ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53709

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.013, 0.047, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.049 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.019, 0.066, 0.112, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.066 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.041, 0.140, 0.240, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.140 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.027, 0.163, 0.299, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.163 std_dev=0.136
O4' A 0, 0.004, 0.154, 0.304, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.154 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.037, 0.227, 0.417, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.227 std_dev=0.190
O5' A 0, 0.062, 0.277, 0.491, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.277 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.087, 0.305, 0.523, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.305 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.012, 0.232, 0.452, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.232 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.096, 0.329, 0.563, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.329 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.092, 0.331, 0.570, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.331 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.105, 0.369, 0.632, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.369 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.114, 0.392, 0.670, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.392 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.108, 0.401, 0.695, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.401 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.106, 0.404, 0.703, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.404 std_dev=0.299
N3 B 0, 0.096, 0.402, 0.709, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.402 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.109, 0.419, 0.729, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.419 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.126, 0.446, 0.765, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.446 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.127, 0.477, 0.827, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.477 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.108, 0.464, 0.819, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.464 std_dev=0.356
P B 0, 0.119, 0.491, 0.864, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.491 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.139, 0.525, 0.910, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.525 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.129, 0.517, 0.905, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.517 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.076, 0.497, 0.918, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.497 std_dev=0.421
C4 B 0, 0.086, 0.510, 0.934, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.510 std_dev=0.424
C5' A 0, -0.038, 0.388, 0.814, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.388 std_dev=0.426
C5 B 0, 0.107, 0.543, 0.979, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.543 std_dev=0.436
O4 B 0, 0.082, 0.660, 1.238, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.660 std_dev=0.578
O3' B 0, 0.118, 0.757, 1.396, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.757 std_dev=0.639
OP1 B 0, 0.095, 0.737, 1.379, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.737 std_dev=0.642
P A 0, 0.036, 0.697, 1.358, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.697 std_dev=0.661
OP1 A 0, 0.051, 0.836, 1.620, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.836 std_dev=0.785
OP2 A 0, -0.003, 0.983, 1.969, 2.331 max_d=2.331 avg_d=0.983 std_dev=0.986

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.22 0.04 0.14
C2 0.05 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.05 0.01 0.06 0.26 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.08 0.25 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.06 0.35 0.16
C4 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01 0.06 0.24 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.22 0.01 0.12
C5 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.02 0.04 0.31 0.10
C5' 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.09 0.11 0.04 0.16 0.13 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00
C6 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.02 0.06 0.35 0.12
C8 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.25 0.07
N1 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.03 0.01 0.03 0.32 0.08
N3 0.05 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.01 0.10 0.21 0.03
N6 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.08 0.02 0.03 0.12 0.40 0.16
N7 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04 0.03 0.09 0.34 0.13
N9 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.18 0.03
O2' 0.00 0.11 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.04 0.12 0.08 0.11 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.26 0.09 0.14
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.04 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.23 0.07 0.36 0.17
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00 0.14 0.32 0.13 0.26
O5' 0.04 0.01 0.11 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.23 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.06 0.08 0.06 0.06 0.22 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.10 0.12 0.09 0.08 0.26 0.07 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.26 0.25 0.35 0.24 0.01 0.31 0.03 0.35 0.25 0.32 0.21 0.40 0.34 0.18 0.09 0.36 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.04 0.03 0.16 0.03 0.12 0.10 0.00 0.12 0.07 0.08 0.03 0.16 0.13 0.03 0.14 0.17 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.21 0.09 0.17 0.01 0.22 0.06 0.26 0.26 0.20 0.28 0.31 0.57 0.09 0.33 0.16 0.12 0.02 0.05
C2 0.22 0.27 0.12 0.16 0.31 0.08 0.36 0.02 0.36 0.30 0.28 0.24 0.24 0.55 0.28 0.32 0.14 0.11 0.03 0.06
C2' 0.21 0.13 0.17 0.16 0.05 0.03 0.12 0.06 0.18 0.17 0.08 0.17 0.28 0.65 0.05 0.31 0.12 0.16 0.04 0.05
C3' 0.18 0.12 0.13 0.23 0.06 0.06 0.13 0.03 0.18 0.16 0.08 0.16 0.25 0.73 0.03 0.28 0.08 0.13 0.05 0.03
C4 0.21 0.24 0.13 0.16 0.24 0.06 0.29 0.02 0.30 0.26 0.24 0.24 0.27 0.58 0.19 0.30 0.13 0.10 0.01 0.05
C4' 0.26 0.24 0.21 0.14 0.17 0.02 0.22 0.04 0.26 0.26 0.20 0.28 0.31 0.65 0.09 0.33 0.14 0.11 0.01 0.04
C5 0.21 0.26 0.13 0.17 0.30 0.07 0.35 0.04 0.34 0.28 0.27 0.24 0.29 0.54 0.26 0.30 0.14 0.11 0.08 0.09
C5' 0.21 0.23 0.13 0.24 0.19 0.10 0.23 0.05 0.25 0.23 0.21 0.26 0.24 0.76 0.12 0.27 0.08 0.03 0.06 0.02
C6 0.21 0.28 0.12 0.17 0.36 0.08 0.42 0.06 0.39 0.30 0.31 0.24 0.29 0.50 0.34 0.31 0.16 0.14 0.13 0.14
C8 0.21 0.24 0.14 0.16 0.23 0.06 0.27 0.03 0.29 0.25 0.23 0.24 0.30 0.58 0.17 0.29 0.13 0.09 0.03 0.06
N1 0.21 0.28 0.12 0.17 0.38 0.08 0.43 0.05 0.41 0.31 0.32 0.24 0.26 0.49 0.36 0.32 0.16 0.14 0.11 0.12
N3 0.21 0.24 0.13 0.15 0.24 0.07 0.28 0.03 0.29 0.26 0.23 0.24 0.24 0.59 0.18 0.30 0.13 0.09 0.03 0.03
N6 0.20 0.29 0.12 0.18 0.41 0.10 0.46 0.10 0.42 0.31 0.34 0.23 0.29 0.44 0.40 0.29 0.18 0.18 0.21 0.20
N7 0.21 0.25 0.13 0.17 0.28 0.07 0.33 0.05 0.33 0.27 0.26 0.24 0.30 0.55 0.24 0.29 0.14 0.11 0.08 0.09
N9 0.21 0.23 0.15 0.15 0.20 0.05 0.25 0.03 0.27 0.24 0.21 0.24 0.28 0.60 0.13 0.30 0.13 0.09 0.01 0.04
O2' 0.30 0.17 0.30 0.03 0.04 0.10 0.12 0.16 0.21 0.22 0.09 0.22 0.39 0.49 0.07 0.39 0.20 0.23 0.01 0.10
O3' 0.21 0.11 0.18 0.20 0.03 0.06 0.10 0.09 0.16 0.15 0.08 0.16 0.29 0.70 0.09 0.32 0.11 0.20 0.05 0.08
O4' 0.28 0.29 0.23 0.09 0.23 0.01 0.27 0.06 0.30 0.30 0.25 0.32 0.32 0.58 0.15 0.34 0.18 0.11 0.02 0.06
O5' 0.24 0.21 0.20 0.12 0.13 0.01 0.18 0.05 0.23 0.22 0.16 0.25 0.36 0.58 0.03 0.31 0.14 0.10 0.02 0.04
OP1 0.07 0.11 0.06 0.21 0.17 0.09 0.08 0.02 0.03 0.03 0.17 0.16 0.21 0.66 0.30 0.18 0.08 0.10 0.10 0.02
OP2 0.40 0.29 0.40 0.15 0.19 0.26 0.28 0.34 0.36 0.35 0.21 0.31 0.59 0.24 0.07 0.50 0.40 0.40 0.23 0.31
P 0.16 0.09 0.14 0.13 0.03 0.02 0.07 0.08 0.13 0.11 0.06 0.15 0.30 0.55 0.15 0.25 0.15 0.14 0.03 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.14 0.01 0.01 0.06 0.02 0.30 0.16
C2 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.05 0.01 0.01 0.13 0.11 0.15 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.28 0.16
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.36 0.01 0.40 0.01 0.35 0.21 0.26 0.05 0.00 0.00 0.40 0.01 0.06 0.23 0.10 0.11
C4 0.00 0.01 0.05 0.36 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.26 0.00 0.02 0.34 0.23 0.09 0.18
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.18 0.09 0.10 0.01 0.20 0.01 0.17 0.01 0.01 0.13 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.40 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.34 0.01 0.03 0.38 0.23 0.06 0.19
C5' 0.02 0.10 0.05 0.01 0.24 0.00 0.28 0.00 0.24 0.12 0.17 0.03 0.14 0.11 0.27 0.03 0.01 0.11 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.35 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.28 0.01 0.03 0.28 0.15 0.11 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.01 0.01 0.13 0.09 0.19 0.04
N3 0.00 0.00 0.04 0.26 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.10 0.01 0.01 0.23 0.17 0.09 0.10
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.38 0.24 0.01 0.03 0.05 0.07 0.20 0.07
O2' 0.03 0.30 0.00 0.00 0.24 0.20 0.15 0.14 0.10 0.17 0.30 0.38 0.00 0.07 0.24 0.13 0.02 0.20 0.21 0.03
O3' 0.14 0.05 0.01 0.00 0.26 0.01 0.34 0.11 0.28 0.06 0.10 0.24 0.07 0.00 0.31 0.07 0.23 0.57 0.38 0.36
O4 0.01 0.01 0.07 0.40 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.31 0.00 0.03 0.39 0.28 0.17 0.24
O4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.07 0.03 0.00 0.12 0.07 0.38 0.24
O5' 0.06 0.13 0.14 0.06 0.34 0.01 0.38 0.01 0.28 0.13 0.23 0.05 0.02 0.23 0.39 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.11 0.02 0.23 0.23 0.13 0.23 0.11 0.15 0.09 0.17 0.07 0.20 0.57 0.28 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.15 0.28 0.10 0.09 0.09 0.06 0.03 0.11 0.19 0.09 0.20 0.21 0.38 0.17 0.38 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.04 0.16 0.11 0.18 0.03 0.19 0.01 0.07 0.04 0.10 0.07 0.03 0.36 0.24 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00