ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53705

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N9 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, -0.003, 0.017, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.020
N7 A 0, -0.001, 0.023, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.002, 0.029, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.042, 0.176, 0.310, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.176 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.052, 0.188, 0.325, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.188 std_dev=0.137
O3' A 0, 0.017, 0.158, 0.299, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.158 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.041, 0.208, 0.374, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.208 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.071, 0.260, 0.448, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.260 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.068, 0.262, 0.456, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.262 std_dev=0.194
C5' A 0, 0.098, 0.403, 0.709, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.403 std_dev=0.305
O5' A 0, 0.121, 0.485, 0.850, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.485 std_dev=0.364
O4' B 0, 0.162, 0.554, 0.946, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.554 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.167, 0.571, 0.975, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.571 std_dev=0.404
C4' B 0, 0.170, 0.587, 1.004, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.587 std_dev=0.417
O2 B 0, 0.174, 0.626, 1.077, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.626 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.190, 0.649, 1.109, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.649 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.188, 0.662, 1.135, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.662 std_dev=0.474
C5' B 0, 0.160, 0.641, 1.122, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.641 std_dev=0.481
N1 B 0, 0.186, 0.673, 1.160, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.673 std_dev=0.487
P A 0, 0.128, 0.621, 1.115, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.621 std_dev=0.494
C2 B 0, 0.178, 0.675, 1.171, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.675 std_dev=0.496
C3' B 0, 0.165, 0.703, 1.240, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.703 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.131, 0.701, 1.271, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.701 std_dev=0.570
OP1 A 0, 0.125, 0.705, 1.285, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.705 std_dev=0.580
C6 B 0, 0.204, 0.791, 1.379, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.791 std_dev=0.587
N3 B 0, 0.183, 0.778, 1.373, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.778 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.147, 0.780, 1.412, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.780 std_dev=0.632
C5 B 0, 0.217, 0.910, 1.604, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.910 std_dev=0.693
C4 B 0, 0.206, 0.902, 1.598, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.902 std_dev=0.696
OP1 B 0, 0.130, 0.828, 1.527, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.828 std_dev=0.698
O5' B 0, 0.106, 0.805, 1.503, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.805 std_dev=0.699
P B 0, 0.087, 0.829, 1.570, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.829 std_dev=0.742
O4 B 0, 0.235, 1.007, 1.778, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.007 std_dev=0.771
OP2 B 0, 0.278, 1.132, 1.985, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.132 std_dev=0.854

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.13 0.14 0.16 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.07 0.04 0.08 0.07
C5' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.11 0.11 0.13 0.12
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.12 0.13 0.14 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.09 0.07 0.10 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.10 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03
O5' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.11 0.12 0.09 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.14 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.11 0.13 0.07 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.16 0.01 0.03 0.08 0.04 0.08 0.01 0.10 0.09 0.13 0.14 0.10 0.09 0.06 0.03 0.10 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.00 0.08 0.06 0.12 0.13 0.09 0.07 0.04 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.19 0.22 0.08 0.22 0.06 0.18 0.06 0.06 0.09 0.11 0.34 0.35 0.10 0.09 0.04 0.05 0.14 0.11
C2 0.17 0.25 0.07 0.08 0.22 0.09 0.21 0.08 0.20 0.22 0.24 0.27 0.05 0.24 0.21 0.13 0.09 0.06 0.05 0.03
C2' 0.13 0.09 0.20 0.21 0.09 0.23 0.08 0.18 0.08 0.08 0.10 0.12 0.34 0.30 0.10 0.14 0.04 0.05 0.15 0.11
C3' 0.22 0.14 0.28 0.27 0.15 0.29 0.16 0.25 0.17 0.17 0.14 0.12 0.41 0.34 0.15 0.22 0.14 0.15 0.21 0.18
C4 0.06 0.17 0.09 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.16 0.21 0.20 0.31 0.13 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04
C4' 0.19 0.13 0.27 0.30 0.13 0.29 0.13 0.27 0.14 0.15 0.13 0.13 0.42 0.38 0.13 0.19 0.18 0.19 0.20 0.21
C5 0.11 0.19 0.07 0.13 0.17 0.10 0.16 0.06 0.15 0.16 0.19 0.22 0.16 0.31 0.15 0.11 0.11 0.10 0.02 0.02
C5' 0.16 0.08 0.26 0.30 0.07 0.29 0.08 0.28 0.10 0.11 0.08 0.09 0.42 0.39 0.08 0.19 0.22 0.22 0.17 0.22
C6 0.17 0.24 0.08 0.10 0.23 0.06 0.23 0.02 0.22 0.22 0.24 0.25 0.10 0.28 0.21 0.18 0.15 0.15 0.04 0.05
C8 0.04 0.12 0.12 0.18 0.09 0.15 0.07 0.10 0.07 0.08 0.11 0.16 0.25 0.35 0.08 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03
N1 0.20 0.26 0.10 0.07 0.26 0.05 0.25 0.02 0.24 0.25 0.26 0.27 0.06 0.24 0.24 0.21 0.15 0.13 0.05 0.05
N3 0.08 0.19 0.06 0.13 0.16 0.15 0.13 0.12 0.11 0.14 0.19 0.23 0.16 0.27 0.16 0.03 0.04 0.02 0.08 0.06
N6 0.19 0.25 0.10 0.09 0.26 0.05 0.26 0.04 0.25 0.24 0.25 0.26 0.10 0.28 0.24 0.22 0.20 0.20 0.08 0.09
N7 0.08 0.16 0.09 0.15 0.14 0.11 0.13 0.07 0.13 0.13 0.15 0.19 0.20 0.34 0.12 0.09 0.10 0.11 0.02 0.01
N9 0.03 0.11 0.13 0.19 0.09 0.18 0.06 0.13 0.05 0.06 0.11 0.16 0.27 0.34 0.09 0.01 0.03 0.01 0.09 0.06
O2' 0.11 0.09 0.16 0.16 0.09 0.19 0.08 0.12 0.07 0.07 0.10 0.12 0.31 0.25 0.11 0.10 0.06 0.05 0.12 0.06
O3' 0.23 0.17 0.29 0.28 0.18 0.29 0.19 0.25 0.19 0.19 0.17 0.15 0.43 0.35 0.19 0.22 0.13 0.15 0.21 0.17
O4' 0.11 0.08 0.21 0.26 0.08 0.24 0.07 0.21 0.07 0.07 0.09 0.09 0.35 0.38 0.10 0.11 0.11 0.12 0.15 0.15
O5' 0.10 0.05 0.19 0.27 0.06 0.24 0.03 0.25 0.05 0.05 0.07 0.07 0.31 0.38 0.08 0.14 0.22 0.22 0.13 0.21
OP1 0.11 0.06 0.11 0.20 0.10 0.19 0.08 0.22 0.07 0.07 0.09 0.02 0.17 0.29 0.15 0.13 0.23 0.25 0.03 0.18
OP2 0.08 0.03 0.10 0.18 0.05 0.16 0.02 0.19 0.03 0.03 0.06 0.07 0.14 0.27 0.08 0.13 0.19 0.21 0.03 0.16
P 0.09 0.04 0.15 0.23 0.05 0.21 0.01 0.23 0.03 0.04 0.06 0.07 0.22 0.32 0.08 0.13 0.23 0.24 0.08 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.11 0.08 0.02 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.16 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.19 0.00 0.01 0.23 0.18 0.09 0.19
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.12 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.19 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.01 0.26 0.20 0.07 0.20
C5' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.14 0.06 0.09 0.02 0.03 0.06 0.18 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.00 0.21 0.14 0.01 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.12 0.08 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.01 0.17 0.13 0.05 0.13
O2 0.04 0.00 0.12 0.07 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.10 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.09 0.22 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.02
O3' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.03 0.22 0.06 0.17 0.06 0.09 0.10 0.01 0.00 0.24 0.03 0.12 0.03 0.25 0.03
O4 0.01 0.00 0.06 0.19 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.01 0.26 0.22 0.14 0.24
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.11 0.07
O5' 0.03 0.11 0.05 0.08 0.23 0.01 0.26 0.01 0.21 0.12 0.17 0.05 0.02 0.12 0.26 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.01 0.01 0.18 0.07 0.20 0.09 0.14 0.08 0.13 0.03 0.06 0.03 0.22 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.02 0.07 0.15 0.09 0.07 0.07 0.07 0.01 0.03 0.05 0.04 0.10 0.25 0.14 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.02 0.19 0.02 0.20 0.01 0.12 0.05 0.13 0.03 0.02 0.03 0.24 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00