ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53701

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.004, 0.032, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.010, 0.047, 0.083, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.047 std_dev=0.036
C4 A 0, 0.006, 0.044, 0.082, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.038
N7 A 0, -0.007, 0.033, 0.073, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.003, 0.045, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.045 std_dev=0.042
C8 A 0, -0.002, 0.044, 0.090, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.044 std_dev=0.046
N6 A 0, 0.015, 0.068, 0.122, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.068 std_dev=0.053
O4' B 0, 0.062, 0.307, 0.551, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.307 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.096, 0.348, 0.600, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.348 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.097, 0.368, 0.638, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.368 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.009, 0.469, 0.929, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.469 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.034, 0.636, 1.238, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.636 std_dev=0.602
O3' B 0, 0.059, 0.681, 1.302, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.681 std_dev=0.621
C1' B 0, -0.011, 0.697, 1.405, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.697 std_dev=0.708
O4' A 0, -0.191, 0.945, 2.081, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.945 std_dev=1.136
C5' B 0, -0.225, 1.026, 2.277, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.026 std_dev=1.251
C2' A 0, -0.283, 1.017, 2.316, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.017 std_dev=1.300
N1 B 0, -0.189, 1.271, 2.730, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.271 std_dev=1.460
C4' A 0, -0.261, 1.284, 2.829, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.284 std_dev=1.545
O5' B 0, -0.310, 1.265, 2.841, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.265 std_dev=1.576
O2' A 0, -0.369, 1.246, 2.861, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.246 std_dev=1.615
C6 B 0, -0.284, 1.479, 3.242, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.479 std_dev=1.763
C3' A 0, -0.369, 1.528, 3.426, 4.203 max_d=4.203 avg_d=1.528 std_dev=1.897
C2 B 0, -0.366, 1.840, 4.046, 4.942 max_d=4.942 avg_d=1.840 std_dev=2.206
O2 B 0, -0.432, 2.011, 4.454, 5.450 max_d=5.450 avg_d=2.011 std_dev=2.443
P B 0, -0.579, 1.974, 4.527, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.974 std_dev=2.553
C5 B 0, -0.511, 2.088, 4.688, 5.753 max_d=5.753 avg_d=2.088 std_dev=2.599
O3' A 0, -0.497, 2.167, 4.830, 5.918 max_d=5.918 avg_d=2.167 std_dev=2.663
C5' A 0, -0.532, 2.330, 5.193, 6.362 max_d=6.362 avg_d=2.330 std_dev=2.862
N3 B 0, -0.551, 2.361, 5.273, 6.464 max_d=6.464 avg_d=2.361 std_dev=2.912
OP1 B 0, -0.669, 2.313, 5.294, 6.522 max_d=6.522 avg_d=2.313 std_dev=2.982
OP2 B 0, -0.636, 2.377, 5.391, 6.629 max_d=6.629 avg_d=2.377 std_dev=3.013
C4 B 0, -0.618, 2.513, 5.643, 6.925 max_d=6.925 avg_d=2.513 std_dev=3.130
O5' A 0, -0.901, 2.704, 6.310, 7.800 max_d=7.800 avg_d=2.704 std_dev=3.606
O4 B 0, -0.758, 3.118, 6.994, 8.582 max_d=8.582 avg_d=3.118 std_dev=3.876
P A 0, -1.380, 3.681, 8.742, 10.838 max_d=10.838 avg_d=3.681 std_dev=5.061
OP2 A 0, -1.534, 4.089, 9.713, 12.041 max_d=12.041 avg_d=4.089 std_dev=5.624
OP1 A 0, -1.548, 4.129, 9.806, 12.156 max_d=12.156 avg_d=4.129 std_dev=5.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.02 0.27 0.18
C2 0.02 0.00 0.21 0.42 0.03 0.69 0.03 1.17 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.52 0.31 0.64 1.34 1.71 1.14 1.54
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.00 0.07 0.11 0.15 0.23 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.10 0.04
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.17 0.00 0.05 0.01 0.14 0.27 0.31 0.40 0.09 0.20 0.05 0.02 0.00 0.00 0.11 0.09 0.29 0.14
C4 0.03 0.03 0.11 0.17 0.00 0.29 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.12 0.31 0.39 0.55 0.02 0.37
C4' 0.01 0.69 0.01 0.00 0.29 0.00 0.06 0.00 0.22 0.43 0.50 0.69 0.11 0.31 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01
C5 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.08 0.08 0.04 0.61 0.17
C5' 0.01 1.17 0.00 0.01 0.44 0.00 0.07 0.00 0.35 0.72 0.84 1.11 0.14 0.55 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.22 0.02 0.35 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.18 0.12 0.22 0.29 0.45 0.22 0.27
C8 0.01 0.04 0.11 0.27 0.01 0.43 0.02 0.72 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.28 0.20 0.41 1.06 1.03 1.59 1.26
N1 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.50 0.03 0.84 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.38 0.24 0.46 0.92 1.24 0.61 1.06
N3 0.04 0.00 0.23 0.40 0.01 0.69 0.01 1.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.53 0.29 0.67 1.24 1.51 0.99 1.35
N6 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.09 0.12 0.05 0.12 0.64 0.11
N7 0.02 0.04 0.06 0.20 0.01 0.31 0.01 0.55 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.03 0.18 0.15 0.27 0.86 0.88 1.57 1.11
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.26 0.14 0.59 0.34
O2' 0.00 0.52 0.00 0.02 0.24 0.03 0.07 0.04 0.18 0.28 0.38 0.53 0.06 0.18 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.22 0.07
O3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.12 0.02 0.05 0.01 0.12 0.20 0.24 0.29 0.09 0.15 0.05 0.01 0.00 0.02 0.21 0.15 0.65 0.32
O4' 0.00 0.64 0.01 0.00 0.31 0.00 0.08 0.00 0.22 0.41 0.46 0.67 0.12 0.27 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.07 0.25 0.19
O5' 0.12 1.34 0.03 0.11 0.39 0.01 0.08 0.01 0.29 1.06 0.92 1.24 0.05 0.86 0.26 0.05 0.21 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 1.71 0.06 0.09 0.55 0.08 0.04 0.08 0.45 1.03 1.24 1.51 0.12 0.88 0.14 0.10 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 1.14 0.10 0.29 0.02 0.11 0.61 0.12 0.22 1.59 0.61 0.99 0.64 1.57 0.59 0.22 0.65 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.54 0.04 0.14 0.37 0.01 0.17 0.02 0.27 1.26 1.06 1.35 0.11 1.11 0.34 0.07 0.32 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.80 0.18 0.13 0.34 0.15 0.07 0.92 0.10 0.36 0.73 1.17 0.10 0.54 0.35 0.08 1.00 1.91 1.38 1.54
C2 0.68 1.49 0.24 0.11 1.28 0.24 0.91 0.56 0.74 1.02 1.53 1.72 0.21 0.36 1.35 0.30 0.24 0.75 0.10 0.40
C2' 0.14 0.16 0.14 0.13 0.46 0.54 0.87 1.38 0.83 0.29 0.03 0.62 0.25 0.53 0.50 0.51 1.53 2.33 2.05 2.15
C3' 0.79 0.89 0.92 1.02 0.22 0.50 0.16 0.38 0.09 0.54 0.67 1.32 0.82 1.69 0.15 0.40 0.55 1.41 1.20 1.25
C4 0.60 1.34 0.26 0.16 1.06 0.17 0.63 0.73 0.48 0.83 1.38 1.64 0.12 0.51 1.14 0.26 0.55 1.28 0.60 0.88
C4' 1.37 1.45 1.43 1.51 0.86 1.15 0.55 0.33 0.66 1.15 1.27 1.81 1.19 1.98 0.77 1.09 0.11 0.88 0.58 0.61
C5 0.67 1.64 0.27 0.14 1.47 0.18 0.98 0.66 0.74 1.04 1.78 1.93 0.15 0.45 1.61 0.30 0.40 1.14 0.36 0.69
C5' 2.31 2.26 2.49 2.66 1.71 2.24 1.48 1.46 1.63 2.06 2.07 2.53 2.20 3.08 1.60 2.04 1.25 0.30 0.55 0.54
C6 0.71 1.86 0.26 0.12 1.81 0.21 1.29 0.55 0.99 1.22 2.08 2.13 0.21 0.36 1.98 0.33 0.20 0.85 0.04 0.39
C8 0.58 1.38 0.26 0.17 1.10 0.14 0.60 0.77 0.44 0.81 1.46 1.72 0.10 0.53 1.21 0.24 0.67 1.56 0.84 1.10
N1 0.73 1.86 0.25 0.11 1.77 0.23 1.31 0.48 1.03 1.26 2.02 2.11 0.23 0.31 1.89 0.33 0.10 0.64 0.16 0.23
N3 0.58 1.18 0.25 0.16 0.88 0.19 0.52 0.72 0.41 0.75 1.17 1.44 0.13 0.50 0.92 0.24 0.51 1.11 0.51 0.78
N6 0.71 2.01 0.25 0.12 2.11 0.22 1.53 0.50 1.15 1.32 2.34 2.24 0.24 0.31 2.34 0.34 0.11 0.76 0.16 0.27
N7 0.64 1.61 0.27 0.15 1.45 0.17 0.92 0.70 0.68 1.00 1.77 1.93 0.13 0.47 1.60 0.28 0.50 1.34 0.54 0.86
N9 0.53 1.17 0.25 0.17 0.83 0.13 0.39 0.80 0.27 0.67 1.18 1.51 0.09 0.55 0.89 0.21 0.73 1.58 0.94 1.17
O2' 0.77 0.56 0.77 0.77 1.27 1.12 1.69 2.03 1.61 1.00 0.76 0.05 0.82 0.17 1.33 1.10 2.33 3.17 2.99 3.03
O3' 0.51 0.47 0.79 0.93 0.39 0.36 0.69 0.55 0.49 0.18 0.20 0.94 0.81 1.70 0.53 0.15 0.82 1.62 1.64 1.60
O4' 1.34 1.62 1.19 1.19 1.16 0.95 0.81 0.17 0.83 1.27 1.52 1.93 0.85 1.50 1.13 1.11 0.03 1.00 0.48 0.59
O5' 2.73 2.69 2.97 3.16 2.17 2.54 1.94 1.71 2.07 2.49 2.51 2.95 2.71 3.72 2.08 2.34 1.65 0.70 1.06 0.96
OP1 3.71 3.50 4.22 4.54 3.12 3.83 3.03 3.24 3.19 3.47 3.34 3.61 3.87 4.76 3.00 3.37 3.20 2.42 2.58 2.55
OP2 3.11 3.05 3.64 3.88 2.65 2.89 2.49 2.21 2.60 2.92 2.91 3.23 3.50 4.47 2.57 2.57 2.37 1.62 1.96 1.78
P 3.47 3.35 3.90 4.17 2.92 3.32 2.75 2.57 2.89 3.24 3.19 3.53 3.64 4.68 2.82 3.01 2.61 1.70 2.06 1.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.28 0.02 0.00 0.20 0.19 0.28 0.20
C2 0.01 0.00 0.13 0.23 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.03 0.07 0.09 0.10 0.17 0.12
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.19 0.10 0.01 0.10 0.24 0.01 0.01 0.07 0.02 0.42 0.45 0.55 0.46
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.39 0.00 0.41 0.01 0.35 0.24 0.31 0.15 0.03 0.01 0.43 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05
C4 0.01 0.02 0.04 0.39 0.00 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.22 0.01 0.03 0.03 0.05 0.10 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.05 0.01 0.33 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02
C5 0.00 0.02 0.06 0.41 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.32 0.01 0.03 0.04 0.04 0.11 0.05
C5' 0.07 0.04 0.19 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.12 0.23 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.35 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.31 0.23 0.02 0.05 0.02 0.07 0.16 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.03 0.02 0.01 0.09 0.11 0.20 0.12
N3 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.26 0.03 0.02 0.07 0.05 0.08 0.14 0.10
O2 0.05 0.01 0.24 0.15 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.28 0.02 0.07 0.10 0.10 0.18 0.12
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.33 0.33 0.35 0.12 0.31 0.21 0.26 0.03 0.00 0.01 0.35 0.22 0.28 0.31 0.62 0.37
O3' 0.28 0.11 0.01 0.01 0.22 0.01 0.32 0.23 0.23 0.03 0.03 0.28 0.01 0.00 0.29 0.20 0.37 0.47 0.46 0.42
O4 0.02 0.03 0.07 0.43 0.01 0.12 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.35 0.29 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.07 0.22 0.20 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03
O5' 0.20 0.09 0.42 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05 0.10 0.28 0.37 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.19 0.10 0.45 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.11 0.08 0.10 0.31 0.47 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.28 0.17 0.55 0.08 0.10 0.00 0.11 0.01 0.16 0.20 0.14 0.18 0.62 0.46 0.06 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.12 0.46 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.08 0.12 0.10 0.12 0.37 0.42 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00