ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53733

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O5' B 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.000, 0.136, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.000, 0.145, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
P B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
P A 0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O3' B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4' B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O4' B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C5' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP1 A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O4 B 0, 0.000, 0.351, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.351 std_dev=0.351
O2 B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02
O2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
O5' 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
C2 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
C2' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.06 0.04 0.04 0.04
C3' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03
C4 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02
C5 0.03 0.07 0.04 0.04 0.12 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.10 0.08 0.05 0.03 0.18 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05
C5' 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03
C6 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03 0.01 0.16 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
N1 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
N3 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
N4 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.00 0.03 0.07 0.08 0.05
O2 0.07 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.08 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03
O2' 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
O3' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00
O5' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01
OP1 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01
P 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
C2 0.06 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C4 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
N1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01
N3 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01
O2 0.08 0.01 0.08 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00 0.08 0.09 0.09 0.00 0.04
O2' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
O4 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.12 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01
O5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00