ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.003, 0.011, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N9 A 0, -0.003, 0.020, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.023
N7 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.027
N6 A 0, -0.005, 0.028, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.028 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.052 std_dev=0.038
C8 A 0, -0.007, 0.031, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.026, 0.096, 0.165, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.096 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.032, 0.108, 0.184, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.108 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.030, 0.117, 0.204, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.117 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.051, 0.178, 0.306, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.178 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.057, 0.196, 0.334, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.196 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.065, 0.230, 0.396, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.230 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.045, 0.241, 0.437, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.241 std_dev=0.196
O4' B 0, 0.128, 0.442, 0.755, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.442 std_dev=0.314
P A 0, 0.131, 0.450, 0.770, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.450 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.131, 0.451, 0.770, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.451 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.131, 0.452, 0.772, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.452 std_dev=0.321
O2' B 0, 0.133, 0.454, 0.775, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.454 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.118, 0.453, 0.788, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.453 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.135, 0.485, 0.835, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.485 std_dev=0.350
C5' B 0, 0.101, 0.487, 0.873, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.487 std_dev=0.386
O3' B 0, 0.125, 0.512, 0.899, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.512 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.160, 0.548, 0.936, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.548 std_dev=0.388
C6 B 0, 0.141, 0.575, 1.010, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.575 std_dev=0.435
OP2 A 0, 0.078, 0.527, 0.977, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.527 std_dev=0.449
O5' B 0, 0.127, 0.603, 1.078, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.603 std_dev=0.475
C2 B 0, 0.197, 0.682, 1.166, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.682 std_dev=0.484
O2 B 0, 0.212, 0.726, 1.239, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.726 std_dev=0.514
C5 B 0, 0.126, 0.702, 1.277, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.702 std_dev=0.575
N3 B 0, 0.204, 0.812, 1.420, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.812 std_dev=0.608
OP2 B 0, 0.161, 0.777, 1.394, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.777 std_dev=0.617
P B 0, 0.142, 0.763, 1.385, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.763 std_dev=0.622
OP1 A 0, 0.216, 0.857, 1.499, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.857 std_dev=0.642
C4 B 0, 0.158, 0.825, 1.493, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.825 std_dev=0.667
OP1 B 0, 0.130, 0.858, 1.586, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.858 std_dev=0.728
O4 B 0, 0.112, 0.966, 1.819, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.966 std_dev=0.853

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.13 0.10
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.02 0.18 0.11 0.32 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.15 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.23 0.12 0.09
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.18 0.10 0.29 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.22 0.18 0.36 0.16
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.16 0.12 0.08 0.16 0.18 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.22 0.20 0.39 0.17
C8 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.22 0.15 0.28 0.13
N1 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.21 0.16 0.37 0.15
N3 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.16 0.06 0.27 0.10
N6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.23 0.25 0.42 0.20
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.24 0.22 0.37 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.06 0.22 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.12 0.05
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.35 0.11 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.19 0.10 0.18
O5' 0.07 0.18 0.06 0.06 0.18 0.00 0.22 0.00 0.22 0.22 0.21 0.16 0.23 0.24 0.16 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.11 0.14 0.23 0.10 0.04 0.18 0.06 0.20 0.15 0.16 0.06 0.25 0.22 0.06 0.10 0.35 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.32 0.15 0.12 0.29 0.06 0.36 0.01 0.39 0.28 0.37 0.27 0.42 0.37 0.22 0.12 0.11 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.07 0.09 0.11 0.05 0.16 0.00 0.17 0.13 0.15 0.10 0.20 0.18 0.09 0.05 0.14 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.23 0.17 0.21 0.27 0.25 0.16 0.26 0.09 0.13 0.30 0.26 0.19 0.25 0.35 0.22 0.20 0.17 0.17 0.17
C2 0.13 0.14 0.14 0.16 0.09 0.20 0.08 0.25 0.10 0.11 0.13 0.19 0.15 0.16 0.11 0.19 0.22 0.17 0.22 0.20
C2' 0.18 0.20 0.22 0.28 0.23 0.33 0.11 0.33 0.08 0.11 0.27 0.25 0.27 0.33 0.31 0.28 0.28 0.27 0.24 0.25
C3' 0.17 0.19 0.23 0.30 0.23 0.33 0.11 0.34 0.08 0.10 0.26 0.23 0.28 0.36 0.31 0.27 0.28 0.27 0.24 0.25
C4 0.12 0.19 0.14 0.19 0.16 0.23 0.08 0.27 0.08 0.11 0.21 0.24 0.14 0.20 0.22 0.21 0.22 0.19 0.21 0.20
C4' 0.18 0.20 0.23 0.27 0.26 0.30 0.15 0.30 0.09 0.12 0.28 0.23 0.27 0.33 0.36 0.25 0.24 0.21 0.20 0.20
C5 0.11 0.17 0.12 0.18 0.13 0.23 0.06 0.29 0.09 0.10 0.18 0.23 0.13 0.19 0.17 0.20 0.24 0.21 0.24 0.23
C5' 0.14 0.21 0.19 0.22 0.28 0.24 0.17 0.24 0.09 0.12 0.29 0.23 0.22 0.28 0.37 0.20 0.19 0.15 0.15 0.14
C6 0.10 0.13 0.11 0.16 0.08 0.21 0.08 0.28 0.11 0.09 0.13 0.20 0.13 0.17 0.10 0.18 0.25 0.22 0.26 0.24
C8 0.11 0.21 0.13 0.19 0.20 0.24 0.09 0.29 0.07 0.11 0.25 0.26 0.13 0.22 0.27 0.21 0.23 0.21 0.22 0.21
N1 0.10 0.12 0.11 0.15 0.07 0.19 0.10 0.27 0.12 0.09 0.11 0.18 0.14 0.15 0.07 0.17 0.24 0.20 0.25 0.23
N3 0.14 0.18 0.15 0.18 0.15 0.22 0.08 0.24 0.09 0.12 0.20 0.23 0.16 0.18 0.19 0.21 0.20 0.17 0.19 0.18
N6 0.08 0.12 0.09 0.16 0.06 0.19 0.10 0.28 0.12 0.08 0.11 0.18 0.12 0.16 0.07 0.16 0.26 0.24 0.28 0.26
N7 0.10 0.18 0.12 0.18 0.15 0.24 0.07 0.29 0.08 0.10 0.21 0.24 0.12 0.21 0.20 0.20 0.25 0.23 0.24 0.23
N9 0.12 0.21 0.15 0.19 0.22 0.24 0.11 0.27 0.08 0.12 0.26 0.26 0.15 0.22 0.28 0.21 0.22 0.19 0.20 0.19
O2' 0.24 0.18 0.29 0.33 0.23 0.36 0.12 0.36 0.11 0.13 0.26 0.21 0.35 0.37 0.31 0.32 0.31 0.29 0.27 0.27
O3' 0.22 0.16 0.29 0.35 0.20 0.38 0.10 0.39 0.11 0.12 0.24 0.20 0.35 0.43 0.29 0.32 0.34 0.34 0.29 0.30
O4' 0.14 0.24 0.18 0.21 0.31 0.24 0.19 0.25 0.11 0.14 0.33 0.26 0.21 0.26 0.41 0.21 0.19 0.16 0.15 0.15
O5' 0.09 0.26 0.10 0.12 0.32 0.14 0.21 0.15 0.13 0.16 0.34 0.29 0.11 0.17 0.41 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08
OP1 0.10 0.25 0.13 0.06 0.25 0.06 0.14 0.10 0.09 0.14 0.29 0.31 0.15 0.05 0.31 0.10 0.08 0.02 0.10 0.07
OP2 0.15 0.28 0.13 0.12 0.32 0.15 0.24 0.17 0.20 0.20 0.34 0.31 0.13 0.13 0.39 0.13 0.15 0.17 0.15 0.16
P 0.06 0.15 0.06 0.12 0.17 0.18 0.06 0.22 0.01 0.04 0.21 0.19 0.06 0.15 0.25 0.17 0.17 0.12 0.16 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.14 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.14 0.19 0.24 0.17
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.14 0.19 0.23 0.17
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.12 0.13 0.16 0.12
N1 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.11 0.15 0.20 0.13
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.00 0.05 0.06 0.11 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.09 0.03 0.06
O4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.15 0.23 0.28 0.19
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.06
O5' 0.02 0.08 0.04 0.04 0.14 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.11 0.05 0.02 0.04 0.15 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.09 0.05 0.07 0.19 0.02 0.19 0.04 0.13 0.07 0.15 0.06 0.02 0.09 0.23 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.14 0.05 0.03 0.24 0.01 0.23 0.01 0.16 0.11 0.20 0.11 0.03 0.03 0.28 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.04 0.05 0.17 0.01 0.17 0.01 0.12 0.07 0.13 0.05 0.01 0.06 0.19 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00