ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 1, 2, 0, 3, 2, 7, 5, 1, 6, 3, 8, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.024, 0.035, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.027, 0.041, 0.055, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.029, 0.053, 0.077, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.053 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.030, 0.055, 0.081, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.055 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.034, 0.063, 0.092, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.012, 0.046, 0.080, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.046 std_dev=0.034
C6 B 0, 0.253, 0.486, 0.718, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.486 std_dev=0.233
O6 B 0, 0.171, 0.437, 0.703, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.437 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.347, 0.653, 0.960, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.653 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.218, 0.564, 0.911, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.564 std_dev=0.347
O4' A 0, 0.258, 0.643, 1.029, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.643 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.356, 0.751, 1.146, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.751 std_dev=0.395
C4 B 0, 0.469, 0.873, 1.278, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.873 std_dev=0.405
N7 B 0, 0.359, 0.766, 1.173, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.766 std_dev=0.407
N3 B 0, 0.509, 0.923, 1.337, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.923 std_dev=0.414
C2' A 0, 0.270, 0.690, 1.110, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.690 std_dev=0.420
C3' A 0, 0.452, 0.943, 1.433, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.943 std_dev=0.490
N2 B 0, 0.356, 0.861, 1.366, 2.436 max_d=2.436 avg_d=0.861 std_dev=0.505
C4' A 0, 0.426, 0.963, 1.499, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.963 std_dev=0.536
C8 B 0, 0.457, 1.034, 1.611, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.034 std_dev=0.577
N9 B 0, 0.523, 1.107, 1.691, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.107 std_dev=0.584
O2' A 0, 0.566, 1.253, 1.939, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.253 std_dev=0.686
C1' B 0, 0.701, 1.443, 2.185, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.443 std_dev=0.742
C5' A 0, 0.808, 1.620, 2.432, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.620 std_dev=0.812
C2' B 0, 0.725, 1.565, 2.406, 2.893 max_d=2.893 avg_d=1.565 std_dev=0.840
O3' A 0, 0.193, 1.126, 2.058, 3.127 max_d=3.127 avg_d=1.126 std_dev=0.933
O2' B 0, 0.879, 1.893, 2.907, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.893 std_dev=1.014
O4' B 0, 0.685, 1.706, 2.726, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.706 std_dev=1.021
C3' B 0, 0.574, 1.722, 2.869, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.722 std_dev=1.147
C4' B 0, 0.626, 1.886, 3.147, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.886 std_dev=1.260
O5' A 0, 0.602, 1.900, 3.197, 5.730 max_d=5.730 avg_d=1.900 std_dev=1.298
O3' B 0, 0.664, 2.112, 3.559, 4.456 max_d=4.456 avg_d=2.112 std_dev=1.448
O5' B 0, 0.579, 2.126, 3.672, 7.074 max_d=7.074 avg_d=2.126 std_dev=1.547
C5' B 0, 0.696, 2.259, 3.821, 5.518 max_d=5.518 avg_d=2.259 std_dev=1.563
P A 0, 0.556, 2.369, 4.182, 8.259 max_d=8.259 avg_d=2.369 std_dev=1.813
OP2 A 0, 0.665, 2.597, 4.529, 8.246 max_d=8.246 avg_d=2.597 std_dev=1.932
OP1 A 0, 0.650, 2.629, 4.607, 9.272 max_d=9.272 avg_d=2.629 std_dev=1.978
P B 0, 0.396, 2.537, 4.677, 10.190 max_d=10.190 avg_d=2.537 std_dev=2.140
OP2 B 0, 0.305, 2.447, 4.588, 10.867 max_d=10.867 avg_d=2.447 std_dev=2.142
OP1 B 0, 0.499, 3.034, 5.569, 11.257 max_d=11.257 avg_d=3.034 std_dev=2.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.43 0.03 0.67 0.40 0.46
C2 0.05 0.00 0.39 0.28 0.01 0.25 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.35 0.38 0.62 0.01 0.95 0.80 0.72
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.18 0.18 0.19 0.30 0.47 0.38 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.54 0.13 0.96 0.61 0.65
C3' 0.03 0.28 0.01 0.00 0.26 0.00 0.32 0.02 0.34 0.29 0.32 0.28 0.24 0.34 0.21 0.02 0.01 0.02 0.24 0.36 0.72 0.23 0.35
C4 0.02 0.01 0.20 0.26 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.20 0.70 0.02 0.96 0.82 0.79
C4' 0.01 0.25 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.10 0.27 0.18 0.34 0.24 0.22 0.09 0.28 0.04 0.01 0.02 0.11 0.36 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.18 0.10 0.87 0.02 1.13 1.09 1.01
C5' 0.06 0.33 0.18 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.36 0.26 0.43 0.30 0.34 0.14 0.14 0.19 0.02 0.01 0.23 0.32 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.34 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.22 0.18 0.87 0.01 1.18 1.16 1.04
C8 0.02 0.01 0.19 0.29 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.15 0.20 0.96 0.03 1.10 1.04 1.06
N1 0.04 0.00 0.30 0.32 0.01 0.18 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.29 0.30 0.75 0.01 1.08 1.00 0.89
N2 0.07 0.00 0.47 0.28 0.01 0.34 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.54 0.43 0.45 0.55 0.02 0.90 0.71 0.64
N3 0.05 0.01 0.38 0.24 0.00 0.24 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.35 0.37 0.56 0.02 0.87 0.68 0.64
N7 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.18 0.10 1.02 0.03 1.22 1.25 1.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.02 0.70 0.03 0.89 0.73 0.76
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.17 0.28 0.24 0.14 0.23 0.47 0.27 0.54 0.37 0.43 0.20 0.00 0.08 0.20 0.46 0.27 0.95 0.71 0.63
O3' 0.30 0.35 0.04 0.01 0.22 0.04 0.18 0.19 0.22 0.15 0.29 0.43 0.35 0.18 0.14 0.08 0.00 0.21 0.27 0.22 0.60 0.30 0.31
O4' 0.00 0.38 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.02 0.18 0.20 0.30 0.45 0.37 0.10 0.02 0.20 0.21 0.00 0.32 0.15 0.48 0.30 0.35
O5' 0.43 0.62 0.54 0.24 0.70 0.02 0.87 0.01 0.87 0.96 0.75 0.55 0.56 1.02 0.70 0.46 0.27 0.32 0.00 0.95 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.36 0.02 0.11 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.27 0.22 0.15 0.95 0.00 1.28 1.31 1.16
OP1 0.67 0.95 0.96 0.72 0.96 0.36 1.13 0.32 1.18 1.10 1.08 0.90 0.87 1.22 0.89 0.95 0.60 0.48 0.02 1.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.80 0.61 0.23 0.82 0.23 1.09 0.40 1.16 1.04 1.00 0.71 0.68 1.25 0.73 0.71 0.30 0.30 0.02 1.31 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.72 0.65 0.35 0.79 0.07 1.01 0.02 1.04 1.06 0.89 0.64 0.64 1.18 0.76 0.63 0.31 0.35 0.01 1.16 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.21 0.40 0.21 0.21 0.35 0.19 0.65 0.21 0.27 0.23 0.22 0.20 0.22 0.25 0.55 0.26 0.40 0.98 0.25 1.37 1.45 1.24
C2 0.23 0.20 0.27 0.22 0.17 0.26 0.17 0.50 0.21 0.24 0.23 0.21 0.18 0.20 0.21 0.41 0.22 0.30 0.86 0.27 1.11 1.28 0.98
C2' 0.69 0.47 0.84 0.55 0.56 0.70 0.52 0.93 0.45 0.66 0.44 0.46 0.52 0.59 0.64 1.00 0.53 0.70 0.94 0.41 1.59 1.38 1.25
C3' 0.47 0.40 0.60 0.36 0.41 0.51 0.41 0.80 0.41 0.46 0.41 0.41 0.40 0.43 0.44 0.75 0.37 0.54 1.09 0.43 1.56 1.54 1.38
C4 0.23 0.19 0.29 0.22 0.17 0.28 0.16 0.53 0.19 0.24 0.21 0.21 0.17 0.20 0.21 0.44 0.24 0.32 0.88 0.23 1.17 1.32 1.04
C4' 0.47 0.39 0.41 0.42 0.40 0.56 0.39 0.82 0.38 0.45 0.39 0.40 0.40 0.41 0.44 0.51 0.42 0.63 1.27 0.39 1.54 1.66 1.50
C5 0.19 0.18 0.23 0.26 0.14 0.24 0.14 0.45 0.16 0.22 0.20 0.21 0.14 0.19 0.18 0.37 0.28 0.26 0.82 0.19 1.06 1.24 0.92
C5' 0.55 0.50 0.44 0.50 0.49 0.60 0.48 0.81 0.48 0.52 0.50 0.52 0.50 0.48 0.52 0.52 0.50 0.69 1.27 0.48 1.47 1.60 1.46
C6 0.17 0.18 0.20 0.30 0.13 0.21 0.13 0.40 0.15 0.20 0.19 0.21 0.14 0.19 0.16 0.33 0.30 0.22 0.78 0.18 0.97 1.18 0.83
C8 0.22 0.18 0.28 0.23 0.15 0.27 0.15 0.52 0.17 0.23 0.20 0.21 0.15 0.19 0.20 0.42 0.27 0.30 0.86 0.20 1.16 1.29 1.03
N1 0.18 0.18 0.21 0.27 0.14 0.22 0.14 0.41 0.18 0.21 0.21 0.21 0.15 0.19 0.17 0.34 0.27 0.24 0.79 0.22 0.99 1.18 0.84
N2 0.25 0.21 0.30 0.20 0.20 0.29 0.20 0.54 0.24 0.25 0.24 0.22 0.20 0.21 0.23 0.43 0.21 0.34 0.89 0.30 1.14 1.29 1.01
N3 0.26 0.20 0.32 0.20 0.19 0.31 0.18 0.57 0.21 0.25 0.22 0.21 0.18 0.20 0.23 0.47 0.23 0.35 0.92 0.26 1.23 1.37 1.10
N7 0.19 0.17 0.24 0.27 0.14 0.24 0.14 0.46 0.15 0.21 0.19 0.21 0.14 0.19 0.17 0.37 0.29 0.26 0.81 0.17 1.07 1.23 0.93
N9 0.25 0.19 0.33 0.21 0.17 0.30 0.17 0.57 0.19 0.25 0.21 0.21 0.17 0.20 0.22 0.47 0.25 0.34 0.91 0.23 1.24 1.35 1.11
O2' 0.79 0.45 0.92 0.67 0.57 0.86 0.51 1.12 0.41 0.73 0.41 0.44 0.53 0.60 0.70 1.08 0.63 0.84 1.12 0.38 1.79 1.58 1.46
O3' 0.57 0.43 0.57 0.63 0.48 0.78 0.46 1.08 0.43 0.55 0.43 0.43 0.46 0.50 0.53 0.65 0.65 0.77 1.49 0.43 1.84 1.96 1.79
O4' 0.48 0.44 0.42 0.49 0.45 0.53 0.45 0.75 0.45 0.49 0.45 0.44 0.44 0.47 0.47 0.48 0.50 0.60 1.24 0.46 1.41 1.62 1.44
O5' 0.42 0.75 0.51 0.39 0.58 0.38 0.63 0.61 0.78 0.45 0.83 0.81 0.64 0.53 0.47 0.59 0.42 0.42 1.03 0.87 1.29 1.40 1.23
O6 0.15 0.18 0.19 0.35 0.13 0.20 0.14 0.37 0.14 0.19 0.18 0.22 0.14 0.19 0.15 0.29 0.36 0.20 0.75 0.15 0.92 1.16 0.77
OP1 0.80 1.13 0.91 0.88 0.96 0.75 1.01 0.85 1.15 0.83 1.20 1.19 1.02 0.91 0.85 0.93 0.93 0.75 1.27 1.24 1.41 1.59 1.44
OP2 0.62 1.05 0.78 0.60 0.83 0.52 0.87 0.64 1.05 0.64 1.12 1.13 0.91 0.74 0.68 0.88 0.65 0.51 0.76 1.14 1.13 1.12 0.93
P 0.51 0.89 0.66 0.52 0.70 0.45 0.75 0.62 0.92 0.55 0.98 0.96 0.76 0.64 0.57 0.73 0.57 0.46 0.96 1.02 1.24 1.31 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.27 0.03 0.51 0.35 0.20
C2 0.03 0.00 0.33 0.36 0.01 0.34 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.31 0.35 0.78 0.01 0.94 1.26 0.93
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.16 0.17 0.15 0.27 0.40 0.33 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.24 0.14 0.73 0.29 0.36
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.03 0.32 0.26 0.35 0.40 0.32 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.24 0.34 0.47 0.25 0.25
C4 0.02 0.01 0.18 0.26 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.18 0.53 0.02 0.60 0.78 0.46
C4' 0.01 0.34 0.02 0.01 0.15 0.00 0.09 0.01 0.14 0.23 0.25 0.44 0.33 0.18 0.06 0.21 0.02 0.00 0.03 0.12 0.22 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.19 0.08 0.61 0.01 0.63 0.85 0.50
C5' 0.09 0.59 0.16 0.03 0.26 0.01 0.21 0.00 0.28 0.41 0.45 0.78 0.54 0.34 0.16 0.09 0.17 0.03 0.01 0.26 0.21 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.32 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.14 0.63 0.00 0.66 0.98 0.57
C8 0.01 0.01 0.15 0.26 0.01 0.23 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.21 0.19 0.78 0.02 0.84 0.84 0.67
N1 0.03 0.00 0.27 0.35 0.01 0.25 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.28 0.26 0.69 0.01 0.80 1.14 0.76
N2 0.04 0.01 0.40 0.40 0.01 0.44 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.39 0.42 0.98 0.02 1.24 1.60 1.26
N3 0.03 0.01 0.33 0.32 0.00 0.33 0.00 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.28 0.35 0.70 0.01 0.82 1.08 0.80
N7 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.23 0.12 0.77 0.02 0.81 0.96 0.68
N9 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.03 0.48 0.02 0.59 0.57 0.34
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.18 0.21 0.17 0.09 0.20 0.25 0.27 0.44 0.32 0.23 0.12 0.00 0.04 0.15 0.12 0.20 0.65 0.22 0.29
O3' 0.19 0.31 0.02 0.01 0.16 0.02 0.19 0.17 0.24 0.21 0.28 0.39 0.28 0.23 0.09 0.04 0.00 0.16 0.26 0.27 0.51 0.38 0.30
O4' 0.00 0.35 0.01 0.02 0.18 0.00 0.08 0.03 0.14 0.19 0.26 0.42 0.35 0.12 0.03 0.15 0.16 0.00 0.30 0.10 0.34 0.37 0.25
O5' 0.27 0.78 0.24 0.24 0.53 0.03 0.61 0.01 0.63 0.78 0.69 0.98 0.70 0.77 0.48 0.12 0.26 0.30 0.00 0.67 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.34 0.02 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.27 0.10 0.67 0.00 0.67 1.04 0.61
OP1 0.51 0.94 0.73 0.47 0.60 0.22 0.63 0.21 0.66 0.84 0.80 1.24 0.82 0.81 0.59 0.65 0.51 0.34 0.02 0.67 0.00 0.03 0.01
OP2 0.35 1.26 0.29 0.25 0.78 0.21 0.85 0.29 0.98 0.84 1.14 1.60 1.08 0.96 0.57 0.22 0.38 0.37 0.02 1.04 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.93 0.36 0.25 0.46 0.06 0.50 0.03 0.57 0.67 0.76 1.26 0.80 0.68 0.34 0.29 0.30 0.25 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00