, 7.222, 12.329, 10.863 max_d=10.863 avg_d=7.222 std_dev=5.107
P B 0, 2.137, 7.298, 12.460, 11.037 max_d=11.037 avg_d=7.298 std_dev=5.161
OP2 B 0, 2.384, 8.152, 13.921, 12.494 max_d=12.494 avg_d=8.152 std_dev=5.769

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00 0.11 0.57 0.20 0.13
C2 0.01 0.00 0.23 0.19 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.15 0.10 0.84 0.49 0.21
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.10 0.11 0.15 0.18 0.23 0.08 0.11 0.03 0.00 0.01 0.02 0.24 0.42 0.47 0.33
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.24 0.18 0.23 0.16 0.26 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.24 0.16 0.13
C4 0.00 0.00 0.12 0.18 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.07 0.11 0.85 0.46 0.21
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.14 0.05 0.05 0.08 0.13 0.06 0.18 0.00 0.00 0.02 0.13 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.15 0.04 0.14 0.98 0.63 0.27
C5' 0.04 0.05 0.10 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.14 0.01 0.06 0.08 0.14 0.05 0.08 0.10 0.02 0.00 0.10 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.24 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.07 0.15 1.00 0.70 0.29
C8 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.15 0.10 0.16 0.95 0.53 0.26
N1 0.01 0.00 0.18 0.23 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.12 0.12 0.93 0.62 0.25
N3 0.01 0.01 0.23 0.16 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.14 0.11 0.78 0.39 0.18
N6 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.20 0.04 0.18 1.07 0.80 0.34
N7 0.01 0.01 0.11 0.23 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.06 0.18 1.05 0.71 0.32
N9 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.10 0.79 0.36 0.18
O2' 0.03 0.07 0.00 0.02 0.06 0.18 0.17 0.08 0.14 0.28 0.04 0.10 0.19 0.28 0.13 0.00 0.03 0.15 0.17 0.36 0.48 0.28
O3' 0.15 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.15 0.10 0.16 0.15 0.13 0.07 0.20 0.19 0.08 0.03 0.00 0.09 0.10 0.32 0.17 0.03
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.10 0.12 0.14 0.04 0.06 0.02 0.15 0.09 0.00 0.04 0.51 0.03 0.09
O5' 0.11 0.10 0.24 0.04 0.11 0.02 0.14 0.00 0.15 0.16 0.12 0.11 0.18 0.18 0.10 0.17 0.10 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00
OP1 0.57 0.84 0.42 0.24 0.85 0.13 0.98 0.10 1.00 0.95 0.93 0.78 1.07 1.05 0.79 0.36 0.32 0.51 0.06 0.00 0.02 0.00
OP2 0.20 0.49 0.47 0.16 0.46 0.20 0.63 0.40 0.70 0.53 0.62 0.39 0.80 0.71 0.36 0.48 0.17 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.13 0.21 0.33 0.13 0.21 0.03 0.27 0.01 0.29 0.26 0.25 0.18 0.34 0.32 0.18 0.28 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.13 0.10 0.17 0.34 0.73 0.35 0.78 0.18 0.09 0.20 0.25 0.10 0.26 0.45 0.71 0.41 0.57 0.35 0.38
C2 0.36 0.18 0.11 0.13 0.38 0.62 0.46 0.42 0.30 0.14 0.19 0.38 0.20 0.23 0.46 0.72 0.17 0.77 0.24 0.33
C2' 0.61 0.32 0.22 0.44 0.10 1.14 0.06 1.24 0.20 0.36 0.16 0.44 0.18 0.46 0.18 1.12 0.81 0.64 0.61 0.64
C3' 0.43 0.22 0.04 0.22 0.18 0.92 0.12 1.07 0.12 0.24 0.16 0.31 0.07 0.23 0.26 0.93 0.67 0.63 0.54 0.57
C4 0.32 0.21 0.13 0.16 0.38 0.58 0.47 0.45 0.30 0.14 0.21 0.41 0.16 0.26 0.48 0.67 0.22 0.81 0.41 0.47
C4' 0.10 0.18 0.29 0.25 0.40 0.52 0.38 0.67 0.25 0.14 0.30 0.18 0.31 0.33 0.48 0.51 0.36 0.61 0.40 0.43
C5 0.33 0.29 0.18 0.23 0.42 0.40 0.57 0.18 0.40 0.18 0.24 0.56 0.24 0.31 0.52 0.60 0.35 1.19 0.75 0.80
C5' 0.04 0.16 0.38 0.40 0.40 0.38 0.42 0.49 0.31 0.16 0.27 0.16 0.36 0.48 0.48 0.41 0.38 0.70 0.52 0.54
C6 0.35 0.35 0.19 0.26 0.44 0.28 0.63 0.07 0.46 0.20 0.27 0.66 0.31 0.31 0.53 0.55 0.45 1.44 0.91 0.97
C8 0.30 0.25 0.17 0.23 0.40 0.48 0.51 0.35 0.34 0.15 0.22 0.49 0.18 0.31 0.51 0.61 0.32 0.98 0.65 0.68
N1 0.37 0.30 0.16 0.17 0.42 0.37 0.59 0.06 0.43 0.19 0.23 0.58 0.31 0.25 0.50 0.61 0.27 1.25 0.64 0.74
N3 0.33 0.15 0.09 0.15 0.36 0.71 0.40 0.63 0.24 0.11 0.20 0.30 0.13 0.24 0.45 0.73 0.31 0.59 0.22 0.28
N6 0.34 0.43 0.21 0.34 0.48 0.11 0.72 0.32 0.54 0.24 0.34 0.80 0.35 0.35 0.57 0.46 0.70 1.80 1.27 1.31
N7 0.32 0.31 0.19 0.28 0.43 0.36 0.58 0.16 0.41 0.18 0.25 0.59 0.24 0.34 0.53 0.57 0.44 1.25 0.88 0.90
N9 0.30 0.19 0.13 0.17 0.38 0.60 0.44 0.54 0.27 0.12 0.20 0.37 0.13 0.27 0.48 0.67 0.27 0.74 0.41 0.46
O2' 0.58 0.18 0.26 0.59 0.18 1.27 0.09 1.43 0.14 0.28 0.08 0.28 0.17 0.68 0.34 1.14 1.02 0.83 0.83 0.85
O3' 0.22 0.18 0.17 0.13 0.34 0.82 0.22 1.07 0.08 0.09 0.30 0.19 0.31 0.16 0.45 0.77 0.72 0.75 0.68 0.69
O4' 0.06 0.23 0.37 0.36 0.51 0.39 0.53 0.49 0.40 0.23 0.37 0.18 0.34 0.41 0.59 0.37 0.38 0.75 0.52 0.55
O5' 0.19 0.11 0.30 0.37 0.27 0.48 0.34 0.52 0.21 0.02 0.12 0.29 0.28 0.46 0.36 0.55 0.43 0.80 0.58 0.60
OP1 0.83 0.74 0.92 0.93 0.57 1.01 0.57 0.96 0.59 0.69 0.65 0.88 1.04 1.07 0.56 0.96 0.83 0.95 0.80 0.82
OP2 0.62 0.81 0.45 0.36 0.85 0.43 0.81 0.30 0.69 0.68 0.84 0.94 0.35 0.29 0.93 0.76 0.27 0.81 0.64 0.61
P 0.29 0.22 0.28 0.38 0.17 0.51 0.28 0.52 0.15 0.11 0.09 0.44 0.29 0.49 0.26 0.61 0.46 0.86 0.65 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.15 0.41 0.13 0.03
C2 0.02 0.00 0.15 0.17 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.12 0.25 0.47 0.30 0.12
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.14 0.15 0.01 0.10 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.69 0.13 0.33
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.20 0.00 0.18 0.01 0.15 0.13 0.20 0.17 0.01 0.01 0.22 0.04 0.12 0.37 0.05 0.20
C4 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.14 0.01 0.04 0.39 0.53 0.51 0.28
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.06 0.06 0.06 0.19 0.01 0.09 0.01 0.02 0.12 0.06 0.04
C5 0.00 0.01 0.11 0.18 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.01 0.08 0.43 0.54 0.53 0.29
C5' 0.09 0.18 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.00 0.19 0.16 0.21 0.18 0.07 0.14 0.23 0.02 0.01 0.02 0.16 0.02
C6 0.00 0.00 0.15 0.15 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.11 0.01 0.11 0.38 0.51 0.39 0.20
N1 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.26 0.47 0.27 0.10
N3 0.02 0.00 0.10 0.20 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.11 0.02 0.09 0.32 0.50 0.41 0.20
O2 0.04 0.00 0.25 0.17 0.02 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00 0.17 0.10 0.03 0.19 0.18 0.45 0.23 0.08
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.15 0.19 0.23 0.07 0.23 0.09 0.06 0.17 0.00 0.02 0.16 0.11 0.05 0.62 0.10 0.27
O3' 0.12 0.07 0.03 0.01 0.14 0.01 0.16 0.14 0.11 0.02 0.11 0.10 0.02 0.00 0.17 0.11 0.13 0.20 0.12 0.14
O4 0.00 0.02 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.17 0.00 0.03 0.41 0.53 0.57 0.31
O4' 0.01 0.12 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.04 0.09 0.19 0.11 0.11 0.03 0.00 0.30 0.15 0.23 0.21
O5' 0.15 0.25 0.12 0.12 0.39 0.02 0.43 0.01 0.38 0.26 0.32 0.18 0.05 0.13 0.41 0.30 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.41 0.47 0.69 0.37 0.53 0.12 0.54 0.02 0.51 0.47 0.50 0.45 0.62 0.20 0.53 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.30 0.13 0.05 0.51 0.06 0.53 0.16 0.39 0.27 0.41 0.23 0.10 0.12 0.57 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.12 0.33 0.20 0.28 0.04 0.29 0.02 0.20 0.10 0.20 0.08 0.27 0.14 0.31 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00