ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53739

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 7, 11, 15, 16, 25, 7, 3, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.030, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.029, 0.046, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.046 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.031, 0.049, 0.066, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.041, 0.062, 0.084, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.062 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.056, 0.078, 0.100, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.044, 0.072, 0.100, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.072 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.045, 0.078, 0.111, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.078 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.092, 0.129, 0.166, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.129 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.072, 0.118, 0.165, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.118 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.079, 0.137, 0.196, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.137 std_dev=0.059
C6 B 0, 0.410, 0.602, 0.793, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.602 std_dev=0.192
O6 B 0, 0.399, 0.593, 0.788, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.593 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.364, 0.560, 0.755, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.560 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.426, 0.645, 0.865, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.645 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.357, 0.582, 0.808, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.582 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.537, 0.771, 1.005, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.771 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.546, 0.780, 1.014, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.780 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.615, 0.853, 1.091, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.853 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.397, 0.676, 0.955, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.676 std_dev=0.279
C8 B 0, 0.366, 0.663, 0.959, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.663 std_dev=0.296
N2 B 0, 0.746, 1.064, 1.383, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.064 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.432, 0.793, 1.154, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.793 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.420, 0.850, 1.280, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.850 std_dev=0.430
C2' A 0, 0.057, 0.489, 0.920, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.489 std_dev=0.432
O4' A 0, -0.035, 0.399, 0.833, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.399 std_dev=0.434
O2' A 0, 0.611, 1.096, 1.581, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.096 std_dev=0.485
C2' B 0, 0.399, 0.899, 1.398, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.899 std_dev=0.500
C3' A 0, 0.728, 1.237, 1.746, 3.827 max_d=3.827 avg_d=1.237 std_dev=0.509
C4' B 0, 0.490, 1.005, 1.521, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.005 std_dev=0.515
C4' A 0, 0.105, 0.646, 1.188, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.646 std_dev=0.541
C3' B 0, 0.394, 0.935, 1.477, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.935 std_dev=0.542
C5' B 0, 0.523, 1.109, 1.696, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.109 std_dev=0.586
O5' B 0, 0.344, 0.960, 1.575, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.960 std_dev=0.615
O2' B 0, 0.514, 1.132, 1.750, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.132 std_dev=0.618
OP1 B 0, 0.938, 1.565, 2.192, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.565 std_dev=0.627
O3' A 0, 1.687, 2.372, 3.058, 5.172 max_d=5.172 avg_d=2.372 std_dev=0.686
O3' B 0, 0.398, 1.109, 1.820, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.109 std_dev=0.711
P B 0, 0.652, 1.468, 2.284, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.468 std_dev=0.816
OP2 B 0, 2.575, 3.606, 4.637, 5.588 max_d=5.588 avg_d=3.606 std_dev=1.031
O5' A 0, 0.951, 2.040, 3.129, 7.483 max_d=7.483 avg_d=2.040 std_dev=1.089
C5' A 0, -0.239, 0.891, 2.021, 6.013 max_d=6.013 avg_d=0.891 std_dev=1.130
P A 0, 1.275, 2.704, 4.133, 10.298 max_d=10.298 avg_d=2.704 std_dev=1.429
OP1 A 0, 1.830, 3.360, 4.890, 9.954 max_d=9.954 avg_d=3.360 std_dev=1.530
OP2 A 0, 0.983, 2.607, 4.231, 12.065 max_d=12.065 avg_d=2.607 std_dev=1.624

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.28 0.00 0.23 0.03 0.36 0.26 0.29
C2 0.04 0.00 0.30 0.30 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.34 0.22 0.49 0.02 0.56 0.63 0.54
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.17 0.13 0.17 0.23 0.37 0.29 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.26 0.10 0.48 0.32 0.33
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.22 0.01 0.26 0.02 0.28 0.28 0.29 0.35 0.27 0.30 0.17 0.02 0.01 0.02 0.37 0.30 0.40 0.33 0.37
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.12 0.43 0.01 0.54 0.53 0.48
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.19 0.12 0.25 0.18 0.15 0.06 0.26 0.02 0.01 0.02 0.08 0.20 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.11 0.06 0.54 0.01 0.71 0.72 0.64
C5' 0.06 0.29 0.17 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.15 0.26 0.21 0.38 0.27 0.24 0.10 0.10 0.20 0.02 0.01 0.16 0.25 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.28 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.11 0.54 0.01 0.71 0.75 0.64
C8 0.02 0.01 0.17 0.28 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.35 0.19 0.13 0.68 0.02 0.85 0.80 0.79
N1 0.03 0.01 0.23 0.29 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.18 0.51 0.01 0.61 0.68 0.57
N2 0.06 0.01 0.37 0.35 0.01 0.25 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.44 0.27 0.55 0.02 0.63 0.73 0.61
N3 0.04 0.01 0.29 0.27 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.34 0.22 0.44 0.02 0.50 0.53 0.46
N7 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.18 0.08 0.68 0.02 0.91 0.91 0.83
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.43 0.02 0.56 0.49 0.49
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.15 0.26 0.23 0.10 0.22 0.35 0.19 0.32 0.22 0.35 0.18 0.00 0.08 0.17 0.36 0.26 0.59 0.35 0.43
O3' 0.28 0.34 0.04 0.01 0.18 0.02 0.11 0.20 0.14 0.19 0.24 0.44 0.34 0.18 0.13 0.08 0.00 0.19 0.43 0.14 0.60 0.47 0.50
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.18 0.27 0.22 0.08 0.01 0.17 0.19 0.00 0.25 0.09 0.32 0.20 0.24
O5' 0.23 0.49 0.26 0.37 0.43 0.02 0.54 0.01 0.54 0.68 0.51 0.55 0.44 0.68 0.43 0.36 0.43 0.25 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.30 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.26 0.14 0.09 0.60 0.00 0.81 0.87 0.73
OP1 0.36 0.56 0.48 0.40 0.54 0.20 0.71 0.25 0.71 0.85 0.61 0.63 0.50 0.91 0.56 0.59 0.60 0.32 0.02 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.63 0.32 0.33 0.53 0.17 0.72 0.30 0.75 0.80 0.68 0.73 0.53 0.91 0.49 0.35 0.47 0.20 0.02 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.54 0.33 0.37 0.48 0.05 0.64 0.02 0.64 0.79 0.57 0.61 0.46 0.83 0.49 0.43 0.50 0.24 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.13 0.33 0.30 0.14 0.35 0.12 0.49 0.13 0.24 0.16 0.15 0.12 0.17 0.21 0.41 0.35 0.31 0.45 0.19 0.87 1.00 0.54
C2 0.21 0.14 0.27 0.25 0.12 0.27 0.11 0.41 0.16 0.23 0.18 0.16 0.11 0.17 0.18 0.39 0.29 0.25 0.37 0.24 0.83 0.90 0.45
C2' 0.56 0.27 0.69 0.55 0.40 0.67 0.35 0.82 0.25 0.54 0.23 0.25 0.35 0.45 0.50 0.80 0.56 0.61 0.71 0.20 1.27 1.04 0.82
C3' 0.49 0.30 0.62 0.55 0.37 0.61 0.34 0.74 0.28 0.47 0.28 0.29 0.34 0.40 0.44 0.71 0.59 0.53 0.72 0.27 1.11 1.26 0.85
C4 0.22 0.12 0.28 0.26 0.13 0.29 0.11 0.43 0.12 0.24 0.15 0.15 0.11 0.19 0.19 0.40 0.29 0.28 0.39 0.18 0.85 0.95 0.47
C4' 0.32 0.24 0.35 0.43 0.24 0.42 0.22 0.53 0.24 0.30 0.26 0.26 0.23 0.25 0.28 0.39 0.48 0.38 0.57 0.27 0.85 1.17 0.68
C5 0.22 0.13 0.24 0.24 0.15 0.27 0.15 0.41 0.12 0.26 0.14 0.15 0.12 0.23 0.21 0.39 0.26 0.29 0.37 0.14 0.83 0.90 0.44
C5' 0.44 0.34 0.47 0.59 0.34 0.56 0.32 0.66 0.32 0.42 0.34 0.36 0.34 0.36 0.40 0.48 0.64 0.50 0.71 0.33 0.99 1.25 0.82
C6 0.22 0.13 0.22 0.23 0.16 0.25 0.17 0.37 0.12 0.28 0.14 0.15 0.13 0.26 0.22 0.38 0.25 0.28 0.35 0.14 0.79 0.85 0.41
C8 0.23 0.13 0.26 0.25 0.14 0.30 0.14 0.44 0.12 0.26 0.15 0.16 0.12 0.21 0.21 0.40 0.28 0.30 0.39 0.14 0.85 0.95 0.48
N1 0.21 0.12 0.23 0.24 0.14 0.25 0.13 0.38 0.12 0.26 0.15 0.14 0.11 0.24 0.20 0.38 0.25 0.27 0.35 0.18 0.79 0.84 0.41
N2 0.20 0.18 0.29 0.26 0.13 0.27 0.15 0.41 0.23 0.19 0.22 0.19 0.14 0.13 0.17 0.39 0.30 0.23 0.37 0.31 0.83 0.89 0.44
N3 0.21 0.13 0.30 0.27 0.12 0.30 0.11 0.44 0.15 0.22 0.17 0.15 0.11 0.16 0.18 0.40 0.31 0.26 0.40 0.23 0.86 0.95 0.48
N7 0.23 0.14 0.24 0.24 0.16 0.28 0.16 0.41 0.13 0.27 0.15 0.17 0.13 0.24 0.22 0.39 0.26 0.30 0.37 0.14 0.83 0.92 0.45
N9 0.23 0.12 0.29 0.27 0.13 0.31 0.12 0.45 0.12 0.24 0.15 0.15 0.11 0.19 0.20 0.40 0.31 0.29 0.41 0.17 0.86 0.97 0.50
O2' 0.53 0.21 0.66 0.57 0.33 0.68 0.28 0.84 0.19 0.48 0.19 0.20 0.29 0.37 0.45 0.75 0.60 0.60 0.72 0.19 1.25 1.03 0.83
O3' 0.57 0.34 0.62 0.71 0.43 0.73 0.40 0.85 0.32 0.54 0.31 0.31 0.40 0.46 0.52 0.66 0.77 0.66 0.90 0.30 1.06 1.62 1.07
O4' 0.28 0.30 0.23 0.39 0.26 0.32 0.27 0.40 0.31 0.28 0.33 0.33 0.27 0.26 0.27 0.24 0.41 0.31 0.47 0.35 0.68 1.09 0.55
O5' 0.56 0.67 0.58 0.64 0.57 0.59 0.57 0.67 0.64 0.52 0.69 0.72 0.62 0.52 0.54 0.62 0.68 0.56 0.73 0.67 1.02 1.36 0.88
O6 0.24 0.16 0.20 0.24 0.20 0.24 0.22 0.35 0.17 0.29 0.16 0.18 0.16 0.29 0.24 0.38 0.24 0.29 0.34 0.17 0.76 0.81 0.39
OP1 0.71 0.76 0.73 0.83 0.68 0.78 0.65 0.86 0.71 0.64 0.78 0.82 0.72 0.61 0.67 0.75 0.90 0.73 0.90 0.75 1.14 1.50 1.06
OP2 0.83 0.82 0.96 1.06 0.77 1.00 0.75 1.12 0.78 0.80 0.83 0.87 0.79 0.75 0.79 0.99 1.15 0.85 1.16 0.80 1.54 1.64 1.31
P 0.67 0.75 0.73 0.81 0.65 0.75 0.63 0.84 0.70 0.62 0.76 0.80 0.70 0.59 0.64 0.76 0.87 0.67 0.89 0.72 1.21 1.47 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.14 0.02 0.25 0.11 0.13
C2 0.03 0.00 0.24 0.24 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.08 0.24 0.01 0.37 0.41 0.22
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.14 0.11 0.11 0.18 0.29 0.23 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.09 0.38 0.21 0.25
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.27 0.18 0.27 0.25 0.21 0.22 0.15 0.02 0.01 0.02 0.10 0.28 0.18 0.27 0.12
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.05 0.24 0.01 0.37 0.40 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.20 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03 0.29 0.01 0.44 0.58 0.28
C5' 0.07 0.11 0.14 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.14 0.10 0.10 0.19 0.12 0.08 0.14 0.01 0.01 0.18 0.22 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.04 0.30 0.01 0.46 0.63 0.29
C8 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.12 0.05 0.27 0.02 0.44 0.51 0.26
N1 0.03 0.00 0.18 0.27 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.07 0.28 0.01 0.42 0.54 0.26
N2 0.04 0.01 0.29 0.25 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.18 0.09 0.23 0.02 0.35 0.36 0.21
N3 0.03 0.01 0.23 0.21 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.08 0.22 0.01 0.33 0.32 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.16 0.03 0.30 0.02 0.49 0.67 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.22 0.02 0.35 0.32 0.19
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.12 0.20 0.17 0.08 0.17 0.20 0.13 0.16 0.12 0.22 0.12 0.00 0.04 0.14 0.15 0.19 0.30 0.25 0.20
O3' 0.17 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.14 0.16 0.12 0.15 0.18 0.13 0.16 0.06 0.04 0.00 0.13 0.17 0.19 0.39 0.48 0.24
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.14 0.13 0.00 0.16 0.04 0.14 0.12 0.14
O5' 0.14 0.24 0.22 0.10 0.24 0.01 0.29 0.01 0.30 0.27 0.28 0.23 0.22 0.30 0.22 0.15 0.17 0.16 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.19 0.04 0.32 0.00 0.50 0.74 0.33
OP1 0.25 0.37 0.38 0.18 0.37 0.13 0.44 0.22 0.46 0.44 0.42 0.35 0.33 0.49 0.35 0.30 0.39 0.14 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.41 0.21 0.27 0.40 0.21 0.58 0.29 0.63 0.51 0.54 0.36 0.32 0.67 0.32 0.25 0.48 0.12 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.25 0.12 0.22 0.02 0.28 0.01 0.29 0.26 0.26 0.21 0.19 0.31 0.19 0.20 0.24 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00