Doublet Group distance statistics: 53731

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N4	A	0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N1	A	0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2	A	0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N3	A	0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C1'	A	0, 0.005, 0.032, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.027
O2	A	0, 0.020, 0.075, 0.131, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.075 std_dev=0.056
C2'	A	0, 0.028, 0.146, 0.265, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.146 std_dev=0.118
O4'	A	0, 0.016, 0.145, 0.274, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.145 std_dev=0.129
O2'	A	0, 0.054, 0.191, 0.328, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.191 std_dev=0.137
C3'	A	0, 0.016, 0.208, 0.399, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.208 std_dev=0.191
C4'	A	0, -0.014, 0.208, 0.430, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.208 std_dev=0.222
O3'	A	0, 0.024, 0.252, 0.479, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.252 std_dev=0.228
O5'	B	0, 0.119, 0.413, 0.706, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.413 std_dev=0.294
OP2	B	0, 0.132, 0.459, 0.787, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.459 std_dev=0.328
P	B	0, 0.130, 0.463, 0.797, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.463 std_dev=0.333
OP1	B	0, 0.136, 0.555, 0.975, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.555 std_dev=0.419
C5'	A	0, -0.029, 0.434, 0.896, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.434 std_dev=0.462
C5	B	0, 0.305, 1.055, 1.804, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.055 std_dev=0.750
C6	B	0, 0.312, 1.080, 1.848, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.080 std_dev=0.768
OP2	A	0, 0.328, 1.120, 1.912, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.120 std_dev=0.792
C4	B	0, 0.324, 1.130, 1.935, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.130 std_dev=0.805
O4	B	0, 0.343, 1.188, 2.032, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.188 std_dev=0.844
O5'	A	0, 0.273, 1.133, 1.993, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.133 std_dev=0.860
N1	B	0, 0.348, 1.213, 2.078, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.213 std_dev=0.865
N3	B	0, 0.351, 1.240, 2.129, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.240 std_dev=0.889
P	A	0, 0.353, 1.249, 2.145, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.249 std_dev=0.896
C1'	B	0, 0.371, 1.296, 2.222, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.296 std_dev=0.926
C2	B	0, 0.369, 1.304, 2.240, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.304 std_dev=0.935
C2'	B	0, 0.379, 1.332, 2.286, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.332 std_dev=0.954
O2'	B	0, 0.388, 1.364, 2.339, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.364 std_dev=0.975
O4'	B	0, 0.404, 1.409, 2.415, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.409 std_dev=1.006
O2	B	0, 0.409, 1.452, 2.494, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.452 std_dev=1.043
C3'	B	0, 0.439, 1.535, 2.631, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.535 std_dev=1.096
O3'	B	0, 0.467, 1.634, 2.801, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.634 std_dev=1.167
C4'	B	0, 0.473, 1.642, 2.811, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.642 std_dev=1.169
OP1	A	0, 0.493, 1.693, 2.892, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.693 std_dev=1.199
C5'	B	0, 0.537, 1.848, 3.159, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.848 std_dev=1.311

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.03	0.11	0.01	0.01	0.01	0.22	0.10	0.42	0.11
C2	0.05	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.03	0.06	0.35	0.21	0.40	0.19
C2'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.01	0.02	0.02	0.07	0.00	0.02	0.01	0.19	0.22	0.52	0.24
C3'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.26	0.27	0.51	0.30
C4	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.04	0.03	0.49	0.31	0.34	0.27
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.01	0.04	0.11	0.03	0.01	0.01	0.03	0.11	0.35	0.07
C5	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.06	0.00	0.16	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.04	0.52	0.33	0.35	0.29
C5'	0.02	0.03	0.03	0.02	0.13	0.01	0.16	0.00	0.14	0.07	0.08	0.15	0.07	0.03	0.02	0.00	0.00	0.22	0.22	0.02
C6	0.01	0.02	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.14	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.04	0.47	0.26	0.40	0.24
N1	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.02	0.04	0.03	0.02	0.02	0.36	0.20	0.42	0.19
N3	0.04	0.00	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.08	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.04	0.04	0.44	0.27	0.36	0.24
N4	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.04	0.00	0.15	0.01	0.02	0.02	0.00	0.04	0.05	0.05	0.03	0.51	0.34	0.32	0.30
O2	0.11	0.01	0.07	0.05	0.02	0.11	0.01	0.07	0.03	0.04	0.02	0.04	0.00	0.12	0.05	0.13	0.23	0.17	0.43	0.16
O2'	0.01	0.06	0.00	0.02	0.05	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.06	0.05	0.12	0.00	0.04	0.01	0.07	0.11	0.46	0.15
O3'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.04	0.05	0.05	0.04	0.00	0.00	0.30	0.26	0.49	0.30
O4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.04	0.02	0.04	0.03	0.13	0.01	0.00	0.00	0.20	0.06	0.36	0.04
O5'	0.22	0.35	0.19	0.26	0.49	0.03	0.52	0.00	0.47	0.36	0.44	0.51	0.23	0.07	0.30	0.20	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.10	0.21	0.22	0.27	0.31	0.11	0.33	0.22	0.26	0.20	0.27	0.34	0.17	0.11	0.26	0.06	0.02	0.00	0.03	0.03
OP2	0.42	0.40	0.52	0.51	0.34	0.35	0.35	0.22	0.40	0.42	0.36	0.32	0.43	0.46	0.49	0.36	0.03	0.03	0.00	0.02
P	0.11	0.19	0.24	0.30	0.27	0.07	0.29	0.02	0.24	0.19	0.24	0.30	0.16	0.15	0.30	0.04	0.01	0.03	0.02	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.07	0.10	0.20	0.05	0.30	0.17	0.43	0.20	0.14	0.03	0.06	0.09	0.19	0.08	0.25	0.07	0.10	0.12	0.09
C2	0.17	0.05	0.10	0.19	0.04	0.32	0.12	0.45	0.19	0.14	0.03	0.05	0.10	0.17	0.16	0.28	0.07	0.04	0.07	0.03
C2'	0.08	0.03	0.03	0.11	0.02	0.21	0.13	0.34	0.15	0.06	0.08	0.06	0.03	0.10	0.11	0.17	0.02	0.09	0.12	0.08
C3'	0.07	0.13	0.09	0.08	0.13	0.15	0.05	0.27	0.07	0.07	0.19	0.16	0.10	0.07	0.22	0.11	0.04	0.09	0.11	0.08
C4	0.12	0.10	0.09	0.13	0.20	0.26	0.13	0.38	0.10	0.09	0.16	0.11	0.11	0.14	0.31	0.21	0.11	0.13	0.11	0.10
C4'	0.07	0.04	0.04	0.14	0.05	0.22	0.08	0.35	0.11	0.05	0.09	0.06	0.02	0.15	0.13	0.15	0.03	0.11	0.11	0.08
C5	0.10	0.11	0.08	0.11	0.20	0.23	0.12	0.34	0.09	0.08	0.17	0.12	0.09	0.12	0.31	0.18	0.11	0.15	0.12	0.12
C5'	0.06	0.13	0.05	0.08	0.15	0.15	0.05	0.27	0.05	0.07	0.18	0.14	0.06	0.09	0.23	0.10	0.07	0.12	0.11	0.11
C6	0.11	0.08	0.07	0.13	0.14	0.25	0.08	0.37	0.11	0.07	0.13	0.09	0.08	0.13	0.26	0.19	0.09	0.13	0.11	0.11
N1	0.13	0.04	0.07	0.16	0.07	0.28	0.09	0.41	0.15	0.10	0.07	0.04	0.08	0.15	0.18	0.23	0.07	0.10	0.10	0.08
N3	0.16	0.06	0.09	0.15	0.13	0.30	0.06	0.43	0.13	0.11	0.09	0.07	0.11	0.14	0.23	0.26	0.07	0.07	0.08	0.04
N4	0.12	0.12	0.11	0.13	0.24	0.24	0.18	0.34	0.10	0.10	0.18	0.13	0.13	0.15	0.33	0.20	0.13	0.15	0.12	0.12
O2	0.25	0.15	0.18	0.27	0.10	0.39	0.24	0.52	0.28	0.23	0.09	0.12	0.16	0.24	0.04	0.35	0.14	0.05	0.06	0.06
O2'	0.15	0.09	0.09	0.18	0.14	0.27	0.25	0.39	0.24	0.16	0.07	0.06	0.06	0.15	0.10	0.23	0.05	0.11	0.14	0.10
O3'	0.10	0.16	0.13	0.09	0.13	0.13	0.08	0.24	0.09	0.10	0.20	0.20	0.14	0.09	0.19	0.10	0.07	0.09	0.11	0.09
O4'	0.15	0.06	0.11	0.21	0.05	0.30	0.13	0.43	0.17	0.12	0.05	0.06	0.10	0.21	0.11	0.23	0.08	0.13	0.12	0.11
O5'	0.44	0.30	0.39	0.45	0.26	0.56	0.38	0.66	0.44	0.39	0.25	0.28	0.40	0.44	0.19	0.53	0.48	0.37	0.39	0.41
OP1	0.40	0.25	0.33	0.41	0.19	0.55	0.33	0.67	0.40	0.34	0.17	0.23	0.35	0.40	0.08	0.51	0.45	0.37	0.37	0.40
OP2	0.48	0.43	0.44	0.49	0.42	0.58	0.46	0.68	0.49	0.46	0.41	0.43	0.46	0.48	0.40	0.54	0.45	0.33	0.35	0.37
P	0.35	0.21	0.28	0.36	0.16	0.50	0.29	0.61	0.35	0.30	0.14	0.20	0.30	0.35	0.08	0.45	0.37	0.25	0.27	0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.05	0.03	0.10	0.09
C2	0.02	0.00	0.05	0.07	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.02	0.14	0.14	0.24	0.21
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.02	0.05	0.06	0.00	0.01	0.06	0.00	0.17	0.08	0.17	0.16
C3'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.07	0.07	0.01	0.01	0.06	0.01	0.25	0.14	0.16	0.20
C4	0.03	0.01	0.05	0.05	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.03	0.22	0.27	0.37	0.33
C4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.10	0.02
C5	0.04	0.01	0.06	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.06	0.01	0.04	0.23	0.29	0.37	0.34
C5'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.02	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.00	0.03	0.19	0.02
C6	0.03	0.01	0.06	0.05	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.03	0.20	0.23	0.28	0.28
N1	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.14	0.14	0.21	0.20
N3	0.02	0.01	0.05	0.07	0.01	0.04	0.01	0.06	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.09	0.01	0.02	0.17	0.20	0.30	0.26
O2	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.10	0.02	0.03	0.12	0.10	0.21	0.18
O2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.04	0.02	0.05	0.05	0.00	0.02	0.06	0.02	0.05	0.05	0.08	0.04
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.05	0.02	0.09	0.10	0.02	0.00	0.07	0.01	0.24	0.11	0.13	0.18
O4	0.03	0.01	0.06	0.06	0.00	0.04	0.01	0.05	0.00	0.02	0.01	0.02	0.06	0.07	0.00	0.03	0.25	0.32	0.42	0.37
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.00	0.06	0.03	0.06	0.01
O5'	0.05	0.14	0.17	0.25	0.22	0.00	0.23	0.00	0.20	0.14	0.17	0.12	0.05	0.24	0.25	0.06	0.00	0.02	0.04	0.01
OP1	0.03	0.14	0.08	0.14	0.27	0.03	0.29	0.03	0.23	0.14	0.20	0.10	0.05	0.11	0.32	0.03	0.02	0.00	0.03	0.01
OP2	0.10	0.24	0.17	0.16	0.37	0.10	0.37	0.19	0.28	0.21	0.30	0.21	0.08	0.13	0.42	0.06	0.04	0.03	0.00	0.02
P	0.09	0.21	0.16	0.20	0.33	0.02	0.34	0.02	0.28	0.20	0.26	0.18	0.04	0.18	0.37	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00