sequences=6
<param>
maxmove=0.1
pval=0.1
usescval=false
complexatt=true
cooling=1.0
currcool=1.0
attfactor=10.0
attvalpow=1
repfactor=10.0
repvalpow=1
dampening=1.0
minattract=1.0
cluster2d=false
blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500
formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb
showinfo=true
zoom=1.0
dotsize=0
ovalsize=10
groupsize=4
usefoldchange=false
avgfoldchange=false
colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9;
colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23):
</param>
<rotmtx>
1.0;0.0;0.0;
0.0;1.0;0.0;
0.0;0.0;1.0;
</rotmtx>
<seq>
>2UUA-A1158-A1137
X
>1XMQ-A1153-A1132
X
>2UUB-A1158-A1137
X
>3KNH-A232-A235
X
>3KNH-A1149-A1128
X
>1FJG-A1158-A1137
X
</seq>
<hsp>
0 1:0.736964776179
0 2:0.40868335213
0 3:0.526294165699
0 4:0.474437858908
0 5:0.459882644244
1 2:0.868526189404
1 3:1.0
1 4:0.74767252525
1 5:0.680988962754
2 3:0.252794464811
2 4:0.346082394111
2 5:0.38070589687
3 4:0.55477393117
3 5:0.394648819473
4 5:0.499366210512
</hsp>