ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53703

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.002, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.002, 0.010, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N9 A 0, -0.005, 0.018, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.023
N7 A 0, -0.001, 0.028, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.029
N6 A 0, -0.005, 0.024, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, -0.004, 0.031, 0.067, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.036
C2' A 0, -0.019, 0.062, 0.143, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.062 std_dev=0.081
O4' B 0, -0.025, 0.104, 0.234, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.104 std_dev=0.129
C1' B 0, -0.035, 0.115, 0.265, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.115 std_dev=0.150
O2' A 0, -0.044, 0.133, 0.309, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.133 std_dev=0.177
C4' A 0, -0.068, 0.172, 0.412, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.172 std_dev=0.240
C2' B 0, -0.065, 0.180, 0.426, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.180 std_dev=0.245
C3' A 0, -0.069, 0.180, 0.428, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.180 std_dev=0.249
C5' A 0, -0.083, 0.226, 0.535, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.226 std_dev=0.309
O5' A 0, -0.079, 0.238, 0.555, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.238 std_dev=0.317
O3' A 0, -0.097, 0.274, 0.645, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.274 std_dev=0.371
C3' B 0, -0.133, 0.370, 0.873, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.370 std_dev=0.503
O2' B 0, -0.138, 0.380, 0.898, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.380 std_dev=0.518
P A 0, -0.144, 0.396, 0.936, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.396 std_dev=0.540
C4' B 0, -0.148, 0.393, 0.933, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.393 std_dev=0.541
OP2 A 0, -0.153, 0.420, 0.994, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.420 std_dev=0.573
OP1 A 0, -0.199, 0.525, 1.248, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.525 std_dev=0.724
N1 B 0, -0.204, 0.533, 1.270, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.533 std_dev=0.737
O3' B 0, -0.214, 0.586, 1.387, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.586 std_dev=0.800
C5' B 0, -0.261, 0.687, 1.635, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.687 std_dev=0.948
C6 B 0, -0.280, 0.734, 1.747, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.734 std_dev=1.014
OP2 B 0, -0.283, 0.769, 1.821, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.769 std_dev=1.052
O5' B 0, -0.310, 0.834, 1.977, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.834 std_dev=1.143
C2 B 0, -0.342, 0.867, 2.077, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.867 std_dev=1.209
O2 B 0, -0.351, 0.885, 2.121, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.885 std_dev=1.236
C5 B 0, -0.432, 1.141, 2.714, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.141 std_dev=1.573
P B 0, -0.469, 1.223, 2.916, 3.617 max_d=3.617 avg_d=1.223 std_dev=1.693
N3 B 0, -0.499, 1.273, 3.046, 3.780 max_d=3.780 avg_d=1.273 std_dev=1.773
C4 B 0, -0.549, 1.419, 3.387, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.419 std_dev=1.968
O4 B 0, -0.717, 1.831, 4.379, 5.434 max_d=5.434 avg_d=1.831 std_dev=2.548
OP1 B 0, -0.862, 2.167, 5.197, 6.452 max_d=6.452 avg_d=2.167 std_dev=3.030

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.09 0.05 0.08 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.15 0.09
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.03 0.15 0.13 0.12 0.06 0.18 0.16 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.21 0.14 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.07 0.06 0.13
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.13 0.07 0.02 0.13 0.14 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.01 0.17 0.16 0.16 0.22
C5' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.09 0.01 0.15 0.00 0.16 0.17 0.12 0.05 0.19 0.20 0.09 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.19 0.18 0.20 0.24
C8 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.16 0.15 0.07 0.18
N1 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.15 0.13 0.16 0.20
N3 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.10
N6 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.01 0.23 0.26 0.28 0.30
N7 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.22 0.22 0.19 0.26
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.00 0.09
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.15 0.13 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.04 0.16 0.13 0.12 0.04 0.20 0.17 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.28 0.16 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.02 0.10 0.02
O5' 0.04 0.09 0.05 0.05 0.09 0.03 0.17 0.01 0.19 0.16 0.15 0.06 0.23 0.22 0.06 0.05 0.05 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.05 0.05 0.17 0.21 0.07 0.06 0.16 0.00 0.18 0.15 0.13 0.01 0.26 0.22 0.04 0.15 0.28 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.08 0.15 0.14 0.06 0.06 0.16 0.02 0.20 0.07 0.16 0.03 0.28 0.19 0.00 0.13 0.16 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.14 0.09 0.12 0.13 0.03 0.22 0.01 0.24 0.18 0.20 0.10 0.30 0.26 0.09 0.07 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.95 0.16 0.21 1.32 0.26 0.94 0.25 0.59 0.56 1.32 0.90 0.45 0.38 1.58 0.03 0.01 0.15 0.07 0.17
C2 0.02 0.44 0.14 0.21 0.45 0.27 0.21 0.43 0.06 0.20 0.54 0.51 0.28 0.26 0.54 0.10 0.35 0.85 0.16 0.61
C2' 0.11 1.07 0.18 0.24 1.41 0.30 1.01 0.28 0.66 0.64 1.44 1.05 0.47 0.45 1.66 0.03 0.01 0.05 0.05 0.10
C3' 0.10 1.13 0.21 0.31 1.51 0.38 1.06 0.39 0.67 0.66 1.55 1.13 0.51 0.56 1.81 0.07 0.08 0.20 0.03 0.20
C4 0.06 0.73 0.17 0.24 0.86 0.31 0.54 0.42 0.30 0.39 0.94 0.77 0.38 0.37 1.04 0.08 0.26 0.69 0.10 0.50
C4' 0.11 1.13 0.17 0.24 1.62 0.30 1.18 0.29 0.74 0.68 1.60 1.06 0.49 0.48 1.99 0.02 0.02 0.06 0.09 0.11
C5 0.06 0.68 0.17 0.28 0.75 0.35 0.41 0.53 0.19 0.33 0.85 0.76 0.35 0.40 0.92 0.09 0.40 1.05 0.20 0.71
C5' 0.11 1.14 0.18 0.28 1.62 0.35 1.14 0.38 0.71 0.67 1.61 1.10 0.48 0.53 2.00 0.05 0.07 0.26 0.02 0.24
C6 0.04 0.52 0.17 0.28 0.50 0.34 0.20 0.59 0.04 0.21 0.63 0.64 0.30 0.37 0.63 0.11 0.53 1.33 0.29 0.88
C8 0.07 0.86 0.18 0.28 1.07 0.34 0.68 0.46 0.38 0.46 1.13 0.90 0.41 0.44 1.31 0.08 0.27 0.75 0.12 0.53
N1 0.02 0.40 0.15 0.24 0.34 0.30 0.08 0.56 0.04 0.14 0.47 0.51 0.26 0.29 0.43 0.11 0.53 1.27 0.28 0.85
N3 0.04 0.63 0.15 0.20 0.75 0.27 0.48 0.34 0.27 0.35 0.80 0.65 0.35 0.30 0.88 0.07 0.19 0.53 0.06 0.41
N6 0.03 0.48 0.17 0.30 0.42 0.35 0.10 0.65 0.04 0.17 0.57 0.62 0.28 0.38 0.54 0.11 0.64 1.62 0.38 1.03
N7 0.07 0.77 0.18 0.30 0.89 0.36 0.52 0.54 0.26 0.38 0.99 0.85 0.38 0.44 1.10 0.09 0.39 1.04 0.20 0.70
N9 0.07 0.86 0.17 0.24 1.10 0.31 0.74 0.38 0.43 0.48 1.14 0.87 0.42 0.40 1.32 0.06 0.17 0.52 0.05 0.40
O2' 0.17 1.18 0.09 0.11 1.65 0.14 1.27 0.05 0.87 0.76 1.63 1.03 0.42 0.32 1.93 0.09 0.26 0.41 0.26 0.21
O3' 0.14 1.21 0.19 0.30 1.64 0.36 1.18 0.34 0.77 0.72 1.67 1.20 0.51 0.59 1.97 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06
O4' 0.07 0.98 0.17 0.21 1.44 0.26 1.04 0.24 0.64 0.58 1.41 0.91 0.47 0.40 1.77 0.03 0.02 0.11 0.10 0.15
O5' 0.11 1.10 0.19 0.32 1.46 0.40 0.99 0.49 0.59 0.62 1.50 1.12 0.45 0.56 1.81 0.08 0.22 0.56 0.11 0.43
OP1 0.28 1.30 0.01 0.16 1.65 0.28 1.13 0.42 0.73 0.78 1.71 1.36 0.21 0.40 2.01 0.04 0.14 0.52 0.07 0.37
OP2 0.19 1.12 0.08 0.27 1.34 0.38 0.85 0.58 0.50 0.62 1.45 1.23 0.27 0.49 1.64 0.05 0.37 0.97 0.25 0.66
P 0.14 1.12 0.14 0.30 1.43 0.41 0.93 0.55 0.55 0.61 1.50 1.18 0.36 0.53 1.77 0.09 0.30 0.75 0.20 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.36 0.05 0.16
C2 0.00 0.00 0.10 0.19 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.20 0.01 0.04 0.01 0.54 0.43 0.03
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.11 0.13 0.00 0.05 0.09 0.01 0.16 0.44 0.06 0.34
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.26 0.00 0.22 0.03 0.17 0.14 0.24 0.16 0.01 0.01 0.28 0.00 0.06 0.15 0.09 0.27
C4 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.29 0.00 0.02 0.09 0.64 0.75 0.13
C4' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.06 0.07 0.03 0.15 0.01 0.10 0.01 0.02 0.14 0.18 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.03 0.09 0.63 0.71 0.14
C5' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.00 0.37 0.32 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.18 0.00 0.05 0.03 0.57 0.48 0.04
N1 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.15 0.00 0.00 0.03 0.51 0.32 0.06
N3 0.00 0.00 0.11 0.24 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.27 0.00 0.04 0.05 0.60 0.61 0.05
O2 0.01 0.00 0.13 0.16 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01 0.05 0.03 0.49 0.34 0.08
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.10 0.04 0.05 0.07 0.07 0.00 0.05 0.06 0.10 0.06 0.24 0.05 0.24
O3' 0.01 0.20 0.05 0.01 0.29 0.01 0.25 0.01 0.18 0.15 0.27 0.17 0.05 0.00 0.33 0.01 0.00 0.09 0.18 0.26
O4 0.01 0.01 0.09 0.28 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.33 0.00 0.03 0.12 0.65 0.86 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.10 0.01 0.03 0.00 0.06 0.08 0.03 0.03
O5' 0.11 0.01 0.16 0.06 0.09 0.02 0.09 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.00 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.36 0.54 0.44 0.15 0.64 0.14 0.63 0.37 0.57 0.51 0.60 0.49 0.24 0.09 0.65 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.43 0.06 0.09 0.75 0.18 0.71 0.32 0.48 0.32 0.61 0.34 0.05 0.18 0.86 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.03 0.34 0.27 0.13 0.08 0.14 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.24 0.26 0.19 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00