ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53743

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 2, 5, 4, 9, 4, 4, 4, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.028, 0.054, 0.080, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.054 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.013, 0.038, 0.064, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.009, 0.046, 0.082, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.046 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.015, 0.058, 0.102, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.058 std_dev=0.044
C5 B 0, 0.215, 0.398, 0.582, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.398 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.164, 0.360, 0.556, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.360 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.249, 0.478, 0.707, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.478 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.184, 0.451, 0.717, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.451 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.206, 0.486, 0.765, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.486 std_dev=0.279
O6 B 0, 0.107, 0.407, 0.707, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.407 std_dev=0.300
N7 B 0, 0.285, 0.589, 0.893, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.589 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.163, 0.467, 0.772, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.467 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.328, 0.711, 1.094, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.711 std_dev=0.383
C8 B 0, 0.332, 0.767, 1.201, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.767 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.191, 0.647, 1.103, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.647 std_dev=0.456
O4' A 0, 0.056, 0.524, 0.993, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.524 std_dev=0.468
C2' A 0, 0.061, 0.590, 1.119, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.590 std_dev=0.529
C1' B 0, 0.362, 0.917, 1.471, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.917 std_dev=0.555
C4' A 0, 0.203, 0.862, 1.522, 2.995 max_d=2.995 avg_d=0.862 std_dev=0.659
C3' A 0, 0.147, 0.885, 1.623, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.885 std_dev=0.738
O2' A 0, 0.024, 0.794, 1.565, 3.274 max_d=3.274 avg_d=0.794 std_dev=0.771
C2' B 0, 0.916, 1.776, 2.636, 3.285 max_d=3.285 avg_d=1.776 std_dev=0.860
O4' B 0, 1.010, 2.045, 3.080, 3.423 max_d=3.423 avg_d=2.045 std_dev=1.035
O3' A 0, 0.238, 1.273, 2.308, 3.919 max_d=3.919 avg_d=1.273 std_dev=1.035
C5' A 0, 0.365, 1.422, 2.479, 5.890 max_d=5.890 avg_d=1.422 std_dev=1.057
C4' B 0, 1.141, 2.291, 3.441, 3.886 max_d=3.886 avg_d=2.291 std_dev=1.150
O5' A 0, 0.226, 1.457, 2.689, 6.775 max_d=6.775 avg_d=1.457 std_dev=1.232
C3' B 0, 1.114, 2.411, 3.709, 4.221 max_d=4.221 avg_d=2.411 std_dev=1.297
O2' B 0, 1.402, 2.708, 4.013, 4.161 max_d=4.161 avg_d=2.708 std_dev=1.306
P A 0, 0.164, 1.867, 3.571, 9.892 max_d=9.892 avg_d=1.867 std_dev=1.704
OP2 A 0, -0.004, 1.756, 3.517, 10.525 max_d=10.525 avg_d=1.756 std_dev=1.761
O3' B 0, 1.447, 3.447, 5.448, 6.324 max_d=6.324 avg_d=3.447 std_dev=2.000
OP1 A 0, 0.387, 2.473, 4.559, 11.363 max_d=11.363 avg_d=2.473 std_dev=2.086
C5' B 0, 2.101, 4.458, 6.816, 6.820 max_d=6.820 avg_d=4.458 std_dev=2.358
O5' B 0, 2.572, 5.500, 8.429, 8.020 max_d=8.020 avg_d=5.500 std_dev=2.928
P B 0, 3.526, 7.739, 11.953, 11.073 max_d=11.073 avg_d=7.739 std_dev=4.214
OP2 B 0, 3.826, 8.378, 12.930, 11.850 max_d=11.850 avg_d=8.378 std_dev=4.552
OP1 B 0, 4.036, 8.820, 13.603, 12.570 max_d=12.570 avg_d=8.820 std_dev=4.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.25 0.01 0.25 0.04 0.59 0.40 0.32
C2 0.04 0.00 0.36 0.39 0.01 0.28 0.02 0.55 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.23 0.38 0.22 0.57 0.02 1.23 0.66 0.70
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.04 0.08 0.17 0.14 0.20 0.27 0.44 0.36 0.14 0.03 0.01 0.05 0.02 0.33 0.11 0.94 0.59 0.58
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.28 0.01 0.31 0.04 0.34 0.31 0.38 0.44 0.35 0.33 0.21 0.03 0.01 0.02 0.19 0.35 0.61 0.22 0.26
C4 0.02 0.01 0.18 0.28 0.00 0.15 0.01 0.31 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.12 0.42 0.03 0.94 0.58 0.51
C4' 0.02 0.28 0.04 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.17 0.20 0.23 0.34 0.26 0.17 0.09 0.29 0.03 0.01 0.03 0.16 0.33 0.22 0.09
C5 0.02 0.02 0.08 0.31 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.29 0.18 0.08 0.49 0.02 1.09 0.77 0.64
C5' 0.09 0.55 0.17 0.04 0.31 0.01 0.29 0.00 0.36 0.30 0.48 0.66 0.50 0.30 0.17 0.13 0.18 0.02 0.01 0.35 0.30 0.34 0.03
C6 0.03 0.01 0.14 0.34 0.02 0.17 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.23 0.12 0.52 0.01 1.24 0.78 0.69
C8 0.02 0.02 0.20 0.31 0.01 0.20 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.35 0.24 0.13 0.61 0.03 0.88 0.89 0.72
N1 0.04 0.01 0.27 0.38 0.02 0.23 0.02 0.48 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.23 0.31 0.19 0.55 0.02 1.29 0.71 0.70
N2 0.05 0.01 0.44 0.44 0.02 0.34 0.03 0.66 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.30 0.47 0.26 0.66 0.03 1.37 0.74 0.83
N3 0.04 0.01 0.36 0.35 0.01 0.26 0.01 0.50 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.35 0.21 0.49 0.03 1.04 0.55 0.58
N7 0.02 0.03 0.14 0.33 0.01 0.17 0.01 0.30 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.37 0.23 0.07 0.60 0.03 1.07 0.98 0.77
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.12 0.03 0.39 0.03 0.74 0.58 0.46
O2' 0.04 0.23 0.01 0.03 0.19 0.29 0.29 0.13 0.28 0.35 0.23 0.30 0.22 0.37 0.18 0.00 0.08 0.21 0.22 0.33 0.91 0.63 0.53
O3' 0.25 0.38 0.05 0.01 0.20 0.03 0.18 0.18 0.23 0.24 0.31 0.47 0.35 0.23 0.12 0.08 0.00 0.17 0.29 0.24 0.52 0.37 0.28
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.13 0.19 0.26 0.21 0.07 0.03 0.21 0.17 0.00 0.20 0.11 0.32 0.28 0.20
O5' 0.25 0.57 0.33 0.19 0.42 0.03 0.49 0.01 0.52 0.61 0.55 0.66 0.49 0.60 0.39 0.22 0.29 0.20 0.00 0.55 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.35 0.03 0.16 0.02 0.35 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.33 0.24 0.11 0.55 0.00 1.33 0.88 0.75
OP1 0.59 1.23 0.94 0.61 0.94 0.33 1.09 0.30 1.24 0.88 1.29 1.37 1.04 1.07 0.74 0.91 0.52 0.32 0.02 1.33 0.00 0.03 0.01
OP2 0.40 0.66 0.59 0.22 0.58 0.22 0.77 0.34 0.78 0.89 0.71 0.74 0.55 0.98 0.58 0.63 0.37 0.28 0.03 0.88 0.03 0.00 0.01
P 0.32 0.70 0.58 0.26 0.51 0.09 0.64 0.03 0.69 0.72 0.70 0.83 0.58 0.77 0.46 0.53 0.28 0.20 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.13 0.50 0.42 0.16 0.44 0.14 0.96 0.13 0.23 0.14 0.14 0.15 0.18 0.21 0.67 0.53 0.47 1.59 0.16 2.93 2.16 2.20
C2 0.23 0.14 0.39 0.40 0.15 0.35 0.13 0.74 0.15 0.23 0.16 0.15 0.14 0.18 0.20 0.53 0.44 0.38 1.27 0.22 2.54 1.58 1.71
C2' 0.61 0.31 0.78 0.76 0.43 0.71 0.40 1.17 0.29 0.58 0.27 0.29 0.39 0.49 0.54 0.94 0.88 0.59 1.62 0.26 2.99 2.30 2.28
C3' 0.57 0.38 0.73 0.85 0.45 0.71 0.43 1.14 0.36 0.54 0.35 0.36 0.43 0.49 0.52 0.84 0.97 0.55 1.62 0.34 2.90 2.36 2.24
C4 0.22 0.14 0.39 0.43 0.16 0.34 0.14 0.72 0.13 0.22 0.14 0.15 0.14 0.18 0.20 0.54 0.49 0.38 1.27 0.15 2.55 1.62 1.72
C4' 0.36 0.23 0.54 0.66 0.28 0.63 0.26 1.13 0.23 0.35 0.22 0.23 0.26 0.30 0.33 0.65 0.76 0.58 1.77 0.22 3.04 2.45 2.39
C5 0.21 0.15 0.33 0.45 0.17 0.27 0.16 0.54 0.14 0.23 0.15 0.17 0.16 0.21 0.20 0.49 0.49 0.31 0.98 0.14 2.22 1.20 1.32
C5' 0.66 0.52 0.76 0.97 0.58 0.91 0.55 1.28 0.50 0.64 0.50 0.52 0.56 0.59 0.63 0.78 1.04 0.85 1.87 0.47 3.03 2.47 2.40
C6 0.22 0.16 0.29 0.46 0.18 0.26 0.18 0.47 0.15 0.24 0.16 0.18 0.17 0.23 0.21 0.48 0.47 0.26 0.78 0.14 2.00 0.93 1.05
C8 0.22 0.15 0.37 0.45 0.17 0.31 0.16 0.64 0.14 0.22 0.15 0.17 0.16 0.19 0.20 0.52 0.52 0.36 1.16 0.14 2.42 1.47 1.57
N1 0.22 0.14 0.31 0.43 0.17 0.26 0.16 0.52 0.13 0.24 0.15 0.15 0.15 0.22 0.21 0.48 0.44 0.29 0.92 0.17 2.13 1.06 1.22
N2 0.24 0.16 0.42 0.37 0.15 0.42 0.14 0.88 0.20 0.23 0.19 0.16 0.15 0.16 0.20 0.56 0.40 0.43 1.45 0.29 2.72 1.81 1.93
N3 0.23 0.14 0.43 0.40 0.15 0.40 0.13 0.86 0.14 0.22 0.15 0.14 0.14 0.17 0.20 0.58 0.47 0.44 1.45 0.20 2.75 1.89 1.97
N7 0.21 0.17 0.32 0.47 0.18 0.27 0.17 0.52 0.15 0.23 0.16 0.19 0.17 0.21 0.20 0.49 0.51 0.31 0.94 0.14 2.17 1.16 1.27
N9 0.22 0.14 0.42 0.43 0.16 0.36 0.14 0.78 0.13 0.22 0.14 0.15 0.15 0.18 0.20 0.57 0.51 0.41 1.36 0.15 2.65 1.78 1.86
O2' 0.51 0.35 0.71 0.64 0.34 0.71 0.31 1.31 0.35 0.46 0.39 0.39 0.33 0.36 0.43 0.92 0.77 0.60 1.85 0.42 3.28 2.66 2.61
O3' 0.61 0.41 0.72 0.99 0.49 0.87 0.45 1.34 0.38 0.58 0.37 0.40 0.46 0.51 0.56 0.80 1.15 0.66 1.86 0.34 3.08 2.75 2.51
O4' 0.30 0.25 0.44 0.46 0.26 0.55 0.24 1.03 0.23 0.28 0.24 0.26 0.26 0.25 0.28 0.58 0.53 0.64 1.72 0.23 2.99 2.28 2.30
O5' 0.65 0.62 0.79 1.03 0.61 0.91 0.59 1.21 0.59 0.62 0.61 0.63 0.62 0.59 0.63 0.78 1.13 0.82 1.77 0.59 2.86 2.30 2.22
O6 0.23 0.19 0.25 0.49 0.21 0.30 0.22 0.50 0.19 0.25 0.18 0.20 0.20 0.25 0.23 0.51 0.48 0.25 0.58 0.20 1.75 0.81 0.78
OP1 1.53 1.53 1.66 1.98 1.50 1.80 1.45 1.99 1.45 1.45 1.50 1.57 1.53 1.40 1.50 1.55 2.07 1.64 2.41 1.41 3.17 2.92 2.73
OP2 0.86 0.85 1.01 1.18 0.82 1.01 0.79 1.17 0.81 0.81 0.84 0.87 0.84 0.77 0.83 1.05 1.27 0.93 1.63 0.81 2.62 2.04 1.95
P 0.91 0.84 1.06 1.32 0.84 1.18 0.80 1.42 0.79 0.86 0.82 0.86 0.85 0.80 0.87 1.02 1.42 1.06 1.90 0.77 2.88 2.38 2.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.05 0.30 0.01 0.30 0.04 0.76 0.22 0.35
C2 0.07 0.00 0.30 0.61 0.02 0.82 0.02 1.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.63 0.44 0.60 1.33 0.02 1.67 2.30 1.73
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.14 0.03 0.07 0.21 0.12 0.19 0.22 0.37 0.29 0.13 0.05 0.01 0.07 0.02 0.59 0.09 0.80 0.38 0.62
C3' 0.02 0.61 0.01 0.00 0.44 0.01 0.43 0.02 0.51 0.26 0.59 0.65 0.55 0.33 0.24 0.02 0.02 0.02 0.40 0.51 0.41 0.27 0.33
C4 0.03 0.02 0.14 0.44 0.00 0.42 0.01 0.66 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.39 0.28 0.30 0.50 0.02 1.05 0.95 0.64
C4' 0.01 0.82 0.03 0.01 0.42 0.00 0.24 0.01 0.39 0.31 0.65 1.00 0.79 0.18 0.09 0.33 0.04 0.01 0.04 0.31 0.20 0.26 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.43 0.01 0.24 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.35 0.28 0.10 0.41 0.02 1.28 0.68 0.53
C5' 0.10 1.44 0.21 0.02 0.66 0.01 0.39 0.00 0.66 0.59 1.13 1.82 1.31 0.39 0.18 0.12 0.23 0.03 0.02 0.53 0.23 0.38 0.03
C6 0.03 0.01 0.12 0.51 0.02 0.39 0.01 0.66 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.43 0.36 0.22 0.48 0.01 1.26 1.08 0.67
C8 0.03 0.02 0.19 0.26 0.01 0.31 0.01 0.59 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.30 0.15 0.36 1.07 0.05 1.83 0.95 1.22
N1 0.06 0.01 0.22 0.59 0.02 0.65 0.02 1.13 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.55 0.42 0.43 0.94 0.02 1.42 1.84 1.28
N2 0.09 0.01 0.37 0.65 0.03 1.00 0.03 1.82 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.76 0.52 0.73 1.83 0.05 2.29 3.13 2.45
N3 0.07 0.01 0.29 0.55 0.01 0.79 0.02 1.31 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.58 0.40 0.62 1.19 0.02 1.41 1.90 1.46
N7 0.02 0.02 0.13 0.33 0.01 0.18 0.01 0.39 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.31 0.23 0.22 0.90 0.05 1.82 0.85 1.07
N9 0.01 0.03 0.05 0.24 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.21 0.15 0.03 0.43 0.04 1.10 0.34 0.50
O2' 0.05 0.63 0.01 0.02 0.39 0.33 0.35 0.12 0.43 0.30 0.55 0.76 0.58 0.31 0.21 0.00 0.09 0.22 0.30 0.41 0.47 0.32 0.36
O3' 0.30 0.44 0.07 0.02 0.28 0.04 0.28 0.23 0.36 0.15 0.42 0.52 0.40 0.23 0.15 0.09 0.00 0.23 0.34 0.38 0.54 0.48 0.37
O4' 0.01 0.60 0.02 0.02 0.30 0.01 0.10 0.03 0.22 0.36 0.43 0.73 0.62 0.22 0.03 0.22 0.23 0.00 0.21 0.14 0.52 0.30 0.22
O5' 0.30 1.33 0.59 0.40 0.50 0.04 0.41 0.02 0.48 1.07 0.94 1.83 1.19 0.90 0.43 0.30 0.34 0.21 0.00 0.44 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.09 0.51 0.02 0.31 0.02 0.53 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.41 0.38 0.14 0.44 0.00 1.38 0.94 0.61
OP1 0.76 1.67 0.80 0.41 1.05 0.20 1.28 0.23 1.26 1.83 1.42 2.29 1.41 1.82 1.10 0.47 0.54 0.52 0.03 1.38 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 2.30 0.38 0.27 0.95 0.26 0.68 0.38 1.08 0.95 1.84 3.13 1.90 0.85 0.34 0.32 0.48 0.30 0.02 0.94 0.02 0.00 0.01
P 0.35 1.73 0.62 0.33 0.64 0.06 0.53 0.03 0.67 1.22 1.28 2.45 1.46 1.07 0.50 0.36 0.37 0.22 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00