ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53710

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP1 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
P B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O4' B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C5' B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
OP2 A 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
P A 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
N1 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O2 B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O4 B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
OP1 A 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O3' B 0, 0.000, 0.382, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C2' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O2' B 0, 0.000, 0.547, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.547 std_dev=0.547

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.08 0.05 0.12 0.11 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03
N6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.04
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.05 0.00 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.07 0.04 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.10 0.05 0.01 0.17 0.04 0.16 0.09 0.13 0.10 0.14 0.06 0.11 0.03 0.19 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03
C2 0.06 0.05 0.06 0.09 0.11 0.11 0.13 0.11 0.08 0.01 0.02 0.12 0.04 0.09 0.13 0.09 0.09 0.04 0.03 0.02
C2' 0.09 0.11 0.07 0.03 0.16 0.01 0.16 0.07 0.14 0.11 0.14 0.08 0.12 0.07 0.17 0.03 0.03 0.10 0.07 0.05
C3' 0.09 0.11 0.07 0.04 0.17 0.00 0.18 0.06 0.15 0.12 0.14 0.07 0.12 0.07 0.19 0.03 0.01 0.10 0.09 0.06
C4 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.14 0.10 0.09 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.16 0.06 0.08 0.06 0.00 0.00
C4' 0.06 0.09 0.05 0.01 0.17 0.04 0.17 0.09 0.13 0.10 0.14 0.05 0.11 0.03 0.20 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03
C5 0.05 0.05 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.04 0.02 0.00 0.10 0.02 0.07 0.12 0.09 0.09 0.05 0.02 0.02
C5' 0.08 0.11 0.07 0.02 0.20 0.02 0.20 0.06 0.16 0.12 0.15 0.06 0.12 0.04 0.23 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
C6 0.10 0.11 0.10 0.11 0.02 0.12 0.05 0.12 0.01 0.08 0.07 0.16 0.09 0.11 0.07 0.12 0.10 0.03 0.05 0.03
C8 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.07 0.11 0.10 0.08 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.15 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00
N1 0.11 0.12 0.12 0.12 0.03 0.13 0.07 0.12 0.00 0.09 0.07 0.17 0.10 0.13 0.08 0.12 0.11 0.02 0.05 0.04
N3 0.00 0.03 0.01 0.04 0.15 0.07 0.16 0.10 0.12 0.05 0.09 0.05 0.03 0.04 0.16 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01
N6 0.13 0.15 0.14 0.14 0.06 0.13 0.03 0.13 0.07 0.12 0.13 0.18 0.13 0.14 0.02 0.13 0.12 0.02 0.07 0.05
N7 0.04 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.11 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01
N9 0.02 0.05 0.02 0.02 0.15 0.06 0.14 0.10 0.10 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.04 0.07 0.07 0.02 0.01
O2' 0.07 0.11 0.05 0.01 0.15 0.04 0.14 0.12 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.06 0.16 0.00 0.08 0.04 0.03 0.00
O3' 0.09 0.11 0.07 0.04 0.16 0.00 0.17 0.06 0.15 0.11 0.13 0.07 0.12 0.08 0.18 0.04 0.02 0.09 0.09 0.06
O4' 0.06 0.09 0.05 0.01 0.16 0.04 0.15 0.09 0.12 0.09 0.13 0.05 0.11 0.03 0.19 0.01 0.05 0.08 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.13 0.06 0.13 0.10 0.10 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.16 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03
OP1 0.03 0.04 0.03 0.01 0.10 0.05 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.00 0.08 0.01 0.12 0.03 0.05 0.09 0.08 0.05
OP2 0.06 0.05 0.06 0.10 0.03 0.13 0.03 0.17 0.00 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.11 0.13 0.01 0.02 0.04
P 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.08 0.09 0.12 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.11 0.06 0.08 0.06 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.04 0.06
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.04 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.03 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.16 0.03 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.17 0.03 0.08
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.16 0.03 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.03 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.03 0.06
O2 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.05 0.13 0.04 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.02 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.13 0.05 0.06
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.17 0.04 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.08
O5' 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.15 0.09 0.08 0.16 0.11 0.17 0.01 0.16 0.15 0.15 0.13 0.11 0.13 0.17 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.00 0.08 0.07 0.06 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00