ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53715

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O5' B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
OP2 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
P B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O4' A 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C2' A 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
O2 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O2' A 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.000, 0.495, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C3' B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C4' A 0, 0.000, 0.512, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.512 std_dev=0.512
O2' B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C3' A 0, 0.000, 0.611, 1.221, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.611 std_dev=0.611
O4' B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O3' A 0, 0.000, 0.861, 1.722, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.861 std_dev=0.861
C2 B 0, 0.000, 0.861, 1.722, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.861 std_dev=0.861
C5' A 0, 0.000, 0.916, 1.833, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.916 std_dev=0.916
N1 B 0, 0.000, 0.920, 1.840, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.920 std_dev=0.920
O5' A 0, 0.000, 1.065, 2.131, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.065 std_dev=1.065
O3' B 0, 0.000, 1.096, 2.192, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.096 std_dev=1.096
P A 0, 0.000, 1.331, 2.661, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.331 std_dev=1.331
OP2 A 0, 0.000, 1.352, 2.705, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.352 std_dev=1.352
N3 B 0, 0.000, 1.425, 2.850, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.425 std_dev=1.425
OP1 A 0, 0.000, 1.500, 3.000, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.500 std_dev=1.500
C6 B 0, 0.000, 1.515, 3.029, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.515 std_dev=1.515
C4 B 0, 0.000, 2.033, 4.066, 4.066 max_d=4.066 avg_d=2.033 std_dev=2.033
C5 B 0, 0.000, 2.062, 4.125, 4.125 max_d=4.125 avg_d=2.062 std_dev=2.062
O4 B 0, 0.000, 2.472, 4.943, 4.943 max_d=4.943 avg_d=2.472 std_dev=2.472

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.17 0.19 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.24 0.02 0.10 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.09 0.12 0.17 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.06 0.15 0.14 0.18 0.02 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.07 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
C5' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.04 0.07 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04
C8 0.00 0.00 0.09 0.15 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.15 0.13 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.18 0.02 0.06 0.09 0.12 0.09
N3 0.00 0.00 0.17 0.18 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.22 0.02 0.09 0.10 0.14 0.11
N6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.12 0.11 0.08 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
O2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.11 0.14 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01
O3' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.18 0.22 0.03 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04
O5' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.15 0.06 0.09 0.02 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.12 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.13 0.09 0.10 0.00 0.11 0.03 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.15 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.09 0.12 0.14 0.03 0.08 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.12 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.09 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.46 0.02 0.18 0.88 0.04 0.98 0.03 0.81 0.52 0.65 0.26 0.03 0.31 0.97 0.25 0.15 0.13 0.11 0.14
C2 0.24 0.57 0.04 0.29 1.13 0.29 1.24 0.19 1.02 0.64 0.83 0.27 0.06 0.60 1.21 0.12 0.10 0.03 0.05 0.02
C2' 0.05 0.19 0.23 0.40 0.60 0.34 0.69 0.29 0.50 0.22 0.38 0.01 0.26 0.49 0.70 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07
C3' 0.12 0.08 0.29 0.41 0.46 0.36 0.53 0.35 0.35 0.11 0.26 0.08 0.31 0.46 0.56 0.18 0.23 0.29 0.29 0.26
C4 0.25 0.54 0.03 0.26 1.10 0.18 1.22 0.10 0.99 0.61 0.80 0.27 0.02 0.51 1.21 0.19 0.14 0.04 0.08 0.08
C4' 0.09 0.26 0.11 0.22 0.60 0.10 0.66 0.09 0.51 0.30 0.41 0.11 0.15 0.24 0.68 0.09 0.05 0.09 0.12 0.08
C5 0.24 0.58 0.03 0.28 1.22 0.21 1.32 0.13 1.04 0.64 0.87 0.27 0.02 0.57 1.36 0.17 0.13 0.02 0.07 0.07
C5' 0.08 0.24 0.11 0.20 0.57 0.09 0.64 0.11 0.49 0.28 0.39 0.10 0.14 0.22 0.66 0.08 0.09 0.18 0.20 0.16
C6 0.23 0.59 0.03 0.30 1.28 0.26 1.37 0.17 1.06 0.65 0.92 0.27 0.05 0.64 1.44 0.12 0.12 0.01 0.06 0.04
C8 0.25 0.54 0.02 0.24 1.13 0.13 1.23 0.05 0.97 0.60 0.81 0.27 0.00 0.47 1.27 0.21 0.15 0.08 0.10 0.12
N1 0.22 0.59 0.03 0.30 1.25 0.30 1.33 0.20 1.04 0.65 0.91 0.27 0.06 0.65 1.38 0.08 0.10 0.03 0.05 0.02
N3 0.25 0.53 0.03 0.26 1.03 0.22 1.15 0.14 0.97 0.61 0.76 0.27 0.03 0.51 1.10 0.19 0.13 0.01 0.07 0.06
N6 0.21 0.60 0.03 0.31 1.34 0.27 1.40 0.18 1.06 0.64 0.96 0.26 0.05 0.67 1.53 0.09 0.11 0.02 0.05 0.04
N7 0.25 0.57 0.02 0.27 1.22 0.18 1.32 0.09 1.02 0.63 0.87 0.27 0.01 0.54 1.38 0.18 0.14 0.05 0.08 0.09
N9 0.25 0.52 0.02 0.22 1.04 0.11 1.15 0.04 0.93 0.58 0.75 0.27 0.01 0.43 1.15 0.22 0.15 0.08 0.10 0.12
O2' 0.05 0.16 0.23 0.37 0.50 0.27 0.57 0.20 0.42 0.19 0.32 0.02 0.29 0.41 0.58 0.07 0.08 0.10 0.01 0.05
O3' 0.29 0.11 0.43 0.51 0.20 0.47 0.25 0.47 0.09 0.10 0.04 0.23 0.46 0.50 0.30 0.35 0.40 0.49 0.49 0.44
O4' 0.29 0.47 0.06 0.09 0.83 0.07 0.92 0.09 0.76 0.52 0.63 0.29 0.02 0.16 0.92 0.31 0.14 0.09 0.08 0.11
O5' 0.05 0.23 0.14 0.26 0.63 0.18 0.70 0.19 0.51 0.27 0.41 0.06 0.15 0.32 0.73 0.02 0.12 0.24 0.25 0.21
OP1 0.00 0.16 0.17 0.26 0.52 0.19 0.58 0.20 0.41 0.20 0.32 0.00 0.18 0.28 0.63 0.04 0.16 0.27 0.31 0.25
OP2 0.00 0.21 0.18 0.33 0.68 0.28 0.75 0.27 0.53 0.25 0.42 0.00 0.17 0.44 0.82 0.07 0.15 0.29 0.29 0.26
P 0.04 0.22 0.15 0.27 0.63 0.19 0.70 0.20 0.51 0.26 0.41 0.04 0.15 0.33 0.75 0.00 0.13 0.26 0.27 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.00 0.05 0.13 0.09 0.00 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.01 0.12 0.02 0.04 0.16 0.00 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.28 0.11
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.01 0.14 0.12 0.24 0.02
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00
C5 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.15 0.00 0.04 0.12 0.12 0.34 0.07
C5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.07 0.07 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00
C6 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.14 0.00 0.05 0.11 0.10 0.28 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.00 0.00 0.11 0.09 0.08 0.00
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.04 0.15 0.11 0.09 0.02
O2 0.01 0.00 0.16 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.19 0.01 0.08 0.13 0.08 0.11 0.07
O2' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.18 0.04 0.03 0.25 0.00 0.06 0.08 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01
O3' 0.17 0.19 0.07 0.01 0.17 0.03 0.15 0.03 0.14 0.17 0.18 0.19 0.06 0.00 0.17 0.10 0.03 0.15 0.44 0.18
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.17 0.00 0.01 0.14 0.12 0.27 0.02
O4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10
O5' 0.06 0.13 0.01 0.01 0.14 0.01 0.12 0.00 0.11 0.11 0.15 0.13 0.04 0.03 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.02 0.07 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.09 0.11 0.08 0.00 0.15 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.10 0.28 0.24 0.15 0.34 0.12 0.28 0.08 0.09 0.11 0.08 0.44 0.27 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00