ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53711

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N1 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.000, 0.241, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O4' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C2' A 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O2' A 0, 0.000, 0.322, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O2 B 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C3' B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.000, 0.390, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.390 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.000, 0.390, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C4' A 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
O5' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
O4' B 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4 B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.000, 0.473, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.000, 0.535, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.535 std_dev=0.535
OP1 B 0, 0.000, 0.552, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C5' A 0, 0.000, 0.600, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.600 std_dev=0.600
O5' A 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
O3' A 0, 0.000, 0.663, 1.327, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.663 std_dev=0.663
P A 0, 0.000, 1.341, 2.682, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.341 std_dev=1.341
OP1 A 0, 0.000, 1.656, 3.311, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.656 std_dev=1.656
OP2 A 0, 0.000, 1.684, 3.368, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.684 std_dev=1.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.16 0.15 0.03
C2 0.03 0.00 0.18 0.19 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.27 0.03 0.20 0.08 0.56 0.34
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.16 0.18 0.10 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.23 0.00 0.34 0.20
C3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.02 0.11 0.07 0.16 0.18 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.17 0.34 0.30
C4 0.02 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.19 0.11 0.50 0.32
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.07
C5 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.25 0.27 0.64 0.45
C5' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.26 0.31 0.72 0.50
C8 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.21 0.25 0.48 0.38
N1 0.03 0.00 0.16 0.16 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.23 0.02 0.24 0.21 0.67 0.44
N3 0.03 0.00 0.18 0.18 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.24 0.03 0.16 0.00 0.45 0.25
N6 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.29 0.42 0.80 0.58
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.26 0.37 0.64 0.50
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.06 0.38 0.24
O2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.15 0.16 0.10 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.21 0.17 0.03
O3' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.13 0.01 0.09 0.04 0.15 0.06 0.23 0.24 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.36 0.20 0.34 0.30
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.16 0.27 0.13 0.16
O5' 0.04 0.20 0.23 0.34 0.19 0.00 0.25 0.01 0.26 0.21 0.24 0.16 0.29 0.26 0.15 0.12 0.36 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.08 0.00 0.17 0.11 0.13 0.27 0.14 0.31 0.25 0.21 0.00 0.42 0.37 0.06 0.21 0.20 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.56 0.34 0.34 0.50 0.10 0.64 0.22 0.72 0.48 0.67 0.45 0.80 0.64 0.38 0.17 0.34 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.34 0.20 0.30 0.32 0.07 0.45 0.01 0.50 0.38 0.44 0.25 0.58 0.50 0.24 0.03 0.30 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.17 0.08 0.18 0.14 0.21 0.06 0.29 0.02 0.07 0.19 0.24 0.03 0.10 0.17 0.10 0.25 0.28 0.18 0.19
C2 0.02 0.14 0.08 0.18 0.14 0.29 0.07 0.37 0.02 0.05 0.17 0.18 0.01 0.12 0.18 0.22 0.29 0.21 0.16 0.18
C2' 0.25 0.35 0.12 0.03 0.30 0.03 0.23 0.08 0.21 0.27 0.36 0.41 0.15 0.12 0.33 0.15 0.04 0.10 0.01 0.01
C3' 0.26 0.36 0.14 0.06 0.34 0.08 0.29 0.02 0.26 0.30 0.37 0.39 0.14 0.11 0.37 0.19 0.05 0.05 0.12 0.11
C4 0.03 0.14 0.10 0.22 0.14 0.30 0.06 0.37 0.01 0.04 0.18 0.19 0.04 0.16 0.19 0.21 0.30 0.25 0.19 0.20
C4' 0.11 0.23 0.01 0.08 0.22 0.05 0.16 0.09 0.12 0.15 0.25 0.27 0.01 0.04 0.25 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01
C5 0.06 0.13 0.11 0.23 0.17 0.31 0.08 0.38 0.02 0.03 0.19 0.16 0.04 0.18 0.22 0.24 0.30 0.23 0.17 0.19
C5' 0.08 0.19 0.03 0.11 0.21 0.07 0.15 0.09 0.11 0.13 0.23 0.21 0.04 0.08 0.25 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03
C6 0.07 0.11 0.10 0.21 0.18 0.31 0.10 0.37 0.03 0.02 0.19 0.12 0.03 0.18 0.25 0.26 0.30 0.19 0.15 0.16
C8 0.04 0.14 0.11 0.23 0.15 0.29 0.06 0.36 0.00 0.03 0.19 0.18 0.05 0.17 0.20 0.21 0.29 0.26 0.19 0.20
N1 0.05 0.12 0.08 0.19 0.17 0.29 0.10 0.36 0.04 0.04 0.19 0.13 0.01 0.15 0.23 0.25 0.29 0.18 0.14 0.16
N3 0.01 0.15 0.09 0.20 0.12 0.30 0.05 0.38 0.01 0.05 0.17 0.20 0.03 0.12 0.15 0.19 0.30 0.25 0.19 0.21
N6 0.09 0.09 0.11 0.22 0.20 0.31 0.12 0.37 0.03 0.01 0.18 0.07 0.03 0.20 0.28 0.27 0.29 0.17 0.13 0.15
N7 0.06 0.13 0.11 0.23 0.17 0.31 0.08 0.37 0.01 0.03 0.19 0.16 0.04 0.19 0.23 0.24 0.30 0.24 0.17 0.19
N9 0.02 0.15 0.10 0.22 0.14 0.28 0.06 0.35 0.01 0.05 0.19 0.21 0.05 0.15 0.18 0.18 0.29 0.27 0.19 0.21
O2' 0.30 0.38 0.17 0.11 0.30 0.13 0.23 0.00 0.22 0.30 0.36 0.45 0.20 0.23 0.31 0.23 0.00 0.13 0.00 0.01
O3' 0.40 0.46 0.28 0.21 0.45 0.26 0.41 0.21 0.39 0.42 0.47 0.49 0.26 0.25 0.47 0.36 0.24 0.23 0.30 0.29
O4' 0.03 0.12 0.13 0.22 0.11 0.21 0.04 0.26 0.01 0.03 0.15 0.18 0.12 0.17 0.15 0.12 0.23 0.24 0.16 0.16
O5' 0.09 0.00 0.14 0.20 0.04 0.27 0.11 0.35 0.13 0.08 0.01 0.06 0.07 0.09 0.01 0.23 0.32 0.32 0.28 0.29
OP1 0.19 0.19 0.22 0.21 0.13 0.09 0.10 0.04 0.12 0.16 0.16 0.23 0.29 0.31 0.13 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06
OP2 0.36 0.37 0.34 0.35 0.44 0.46 0.47 0.54 0.45 0.40 0.39 0.31 0.26 0.22 0.43 0.50 0.53 0.47 0.52 0.51
P 0.14 0.12 0.13 0.15 0.17 0.26 0.21 0.32 0.20 0.16 0.13 0.06 0.05 0.04 0.16 0.28 0.31 0.27 0.28 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01 0.04 0.12 0.07 0.11 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.13 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.17 0.08 0.07
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.15 0.11 0.16 0.10
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.11 0.15 0.09
C5' 0.03 0.08 0.03 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.08 0.07 0.10 0.06 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.12 0.09 0.11 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.09 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.14 0.09 0.14 0.08
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.06 0.10 0.06 0.09 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.09 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.22 0.16 0.11
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.14 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.11 0.18 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.08 0.11
O5' 0.07 0.12 0.09 0.05 0.15 0.00 0.14 0.01 0.12 0.11 0.14 0.10 0.09 0.05 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.07 0.18 0.17 0.11 0.02 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.06 0.22 0.14 0.11 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.13 0.08 0.16 0.02 0.15 0.01 0.11 0.09 0.14 0.09 0.16 0.08 0.18 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.05 0.09 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.06 0.04 0.08 0.04 0.11 0.05 0.11 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00