ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53745

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 3, 6, 3, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C5 A 0, 0.003, 0.031, 0.060, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.031 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.009, 0.040, 0.071, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.040 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.005, 0.026, 0.057, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.026 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.003, 0.038, 0.074, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.038 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.009, 0.049, 0.089, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.049 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.011, 0.058, 0.104, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.058 std_dev=0.047
N2 A 0, -0.001, 0.047, 0.094, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.047 std_dev=0.048
O6 A 0, 0.004, 0.078, 0.153, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.078 std_dev=0.074
C5 B 0, 0.202, 0.471, 0.740, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.471 std_dev=0.269
O6 B 0, 0.185, 0.464, 0.744, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.464 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.185, 0.467, 0.750, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.467 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.226, 0.529, 0.832, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.529 std_dev=0.303
N7 B 0, 0.195, 0.507, 0.819, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.507 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.266, 0.604, 0.942, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.604 std_dev=0.338
C8 B 0, 0.232, 0.594, 0.956, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.594 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.171, 0.548, 0.924, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.548 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.192, 0.576, 0.959, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.576 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.315, 0.716, 1.117, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.716 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.324, 0.755, 1.185, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.755 std_dev=0.430
C2 B 0, 0.162, 0.593, 1.024, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.593 std_dev=0.431
C2' A 0, -0.165, 0.307, 0.778, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.307 std_dev=0.472
O4' A 0, -0.259, 0.228, 0.715, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.228 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.383, 0.880, 1.378, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.880 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.347, 0.894, 1.442, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.894 std_dev=0.548
N2 B 0, 0.177, 0.726, 1.274, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.726 std_dev=0.548
C4' A 0, -0.207, 0.390, 0.988, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.390 std_dev=0.597
C3' A 0, -0.164, 0.451, 1.065, 3.058 max_d=3.058 avg_d=0.451 std_dev=0.614
C3' B 0, 0.360, 1.011, 1.663, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.011 std_dev=0.651
O3' A 0, -0.034, 0.631, 1.296, 3.170 max_d=3.170 avg_d=0.631 std_dev=0.665
O2' A 0, -0.227, 0.499, 1.225, 3.598 max_d=3.598 avg_d=0.499 std_dev=0.726
O2' B 0, 0.327, 1.079, 1.831, 3.763 max_d=3.763 avg_d=1.079 std_dev=0.752
C5' B 0, 0.210, 1.070, 1.930, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.070 std_dev=0.860
O5' B 0, 0.086, 1.053, 2.021, 4.676 max_d=4.676 avg_d=1.053 std_dev=0.968
O3' B 0, 0.193, 1.165, 2.137, 4.385 max_d=4.385 avg_d=1.165 std_dev=0.972
C5' A 0, -0.541, 0.649, 1.839, 5.907 max_d=5.907 avg_d=0.649 std_dev=1.190
O5' A 0, -0.628, 0.739, 2.106, 6.788 max_d=6.788 avg_d=0.739 std_dev=1.367
P B 0, -0.109, 1.321, 2.750, 6.973 max_d=6.973 avg_d=1.321 std_dev=1.430
OP1 B 0, 0.332, 1.770, 3.208, 6.463 max_d=6.463 avg_d=1.770 std_dev=1.438
OP2 B 0, -0.076, 1.820, 3.715, 8.956 max_d=8.956 avg_d=1.820 std_dev=1.896
P A 0, -1.015, 1.001, 3.017, 9.885 max_d=9.885 avg_d=1.001 std_dev=2.016
OP2 A 0, -1.097, 1.090, 3.277, 10.676 max_d=10.676 avg_d=1.090 std_dev=2.187
OP1 A 0, -1.147, 1.166, 3.479, 11.291 max_d=11.291 avg_d=1.166 std_dev=2.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.16 0.01 0.14 0.03 0.12 0.28 0.21
C2 0.07 0.00 0.13 0.15 0.02 0.28 0.02 0.59 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.18 0.15 0.18 0.42 0.04 1.03 0.37 0.56
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.08 0.08 0.11 0.15 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.09 0.15 0.17 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.12 0.28 0.09 0.23 0.16 0.27 0.11 0.02 0.01 0.01 0.18 0.18 0.15 0.23 0.14
C4 0.03 0.02 0.07 0.06 0.00 0.11 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.10 0.09 0.02 0.44 0.26 0.17
C4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.23 0.19 0.36 0.27 0.18 0.04 0.15 0.02 0.00 0.02 0.11 0.05 0.05 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.19 0.02 0.24 0.47 0.24
C5' 0.04 0.59 0.11 0.02 0.26 0.01 0.11 0.00 0.22 0.31 0.43 0.76 0.55 0.23 0.03 0.05 0.11 0.02 0.01 0.19 0.06 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.12 0.02 0.09 0.01 0.22 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.18 0.13 0.08 0.10 0.01 0.45 0.34 0.14
C8 0.03 0.03 0.08 0.28 0.01 0.23 0.02 0.31 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.15 0.14 0.12 0.59 0.06 0.38 0.86 0.68
N1 0.06 0.01 0.11 0.09 0.02 0.19 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.12 0.14 0.24 0.04 0.82 0.22 0.35
N2 0.08 0.01 0.15 0.23 0.03 0.36 0.03 0.76 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.21 0.19 0.22 0.61 0.06 1.35 0.62 0.83
N3 0.07 0.01 0.14 0.16 0.01 0.27 0.02 0.55 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.16 0.19 0.37 0.03 0.87 0.32 0.48
N7 0.02 0.03 0.07 0.27 0.01 0.18 0.01 0.23 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.17 0.18 0.08 0.51 0.07 0.28 0.87 0.62
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.24 0.03 0.13 0.44 0.30
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.13 0.15 0.16 0.05 0.18 0.15 0.18 0.21 0.17 0.17 0.10 0.00 0.05 0.10 0.15 0.19 0.09 0.20 0.11
O3' 0.16 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.19 0.16 0.18 0.08 0.05 0.00 0.11 0.21 0.20 0.32 0.28 0.23
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.02 0.08 0.12 0.14 0.22 0.19 0.08 0.01 0.10 0.11 0.00 0.11 0.07 0.16 0.23 0.23
O5' 0.14 0.42 0.09 0.18 0.09 0.02 0.19 0.01 0.10 0.59 0.24 0.61 0.37 0.51 0.24 0.15 0.21 0.11 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.04 0.09 0.18 0.02 0.11 0.02 0.19 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.19 0.20 0.07 0.19 0.00 0.35 0.48 0.22
OP1 0.12 1.03 0.15 0.15 0.44 0.05 0.24 0.06 0.45 0.38 0.82 1.35 0.87 0.28 0.13 0.09 0.32 0.16 0.02 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.37 0.17 0.23 0.26 0.05 0.47 0.02 0.34 0.86 0.22 0.62 0.32 0.87 0.44 0.20 0.28 0.23 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.56 0.06 0.14 0.17 0.06 0.24 0.02 0.14 0.68 0.35 0.83 0.48 0.62 0.30 0.11 0.23 0.23 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.18 0.35 0.13 0.20 0.13 0.24 0.17 0.14 0.20 0.22 0.15 0.12 0.13 0.37 0.41 0.15 0.33 0.21 0.71 1.09 0.37
C2 0.10 0.15 0.12 0.38 0.08 0.21 0.08 0.23 0.15 0.13 0.18 0.18 0.10 0.11 0.09 0.28 0.35 0.12 0.35 0.21 0.76 1.07 0.30
C2' 0.16 0.20 0.17 0.40 0.14 0.38 0.14 0.48 0.19 0.19 0.22 0.25 0.16 0.17 0.15 0.39 0.45 0.30 0.52 0.23 0.73 1.28 0.62
C3' 0.29 0.19 0.24 0.62 0.18 0.59 0.17 0.71 0.17 0.31 0.21 0.25 0.17 0.25 0.26 0.31 0.70 0.46 0.75 0.21 0.85 1.50 0.86
C4 0.09 0.15 0.12 0.39 0.08 0.21 0.08 0.23 0.13 0.12 0.17 0.20 0.10 0.11 0.09 0.30 0.38 0.12 0.35 0.17 0.75 1.09 0.31
C4' 0.46 0.27 0.43 0.84 0.35 0.74 0.32 0.81 0.26 0.45 0.24 0.26 0.32 0.39 0.42 0.30 0.95 0.58 0.87 0.24 0.92 1.57 0.94
C5 0.09 0.16 0.11 0.40 0.08 0.22 0.08 0.28 0.11 0.14 0.17 0.22 0.10 0.13 0.10 0.28 0.35 0.12 0.42 0.13 0.83 1.11 0.42
C5' 0.95 0.63 0.96 1.40 0.78 1.28 0.73 1.36 0.59 0.92 0.56 0.58 0.74 0.83 0.89 0.76 1.51 1.08 1.42 0.50 1.35 2.08 1.47
C6 0.13 0.19 0.13 0.39 0.11 0.23 0.12 0.32 0.14 0.17 0.20 0.25 0.14 0.17 0.13 0.29 0.30 0.15 0.48 0.15 0.93 1.15 0.53
C8 0.09 0.14 0.12 0.41 0.08 0.22 0.08 0.26 0.10 0.13 0.16 0.20 0.09 0.12 0.09 0.29 0.40 0.12 0.38 0.13 0.77 1.09 0.35
N1 0.11 0.15 0.12 0.39 0.08 0.22 0.09 0.30 0.12 0.16 0.17 0.20 0.10 0.16 0.11 0.28 0.30 0.14 0.45 0.16 0.89 1.10 0.47
N2 0.10 0.17 0.13 0.37 0.11 0.20 0.12 0.22 0.20 0.12 0.20 0.19 0.13 0.10 0.10 0.27 0.34 0.14 0.32 0.27 0.74 1.06 0.28
N3 0.11 0.16 0.14 0.38 0.11 0.21 0.11 0.23 0.16 0.12 0.18 0.19 0.12 0.11 0.11 0.30 0.39 0.13 0.33 0.21 0.73 1.09 0.31
N7 0.10 0.16 0.11 0.41 0.08 0.23 0.08 0.30 0.10 0.15 0.17 0.23 0.11 0.13 0.10 0.28 0.36 0.13 0.44 0.11 0.85 1.13 0.44
N9 0.10 0.16 0.14 0.39 0.09 0.21 0.09 0.23 0.14 0.12 0.17 0.20 0.11 0.10 0.10 0.32 0.41 0.12 0.34 0.17 0.72 1.09 0.31
O2' 0.23 0.25 0.34 0.26 0.22 0.31 0.22 0.43 0.25 0.24 0.26 0.28 0.23 0.24 0.22 0.58 0.29 0.29 0.48 0.28 0.82 1.17 0.65
O3' 0.21 0.25 0.23 0.46 0.16 0.47 0.16 0.60 0.20 0.23 0.26 0.32 0.20 0.20 0.19 0.46 0.54 0.36 0.63 0.24 0.77 1.37 0.76
O4' 0.28 0.19 0.28 0.66 0.23 0.48 0.21 0.52 0.19 0.28 0.19 0.20 0.21 0.25 0.26 0.19 0.75 0.36 0.61 0.20 0.75 1.31 0.62
O5' 0.87 0.51 0.94 1.38 0.68 1.22 0.61 1.30 0.45 0.82 0.42 0.47 0.63 0.71 0.80 0.75 1.51 0.99 1.37 0.34 1.33 2.05 1.42
O6 0.21 0.30 0.19 0.38 0.21 0.25 0.21 0.37 0.24 0.23 0.30 0.36 0.25 0.23 0.21 0.36 0.27 0.21 0.54 0.24 1.03 1.20 0.65
OP1 1.85 1.36 1.96 2.41 1.59 2.23 1.48 2.29 1.25 1.75 1.22 1.30 1.54 1.58 1.75 1.76 2.55 1.96 2.35 1.06 2.19 2.90 2.35
OP2 1.07 0.59 1.25 1.70 0.80 1.47 0.69 1.56 0.48 0.95 0.46 0.55 0.76 0.79 0.95 1.07 1.87 1.16 1.64 0.32 1.63 2.24 1.67
P 1.26 0.79 1.38 1.84 1.00 1.65 0.89 1.73 0.68 1.15 0.66 0.73 0.95 1.00 1.15 1.20 1.99 1.36 1.80 0.52 1.74 2.41 1.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.21 0.01 0.14 0.01 0.45 0.26 0.15
C2 0.06 0.00 0.19 0.18 0.02 0.22 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.32 0.23 0.24 0.62 0.02 1.15 1.02 0.79
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.14 0.08 0.11 0.15 0.24 0.18 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.07 0.41 0.28 0.34
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.18 0.00 0.24 0.02 0.25 0.25 0.22 0.18 0.15 0.27 0.17 0.02 0.01 0.01 0.08 0.27 0.23 0.18 0.08
C4 0.02 0.02 0.10 0.18 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.11 0.44 0.01 0.86 0.70 0.48
C4' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.16 0.08 0.20 0.25 0.20 0.10 0.07 0.20 0.02 0.01 0.02 0.15 0.23 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.08 0.05 0.44 0.01 0.95 0.78 0.47
C5' 0.05 0.42 0.14 0.02 0.26 0.01 0.25 0.00 0.32 0.10 0.39 0.47 0.36 0.15 0.12 0.08 0.12 0.02 0.01 0.30 0.23 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.10 0.09 0.53 0.01 1.12 0.94 0.64
C8 0.03 0.02 0.11 0.25 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.14 0.23 0.03 0.73 0.59 0.14
N1 0.04 0.01 0.15 0.22 0.02 0.20 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.15 0.17 0.61 0.02 1.22 1.04 0.79
N2 0.08 0.01 0.24 0.18 0.02 0.25 0.01 0.47 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.36 0.31 0.29 0.66 0.03 1.21 1.13 0.88
N3 0.06 0.01 0.18 0.15 0.01 0.20 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.29 0.24 0.24 0.54 0.01 0.97 0.85 0.65
N7 0.03 0.02 0.07 0.27 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.09 0.31 0.03 0.83 0.73 0.23
N9 0.01 0.03 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.14 0.06 0.02 0.26 0.02 0.64 0.47 0.22
O2' 0.03 0.32 0.00 0.02 0.23 0.20 0.24 0.08 0.28 0.18 0.31 0.36 0.29 0.22 0.14 0.00 0.07 0.17 0.22 0.29 0.37 0.24 0.30
O3' 0.21 0.23 0.02 0.01 0.11 0.02 0.08 0.12 0.10 0.16 0.15 0.31 0.24 0.17 0.06 0.07 0.00 0.15 0.13 0.12 0.40 0.21 0.17
O4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.17 0.29 0.24 0.09 0.02 0.17 0.15 0.00 0.12 0.07 0.40 0.26 0.13
O5' 0.14 0.62 0.29 0.08 0.44 0.02 0.44 0.01 0.53 0.23 0.61 0.66 0.54 0.31 0.26 0.22 0.13 0.12 0.00 0.51 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.07 0.27 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.29 0.12 0.07 0.51 0.00 1.13 0.99 0.62
OP1 0.45 1.15 0.41 0.23 0.86 0.23 0.95 0.23 1.12 0.73 1.22 1.21 0.97 0.83 0.64 0.37 0.40 0.40 0.02 1.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 1.02 0.28 0.18 0.70 0.15 0.78 0.24 0.94 0.59 1.04 1.13 0.85 0.73 0.47 0.24 0.21 0.26 0.01 0.99 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.79 0.34 0.08 0.48 0.04 0.47 0.01 0.64 0.14 0.79 0.88 0.65 0.23 0.22 0.30 0.17 0.13 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00