Doublet Group distance statistics: 53729

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2	A	0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.028
N4	A	0, 0.013, 0.050, 0.087, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.074, 0.164, 0.254, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.164 std_dev=0.090
C2'	A	0, 0.084, 0.197, 0.310, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.197 std_dev=0.113
C4'	A	0, 0.109, 0.242, 0.375, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.242 std_dev=0.133
O2'	A	0, 0.096, 0.240, 0.384, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.240 std_dev=0.144
C3'	A	0, 0.125, 0.286, 0.447, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.286 std_dev=0.161
O3'	A	0, 0.169, 0.393, 0.617, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.393 std_dev=0.224
C3'	B	0, 0.176, 0.411, 0.646, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.411 std_dev=0.235
C5'	A	0, 0.202, 0.446, 0.690, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.446 std_dev=0.244
O5'	A	0, 0.206, 0.481, 0.757, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.481 std_dev=0.276
O5'	B	0, 0.230, 0.534, 0.838, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.534 std_dev=0.304
C4'	B	0, 0.269, 0.595, 0.921, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.595 std_dev=0.326
OP1	B	0, 0.118, 0.445, 0.772, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.445 std_dev=0.327
OP2	B	0, 0.319, 0.674, 1.029, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.674 std_dev=0.355
P	B	0, 0.222, 0.584, 0.946, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.584 std_dev=0.362
O4'	B	0, 0.329, 0.695, 1.061, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.695 std_dev=0.366
C1'	B	0, 0.356, 0.723, 1.090, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.723 std_dev=0.367
P	A	0, 0.250, 0.638, 1.027, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.638 std_dev=0.388
OP2	A	0, 0.216, 0.611, 1.005, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.611 std_dev=0.395
N1	B	0, 0.384, 0.791, 1.197, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.791 std_dev=0.407
C5'	B	0, 0.342, 0.758, 1.174, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.758 std_dev=0.416
C2	B	0, 0.339, 0.819, 1.299, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.819 std_dev=0.480
OP1	A	0, 0.329, 0.813, 1.298, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.813 std_dev=0.484
O2	B	0, 0.249, 0.742, 1.236, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.742 std_dev=0.494
C6	B	0, 0.530, 1.113, 1.697, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.113 std_dev=0.584
O3'	B	0, 0.357, 0.946, 1.535, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.946 std_dev=0.589
C2'	B	0, 0.404, 1.013, 1.622, 1.607 max_d=1.607 avg_d=1.013 std_dev=0.609
N3	B	0, 0.539, 1.199, 1.860, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.199 std_dev=0.660
C5	B	0, 0.650, 1.412, 2.173, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.412 std_dev=0.762
C4	B	0, 0.675, 1.477, 2.279, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.477 std_dev=0.802
O4	B	0, 0.816, 1.833, 2.850, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.833 std_dev=1.017
O2'	B	0, 0.577, 1.736, 2.896, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.736 std_dev=1.160

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.03	0.03
C2	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.04	0.05	0.05	0.04
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.02	0.05	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01
C4	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.03	0.03	0.05	0.03
C4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.01	0.01
C5	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.03	0.03	0.06	0.03
C5'	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01
C6	0.00	0.00	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.03	0.03	0.06	0.04
N1	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.04	0.03
N3	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.05	0.05	0.04
N4	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.02	0.03	0.03	0.05	0.03
O2	0.00	0.00	0.04	0.04	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.05	0.06	0.05	0.04
O2'	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01
O3'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.04	0.07	0.05	0.03	0.00	0.01	0.03	0.06	0.06	0.04
O4'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.04	0.05	0.04
O5'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.04	0.03	0.05	0.01	0.03	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.04	0.05	0.04	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.05	0.03	0.06	0.04	0.06	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.05	0.01	0.03	0.05	0.01	0.06	0.00	0.06	0.04	0.05	0.05	0.05	0.01	0.06	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.01	0.04	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.13	0.48	0.08	0.48	0.09	0.41	0.10	0.19	0.05	0.32	0.05	0.68	0.55	0.64	0.07	0.09	0.19	0.11	0.10
C2	0.19	0.11	0.48	0.11	0.46	0.11	0.42	0.12	0.20	0.06	0.30	0.05	0.61	0.49	0.61	0.08	0.09	0.19	0.11	0.09
C2'	0.20	0.11	0.48	0.11	0.47	0.11	0.41	0.11	0.19	0.04	0.31	0.03	0.65	0.51	0.64	0.07	0.09	0.17	0.11	0.09
C3'	0.22	0.08	0.49	0.12	0.43	0.11	0.38	0.11	0.17	0.04	0.27	0.04	0.68	0.51	0.60	0.08	0.09	0.16	0.11	0.07
C4	0.19	0.08	0.46	0.11	0.41	0.09	0.40	0.08	0.21	0.04	0.25	0.05	0.60	0.51	0.54	0.06	0.06	0.14	0.18	0.05
C4'	0.20	0.11	0.47	0.07	0.45	0.07	0.38	0.08	0.17	0.04	0.30	0.03	0.71	0.57	0.61	0.06	0.08	0.16	0.10	0.08
C5	0.20	0.08	0.46	0.09	0.40	0.06	0.38	0.06	0.19	0.04	0.25	0.04	0.66	0.56	0.54	0.05	0.06	0.14	0.16	0.06
C5'	0.21	0.09	0.46	0.07	0.41	0.06	0.36	0.06	0.16	0.04	0.27	0.03	0.73	0.58	0.56	0.06	0.07	0.14	0.11	0.07
C6	0.20	0.09	0.47	0.08	0.43	0.07	0.39	0.07	0.18	0.03	0.27	0.01	0.68	0.56	0.57	0.05	0.07	0.16	0.13	0.07
N1	0.19	0.11	0.48	0.09	0.45	0.09	0.40	0.10	0.19	0.04	0.30	0.03	0.66	0.54	0.61	0.07	0.08	0.18	0.11	0.08
N3	0.19	0.10	0.47	0.12	0.44	0.12	0.42	0.11	0.21	0.06	0.27	0.05	0.58	0.47	0.58	0.08	0.08	0.17	0.14	0.07
N4	0.18	0.08	0.45	0.13	0.39	0.08	0.40	0.06	0.23	0.06	0.23	0.07	0.54	0.50	0.51	0.05	0.04	0.09	0.24	0.08
O2	0.19	0.13	0.48	0.12	0.48	0.13	0.43	0.14	0.21	0.08	0.32	0.07	0.59	0.46	0.64	0.09	0.11	0.20	0.10	0.10
O2'	0.18	0.15	0.48	0.10	0.51	0.11	0.43	0.12	0.20	0.07	0.35	0.06	0.66	0.52	0.69	0.08	0.10	0.19	0.12	0.11
O3'	0.23	0.08	0.50	0.15	0.44	0.13	0.39	0.12	0.17	0.04	0.27	0.05	0.68	0.48	0.61	0.09	0.10	0.16	0.11	0.08
O4'	0.19	0.13	0.46	0.07	0.46	0.07	0.39	0.08	0.17	0.04	0.32	0.06	0.72	0.58	0.63	0.06	0.08	0.18	0.10	0.09
O5'	0.24	0.06	0.48	0.11	0.36	0.08	0.32	0.06	0.14	0.05	0.22	0.07	0.72	0.55	0.50	0.08	0.08	0.13	0.12	0.07
OP1	0.24	0.04	0.44	0.10	0.32	0.06	0.29	0.07	0.13	0.05	0.18	0.08	0.70	0.56	0.44	0.07	0.06	0.08	0.13	0.05
OP2	0.23	0.05	0.43	0.10	0.31	0.07	0.30	0.09	0.15	0.06	0.17	0.10	0.67	0.56	0.42	0.08	0.06	0.06	0.14	0.05
P	0.24	0.04	0.45	0.09	0.32	0.06	0.30	0.06	0.13	0.05	0.19	0.07	0.71	0.57	0.45	0.07	0.06	0.10	0.12	0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.37	0.01	0.01	0.12	0.13	0.13	0.13
C2	0.01	0.00	0.12	0.12	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.34	0.01	0.07	0.09	0.09	0.15	0.12
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.16	0.07	0.03	0.09	0.19	0.00	0.08	0.04	0.03	0.35	0.38	0.39	0.38
C3'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.29	0.01	0.35	0.01	0.32	0.17	0.20	0.01	0.01	0.01	0.31	0.03	0.03	0.10	0.12	0.05
C4	0.01	0.01	0.04	0.29	0.00	0.13	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.32	0.05	0.00	0.05	0.25	0.27	0.34	0.29
C4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.13	0.00	0.20	0.00	0.19	0.06	0.05	0.11	0.23	0.06	0.14	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01
C5	0.02	0.00	0.05	0.35	0.01	0.20	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.35	0.14	0.01	0.11	0.29	0.31	0.34	0.32
C5'	0.06	0.05	0.16	0.01	0.14	0.00	0.20	0.00	0.17	0.04	0.06	0.13	0.07	0.20	0.17	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.32	0.01	0.19	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.29	0.11	0.01	0.13	0.21	0.20	0.20	0.21
N1	0.00	0.01	0.03	0.17	0.01	0.06	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.19	0.00	0.01	0.08	0.08	0.12	0.11
N3	0.01	0.00	0.09	0.20	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.22	0.01	0.03	0.15	0.16	0.25	0.20
O2	0.02	0.00	0.19	0.01	0.01	0.11	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.55	0.02	0.15	0.10	0.11	0.12	0.12
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.32	0.23	0.35	0.07	0.29	0.16	0.22	0.08	0.00	0.13	0.37	0.14	0.26	0.29	0.46	0.32
O3'	0.37	0.34	0.08	0.01	0.05	0.06	0.14	0.20	0.11	0.19	0.22	0.55	0.13	0.00	0.05	0.24	0.26	0.39	0.48	0.36
O4	0.01	0.01	0.04	0.31	0.00	0.14	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.37	0.05	0.00	0.05	0.29	0.34	0.42	0.36
O4'	0.01	0.07	0.03	0.03	0.05	0.01	0.11	0.01	0.13	0.01	0.03	0.15	0.14	0.24	0.05	0.00	0.04	0.04	0.05	0.05
O5'	0.12	0.09	0.35	0.03	0.25	0.01	0.29	0.01	0.21	0.08	0.15	0.10	0.26	0.26	0.29	0.04	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.13	0.09	0.38	0.10	0.27	0.03	0.31	0.01	0.20	0.08	0.16	0.11	0.29	0.39	0.34	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.13	0.15	0.39	0.12	0.34	0.04	0.34	0.02	0.20	0.12	0.25	0.12	0.46	0.48	0.42	0.05	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.12	0.38	0.05	0.29	0.01	0.32	0.02	0.21	0.11	0.20	0.12	0.32	0.36	0.36	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00