ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53704

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.014, 0.048, 0.083, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.006, 0.046, 0.086, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.020, 0.075, 0.131, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.075 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.030, 0.110, 0.189, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.110 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.018, 0.098, 0.178, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.024, 0.121, 0.217, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.121 std_dev=0.097
OP2 A 0, -0.002, 0.119, 0.240, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.119 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.017, 0.140, 0.263, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.140 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.026, 0.154, 0.281, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.154 std_dev=0.128
P A 0, 0.001, 0.147, 0.293, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.147 std_dev=0.146
OP1 A 0, -0.012, 0.160, 0.332, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.160 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.039, 0.298, 0.557, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.298 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.015, 0.278, 0.542, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.278 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.079, 0.354, 0.630, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.354 std_dev=0.275
O3' B 0, 0.043, 0.330, 0.617, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.330 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.050, 0.340, 0.631, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.340 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.033, 0.326, 0.618, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.326 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.065, 0.373, 0.681, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.373 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.013, 0.324, 0.636, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.324 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.042, 0.362, 0.681, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.362 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.090, 0.410, 0.730, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.410 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.033, 0.393, 0.752, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.393 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.034, 0.400, 0.766, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.400 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.019, 0.431, 0.843, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.431 std_dev=0.412
C4 B 0, -0.003, 0.410, 0.822, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.410 std_dev=0.413
C5' B 0, -0.003, 0.422, 0.847, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.422 std_dev=0.425
O4 B 0, -0.007, 0.461, 0.928, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.461 std_dev=0.468
O5' B 0, 0.002, 0.497, 0.991, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.497 std_dev=0.494
OP1 B 0, 0.106, 0.654, 1.202, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.654 std_dev=0.548
P B 0, 0.029, 0.583, 1.136, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.583 std_dev=0.553
OP2 B 0, 0.014, 0.610, 1.207, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.610 std_dev=0.596

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
O3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.11 0.05 0.13 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.05 0.04 0.06 0.07 0.15 0.18 0.07 0.07
C2 0.11 0.12 0.08 0.05 0.18 0.03 0.16 0.01 0.14 0.13 0.16 0.08 0.11 0.05 0.24 0.06 0.03 0.31 0.11 0.14
C2' 0.04 0.10 0.04 0.03 0.12 0.03 0.12 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.04 0.07 0.06 0.12 0.20 0.05 0.06
C3' 0.06 0.12 0.05 0.04 0.17 0.05 0.16 0.08 0.14 0.11 0.16 0.11 0.06 0.05 0.14 0.08 0.15 0.18 0.07 0.07
C4 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.08 0.05 0.14 0.01 0.06 0.25 0.09 0.09
C4' 0.07 0.13 0.06 0.04 0.20 0.05 0.20 0.09 0.16 0.12 0.17 0.11 0.06 0.04 0.17 0.08 0.17 0.16 0.08 0.08
C5 0.08 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.11 0.09 0.16 0.05 0.03 0.29 0.14 0.15
C5' 0.04 0.12 0.04 0.04 0.19 0.03 0.18 0.04 0.14 0.10 0.17 0.10 0.08 0.06 0.17 0.05 0.13 0.18 0.07 0.07
C6 0.12 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.06 0.14 0.11 0.21 0.10 0.07 0.35 0.20 0.21
C8 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.01 0.06 0.24 0.09 0.09
N1 0.14 0.12 0.11 0.10 0.18 0.09 0.18 0.08 0.16 0.14 0.15 0.08 0.14 0.09 0.25 0.11 0.08 0.37 0.19 0.21
N3 0.05 0.08 0.03 0.02 0.11 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.11 0.06 0.08 0.02 0.18 0.01 0.09 0.24 0.07 0.08
N6 0.14 0.09 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.12 0.11 0.06 0.16 0.15 0.22 0.13 0.13 0.38 0.26 0.25
N7 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.06 0.11 0.09 0.11 0.04 0.03 0.28 0.14 0.14
N9 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.10 0.21 0.07 0.07
O2' 0.04 0.08 0.04 0.03 0.08 0.04 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.06 0.11 0.22 0.05 0.06
O3' 0.10 0.15 0.10 0.09 0.19 0.09 0.18 0.13 0.16 0.14 0.19 0.12 0.08 0.10 0.16 0.11 0.20 0.16 0.11 0.10
O4' 0.06 0.11 0.06 0.04 0.16 0.05 0.17 0.09 0.14 0.10 0.14 0.10 0.05 0.04 0.12 0.08 0.17 0.16 0.08 0.08
O5' 0.06 0.13 0.05 0.03 0.20 0.03 0.20 0.07 0.16 0.11 0.17 0.11 0.06 0.04 0.17 0.07 0.16 0.15 0.07 0.07
OP1 0.08 0.15 0.07 0.05 0.26 0.06 0.26 0.11 0.21 0.15 0.21 0.11 0.07 0.05 0.26 0.10 0.21 0.13 0.11 0.11
OP2 0.04 0.10 0.04 0.03 0.15 0.02 0.15 0.05 0.12 0.09 0.14 0.10 0.06 0.05 0.12 0.05 0.13 0.16 0.06 0.05
P 0.04 0.10 0.04 0.03 0.18 0.02 0.18 0.07 0.14 0.09 0.14 0.08 0.06 0.04 0.15 0.06 0.16 0.14 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.22 0.01 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.23 0.03 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.11 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.14 0.10 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.08 0.21 0.09 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.20 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.02 0.08 0.20 0.10 0.09
C5' 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.08 0.22 0.07 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.08 0.23 0.03 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.08 0.23 0.06 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.08 0.23 0.01 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.06 0.07 0.03 0.03 0.07 0.00 0.02 0.11 0.00 0.12 0.07 0.16 0.10
O3' 0.04 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02 0.16 0.09 0.00
O4 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.04 0.09 0.20 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.28 0.04 0.10
O5' 0.07 0.08 0.10 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.12 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.22 0.23 0.11 0.14 0.21 0.20 0.20 0.11 0.22 0.23 0.23 0.23 0.07 0.16 0.20 0.28 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.11 0.10 0.09 0.04 0.10 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.16 0.09 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.05 0.02 0.09 0.04 0.09 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.00 0.09 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00