ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 11, 11, 7, 7, 4, 2, 5, 4, 6, 4, 5, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.015, 0.036, 0.058, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.043, 0.067, 0.090, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.067 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.005, 0.034, 0.062, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.052 std_dev=0.040
N7 B 0, 0.203, 0.420, 0.638, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.420 std_dev=0.217
C8 B 0, 0.271, 0.490, 0.709, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.490 std_dev=0.219
C5 B 0, 0.164, 0.400, 0.637, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.400 std_dev=0.236
O6 B 0, 0.137, 0.399, 0.662, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.399 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.282, 0.562, 0.842, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.562 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.132, 0.414, 0.697, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.414 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.184, 0.541, 0.897, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.541 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.359, 0.762, 1.166, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.762 std_dev=0.404
N1 B 0, 0.148, 0.588, 1.028, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.588 std_dev=0.440
N3 B 0, 0.171, 0.723, 1.275, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.723 std_dev=0.552
C2 B 0, 0.159, 0.744, 1.328, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.744 std_dev=0.584
O4' A 0, -0.023, 0.717, 1.458, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.717 std_dev=0.741
N2 B 0, 0.208, 0.977, 1.745, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.977 std_dev=0.768
O4' B 0, 0.606, 1.379, 2.152, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.379 std_dev=0.773
C2' A 0, 0.023, 0.823, 1.622, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.823 std_dev=0.799
C3' A 0, 0.104, 1.194, 2.283, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.194 std_dev=1.090
O2' A 0, 0.023, 1.152, 2.281, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.152 std_dev=1.129
C4' A 0, 0.030, 1.178, 2.326, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.178 std_dev=1.148
O3' A 0, 0.250, 1.471, 2.692, 3.652 max_d=3.652 avg_d=1.471 std_dev=1.221
C2' B 0, 0.792, 2.310, 3.828, 4.417 max_d=4.417 avg_d=2.310 std_dev=1.518
C4' B 0, 0.939, 2.468, 3.997, 5.007 max_d=5.007 avg_d=2.468 std_dev=1.529
O5' A 0, 0.107, 1.780, 3.453, 5.659 max_d=5.659 avg_d=1.780 std_dev=1.673
C5' A 0, 0.057, 1.799, 3.541, 4.736 max_d=4.736 avg_d=1.799 std_dev=1.742
P A 0, 0.209, 2.123, 4.036, 7.060 max_d=7.060 avg_d=2.123 std_dev=1.914
O2' B 0, 0.926, 2.862, 4.799, 5.435 max_d=5.435 avg_d=2.862 std_dev=1.936
OP2 A 0, 0.328, 2.346, 4.363, 8.317 max_d=8.317 avg_d=2.346 std_dev=2.017
C3' B 0, 1.112, 3.145, 5.177, 5.987 max_d=5.987 avg_d=3.145 std_dev=2.033
OP1 A 0, 0.530, 2.686, 4.842, 7.839 max_d=7.839 avg_d=2.686 std_dev=2.156
C5' B 0, 1.362, 4.032, 6.701, 7.517 max_d=7.517 avg_d=4.032 std_dev=2.669
O3' B 0, 1.505, 4.441, 7.378, 8.319 max_d=8.319 avg_d=4.441 std_dev=2.937
O5' B 0, 1.321, 4.632, 7.944, 8.491 max_d=8.491 avg_d=4.632 std_dev=3.311
P B 0, 1.616, 6.288, 10.961, 11.179 max_d=11.179 avg_d=6.288 std_dev=4.672
OP2 B 0, 1.632, 6.625, 11.617, 12.384 max_d=12.384 avg_d=6.625 std_dev=4.993
OP1 B 0, 1.924, 7.310, 12.695, 12.883 max_d=12.883 avg_d=7.310 std_dev=5.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.10 0.03 0.02 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.03 0.31 0.01 0.23 0.04 0.57 0.34 0.26
C2 0.06 0.00 0.49 0.36 0.03 0.26 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.39 0.28 0.44 0.42 0.01 0.72 0.55 0.37
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.25 0.03 0.14 0.21 0.23 0.24 0.38 0.58 0.47 0.13 0.04 0.01 0.04 0.02 0.48 0.18 0.98 0.72 0.69
C3' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.34 0.01 0.43 0.05 0.45 0.37 0.42 0.33 0.30 0.44 0.28 0.02 0.02 0.03 0.17 0.49 0.74 0.24 0.35
C4 0.03 0.03 0.25 0.34 0.00 0.10 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.23 0.39 0.02 0.71 0.55 0.39
C4' 0.01 0.26 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.31 0.18 0.34 0.24 0.26 0.11 0.35 0.04 0.01 0.03 0.14 0.35 0.24 0.11
C5 0.03 0.02 0.14 0.43 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.23 0.12 0.49 0.01 0.90 0.74 0.55
C5' 0.10 0.41 0.21 0.05 0.25 0.01 0.28 0.00 0.30 0.41 0.36 0.50 0.37 0.39 0.21 0.18 0.22 0.02 0.02 0.32 0.26 0.27 0.04
C6 0.03 0.01 0.23 0.45 0.02 0.12 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.27 0.20 0.50 0.01 0.94 0.80 0.57
C8 0.02 0.03 0.24 0.37 0.01 0.31 0.01 0.41 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.56 0.23 0.23 0.56 0.02 0.87 0.70 0.61
N1 0.06 0.01 0.38 0.42 0.03 0.18 0.02 0.36 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.24 0.27 0.35 0.46 0.01 0.83 0.68 0.46
N2 0.07 0.01 0.58 0.33 0.03 0.34 0.02 0.50 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.57 0.35 0.53 0.43 0.02 0.69 0.51 0.36
N3 0.05 0.01 0.47 0.30 0.01 0.24 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.39 0.28 0.43 0.38 0.01 0.66 0.47 0.33
N7 0.03 0.02 0.13 0.44 0.01 0.26 0.01 0.39 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.52 0.29 0.12 0.60 0.02 1.03 0.87 0.71
N9 0.01 0.03 0.04 0.28 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.23 0.13 0.03 0.36 0.02 0.66 0.48 0.37
O2' 0.03 0.39 0.01 0.02 0.16 0.35 0.28 0.18 0.24 0.56 0.24 0.57 0.39 0.52 0.23 0.00 0.06 0.25 0.34 0.31 1.01 0.78 0.65
O3' 0.31 0.28 0.04 0.02 0.19 0.04 0.23 0.22 0.27 0.23 0.27 0.35 0.28 0.29 0.13 0.06 0.00 0.20 0.25 0.32 0.65 0.26 0.29
O4' 0.01 0.44 0.02 0.03 0.23 0.01 0.12 0.02 0.20 0.23 0.35 0.53 0.43 0.12 0.03 0.25 0.20 0.00 0.18 0.16 0.33 0.37 0.21
O5' 0.23 0.42 0.48 0.17 0.39 0.03 0.49 0.02 0.50 0.56 0.46 0.43 0.38 0.60 0.36 0.34 0.25 0.18 0.00 0.56 0.03 0.03 0.01
O6 0.04 0.01 0.18 0.49 0.02 0.14 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.32 0.16 0.56 0.00 1.07 0.93 0.67
OP1 0.57 0.72 0.98 0.74 0.71 0.35 0.90 0.26 0.94 0.87 0.83 0.69 0.66 1.03 0.66 1.01 0.65 0.33 0.03 1.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.55 0.72 0.24 0.55 0.24 0.74 0.27 0.80 0.70 0.68 0.51 0.47 0.87 0.48 0.78 0.26 0.37 0.03 0.93 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.37 0.69 0.35 0.39 0.11 0.55 0.04 0.57 0.61 0.46 0.36 0.33 0.71 0.37 0.65 0.29 0.21 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.23 0.49 0.48 0.19 0.49 0.19 1.06 0.23 0.28 0.26 0.26 0.19 0.22 0.25 0.83 0.56 0.36 1.86 0.27 2.99 2.76 2.57
C2 0.27 0.19 0.40 0.46 0.16 0.35 0.15 0.73 0.20 0.27 0.23 0.22 0.15 0.21 0.22 0.67 0.48 0.26 1.42 0.28 2.24 2.05 1.88
C2' 0.86 0.47 0.96 0.81 0.65 0.74 0.60 1.13 0.47 0.84 0.42 0.43 0.57 0.74 0.78 1.27 0.89 0.64 1.73 0.41 2.96 2.64 2.46
C3' 0.59 0.48 0.69 0.60 0.51 0.57 0.50 1.13 0.48 0.57 0.47 0.48 0.49 0.54 0.55 1.02 0.67 0.40 1.85 0.48 3.08 2.83 2.60
C4 0.27 0.21 0.40 0.48 0.17 0.36 0.16 0.76 0.20 0.27 0.24 0.25 0.17 0.22 0.23 0.68 0.52 0.26 1.45 0.25 2.35 2.11 1.95
C4' 0.30 0.38 0.38 0.56 0.32 0.75 0.32 1.38 0.38 0.29 0.40 0.41 0.34 0.29 0.30 0.70 0.56 0.64 2.22 0.41 3.38 3.19 2.99
C5 0.24 0.21 0.33 0.52 0.17 0.32 0.17 0.57 0.19 0.28 0.23 0.27 0.17 0.24 0.22 0.56 0.53 0.20 1.11 0.21 1.88 1.60 1.46
C5' 0.45 0.57 0.39 0.67 0.49 0.86 0.49 1.42 0.54 0.42 0.58 0.61 0.53 0.43 0.45 0.61 0.65 0.79 2.23 0.56 3.31 3.11 2.94
C6 0.23 0.21 0.28 0.54 0.17 0.31 0.17 0.49 0.18 0.28 0.23 0.27 0.17 0.26 0.22 0.47 0.52 0.19 0.86 0.20 1.51 1.25 1.09
C8 0.26 0.21 0.37 0.51 0.17 0.35 0.17 0.69 0.19 0.28 0.24 0.27 0.17 0.23 0.22 0.64 0.54 0.23 1.33 0.21 2.22 1.93 1.80
N1 0.24 0.20 0.31 0.51 0.16 0.30 0.16 0.51 0.18 0.28 0.23 0.24 0.15 0.25 0.22 0.51 0.49 0.19 1.00 0.24 1.66 1.42 1.28
N2 0.28 0.19 0.46 0.43 0.16 0.40 0.15 0.87 0.23 0.26 0.23 0.20 0.16 0.18 0.23 0.74 0.45 0.32 1.61 0.31 2.43 2.31 2.12
N3 0.28 0.19 0.45 0.46 0.16 0.41 0.15 0.90 0.21 0.26 0.23 0.22 0.16 0.20 0.22 0.75 0.50 0.31 1.65 0.27 2.60 2.41 2.23
N7 0.24 0.22 0.31 0.53 0.17 0.32 0.17 0.56 0.18 0.28 0.23 0.28 0.17 0.25 0.22 0.55 0.54 0.20 1.08 0.19 1.85 1.55 1.42
N9 0.27 0.21 0.42 0.49 0.17 0.40 0.17 0.84 0.21 0.27 0.24 0.26 0.17 0.22 0.23 0.72 0.54 0.28 1.57 0.25 2.55 2.29 2.13
O2' 0.88 0.36 0.99 0.78 0.57 0.83 0.51 1.33 0.35 0.84 0.32 0.33 0.48 0.68 0.76 1.38 0.84 0.75 1.98 0.32 3.29 2.97 2.78
O3' 0.46 0.37 0.56 0.65 0.38 0.78 0.38 1.47 0.38 0.45 0.38 0.37 0.37 0.42 0.42 0.91 0.68 0.55 2.25 0.40 3.53 3.36 3.06
O4' 0.42 0.52 0.43 0.66 0.47 0.83 0.47 1.38 0.52 0.41 0.54 0.55 0.49 0.43 0.43 0.66 0.66 0.77 2.22 0.54 3.28 3.11 2.93
O5' 0.45 0.64 0.49 0.66 0.53 0.65 0.53 1.09 0.62 0.43 0.67 0.69 0.57 0.46 0.46 0.69 0.70 0.55 1.81 0.66 2.83 2.58 2.43
O6 0.22 0.23 0.25 0.58 0.18 0.38 0.19 0.56 0.18 0.28 0.23 0.29 0.18 0.28 0.22 0.40 0.54 0.25 0.62 0.19 1.15 0.98 0.73
OP1 0.69 0.99 0.70 0.98 0.83 0.99 0.84 1.41 0.95 0.67 1.02 1.05 0.90 0.73 0.73 0.72 1.00 0.85 2.08 1.00 3.13 2.84 2.70
OP2 0.68 0.88 0.74 0.81 0.76 0.65 0.76 0.86 0.85 0.66 0.90 0.94 0.81 0.69 0.69 0.89 0.89 0.55 1.37 0.88 2.31 1.91 1.83
P 0.41 0.62 0.49 0.66 0.49 0.60 0.50 1.00 0.60 0.39 0.65 0.67 0.54 0.43 0.43 0.68 0.73 0.48 1.68 0.64 2.68 2.38 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.03 0.22 0.01 0.23 0.04 0.34 0.36 0.23
C2 0.06 0.00 0.33 0.69 0.03 0.94 0.02 1.65 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.54 0.55 0.73 1.63 0.02 1.89 2.53 2.04
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.16 0.03 0.09 0.12 0.15 0.18 0.25 0.41 0.32 0.12 0.04 0.01 0.05 0.03 0.43 0.12 0.45 0.45 0.41
C3' 0.03 0.69 0.01 0.00 0.44 0.01 0.42 0.04 0.50 0.36 0.62 0.79 0.64 0.38 0.25 0.03 0.02 0.03 0.39 0.49 0.42 0.19 0.31
C4 0.03 0.03 0.16 0.44 0.00 0.46 0.01 0.75 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.30 0.31 0.37 0.59 0.02 0.66 0.97 0.66
C4' 0.01 0.94 0.03 0.01 0.46 0.00 0.27 0.01 0.43 0.43 0.73 1.16 0.90 0.29 0.12 0.26 0.04 0.01 0.03 0.35 0.18 0.32 0.08
C5 0.03 0.02 0.09 0.42 0.01 0.27 0.00 0.47 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.30 0.30 0.15 0.48 0.02 0.70 0.76 0.47
C5' 0.07 1.65 0.12 0.04 0.75 0.01 0.47 0.00 0.76 0.72 1.29 2.10 1.50 0.53 0.21 0.17 0.17 0.02 0.02 0.62 0.27 0.44 0.04
C6 0.03 0.01 0.15 0.50 0.02 0.43 0.01 0.76 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.39 0.28 0.60 0.01 0.79 1.11 0.69
C8 0.03 0.03 0.18 0.36 0.01 0.43 0.01 0.72 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.35 0.24 0.39 1.24 0.03 1.51 1.38 1.37
N1 0.05 0.01 0.25 0.62 0.03 0.73 0.02 1.29 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.45 0.49 0.54 1.16 0.02 1.39 1.96 1.48
N2 0.07 0.01 0.41 0.79 0.03 1.16 0.03 2.10 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.67 0.65 0.88 2.23 0.03 2.75 3.53 2.90
N3 0.05 0.01 0.32 0.64 0.01 0.90 0.01 1.50 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.50 0.48 0.74 1.45 0.02 1.55 2.07 1.71
N7 0.03 0.02 0.12 0.38 0.01 0.29 0.01 0.53 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.35 0.27 0.22 1.06 0.03 1.41 1.27 1.20
N9 0.01 0.03 0.04 0.25 0.01 0.12 0.02 0.21 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.18 0.15 0.03 0.43 0.03 0.60 0.53 0.42
O2' 0.03 0.54 0.01 0.03 0.30 0.26 0.30 0.17 0.36 0.35 0.45 0.67 0.50 0.35 0.18 0.00 0.07 0.19 0.18 0.36 0.24 0.39 0.22
O3' 0.22 0.55 0.05 0.02 0.31 0.04 0.30 0.17 0.39 0.24 0.49 0.65 0.48 0.27 0.15 0.07 0.00 0.13 0.29 0.39 0.45 0.27 0.29
O4' 0.01 0.73 0.03 0.03 0.37 0.01 0.15 0.02 0.28 0.39 0.54 0.88 0.74 0.22 0.03 0.19 0.13 0.00 0.15 0.19 0.25 0.40 0.19
O5' 0.23 1.63 0.43 0.39 0.59 0.03 0.48 0.02 0.60 1.24 1.16 2.23 1.45 1.06 0.43 0.18 0.29 0.15 0.00 0.55 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.12 0.49 0.02 0.35 0.02 0.62 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.36 0.39 0.19 0.55 0.00 0.83 0.99 0.60
OP1 0.34 1.89 0.45 0.42 0.66 0.18 0.70 0.27 0.79 1.51 1.39 2.75 1.55 1.41 0.60 0.24 0.45 0.25 0.02 0.83 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 2.53 0.45 0.19 0.97 0.32 0.76 0.44 1.11 1.38 1.96 3.53 2.07 1.27 0.53 0.39 0.27 0.40 0.03 0.99 0.02 0.00 0.01
P 0.23 2.04 0.41 0.31 0.66 0.08 0.47 0.04 0.69 1.37 1.48 2.90 1.71 1.20 0.42 0.22 0.29 0.19 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00