ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53706

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.026, 0.109, 0.192, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.109 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.007, 0.090, 0.174, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.090 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.033, 0.127, 0.220, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.127 std_dev=0.094
C1' B 0, 0.025, 0.125, 0.225, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.125 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.038, 0.170, 0.303, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.170 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.034, 0.222, 0.410, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.222 std_dev=0.188
O2 B 0, 0.062, 0.277, 0.492, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.277 std_dev=0.215
O2' A 0, 0.005, 0.229, 0.452, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.229 std_dev=0.223
O4' B 0, -0.016, 0.223, 0.463, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.223 std_dev=0.239
P B 0, 0.006, 0.247, 0.487, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.247 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.011, 0.256, 0.502, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.256 std_dev=0.246
O5' B 0, -0.014, 0.245, 0.503, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.245 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.032, 0.292, 0.553, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.292 std_dev=0.260
P A 0, 0.038, 0.317, 0.595, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.317 std_dev=0.278
C3' B 0, -0.037, 0.244, 0.525, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.244 std_dev=0.281
OP2 B 0, -0.012, 0.278, 0.568, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.278 std_dev=0.290
C4' B 0, -0.043, 0.265, 0.572, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.265 std_dev=0.308
O3' B 0, 0.024, 0.333, 0.642, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.333 std_dev=0.309
OP1 B 0, 0.004, 0.344, 0.684, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.344 std_dev=0.340
C5' B 0, -0.037, 0.330, 0.698, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.330 std_dev=0.367
C3' A 0, -0.055, 0.319, 0.692, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.319 std_dev=0.374
C2' B 0, -0.060, 0.331, 0.722, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.331 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.001, 0.399, 0.797, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.399 std_dev=0.398
C6 B 0, -0.026, 0.385, 0.795, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.385 std_dev=0.411
C4 B 0, -0.050, 0.480, 1.010, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.480 std_dev=0.530
C5 B 0, -0.054, 0.486, 1.027, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.486 std_dev=0.541
O4 B 0, -0.074, 0.554, 1.182, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.554 std_dev=0.628
O2' B 0, -0.136, 0.640, 1.416, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.640 std_dev=0.776
O3' A 0, -0.076, 0.776, 1.628, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.776 std_dev=0.852
OP2 A 0, 0.486, 1.658, 2.831, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.658 std_dev=1.172
OP1 A 0, 0.540, 1.854, 3.167, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.854 std_dev=1.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.00 0.01 0.21 0.20 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.47 0.04 0.03 0.25 0.29 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.14 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04 0.09 0.14 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.06 0.17 0.02 0.07 0.08 0.16 0.07 0.04 0.01 0.03 0.07 0.20 0.04 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.31 0.02 0.01 0.31 0.30 0.02
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.01 0.00 0.40 0.36 0.04
C5' 0.04 0.04 0.14 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.19 0.01 0.00 0.25 0.23 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.28 0.03 0.02 0.39 0.37 0.03
C8 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.03 0.43 0.35 0.07
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.39 0.03 0.03 0.33 0.33 0.01
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.47 0.04 0.03 0.22 0.26 0.02
N6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.24 0.03 0.02 0.45 0.41 0.03
N7 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.47 0.39 0.07
N9 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.20 0.00 0.00 0.32 0.29 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.08 0.09 0.06 0.00 0.11 0.03 0.06 0.09 0.02 0.04
O3' 0.26 0.47 0.07 0.01 0.31 0.01 0.22 0.19 0.28 0.03 0.39 0.47 0.24 0.07 0.20 0.11 0.00 0.16 0.39 0.43 0.49 0.50
O4' 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.00 0.27 0.24 0.02
O5' 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.39 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.21 0.25 0.09 0.20 0.31 0.14 0.40 0.25 0.39 0.43 0.33 0.22 0.45 0.47 0.32 0.09 0.43 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.29 0.14 0.04 0.30 0.12 0.36 0.23 0.37 0.35 0.33 0.26 0.41 0.39 0.29 0.02 0.49 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.03 0.13 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.04 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.14 0.24 0.20 0.27 0.29 0.29 0.25 0.11 0.08 0.09 0.20 0.25 0.22 0.14 0.14 0.09 0.11 0.05
C2 0.04 0.05 0.04 0.23 0.18 0.27 0.23 0.26 0.21 0.11 0.10 0.06 0.29 0.21 0.19 0.19 0.16 0.04 0.01 0.01
C2' 0.01 0.05 0.12 0.17 0.14 0.21 0.25 0.26 0.21 0.06 0.01 0.17 0.17 0.19 0.16 0.08 0.10 0.12 0.16 0.08
C3' 0.17 0.08 0.33 0.40 0.26 0.43 0.41 0.50 0.39 0.21 0.11 0.07 0.03 0.43 0.27 0.26 0.34 0.16 0.10 0.19
C4 0.04 0.07 0.07 0.24 0.25 0.27 0.31 0.28 0.26 0.14 0.13 0.06 0.28 0.23 0.27 0.17 0.16 0.02 0.05 0.01
C4' 0.07 0.04 0.19 0.28 0.16 0.29 0.26 0.31 0.23 0.11 0.06 0.09 0.18 0.31 0.18 0.14 0.14 0.11 0.13 0.06
C5 0.04 0.11 0.02 0.24 0.29 0.27 0.33 0.27 0.28 0.15 0.18 0.06 0.35 0.22 0.32 0.19 0.17 0.01 0.03 0.00
C5' 0.06 0.07 0.15 0.25 0.23 0.26 0.31 0.25 0.26 0.13 0.12 0.06 0.24 0.26 0.27 0.13 0.11 0.17 0.14 0.09
C6 0.03 0.12 0.05 0.22 0.28 0.25 0.31 0.25 0.25 0.15 0.19 0.06 0.40 0.20 0.31 0.19 0.16 0.03 0.00 0.02
C8 0.05 0.09 0.06 0.24 0.30 0.27 0.36 0.28 0.29 0.15 0.17 0.06 0.30 0.23 0.34 0.18 0.16 0.05 0.06 0.03
N1 0.03 0.10 0.04 0.22 0.22 0.24 0.25 0.23 0.21 0.13 0.15 0.05 0.38 0.19 0.24 0.19 0.16 0.05 0.01 0.02
N3 0.04 0.04 0.09 0.24 0.19 0.27 0.26 0.29 0.23 0.11 0.09 0.07 0.24 0.22 0.20 0.16 0.16 0.01 0.05 0.01
N6 0.03 0.14 0.10 0.20 0.31 0.22 0.31 0.22 0.24 0.15 0.23 0.07 0.46 0.18 0.35 0.19 0.16 0.05 0.02 0.03
N7 0.05 0.12 0.02 0.24 0.32 0.27 0.37 0.28 0.30 0.17 0.20 0.06 0.35 0.22 0.37 0.19 0.17 0.02 0.04 0.01
N9 0.05 0.06 0.10 0.24 0.25 0.27 0.33 0.29 0.27 0.14 0.13 0.07 0.26 0.24 0.28 0.16 0.15 0.05 0.08 0.03
O2' 0.03 0.00 0.16 0.12 0.19 0.16 0.29 0.20 0.24 0.09 0.05 0.11 0.07 0.12 0.22 0.07 0.05 0.21 0.22 0.15
O3' 0.65 0.47 0.86 0.90 0.58 0.93 0.76 1.00 0.80 0.64 0.45 0.35 0.57 0.95 0.53 0.72 0.82 0.62 0.51 0.65
O4' 0.07 0.06 0.16 0.29 0.20 0.30 0.28 0.30 0.25 0.13 0.10 0.07 0.23 0.30 0.22 0.16 0.15 0.09 0.11 0.05
O5' 0.08 0.03 0.21 0.30 0.16 0.30 0.26 0.31 0.24 0.11 0.06 0.09 0.17 0.33 0.17 0.15 0.14 0.11 0.14 0.06
OP1 0.14 0.16 0.08 0.20 0.11 0.20 0.20 0.22 0.16 0.10 0.11 0.28 0.39 0.22 0.13 0.11 0.08 0.17 0.19 0.12
OP2 0.24 0.21 0.34 0.42 0.25 0.42 0.33 0.39 0.32 0.24 0.20 0.25 0.19 0.46 0.25 0.29 0.21 0.10 0.13 0.06
P 0.06 0.02 0.18 0.29 0.17 0.29 0.27 0.31 0.24 0.10 0.05 0.11 0.20 0.32 0.18 0.14 0.14 0.10 0.13 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.18 0.08 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.05 0.01 0.38 0.52 0.50 0.44
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.23 0.00 0.28 0.02 0.26 0.14 0.15 0.04 0.01 0.01 0.23 0.01 0.04 0.20 0.05 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.23 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.00 0.00 0.05 0.06 0.11 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.06 0.05 0.02 0.22 0.05 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.28 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.28 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04
C5' 0.06 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.26 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.25 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.13 0.01 0.01 0.05 0.08 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06
O2 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.32 0.22 0.31 0.02 0.25 0.18 0.26 0.08 0.00 0.09 0.34 0.15 0.31 0.48 0.58 0.41
O3' 0.01 0.08 0.05 0.01 0.22 0.05 0.28 0.04 0.25 0.13 0.14 0.01 0.09 0.00 0.24 0.03 0.03 0.26 0.10 0.12
O4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.24 0.00 0.00 0.06 0.09 0.15 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.15 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06
O5' 0.13 0.03 0.38 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.31 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.18 0.04 0.52 0.20 0.06 0.06 0.04 0.01 0.04 0.08 0.02 0.07 0.48 0.26 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.03 0.50 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.04 0.05 0.08 0.03 0.58 0.10 0.15 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.02 0.44 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.41 0.12 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00