ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53716

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.000, 0.100, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
OP2 A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O2 B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O4 B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
P A 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O3' B 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
OP1 B 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
P B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O4' B 0, 0.000, 0.366, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C5' B 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.000, 0.461, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.461 std_dev=0.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00
C2 0.02 0.04 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.03 0.09 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01
C2' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.07 0.07 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02
C3' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.05 0.06 0.02
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.05 0.10 0.03
C8 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02
N1 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.05 0.10 0.03
N3 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.09 0.00 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.10 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01
N6 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.05 0.11 0.03
N7 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03
N9 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.01
O2' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03
O3' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.09 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01
O5' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02
OP2 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03
P 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.08 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.07 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.15 0.08
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.02
O2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.07 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.17 0.10
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.13 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05
O5' 0.05 0.07 0.07 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.15 0.14 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.17 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00