ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53748

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O3' A 0, 0.015, 0.149, 0.283, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.149 std_dev=0.134
O4' A 0, -0.064, 0.093, 0.249, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.093 std_dev=0.156
C3' A 0, -0.033, 0.127, 0.287, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.127 std_dev=0.160
C2' A 0, -0.046, 0.114, 0.275, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.114 std_dev=0.160
C4' A 0, -0.068, 0.103, 0.274, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.103 std_dev=0.171
O2' A 0, -0.073, 0.190, 0.452, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.190 std_dev=0.262
C5' A 0, -0.137, 0.204, 0.545, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.204 std_dev=0.341
P A 0, 0.034, 0.397, 0.760, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.397 std_dev=0.363
C5 B 0, 0.275, 0.638, 1.002, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.638 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.286, 0.653, 1.020, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.653 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.268, 0.635, 1.002, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.635 std_dev=0.367
N9 B 0, 0.265, 0.642, 1.019, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.642 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.288, 0.666, 1.044, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.666 std_dev=0.378
N7 B 0, 0.270, 0.649, 1.027, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.649 std_dev=0.378
C8 B 0, 0.278, 0.657, 1.037, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.657 std_dev=0.380
O6 B 0, 0.288, 0.669, 1.050, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.669 std_dev=0.381
N3 B 0, 0.257, 0.643, 1.029, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.643 std_dev=0.386
OP2 B 0, 0.215, 0.607, 0.998, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.607 std_dev=0.392
C2 B 0, 0.268, 0.661, 1.054, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.661 std_dev=0.393
P B 0, 0.237, 0.634, 1.032, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.634 std_dev=0.397
O5' B 0, 0.279, 0.677, 1.074, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.677 std_dev=0.398
C1' B 0, 0.243, 0.653, 1.064, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.653 std_dev=0.410
O5' A 0, -0.128, 0.289, 0.706, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.289 std_dev=0.417
O4' B 0, 0.255, 0.678, 1.100, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.678 std_dev=0.423
N2 B 0, 0.254, 0.691, 1.129, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.691 std_dev=0.438
OP1 A 0, 0.094, 0.547, 1.000, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.547 std_dev=0.453
C2' B 0, 0.194, 0.667, 1.141, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.667 std_dev=0.473
OP1 B 0, 0.302, 0.778, 1.254, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.778 std_dev=0.476
C4' B 0, 0.229, 0.712, 1.196, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.712 std_dev=0.483
C5' B 0, 0.244, 0.736, 1.229, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.736 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.188, 0.692, 1.197, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.692 std_dev=0.505
O2' B 0, 0.137, 0.675, 1.213, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.675 std_dev=0.538
O3' B 0, 0.119, 0.738, 1.357, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.738 std_dev=0.619
OP2 A 0, -0.074, 0.576, 1.227, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.576 std_dev=0.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.54 0.21
C2 0.00 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.11 0.07 0.15 0.00 0.19 0.43 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.12 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.27 0.43 0.12
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.46 0.18
C4 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.04 0.12 0.00 0.24 0.40 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.47 0.24
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.12 0.00 0.33 0.28 0.05
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.23 0.12 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.04 0.14 0.00 0.34 0.26 0.05
C8 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.06 0.00 0.36 0.27 0.07
N1 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.06 0.16 0.00 0.26 0.34 0.05
N2 0.01 0.00 0.12 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.13 0.09 0.16 0.00 0.14 0.48 0.14
N3 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.10 0.07 0.13 0.00 0.17 0.47 0.14
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.41 0.21 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.24 0.41 0.10
O2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.06 0.15 0.24 0.19 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.25 0.50 0.16
O3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.13 0.10 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.67 0.35
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.54 0.25
O5' 0.04 0.15 0.03 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.14 0.06 0.16 0.16 0.13 0.09 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01
O6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.15 0.00 0.39 0.19 0.09
OP1 0.12 0.19 0.27 0.16 0.24 0.03 0.33 0.23 0.34 0.36 0.26 0.14 0.17 0.41 0.24 0.25 0.05 0.02 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
OP2 0.54 0.43 0.43 0.46 0.40 0.47 0.28 0.12 0.26 0.27 0.34 0.48 0.47 0.21 0.41 0.50 0.67 0.54 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.11 0.12 0.18 0.08 0.24 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.14 0.14 0.10 0.10 0.16 0.35 0.25 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.09 0.12 0.10 0.18 0.09 0.24 0.13 0.14 0.17 0.17 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.19 0.24 0.17 0.32 0.32 0.29
C2 0.16 0.12 0.12 0.09 0.14 0.14 0.14 0.14 0.12 0.19 0.13 0.13 0.12 0.19 0.16 0.14 0.08 0.18 0.15 0.12 0.23 0.28 0.21
C2' 0.13 0.21 0.12 0.08 0.16 0.09 0.17 0.10 0.21 0.13 0.23 0.23 0.18 0.14 0.14 0.14 0.08 0.12 0.12 0.23 0.26 0.25 0.21
C3' 0.09 0.18 0.07 0.05 0.12 0.09 0.13 0.14 0.19 0.08 0.21 0.21 0.14 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.15 0.22 0.28 0.25 0.23
C4 0.15 0.16 0.11 0.09 0.14 0.15 0.13 0.17 0.14 0.17 0.17 0.18 0.14 0.16 0.15 0.13 0.08 0.19 0.18 0.15 0.26 0.30 0.24
C4' 0.16 0.11 0.12 0.17 0.08 0.24 0.06 0.31 0.09 0.15 0.13 0.14 0.08 0.10 0.13 0.12 0.18 0.24 0.29 0.13 0.35 0.32 0.33
C5 0.17 0.19 0.14 0.10 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.18 0.19 0.21 0.17 0.18 0.17 0.17 0.10 0.19 0.16 0.16 0.24 0.29 0.22
C5' 0.20 0.10 0.14 0.18 0.12 0.26 0.10 0.32 0.07 0.19 0.10 0.12 0.11 0.14 0.17 0.15 0.18 0.27 0.30 0.08 0.34 0.31 0.32
C6 0.18 0.20 0.17 0.13 0.18 0.14 0.18 0.13 0.18 0.20 0.19 0.21 0.19 0.20 0.19 0.20 0.14 0.19 0.14 0.18 0.22 0.28 0.20
C8 0.15 0.19 0.11 0.09 0.14 0.15 0.14 0.18 0.16 0.16 0.20 0.22 0.16 0.15 0.15 0.14 0.08 0.19 0.19 0.16 0.28 0.30 0.25
N1 0.18 0.16 0.15 0.12 0.17 0.14 0.18 0.12 0.16 0.20 0.16 0.17 0.16 0.21 0.18 0.18 0.13 0.19 0.14 0.16 0.21 0.28 0.20
N2 0.16 0.08 0.11 0.09 0.12 0.13 0.13 0.13 0.08 0.20 0.08 0.08 0.09 0.19 0.16 0.13 0.08 0.18 0.15 0.08 0.22 0.28 0.20
N3 0.15 0.12 0.10 0.10 0.12 0.15 0.12 0.17 0.12 0.17 0.14 0.14 0.11 0.15 0.14 0.12 0.09 0.18 0.18 0.14 0.26 0.30 0.24
N7 0.17 0.20 0.14 0.10 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.18 0.21 0.24 0.18 0.17 0.16 0.17 0.10 0.19 0.17 0.17 0.25 0.29 0.23
N9 0.14 0.16 0.10 0.10 0.12 0.16 0.12 0.20 0.14 0.16 0.17 0.19 0.13 0.14 0.14 0.12 0.09 0.19 0.21 0.16 0.29 0.31 0.26
O2' 0.22 0.29 0.22 0.18 0.26 0.16 0.27 0.13 0.30 0.23 0.31 0.30 0.27 0.25 0.24 0.23 0.17 0.19 0.15 0.32 0.29 0.27 0.23
O3' 0.08 0.23 0.06 0.05 0.16 0.07 0.18 0.14 0.25 0.09 0.27 0.25 0.18 0.13 0.11 0.07 0.08 0.06 0.16 0.29 0.30 0.25 0.24
O4' 0.22 0.10 0.17 0.23 0.12 0.30 0.10 0.37 0.07 0.22 0.11 0.12 0.10 0.16 0.19 0.17 0.22 0.30 0.36 0.09 0.40 0.38 0.39
O5' 0.33 0.13 0.26 0.31 0.22 0.40 0.19 0.46 0.10 0.31 0.09 0.12 0.19 0.26 0.29 0.26 0.30 0.41 0.43 0.05 0.43 0.40 0.43
O6 0.20 0.22 0.20 0.16 0.20 0.16 0.20 0.12 0.20 0.21 0.21 0.24 0.21 0.21 0.20 0.24 0.18 0.20 0.13 0.20 0.21 0.27 0.19
OP1 0.14 0.10 0.11 0.14 0.09 0.18 0.07 0.22 0.06 0.12 0.08 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.15 0.19 0.22 0.05 0.26 0.28 0.24
OP2 0.45 0.55 0.48 0.44 0.50 0.40 0.52 0.35 0.55 0.45 0.56 0.56 0.52 0.48 0.47 0.49 0.44 0.42 0.37 0.58 0.42 0.47 0.41
P 0.16 0.25 0.16 0.12 0.19 0.14 0.19 0.13 0.24 0.14 0.26 0.28 0.22 0.15 0.16 0.18 0.11 0.18 0.10 0.26 0.16 0.20 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.14 0.00 0.14 0.24 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.11 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05 0.03
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.19 0.15
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.15 0.23 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.15 0.00 0.18 0.27 0.21
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.14 0.13
N1 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.27 0.20
N2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.02 0.14 0.00 0.15 0.24 0.17
N3 0.00 0.00 0.09 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.11 0.20 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.00 0.15 0.20 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.08 0.13 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.13 0.17 0.12 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.18 0.10 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06
O5' 0.04 0.14 0.02 0.03 0.12 0.00 0.13 0.00 0.15 0.09 0.15 0.14 0.12 0.12 0.09 0.02 0.04 0.03 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.15 0.00 0.20 0.29 0.22
OP1 0.03 0.14 0.09 0.11 0.12 0.04 0.15 0.01 0.18 0.10 0.17 0.15 0.11 0.15 0.08 0.10 0.18 0.02 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.24 0.05 0.06 0.19 0.01 0.23 0.00 0.27 0.14 0.27 0.24 0.20 0.20 0.13 0.05 0.10 0.05 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.17 0.03 0.06 0.15 0.01 0.18 0.00 0.21 0.13 0.20 0.17 0.14 0.17 0.11 0.03 0.11 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00