ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53749

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.017, 0.047, 0.078, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O4' A 0, -0.002, 0.033, 0.068, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.035
O5' A 0, 0.048, 0.117, 0.187, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.117 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.018, 0.088, 0.158, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.088 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.021, 0.101, 0.182, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.101 std_dev=0.081
P A 0, 0.057, 0.146, 0.235, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.146 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.044, 0.140, 0.235, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.140 std_dev=0.096
C5' A 0, -0.001, 0.101, 0.203, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.101 std_dev=0.102
OP2 A 0, 0.057, 0.183, 0.309, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.183 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.004, 0.134, 0.264, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.134 std_dev=0.130
OP1 A 0, 0.088, 0.263, 0.438, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.263 std_dev=0.175
N2 B 0, 0.047, 0.241, 0.435, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.241 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.013, 0.217, 0.420, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.217 std_dev=0.204
N1 B 0, -0.006, 0.199, 0.403, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.199 std_dev=0.205
O6 B 0, -0.018, 0.200, 0.418, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.200 std_dev=0.218
N3 B 0, -0.003, 0.226, 0.456, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.226 std_dev=0.230
C6 B 0, -0.038, 0.193, 0.424, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.193 std_dev=0.231
C5 B 0, -0.022, 0.230, 0.482, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.230 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.033, 0.292, 0.550, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.292 std_dev=0.259
C4 B 0, -0.039, 0.224, 0.487, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.224 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.039, 0.318, 0.596, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.318 std_dev=0.279
N9 B 0, -0.005, 0.276, 0.558, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.276 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.040, 0.326, 0.613, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.326 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.025, 0.315, 0.605, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.315 std_dev=0.290
C1' B 0, -0.005, 0.293, 0.590, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.293 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.071, 0.389, 0.706, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.389 std_dev=0.318
O4' B 0, 0.020, 0.372, 0.725, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.372 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.026, 0.388, 0.751, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.388 std_dev=0.363
OP2 B 0, 0.168, 0.534, 0.900, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.534 std_dev=0.366
P B 0, 0.122, 0.496, 0.870, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.496 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.003, 0.388, 0.772, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.388 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.011, 0.421, 0.832, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.421 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.147, 0.578, 1.008, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.578 std_dev=0.430
C5' B 0, -0.003, 0.461, 0.926, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.461 std_dev=0.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.05 0.09 0.06
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.06 0.10 0.06
C5' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.11 0.12 0.11 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.12 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.11 0.12 0.07
N2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.13 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.06 0.10 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.05 0.09 0.05
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.02 0.13 0.01 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.06
O5' 0.09 0.07 0.05 0.01 0.09 0.03 0.09 0.01 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.00 0.10 0.12 0.07
OP1 0.08 0.10 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05 0.11 0.13 0.06 0.05 0.06 0.13 0.03 0.10 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.03 0.12 0.08 0.12 0.13 0.10 0.09 0.07 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.08 0.16 0.08 0.08 0.10 0.15 0.12 0.09 0.11 0.07 0.07 0.11 0.07 0.05 0.19 0.04 0.24 0.13 0.27 0.31 0.26
C2 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.09 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.05 0.16 0.08 0.07 0.18 0.04 0.24 0.28 0.22
C2' 0.04 0.07 0.04 0.11 0.05 0.02 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.14 0.06 0.18 0.10 0.20 0.25 0.19
C3' 0.10 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.14 0.08 0.12 0.16 0.06 0.18 0.23 0.17
C4 0.03 0.02 0.03 0.10 0.02 0.04 0.05 0.12 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.12 0.13 0.02 0.21 0.10 0.26 0.30 0.24
C4' 0.06 0.05 0.04 0.11 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.10 0.13 0.08 0.20 0.09 0.24 0.29 0.23
C5 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.12 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.14 0.10 0.02 0.21 0.11 0.26 0.30 0.24
C5' 0.09 0.07 0.05 0.11 0.08 0.07 0.09 0.14 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08 0.12 0.12 0.10 0.23 0.10 0.27 0.33 0.26
C6 0.08 0.08 0.08 0.04 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05 0.12 0.08 0.03 0.05 0.18 0.06 0.06 0.19 0.07 0.24 0.28 0.23
C8 0.04 0.09 0.07 0.15 0.09 0.08 0.12 0.15 0.14 0.11 0.13 0.06 0.08 0.13 0.08 0.07 0.17 0.05 0.24 0.16 0.27 0.31 0.26
N1 0.10 0.09 0.09 0.03 0.08 0.03 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.04 0.07 0.19 0.06 0.08 0.18 0.04 0.23 0.27 0.22
N2 0.10 0.08 0.08 0.03 0.07 0.03 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.09 0.08 0.05 0.07 0.17 0.06 0.09 0.17 0.05 0.23 0.27 0.21
N3 0.05 0.02 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.11 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.13 0.11 0.04 0.20 0.07 0.25 0.29 0.23
N7 0.01 0.05 0.03 0.11 0.06 0.05 0.10 0.14 0.13 0.09 0.11 0.02 0.03 0.11 0.05 0.11 0.13 0.02 0.23 0.16 0.27 0.31 0.25
N9 0.02 0.06 0.05 0.14 0.07 0.06 0.09 0.14 0.11 0.08 0.10 0.04 0.05 0.10 0.06 0.07 0.17 0.03 0.23 0.13 0.27 0.31 0.25
O2' 0.04 0.10 0.09 0.15 0.09 0.05 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.08 0.10 0.07 0.04 0.20 0.04 0.19 0.12 0.22 0.26 0.20
O3' 0.13 0.04 0.07 0.05 0.07 0.12 0.06 0.10 0.04 0.08 0.04 0.04 0.06 0.07 0.09 0.17 0.06 0.16 0.12 0.04 0.13 0.19 0.13
O4' 0.03 0.07 0.07 0.16 0.07 0.08 0.09 0.16 0.11 0.08 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.05 0.20 0.04 0.24 0.12 0.29 0.33 0.27
O5' 0.11 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.09 0.04 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.08 0.18 0.06 0.12 0.17 0.03 0.21 0.27 0.20
O6 0.11 0.13 0.12 0.03 0.09 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.10 0.16 0.12 0.03 0.08 0.21 0.05 0.08 0.18 0.06 0.23 0.28 0.23
OP1 0.05 0.04 0.02 0.10 0.04 0.05 0.06 0.14 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.04 0.12 0.12 0.06 0.25 0.10 0.31 0.36 0.29
OP2 0.03 0.06 0.06 0.15 0.06 0.08 0.08 0.18 0.09 0.07 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.07 0.18 0.04 0.28 0.10 0.34 0.38 0.32
P 0.07 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.04 0.13 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.14 0.10 0.08 0.22 0.05 0.28 0.32 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02 0.14 0.01 0.15 0.16 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.20 0.01 0.22 0.21 0.20
C5' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.15 0.11 0.05 0.05 0.17 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.17 0.07 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.21 0.00 0.24 0.24 0.22
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.20 0.01 0.19 0.14 0.18
N1 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02 0.18 0.01 0.20 0.21 0.19
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.12 0.01 0.14 0.15 0.12
N3 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.24 0.01 0.24 0.22 0.24
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.10 0.11 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.14 0.05 0.08 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.05 0.04
O5' 0.05 0.14 0.03 0.08 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.20 0.18 0.12 0.11 0.24 0.13 0.03 0.14 0.06 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.24 0.00 0.27 0.29 0.27
OP1 0.07 0.15 0.03 0.03 0.16 0.05 0.22 0.07 0.24 0.19 0.20 0.14 0.12 0.24 0.13 0.05 0.08 0.07 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.16 0.06 0.08 0.14 0.03 0.21 0.00 0.24 0.14 0.21 0.15 0.11 0.22 0.08 0.05 0.11 0.05 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.03 0.06 0.14 0.01 0.20 0.00 0.22 0.18 0.19 0.12 0.10 0.24 0.11 0.03 0.11 0.04 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00