ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53728

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 15, 10, 7, 8, 3, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.002, 0.007, 0.016, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.007 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.035 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.029, 0.077, 0.125, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.077 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.028, 0.088, 0.148, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.088 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.052, 0.128, 0.204, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.128 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.077, 0.166, 0.255, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.166 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.023, 0.113, 0.203, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.113 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.069, 0.199, 0.329, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.199 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.130, 0.270, 0.410, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.270 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.157, 0.325, 0.493, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.325 std_dev=0.168
OP2 B 0, 0.120, 0.303, 0.485, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.303 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.174, 0.367, 0.560, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.367 std_dev=0.193
P B 0, 0.122, 0.323, 0.524, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.323 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.168, 0.370, 0.573, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.370 std_dev=0.203
O4 B 0, 0.192, 0.400, 0.609, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.400 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.142, 0.365, 0.589, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.365 std_dev=0.224
N1 B 0, 0.219, 0.452, 0.684, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.452 std_dev=0.232
O5' A 0, 0.054, 0.291, 0.529, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.291 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.205, 0.446, 0.688, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.446 std_dev=0.241
C2 B 0, 0.238, 0.488, 0.738, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.488 std_dev=0.250
OP2 A 0, 0.160, 0.413, 0.667, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.413 std_dev=0.253
P A 0, 0.128, 0.382, 0.636, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.382 std_dev=0.254
O5' B 0, 0.145, 0.412, 0.680, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.412 std_dev=0.268
OP1 A 0, 0.185, 0.456, 0.726, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.456 std_dev=0.270
C5' B 0, 0.176, 0.461, 0.745, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.461 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.200, 0.496, 0.793, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.496 std_dev=0.297
O2 B 0, 0.262, 0.568, 0.873, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.568 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.230, 0.537, 0.845, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.537 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.213, 0.534, 0.856, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.534 std_dev=0.321
C3' B 0, 0.236, 0.572, 0.907, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.572 std_dev=0.335
C2' B 0, 0.293, 0.636, 0.979, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.636 std_dev=0.343
O3' B 0, 0.255, 0.649, 1.042, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.649 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.354, 0.783, 1.213, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.783 std_dev=0.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.14 0.13 0.18 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.12 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.09 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.18 0.17 0.19 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.19 0.18 0.19 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.18 0.15 0.17 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.12 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.16 0.15 0.19 0.15
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.19 0.18 0.20 0.18
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.12 0.12 0.18 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.12 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.05 0.07 0.08 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.09 0.15 0.07
O5' 0.09 0.14 0.05 0.03 0.18 0.01 0.19 0.01 0.18 0.14 0.16 0.19 0.12 0.03 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.13 0.07 0.07 0.17 0.06 0.18 0.07 0.15 0.12 0.15 0.18 0.12 0.06 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.18 0.12 0.09 0.19 0.11 0.19 0.08 0.17 0.17 0.19 0.20 0.18 0.12 0.09 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.05 0.03 0.17 0.03 0.17 0.01 0.15 0.12 0.15 0.18 0.12 0.05 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.12 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07
C2 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09
C2' 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07
C3' 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.14 0.15 0.12 0.11 0.13 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07
C4 0.10 0.12 0.10 0.09 0.15 0.09 0.12 0.08 0.10 0.10 0.14 0.12 0.09 0.10 0.17 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07
C4' 0.10 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06
C5 0.10 0.15 0.10 0.09 0.18 0.08 0.13 0.07 0.11 0.12 0.18 0.15 0.10 0.09 0.22 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07
C5' 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.14 0.14 0.10 0.10 0.13 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06
C6 0.10 0.14 0.10 0.09 0.16 0.08 0.11 0.07 0.10 0.11 0.17 0.15 0.10 0.10 0.20 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07
N1 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07
N3 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.08
N4 0.12 0.14 0.11 0.10 0.17 0.10 0.15 0.09 0.13 0.13 0.16 0.14 0.11 0.10 0.20 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08
O2 0.15 0.14 0.15 0.15 0.16 0.14 0.19 0.12 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.12 0.11 0.10 0.10
O2' 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08
O3' 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.11 0.14 0.16 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07
O4' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.12 0.12 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07
O5' 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.10 0.10 0.11 0.15 0.12 0.16 0.16 0.15
OP1 0.12 0.13 0.09 0.08 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.10 0.07 0.13 0.14 0.11 0.16 0.15 0.15
OP2 0.16 0.18 0.16 0.14 0.19 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.20 0.19 0.16 0.14 0.21 0.16 0.16 0.19 0.18 0.18
P 0.11 0.12 0.09 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.14 0.10 0.07 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.10 0.12 0.13 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.11 0.12 0.12 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.09 0.09 0.09 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.11 0.13 0.15 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.07 0.02 0.06 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.04 0.05 0.12 0.03 0.12 0.03 0.09 0.07 0.10 0.07 0.05 0.08 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.04 0.13 0.02 0.12 0.01 0.09 0.07 0.12 0.09 0.03 0.06 0.15 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.06 0.10 0.07 0.02 0.06 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00