Doublet Group distance statistics: 53750

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
OP3 A 0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.011, 0.043, 0.074, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.011, 0.045, 0.078, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.045 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.011, 0.049, 0.086, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.049 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.017, 0.082, 0.147, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.082 std_dev=0.065
N7 B 0, 0.074, 0.355, 0.635, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.355 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.103, 0.392, 0.681, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.392 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.104, 0.415, 0.725, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.415 std_dev=0.311
N9 B 0, 0.150, 0.527, 0.904, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.527 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.092, 0.478, 0.863, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.478 std_dev=0.385
C8 B 0, 0.159, 0.547, 0.936, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.547 std_dev=0.389
C2 B 0, 0.113, 0.703, 1.292, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.703 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.071, 0.676, 1.281, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.676 std_dev=0.605
C1' B 0, 0.200, 0.820, 1.439, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.820 std_dev=0.619
N1 B 0, 0.102, 0.829, 1.556, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.829 std_dev=0.727
N2 B 0, 0.167, 0.925, 1.683, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.925 std_dev=0.758
O6 B 0, 0.058, 0.853, 1.649, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.853 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.032, 0.899, 1.767, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.899 std_dev=0.867
C2' A 0, 0.406, 1.405, 2.405, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.405 std_dev=0.999
C2' B 0, 0.284, 1.320, 2.355, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.320 std_dev=1.036
O4' A 0, 0.422, 1.482, 2.541, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.482 std_dev=1.060
O3' B 0, 0.281, 1.539, 2.796, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.539 std_dev=1.258
C4' B 0, -0.063, 1.244, 2.551, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.244 std_dev=1.307
O2' B 0, 0.547, 1.870, 3.193, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.870 std_dev=1.323
C3' B 0, 0.094, 1.423, 2.752, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.423 std_dev=1.329
C3' A 0, 0.598, 2.043, 3.487, 3.077 max_d=3.077 avg_d=2.043 std_dev=1.444
O2' A 0, 0.614, 2.098, 3.582, 3.183 max_d=3.183 avg_d=2.098 std_dev=1.484
C4' A 0, 0.593, 2.117, 3.642, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.117 std_dev=1.525
O5' B 0, -0.088, 1.513, 3.113, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.513 std_dev=1.600
O3' A 0, 0.604, 2.223, 3.841, 3.810 max_d=3.810 avg_d=2.223 std_dev=1.619
C5' B 0, -0.028, 1.593, 3.214, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.593 std_dev=1.621
OP1 B 0, -0.042, 2.020, 4.082, 4.852 max_d=4.852 avg_d=2.020 std_dev=2.062
P B 0, -0.247, 2.109, 4.466, 5.398 max_d=5.398 avg_d=2.109 std_dev=2.356
C5' A 0, 1.077, 3.713, 6.349, 5.860 max_d=5.860 avg_d=3.713 std_dev=2.636
OP2 B 0, -0.349, 2.420, 5.189, 6.296 max_d=6.296 avg_d=2.420 std_dev=2.769
O5' A 0, 1.082, 3.886, 6.689, 6.511 max_d=6.511 avg_d=3.886 std_dev=2.804
P A 0, 1.052, 4.732, 8.411, 8.974 max_d=8.974 avg_d=4.732 std_dev=3.680
OP2 A 0, 0.223, 4.157, 8.091, 9.438 max_d=9.438 avg_d=4.157 std_dev=3.934
OP1 A 0, 1.572, 5.601, 9.630, 9.309 max_d=9.309 avg_d=5.601 std_dev=4.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2OP3P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.18 0.01 0.33 0.79 0.00 0.46
C2 0.04 0.00 0.57 0.57 0.01 0.52 0.01 1.18 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.16 0.33 1.29 0.01 1.74 0.90 0.00 1.13
C2' 0.00 0.57 0.00 0.00 0.28 0.01 0.13 0.12 0.25 0.28 0.44 0.67 0.55 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.53 0.18 0.17 0.96 0.00 0.60
C3' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.32 0.01 0.28 0.01 0.36 0.28 0.48 0.68 0.53 0.26 0.16 0.01 0.01 0.01 0.41 0.34 0.20 0.61 0.00 0.35
C4 0.02 0.01 0.28 0.32 0.00 0.24 0.00 0.56 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.17 0.51 0.01 0.65 0.33 0.00 0.08
C4' 0.01 0.52 0.01 0.01 0.24 0.00 0.15 0.01 0.24 0.26 0.40 0.64 0.49 0.20 0.07 0.18 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.38 0.00 0.12
C5 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.15 0.00 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.12 0.07 0.27 0.00 0.59 0.56 0.00 0.24
C5' 0.06 1.18 0.12 0.01 0.56 0.01 0.38 0.00 0.60 0.36 0.94 1.46 1.06 0.27 0.14 0.08 0.14 0.02 0.01 0.52 0.05 0.14 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.25 0.36 0.01 0.24 0.00 0.60 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.14 0.59 0.00 0.88 0.24 0.00 0.18
C8 0.02 0.02 0.28 0.28 0.01 0.26 0.02 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.05 0.18 0.53 0.02 1.00 1.51 0.00 1.16
N1 0.03 0.00 0.44 0.48 0.00 0.40 0.01 0.94 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.25 1.04 0.00 1.45 0.61 0.00 0.79
N2 0.06 0.00 0.67 0.68 0.00 0.64 0.01 1.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.17 0.40 1.65 0.00 2.39 1.45 0.00 1.70
N3 0.04 0.00 0.55 0.53 0.00 0.49 0.00 1.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.11 0.33 1.09 0.01 1.33 0.61 0.00 0.83
N7 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.09 0.10 0.29 0.01 0.87 1.27 0.00 0.95
N9 0.00 0.01 0.00 0.16 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.46 0.87 0.00 0.54
O2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.12 0.18 0.16 0.08 0.15 0.35 0.21 0.40 0.29 0.30 0.13 0.00 0.01 0.15 0.51 0.17 0.23 1.13 0.00 0.64
O3' 0.17 0.16 0.01 0.01 0.08 0.01 0.12 0.14 0.16 0.05 0.18 0.17 0.11 0.09 0.01 0.01 0.00 0.12 0.24 0.19 0.24 0.41 0.00 0.20
O4' 0.01 0.33 0.01 0.01 0.17 0.00 0.07 0.02 0.14 0.18 0.25 0.40 0.33 0.10 0.00 0.15 0.12 0.00 0.07 0.10 0.33 0.67 0.00 0.34
O5' 0.18 1.29 0.53 0.41 0.51 0.01 0.27 0.01 0.59 0.53 1.04 1.65 1.09 0.29 0.11 0.51 0.24 0.07 0.00 0.47 0.01 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.18 0.34 0.01 0.20 0.00 0.52 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.19 0.10 0.47 0.00 0.82 0.30 0.00 0.09
OP1 0.33 1.74 0.17 0.20 0.65 0.17 0.59 0.05 0.88 1.00 1.45 2.39 1.33 0.87 0.46 0.23 0.24 0.33 0.01 0.82 0.00 0.01 0.00 0.01
OP2 0.79 0.90 0.96 0.61 0.33 0.38 0.56 0.14 0.24 1.51 0.61 1.45 0.61 1.27 0.87 1.13 0.41 0.67 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.02
OP3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.46 1.13 0.60 0.35 0.08 0.12 0.24 0.01 0.18 1.16 0.79 1.70 0.83 0.95 0.54 0.64 0.20 0.34 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.42 0.26 0.12 0.18 0.11 0.20 0.17 0.15 0.19 0.19 0.13 0.11 0.14 0.78 0.33 0.15 0.22 0.22 0.36 1.43 0.34
C2 0.12 0.14 0.30 0.28 0.08 0.15 0.09 0.15 0.16 0.11 0.17 0.15 0.10 0.07 0.09 0.64 0.28 0.10 0.20 0.23 0.25 1.44 0.38
C2' 0.51 0.49 0.33 0.69 0.53 0.68 0.56 0.69 0.55 0.57 0.52 0.47 0.50 0.59 0.54 0.47 0.78 0.67 0.73 0.59 0.54 2.10 0.97
C3' 0.66 0.60 0.49 0.95 0.63 0.89 0.63 0.91 0.60 0.66 0.59 0.59 0.62 0.65 0.66 0.51 1.10 0.81 0.97 0.59 0.90 2.42 1.29
C4 0.17 0.15 0.40 0.25 0.10 0.16 0.09 0.17 0.17 0.14 0.19 0.18 0.12 0.08 0.13 0.80 0.25 0.12 0.19 0.25 0.32 1.32 0.28
C4' 0.67 0.59 0.48 1.16 0.61 1.01 0.58 1.07 0.53 0.62 0.54 0.58 0.62 0.58 0.64 0.14 1.33 0.84 1.16 0.49 1.23 2.56 1.48
C5 0.23 0.16 0.46 0.27 0.13 0.18 0.10 0.20 0.17 0.17 0.19 0.18 0.14 0.10 0.17 0.91 0.23 0.15 0.21 0.28 0.37 1.10 0.21
C5' 1.58 1.21 1.47 2.20 1.38 2.05 1.28 2.16 1.10 1.49 1.08 1.16 1.34 1.36 1.50 1.10 2.38 1.80 2.26 0.94 2.39 3.69 2.64
C6 0.24 0.16 0.46 0.28 0.14 0.20 0.10 0.21 0.17 0.19 0.19 0.18 0.15 0.11 0.19 0.91 0.24 0.16 0.22 0.31 0.36 0.99 0.20
C8 0.21 0.17 0.48 0.27 0.12 0.19 0.10 0.20 0.17 0.15 0.21 0.20 0.14 0.08 0.15 0.93 0.25 0.14 0.22 0.26 0.40 1.16 0.22
N1 0.19 0.14 0.37 0.27 0.12 0.16 0.10 0.17 0.17 0.16 0.18 0.16 0.12 0.10 0.15 0.76 0.21 0.13 0.19 0.29 0.29 1.15 0.24
N2 0.03 0.13 0.18 0.35 0.07 0.18 0.09 0.17 0.15 0.04 0.15 0.14 0.10 0.03 0.03 0.45 0.38 0.09 0.28 0.18 0.24 1.67 0.56
N3 0.12 0.14 0.33 0.26 0.08 0.15 0.09 0.15 0.16 0.11 0.18 0.16 0.10 0.07 0.09 0.67 0.31 0.10 0.20 0.23 0.26 1.51 0.39
N7 0.25 0.16 0.51 0.29 0.14 0.21 0.10 0.22 0.17 0.17 0.20 0.19 0.15 0.10 0.18 0.99 0.25 0.16 0.24 0.27 0.42 1.02 0.21
N9 0.18 0.16 0.42 0.25 0.11 0.17 0.10 0.18 0.17 0.13 0.20 0.19 0.12 0.08 0.13 0.83 0.27 0.12 0.20 0.25 0.35 1.32 0.28
O2' 0.15 0.27 0.42 0.17 0.23 0.24 0.31 0.23 0.39 0.25 0.35 0.27 0.21 0.32 0.20 0.78 0.23 0.31 0.23 0.49 0.09 1.49 0.41
O3' 0.26 0.27 0.54 0.31 0.25 0.20 0.24 0.16 0.27 0.22 0.28 0.29 0.26 0.21 0.25 0.87 0.45 0.17 0.22 0.30 0.11 1.65 0.50
O4' 0.41 0.44 0.31 0.77 0.42 0.63 0.40 0.66 0.41 0.39 0.43 0.45 0.43 0.39 0.41 0.41 0.89 0.51 0.71 0.39 0.80 1.93 0.92
O5' 1.91 1.49 1.85 2.63 1.67 2.44 1.53 2.55 1.33 1.75 1.33 1.45 1.65 1.59 1.80 1.42 2.85 2.13 2.62 1.13 2.79 3.90 2.93
O6 0.29 0.17 0.51 0.33 0.18 0.24 0.12 0.25 0.17 0.21 0.20 0.19 0.19 0.13 0.23 0.99 0.31 0.20 0.26 0.34 0.40 0.78 0.22
OP1 3.09 2.12 3.17 4.04 2.55 3.82 2.28 4.02 1.84 2.80 1.81 2.01 2.47 2.45 2.85 2.74 4.26 3.36 4.11 1.43 4.39 5.46 4.50
OP2 2.14 1.39 2.25 3.15 1.68 2.90 1.42 3.07 1.08 1.81 1.11 1.34 1.66 1.50 1.92 1.78 3.47 2.40 3.08 0.73 3.46 4.23 3.38
OP3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 2.25 1.45 2.29 3.18 1.78 2.98 1.55 3.18 1.19 1.98 1.19 1.37 1.73 1.68 2.04 1.85 3.44 2.53 3.23 0.86 3.61 4.51 3.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.28 0.00 0.07 0.02 0.08 0.15 0.10
C2 0.04 0.00 0.23 0.28 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.07 0.13 0.13 0.01 0.14 0.43 0.14
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.02 0.17 0.06 0.17 0.16 0.29 0.24 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.38 0.03 0.37 0.79 0.58
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.26 0.01 0.30 0.01 0.34 0.20 0.32 0.26 0.24 0.26 0.20 0.02 0.01 0.03 0.03 0.36 0.13 0.71 0.27
C4 0.02 0.01 0.11 0.26 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.04 0.06 0.12 0.01 0.09 0.46 0.15
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.08 0.05 0.04 0.11 0.07 0.30 0.01 0.00 0.02 0.14 0.12 0.42 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.38 0.07 0.03 0.20 0.01 0.15 0.82 0.29
C5' 0.05 0.05 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.05 0.09 0.05 0.03 0.09 0.02 0.12 0.22 0.01 0.01 0.14 0.13 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.34 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.09 0.04 0.23 0.00 0.20 0.92 0.33
C8 0.00 0.00 0.17 0.20 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.05 0.07 0.12 0.03 0.03 0.72 0.24
N1 0.04 0.00 0.16 0.32 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.03 0.09 0.19 0.02 0.19 0.71 0.25
N2 0.05 0.00 0.29 0.26 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.15 0.12 0.02 0.14 0.31 0.10
N3 0.04 0.00 0.24 0.24 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.12 0.09 0.00 0.09 0.26 0.07
N7 0.01 0.01 0.13 0.26 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.10 0.03 0.20 0.03 0.12 1.00 0.35
N9 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.07 0.01 0.07 0.01 0.04 0.35 0.10
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.28 0.30 0.38 0.12 0.40 0.33 0.35 0.21 0.21 0.40 0.22 0.00 0.05 0.22 0.25 0.44 0.26 0.90 0.53
O3' 0.28 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.22 0.09 0.05 0.03 0.12 0.13 0.10 0.07 0.05 0.00 0.18 0.18 0.15 0.45 0.67 0.15
O4' 0.00 0.13 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.15 0.12 0.03 0.01 0.22 0.18 0.00 0.08 0.03 0.11 0.02 0.13
O5' 0.07 0.13 0.38 0.03 0.12 0.02 0.20 0.01 0.23 0.12 0.19 0.12 0.09 0.20 0.07 0.25 0.18 0.08 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.36 0.01 0.14 0.01 0.14 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.44 0.15 0.03 0.28 0.00 0.26 1.15 0.43
OP1 0.08 0.14 0.37 0.13 0.09 0.12 0.15 0.13 0.20 0.03 0.19 0.14 0.09 0.12 0.04 0.26 0.45 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.43 0.79 0.71 0.46 0.42 0.82 0.33 0.92 0.72 0.71 0.31 0.26 1.00 0.35 0.90 0.67 0.02 0.01 1.15 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.58 0.27 0.15 0.05 0.29 0.02 0.33 0.24 0.25 0.10 0.07 0.35 0.10 0.53 0.15 0.13 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00