ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53746

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.037, 0.064, 0.090, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.064 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.048, 0.075, 0.102, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.075 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.041, 0.069, 0.097, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.069 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.049, 0.079, 0.109, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.079 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.018, 0.050, 0.081, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.046, 0.082, 0.119, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.082 std_dev=0.037
N9 A 0, 0.058, 0.096, 0.133, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.096 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.039, 0.079, 0.119, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.079 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.077, 0.131, 0.185, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.131 std_dev=0.054
N2 A 0, 0.048, 0.105, 0.162, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.105 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.273, 0.483, 0.692, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.483 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.093, 0.332, 0.572, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.332 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.205, 0.464, 0.724, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.464 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.182, 0.462, 0.742, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.462 std_dev=0.280
O6 B 0, 0.190, 0.474, 0.758, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.474 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.313, 0.612, 0.910, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.612 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.121, 0.433, 0.746, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.433 std_dev=0.312
N3 B 0, 0.409, 0.728, 1.047, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.728 std_dev=0.319
N1 B 0, 0.258, 0.588, 0.917, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.588 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.362, 0.697, 1.032, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.697 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.322, 0.683, 1.045, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.683 std_dev=0.362
C8 B 0, 0.228, 0.594, 0.960, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.594 std_dev=0.366
C4' A 0, 0.104, 0.498, 0.891, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.498 std_dev=0.394
N2 B 0, 0.425, 0.844, 1.263, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.844 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.472, 0.893, 1.315, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.893 std_dev=0.422
C2' B 0, 0.481, 0.935, 1.390, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.935 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.508, 1.015, 1.521, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.015 std_dev=0.507
C3' B 0, 0.476, 0.985, 1.495, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.985 std_dev=0.510
O2' A 0, 0.506, 1.017, 1.527, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.017 std_dev=0.510
C3' A 0, 0.044, 0.571, 1.098, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.571 std_dev=0.527
C5' A 0, 0.152, 0.724, 1.296, 2.214 max_d=2.214 avg_d=0.724 std_dev=0.572
O5' A 0, 1.122, 1.697, 2.273, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.697 std_dev=0.576
O2' B 0, 0.556, 1.138, 1.720, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.138 std_dev=0.582
O3' B 0, 0.577, 1.173, 1.770, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.173 std_dev=0.597
C4' B 0, 0.468, 1.086, 1.703, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.086 std_dev=0.618
C5' B 0, 0.323, 1.178, 2.033, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.178 std_dev=0.855
O5' B 0, 1.177, 2.086, 2.995, 3.817 max_d=3.817 avg_d=2.086 std_dev=0.909
O3' A 0, 0.085, 1.048, 2.011, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.048 std_dev=0.963
P A 0, 1.097, 2.073, 3.049, 3.701 max_d=3.701 avg_d=2.073 std_dev=0.976
OP1 B 0, 0.927, 1.957, 2.987, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.957 std_dev=1.030
P B 0, 1.167, 2.370, 3.574, 5.035 max_d=5.035 avg_d=2.370 std_dev=1.203
OP2 A 0, 1.164, 2.436, 3.709, 3.942 max_d=3.942 avg_d=2.436 std_dev=1.273
OP1 A 0, 1.253, 2.569, 3.886, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.569 std_dev=1.316
OP2 B 0, 1.145, 2.801, 4.458, 6.647 max_d=6.647 avg_d=2.801 std_dev=1.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.35 0.03 0.29 0.21 0.26
C2 0.06 0.00 0.21 0.14 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.33 0.18 0.39 0.01 0.50 0.48 0.44
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.21 0.07 0.14 0.15 0.27 0.21 0.10 0.02 0.00 0.05 0.02 0.42 0.04 0.44 0.30 0.37
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.24 0.01 0.24 0.30 0.19 0.14 0.12 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.37 0.27 0.52 0.23 0.38
C4 0.03 0.01 0.10 0.17 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.09 0.48 0.02 0.46 0.37 0.45
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.17 0.10 0.20 0.14 0.15 0.07 0.25 0.03 0.00 0.02 0.07 0.16 0.29 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.24 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.04 0.59 0.01 0.57 0.45 0.56
C5' 0.08 0.16 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.13 0.26 0.13 0.22 0.15 0.24 0.13 0.10 0.19 0.02 0.01 0.16 0.11 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.24 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.12 0.07 0.56 0.00 0.61 0.49 0.57
C8 0.02 0.01 0.14 0.30 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.18 0.11 0.72 0.02 0.51 0.47 0.60
N1 0.05 0.00 0.15 0.19 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.14 0.47 0.01 0.57 0.49 0.51
N2 0.08 0.00 0.27 0.14 0.02 0.20 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.27 0.43 0.22 0.34 0.03 0.49 0.54 0.42
N3 0.06 0.01 0.21 0.12 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.35 0.18 0.38 0.01 0.44 0.43 0.40
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.18 0.06 0.72 0.02 0.60 0.57 0.65
N9 0.00 0.02 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.52 0.02 0.40 0.28 0.43
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.11 0.25 0.23 0.10 0.20 0.35 0.12 0.27 0.17 0.36 0.17 0.00 0.10 0.18 0.47 0.26 0.50 0.36 0.42
O3' 0.29 0.33 0.05 0.01 0.19 0.03 0.09 0.19 0.12 0.18 0.22 0.43 0.35 0.18 0.11 0.10 0.00 0.23 0.33 0.10 0.67 0.25 0.39
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.07 0.11 0.14 0.22 0.18 0.06 0.01 0.18 0.23 0.00 0.19 0.05 0.26 0.42 0.20
O5' 0.35 0.39 0.42 0.37 0.48 0.02 0.59 0.01 0.56 0.72 0.47 0.34 0.38 0.72 0.52 0.47 0.33 0.19 0.00 0.60 0.02 0.03 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.27 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.26 0.10 0.05 0.60 0.00 0.68 0.55 0.61
OP1 0.29 0.50 0.44 0.52 0.46 0.16 0.57 0.11 0.61 0.51 0.57 0.49 0.44 0.60 0.40 0.50 0.67 0.26 0.02 0.68 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.48 0.30 0.23 0.37 0.29 0.45 0.32 0.49 0.47 0.49 0.54 0.43 0.57 0.28 0.36 0.25 0.42 0.03 0.55 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.44 0.37 0.38 0.45 0.03 0.56 0.02 0.57 0.60 0.51 0.42 0.40 0.65 0.43 0.42 0.39 0.20 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.11 0.09 0.17 0.09 0.30 0.08 0.48 0.13 0.16 0.15 0.13 0.09 0.11 0.14 0.12 0.21 0.25 0.23 0.19 0.69 0.79 0.36
C2 0.17 0.14 0.15 0.19 0.12 0.25 0.11 0.44 0.15 0.18 0.17 0.16 0.12 0.15 0.15 0.15 0.22 0.22 0.40 0.21 0.77 0.76 0.52
C2' 0.34 0.30 0.33 0.38 0.31 0.46 0.31 0.63 0.31 0.34 0.31 0.30 0.30 0.32 0.33 0.34 0.43 0.39 0.22 0.32 0.56 0.67 0.19
C3' 0.21 0.17 0.14 0.21 0.13 0.32 0.14 0.48 0.19 0.17 0.20 0.18 0.14 0.13 0.16 0.16 0.27 0.29 0.26 0.24 0.62 0.87 0.39
C4 0.15 0.15 0.14 0.18 0.11 0.26 0.10 0.45 0.14 0.17 0.17 0.17 0.12 0.13 0.14 0.14 0.23 0.22 0.36 0.18 0.77 0.75 0.49
C4' 0.36 0.15 0.25 0.25 0.21 0.42 0.16 0.53 0.13 0.30 0.14 0.16 0.20 0.21 0.29 0.30 0.24 0.45 0.37 0.16 0.75 0.90 0.47
C5 0.18 0.19 0.20 0.23 0.15 0.26 0.15 0.45 0.17 0.20 0.20 0.22 0.17 0.18 0.17 0.20 0.28 0.22 0.42 0.18 0.79 0.71 0.55
C5' 0.40 0.22 0.28 0.26 0.25 0.44 0.21 0.54 0.20 0.32 0.22 0.24 0.25 0.24 0.33 0.34 0.24 0.49 0.40 0.24 0.79 0.89 0.48
C6 0.21 0.22 0.26 0.28 0.20 0.28 0.19 0.45 0.19 0.24 0.23 0.25 0.21 0.22 0.21 0.26 0.32 0.25 0.47 0.19 0.81 0.71 0.60
C8 0.15 0.17 0.16 0.20 0.12 0.26 0.12 0.46 0.15 0.16 0.19 0.20 0.14 0.14 0.14 0.15 0.25 0.21 0.35 0.18 0.76 0.71 0.48
N1 0.21 0.19 0.23 0.25 0.18 0.27 0.17 0.44 0.17 0.23 0.20 0.21 0.18 0.22 0.20 0.23 0.29 0.25 0.47 0.18 0.79 0.72 0.58
N2 0.16 0.14 0.13 0.18 0.11 0.25 0.12 0.43 0.18 0.18 0.18 0.15 0.12 0.14 0.15 0.14 0.21 0.23 0.40 0.25 0.75 0.79 0.51
N3 0.15 0.13 0.12 0.17 0.10 0.25 0.10 0.45 0.15 0.16 0.16 0.15 0.10 0.11 0.13 0.12 0.21 0.22 0.35 0.21 0.77 0.80 0.48
N7 0.17 0.20 0.21 0.24 0.16 0.26 0.15 0.46 0.17 0.19 0.22 0.24 0.17 0.17 0.17 0.21 0.29 0.22 0.41 0.19 0.79 0.70 0.54
N9 0.15 0.14 0.12 0.17 0.09 0.26 0.09 0.46 0.14 0.16 0.17 0.16 0.10 0.11 0.13 0.12 0.22 0.22 0.32 0.18 0.74 0.76 0.45
O2' 0.39 0.32 0.39 0.44 0.34 0.51 0.33 0.66 0.32 0.39 0.33 0.32 0.33 0.35 0.37 0.39 0.50 0.45 0.30 0.33 0.53 0.71 0.26
O3' 0.60 0.42 0.57 0.61 0.49 0.67 0.47 0.74 0.41 0.57 0.39 0.40 0.47 0.51 0.56 0.58 0.64 0.68 0.77 0.38 0.91 1.34 0.91
O4' 0.32 0.18 0.24 0.25 0.21 0.37 0.19 0.50 0.18 0.28 0.19 0.19 0.20 0.22 0.27 0.28 0.25 0.39 0.41 0.21 0.81 0.92 0.51
O5' 0.33 0.29 0.25 0.20 0.27 0.34 0.25 0.47 0.28 0.29 0.30 0.31 0.28 0.25 0.29 0.30 0.17 0.37 0.30 0.30 0.79 0.74 0.43
O6 0.26 0.27 0.32 0.33 0.24 0.31 0.24 0.46 0.23 0.27 0.26 0.29 0.26 0.27 0.26 0.33 0.38 0.28 0.52 0.21 0.83 0.71 0.65
OP1 0.47 0.73 0.49 0.36 0.58 0.35 0.60 0.40 0.72 0.45 0.78 0.79 0.64 0.50 0.49 0.50 0.36 0.43 0.40 0.78 0.79 0.65 0.44
OP2 0.68 0.76 0.70 0.65 0.72 0.64 0.73 0.69 0.76 0.68 0.78 0.77 0.74 0.70 0.69 0.69 0.66 0.66 0.81 0.79 0.91 1.07 0.82
P 0.39 0.56 0.43 0.35 0.47 0.35 0.48 0.44 0.57 0.39 0.60 0.60 0.50 0.43 0.41 0.43 0.36 0.37 0.47 0.62 0.82 0.69 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.01 0.50 0.17 0.22
C2 0.01 0.00 0.09 0.15 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.27 0.01 0.58 0.36 0.36
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.03 0.31 0.31 0.19
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.15 0.16 0.13 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.14 0.14 0.26 0.38 0.18
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.30 0.01 0.60 0.35 0.36
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.08 0.08 0.14 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.21 0.26 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.33 0.01 0.66 0.48 0.42
C5' 0.06 0.23 0.02 0.01 0.23 0.01 0.29 0.00 0.31 0.27 0.28 0.21 0.19 0.31 0.20 0.05 0.06 0.02 0.01 0.33 0.25 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.13 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.32 0.01 0.66 0.52 0.43
C8 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.38 0.01 0.69 0.44 0.40
N1 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.30 0.01 0.62 0.45 0.40
N2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.02 0.26 0.02 0.55 0.33 0.35
N3 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.26 0.02 0.55 0.30 0.33
N7 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.14 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.37 0.01 0.71 0.57 0.45
N9 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.31 0.01 0.59 0.29 0.32
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.05 0.05 0.23 0.30 0.07
O3' 0.02 0.16 0.02 0.00 0.10 0.02 0.12 0.06 0.14 0.12 0.15 0.19 0.13 0.13 0.07 0.04 0.00 0.02 0.16 0.15 0.34 0.50 0.18
O4' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.22 0.02 0.49 0.10 0.17
O5' 0.24 0.27 0.16 0.14 0.30 0.01 0.33 0.01 0.32 0.38 0.30 0.26 0.26 0.37 0.31 0.05 0.16 0.22 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.33 0.00 0.67 0.60 0.46
OP1 0.50 0.58 0.31 0.26 0.60 0.21 0.66 0.25 0.66 0.69 0.62 0.55 0.55 0.71 0.59 0.23 0.34 0.49 0.02 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.36 0.31 0.38 0.35 0.26 0.48 0.32 0.52 0.44 0.45 0.33 0.30 0.57 0.29 0.30 0.50 0.10 0.02 0.60 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.36 0.19 0.18 0.36 0.07 0.42 0.02 0.43 0.40 0.40 0.35 0.33 0.45 0.32 0.07 0.18 0.17 0.01 0.46 0.01 0.00 0.00