ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53732

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
OP1 B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O4' A 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.000, 0.269, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
P B 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2' A 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C3' A 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
O3' A 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C5' A 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
OP2 B 0, 0.000, 0.642, 1.285, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.642 std_dev=0.642
C4' B 0, 0.000, 0.668, 1.337, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.000, 0.726, 1.452, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.726 std_dev=0.726
O4' B 0, 0.000, 0.754, 1.508, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.754 std_dev=0.754
P A 0, 0.000, 1.031, 2.062, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.031 std_dev=1.031
OP2 A 0, 0.000, 1.087, 2.174, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.087 std_dev=1.087
C1' B 0, 0.000, 1.123, 2.246, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.123 std_dev=1.123
C3' B 0, 0.000, 1.141, 2.283, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.141 std_dev=1.141
O3' B 0, 0.000, 1.156, 2.311, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.156 std_dev=1.156
OP1 A 0, 0.000, 1.198, 2.397, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.198 std_dev=1.198
C2' B 0, 0.000, 1.224, 2.447, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.224 std_dev=1.224
C6 B 0, 0.000, 1.264, 2.528, 2.528 max_d=2.528 avg_d=1.264 std_dev=1.264
N1 B 0, 0.000, 1.279, 2.558, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.279 std_dev=1.279
C5 B 0, 0.000, 1.500, 3.000, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.500 std_dev=1.500
C2 B 0, 0.000, 1.516, 3.032, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.516 std_dev=1.516
O2' B 0, 0.000, 1.521, 3.042, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.521 std_dev=1.521
O2 B 0, 0.000, 1.578, 3.157, 3.157 max_d=3.157 avg_d=1.578 std_dev=1.578
N3 B 0, 0.000, 1.710, 3.420, 3.420 max_d=3.420 avg_d=1.710 std_dev=1.710
C4 B 0, 0.000, 1.733, 3.466, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.733 std_dev=1.733
O4 B 0, 0.000, 1.953, 3.906, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.953 std_dev=1.953

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
N4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.16 0.51 0.17 0.07 0.12 0.08 0.09 0.13 0.17 0.11 0.18 0.71 0.26 0.03 0.03 0.11 0.09 0.12 0.11
C2 0.21 0.13 0.49 0.18 0.03 0.12 0.03 0.10 0.08 0.14 0.08 0.16 0.64 0.22 0.01 0.02 0.10 0.10 0.07 0.09
C2' 0.25 0.18 0.53 0.21 0.08 0.15 0.09 0.12 0.14 0.19 0.13 0.21 0.70 0.23 0.04 0.06 0.13 0.12 0.12 0.13
C3' 0.25 0.18 0.51 0.20 0.08 0.13 0.09 0.08 0.14 0.18 0.13 0.21 0.70 0.26 0.04 0.05 0.11 0.09 0.12 0.11
C4 0.34 0.30 0.61 0.28 0.23 0.18 0.22 0.11 0.26 0.30 0.27 0.32 0.74 0.17 0.20 0.12 0.18 0.08 0.20 0.14
C4' 0.23 0.15 0.49 0.15 0.07 0.09 0.07 0.05 0.12 0.17 0.11 0.18 0.72 0.31 0.02 0.02 0.09 0.07 0.11 0.09
C5 0.38 0.35 0.64 0.29 0.30 0.18 0.29 0.09 0.31 0.35 0.33 0.37 0.82 0.19 0.27 0.15 0.19 0.06 0.24 0.16
C5' 0.24 0.17 0.48 0.14 0.08 0.08 0.08 0.03 0.13 0.17 0.12 0.19 0.74 0.33 0.03 0.02 0.09 0.05 0.12 0.09
C6 0.33 0.29 0.60 0.24 0.23 0.16 0.22 0.09 0.26 0.29 0.26 0.31 0.80 0.22 0.20 0.11 0.16 0.07 0.21 0.14
N1 0.26 0.19 0.53 0.20 0.11 0.13 0.11 0.09 0.16 0.20 0.15 0.22 0.72 0.24 0.07 0.05 0.12 0.09 0.13 0.12
N3 0.24 0.17 0.52 0.22 0.09 0.15 0.08 0.11 0.13 0.18 0.13 0.20 0.64 0.19 0.05 0.05 0.12 0.10 0.09 0.10
N4 0.41 0.38 0.67 0.36 0.32 0.23 0.31 0.13 0.34 0.37 0.35 0.39 0.77 0.10 0.30 0.18 0.23 0.07 0.25 0.17
O2 0.13 0.03 0.43 0.13 0.09 0.10 0.09 0.09 0.02 0.04 0.03 0.07 0.56 0.24 0.14 0.03 0.05 0.11 0.02 0.06
O2' 0.25 0.17 0.53 0.20 0.07 0.16 0.08 0.13 0.14 0.18 0.12 0.20 0.70 0.22 0.03 0.06 0.14 0.14 0.13 0.14
O3' 0.26 0.19 0.52 0.22 0.09 0.15 0.09 0.10 0.14 0.19 0.14 0.22 0.70 0.25 0.05 0.06 0.13 0.10 0.12 0.12
O4' 0.21 0.14 0.48 0.12 0.05 0.07 0.06 0.04 0.11 0.15 0.09 0.16 0.72 0.32 0.01 0.00 0.08 0.06 0.11 0.09
O5' 0.23 0.17 0.46 0.15 0.08 0.07 0.08 0.01 0.13 0.17 0.12 0.20 0.71 0.34 0.03 0.02 0.08 0.03 0.11 0.07
OP1 0.24 0.18 0.44 0.14 0.08 0.06 0.08 0.01 0.13 0.18 0.13 0.21 0.71 0.35 0.04 0.03 0.07 0.02 0.10 0.06
OP2 0.26 0.20 0.45 0.16 0.11 0.07 0.11 0.01 0.15 0.20 0.16 0.23 0.69 0.34 0.07 0.05 0.08 0.02 0.12 0.07
P 0.24 0.17 0.44 0.13 0.08 0.06 0.08 0.01 0.13 0.18 0.13 0.20 0.71 0.36 0.04 0.02 0.07 0.02 0.11 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.00 0.00 0.08 0.10 0.09 0.08
C2 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.00 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.15 0.11 0.01 0.07 0.19 0.00 0.07 0.01 0.02 0.32 0.34 0.40 0.35
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.11 0.07 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03 0.04 0.10 0.02 0.05
C4 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.19 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.17 0.08 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.11 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03
C5' 0.04 0.07 0.15 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08 0.03 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.12 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.26 0.00 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.28 0.00 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05
O2 0.01 0.00 0.19 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.44 0.00 0.11 0.07 0.09 0.06 0.07
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.17 0.29 0.03 0.27 0.12 0.08 0.19 0.00 0.04 0.21 0.09 0.26 0.29 0.49 0.33
O3' 0.34 0.34 0.07 0.01 0.19 0.08 0.11 0.11 0.12 0.26 0.28 0.44 0.04 0.00 0.17 0.25 0.10 0.21 0.17 0.15
O4 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03
O4' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05 0.11 0.09 0.25 0.01 0.00 0.08 0.05 0.11 0.08
O5' 0.08 0.06 0.32 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.26 0.10 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.07 0.34 0.10 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.09 0.29 0.21 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.05 0.40 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.49 0.17 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.35 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.33 0.15 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00