ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53719

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP1 B 0, 0.000, 0.243, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C4' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O3' B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
P B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C3' B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C5' A 0, 0.000, 0.478, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.000, 0.517, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
OP2 B 0, 0.000, 0.603, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.603 std_dev=0.603
O2' B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
OP2 A 0, 0.000, 0.630, 1.260, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O5' A 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
C1' B 0, 0.000, 0.711, 1.422, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.711 std_dev=0.711
O4' B 0, 0.000, 0.721, 1.442, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.721 std_dev=0.721
P A 0, 0.000, 0.753, 1.507, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.753 std_dev=0.753
N1 B 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C6 B 0, 0.000, 0.855, 1.710, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.855 std_dev=0.855
OP1 A 0, 0.000, 0.895, 1.790, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.895 std_dev=0.895
C2 B 0, 0.000, 0.924, 1.848, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
N3 B 0, 0.000, 1.033, 2.066, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.033 std_dev=1.033
O2 B 0, 0.000, 1.066, 2.131, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.066 std_dev=1.066
C5 B 0, 0.000, 1.090, 2.180, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.090 std_dev=1.090
C4 B 0, 0.000, 1.155, 2.310, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.155 std_dev=1.155
O4 B 0, 0.000, 1.402, 2.803, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.402 std_dev=1.402

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.09
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.27 0.22 0.09 0.20
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.09 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.02
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.22 0.17 0.05 0.14
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00
C5 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.14 0.04 0.13
C5' 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.06 0.14 0.02 0.02 0.08 0.13 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.24 0.15 0.06 0.15
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.12 0.08 0.02 0.05
N1 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.27 0.20 0.08 0.18
N3 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.26 0.22 0.09 0.19
N6 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.23 0.13 0.05 0.14
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.17 0.14 0.02 0.10
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.07 0.05 0.01
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.05 0.11 0.06
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.16 0.18 0.01 0.10
O5' 0.13 0.27 0.04 0.04 0.22 0.00 0.21 0.01 0.24 0.12 0.27 0.26 0.23 0.15 0.17 0.03 0.09 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.22 0.09 0.08 0.17 0.11 0.14 0.15 0.15 0.08 0.20 0.22 0.13 0.08 0.14 0.07 0.05 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.04 0.08 0.05 0.08 0.04 0.12 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.20 0.02 0.02 0.14 0.00 0.13 0.00 0.15 0.05 0.18 0.19 0.14 0.06 0.10 0.01 0.06 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.35 0.26 0.22 0.19 0.32 0.13 0.24 0.18 0.29 0.29 0.47 0.29 0.19 0.15 0.38 0.18 0.01 0.05 0.09
C2 0.21 0.22 0.12 0.11 0.15 0.22 0.12 0.19 0.15 0.20 0.19 0.27 0.08 0.03 0.13 0.26 0.14 0.01 0.06 0.08
C2' 0.29 0.30 0.22 0.18 0.09 0.27 0.01 0.19 0.07 0.22 0.21 0.43 0.28 0.16 0.04 0.32 0.11 0.06 0.04 0.02
C3' 0.41 0.42 0.33 0.27 0.21 0.36 0.12 0.26 0.18 0.34 0.34 0.57 0.40 0.24 0.16 0.43 0.19 0.02 0.04 0.08
C4 0.24 0.25 0.16 0.14 0.13 0.24 0.08 0.19 0.12 0.21 0.20 0.33 0.16 0.09 0.10 0.29 0.12 0.04 0.01 0.05
C4' 0.50 0.52 0.40 0.33 0.33 0.43 0.25 0.32 0.30 0.44 0.45 0.66 0.46 0.28 0.29 0.53 0.25 0.02 0.09 0.14
C5 0.18 0.18 0.11 0.09 0.08 0.18 0.04 0.14 0.08 0.15 0.14 0.25 0.10 0.05 0.05 0.22 0.07 0.08 0.05 0.00
C5' 0.45 0.46 0.34 0.26 0.25 0.36 0.16 0.25 0.23 0.38 0.38 0.61 0.42 0.21 0.20 0.47 0.15 0.10 0.03 0.03
C6 0.12 0.13 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.10 0.07 0.11 0.10 0.18 0.03 0.00 0.04 0.16 0.05 0.08 0.05 0.01
C8 0.24 0.24 0.16 0.14 0.09 0.23 0.04 0.17 0.09 0.19 0.18 0.33 0.18 0.11 0.05 0.27 0.09 0.07 0.05 0.00
N1 0.13 0.15 0.06 0.05 0.10 0.13 0.08 0.13 0.10 0.13 0.12 0.19 0.01 0.01 0.08 0.17 0.08 0.04 0.01 0.04
N3 0.26 0.27 0.17 0.16 0.17 0.26 0.12 0.21 0.15 0.23 0.23 0.35 0.16 0.09 0.14 0.31 0.15 0.01 0.05 0.08
N6 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.10 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.12 0.07
N7 0.18 0.18 0.12 0.10 0.06 0.18 0.02 0.13 0.07 0.15 0.13 0.26 0.12 0.07 0.02 0.22 0.06 0.09 0.08 0.02
N9 0.27 0.28 0.19 0.17 0.14 0.26 0.08 0.20 0.13 0.23 0.22 0.37 0.21 0.13 0.10 0.31 0.13 0.04 0.00 0.04
O2' 0.22 0.22 0.17 0.14 0.00 0.22 0.08 0.14 0.01 0.14 0.13 0.37 0.23 0.14 0.06 0.25 0.08 0.07 0.07 0.01
O3' 0.48 0.51 0.40 0.35 0.31 0.42 0.21 0.32 0.27 0.42 0.43 0.65 0.47 0.32 0.27 0.49 0.27 0.07 0.15 0.17
O4' 0.44 0.45 0.33 0.28 0.30 0.39 0.23 0.30 0.28 0.39 0.39 0.56 0.37 0.23 0.27 0.47 0.23 0.02 0.09 0.13
O5' 0.67 0.68 0.53 0.46 0.51 0.60 0.44 0.51 0.49 0.62 0.62 0.80 0.57 0.38 0.48 0.71 0.42 0.19 0.26 0.31
OP1 0.66 0.67 0.53 0.44 0.46 0.57 0.37 0.45 0.44 0.59 0.59 0.82 0.60 0.37 0.41 0.69 0.35 0.08 0.14 0.21
OP2 0.46 0.47 0.33 0.26 0.29 0.39 0.23 0.30 0.29 0.40 0.40 0.58 0.38 0.20 0.25 0.50 0.20 0.03 0.01 0.08
P 0.61 0.63 0.47 0.39 0.45 0.53 0.37 0.43 0.43 0.56 0.56 0.75 0.52 0.32 0.41 0.65 0.33 0.08 0.15 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.04 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
C4 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04
N3 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
O2 0.05 0.00 0.16 0.12 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.14 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.16 0.03 0.15 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
O4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03
O5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00