ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53751

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N9 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N7 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O3' A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C4' A 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O2' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C5' A 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C4 B 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
O2' B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
N9 B 0, 0.000, 0.527, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C2 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
N2 B 0, 0.000, 0.630, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.630 std_dev=0.630
C5 B 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
O5' A 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C2' B 0, 0.000, 0.681, 1.362, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.681 std_dev=0.681
C8 B 0, 0.000, 0.687, 1.375, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.687 std_dev=0.687
N1 B 0, 0.000, 0.730, 1.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.730 std_dev=0.730
N7 B 0, 0.000, 0.749, 1.498, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.749 std_dev=0.749
C6 B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O6 B 0, 0.000, 0.945, 1.890, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.945 std_dev=0.945
OP2 A 0, 0.000, 1.003, 2.005, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.003 std_dev=1.003
P A 0, 0.000, 1.018, 2.035, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.018 std_dev=1.018
O4' B 0, 0.000, 1.019, 2.039, 2.039 max_d=2.039 avg_d=1.019 std_dev=1.019
C3' B 0, 0.000, 1.189, 2.377, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.189 std_dev=1.189
O5' B 0, 0.000, 1.284, 2.569, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.284 std_dev=1.284
C4' B 0, 0.000, 1.304, 2.607, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.304 std_dev=1.304
OP2 B 0, 0.000, 1.310, 2.620, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.310 std_dev=1.310
OP1 A 0, 0.000, 1.315, 2.631, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.315 std_dev=1.315
O3' B 0, 0.000, 1.429, 2.857, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.429 std_dev=1.429
P B 0, 0.000, 1.724, 3.447, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.724 std_dev=1.724
C5' B 0, 0.000, 2.028, 4.056, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.028 std_dev=2.028
OP1 B 0, 0.000, 2.632, 5.264, 5.264 max_d=5.264 avg_d=2.632 std_dev=2.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.16 0.06 0.08
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.04 0.26 0.07 0.13
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.26 0.02 0.13
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.14 0.13 0.07
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.13 0.01 0.21 0.21 0.15
C5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.10 0.16 0.04 0.06 0.03 0.17 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.13 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.18 0.21 0.12
C8 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.22 0.01 0.32 0.26 0.25
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.14 0.05
N2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.04 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.22 0.01 0.31 0.30 0.25
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.20 0.14 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.26 0.05 0.13
O3' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.02 0.35 0.04 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01
O5' 0.05 0.01 0.08 0.08 0.06 0.01 0.13 0.00 0.11 0.22 0.04 0.06 0.02 0.22 0.11 0.07 0.10 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.15 0.00 0.21 0.25 0.17
OP1 0.16 0.04 0.26 0.26 0.14 0.07 0.21 0.05 0.18 0.32 0.10 0.02 0.05 0.31 0.20 0.26 0.35 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.07 0.02 0.13 0.03 0.21 0.03 0.21 0.26 0.14 0.04 0.06 0.30 0.14 0.05 0.04 0.03 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.01 0.13 0.13 0.07 0.03 0.15 0.00 0.12 0.25 0.05 0.06 0.01 0.25 0.13 0.13 0.18 0.01 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.15 0.13 0.10 0.05 0.34 0.02 0.38 0.21 0.26 0.25 0.21 0.01 0.12 0.21 0.19 0.05 0.44 0.13 0.33 0.75 0.20 0.42
C2 0.34 0.11 0.24 0.29 0.13 0.42 0.10 0.51 0.12 0.40 0.20 0.18 0.03 0.31 0.30 0.25 0.26 0.45 0.15 0.26 0.92 0.56 0.55
C2' 0.25 0.21 0.04 0.03 0.01 0.30 0.08 0.37 0.26 0.19 0.30 0.27 0.07 0.05 0.15 0.11 0.04 0.41 0.11 0.38 0.73 0.10 0.39
C3' 0.30 0.15 0.10 0.05 0.04 0.31 0.03 0.33 0.21 0.24 0.25 0.21 0.02 0.10 0.20 0.18 0.02 0.43 0.11 0.32 0.64 0.08 0.35
C4 0.33 0.12 0.21 0.24 0.12 0.41 0.08 0.50 0.12 0.36 0.20 0.19 0.02 0.25 0.27 0.23 0.20 0.46 0.17 0.23 0.93 0.43 0.54
C4' 0.37 0.08 0.18 0.10 0.11 0.33 0.03 0.30 0.15 0.30 0.18 0.13 0.06 0.15 0.27 0.28 0.04 0.46 0.12 0.26 0.57 0.12 0.33
C5 0.35 0.08 0.25 0.32 0.16 0.46 0.15 0.57 0.03 0.41 0.14 0.17 0.06 0.33 0.31 0.25 0.29 0.47 0.20 0.10 1.03 0.51 0.59
C5' 0.43 0.03 0.26 0.16 0.17 0.36 0.10 0.30 0.09 0.37 0.13 0.08 0.11 0.22 0.33 0.36 0.10 0.50 0.14 0.21 0.55 0.17 0.33
C6 0.35 0.05 0.30 0.39 0.20 0.49 0.22 0.61 0.05 0.44 0.09 0.15 0.08 0.40 0.33 0.27 0.38 0.46 0.21 0.00 1.07 0.60 0.63
C8 0.33 0.10 0.20 0.24 0.13 0.42 0.10 0.52 0.08 0.36 0.17 0.19 0.03 0.26 0.28 0.23 0.20 0.47 0.19 0.17 0.96 0.38 0.54
N1 0.35 0.07 0.30 0.38 0.19 0.47 0.21 0.59 0.01 0.45 0.12 0.16 0.07 0.41 0.33 0.27 0.37 0.45 0.19 0.07 1.02 0.62 0.60
N2 0.34 0.12 0.24 0.27 0.12 0.40 0.06 0.47 0.19 0.40 0.23 0.18 0.02 0.29 0.29 0.26 0.24 0.44 0.12 0.35 0.84 0.59 0.51
N3 0.33 0.13 0.19 0.21 0.09 0.39 0.04 0.46 0.18 0.34 0.23 0.20 0.01 0.21 0.26 0.22 0.16 0.45 0.13 0.31 0.87 0.44 0.51
N7 0.34 0.08 0.25 0.31 0.16 0.46 0.15 0.58 0.02 0.40 0.13 0.17 0.06 0.32 0.30 0.25 0.28 0.47 0.21 0.09 1.04 0.47 0.59
N9 0.33 0.13 0.18 0.19 0.10 0.39 0.05 0.47 0.14 0.33 0.21 0.20 0.01 0.21 0.25 0.21 0.14 0.46 0.16 0.25 0.88 0.34 0.50
O2' 0.20 0.26 0.03 0.05 0.07 0.26 0.16 0.33 0.33 0.10 0.35 0.30 0.12 0.05 0.08 0.05 0.12 0.38 0.10 0.45 0.68 0.01 0.35
O3' 0.30 0.16 0.08 0.03 0.04 0.32 0.05 0.34 0.22 0.22 0.26 0.21 0.02 0.07 0.19 0.17 0.05 0.45 0.14 0.34 0.63 0.03 0.35
O4' 0.36 0.08 0.19 0.12 0.12 0.33 0.04 0.31 0.13 0.31 0.17 0.13 0.06 0.17 0.27 0.27 0.07 0.45 0.10 0.25 0.61 0.18 0.34
O5' 0.45 0.01 0.28 0.20 0.21 0.39 0.14 0.35 0.04 0.41 0.10 0.07 0.14 0.28 0.36 0.37 0.13 0.51 0.14 0.15 0.63 0.24 0.38
O6 0.35 0.01 0.34 0.46 0.24 0.51 0.28 0.66 0.14 0.47 0.02 0.13 0.11 0.45 0.35 0.29 0.46 0.46 0.24 0.14 1.13 0.65 0.66
OP1 0.43 0.04 0.23 0.12 0.17 0.34 0.09 0.28 0.09 0.37 0.14 0.11 0.11 0.22 0.33 0.34 0.03 0.50 0.10 0.21 0.50 0.12 0.29
OP2 0.35 0.12 0.19 0.14 0.11 0.33 0.07 0.34 0.11 0.34 0.20 0.21 0.02 0.23 0.27 0.25 0.07 0.43 0.09 0.20 0.68 0.22 0.37
P 0.47 0.01 0.30 0.20 0.23 0.39 0.17 0.35 0.01 0.43 0.08 0.06 0.16 0.30 0.38 0.39 0.13 0.53 0.14 0.12 0.61 0.23 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.17 0.57 0.17
C2 0.00 0.00 0.21 0.33 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.38 0.03 0.15 0.01 0.42 0.44 0.18
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 0.03 0.07 0.11 0.15 0.26 0.21 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.19 0.04 0.00 0.34 0.02
C3' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.04 0.14 0.17 0.26 0.40 0.30 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.10 0.09 0.16 0.09
C4 0.00 0.00 0.09 0.15 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.22 0.00 0.32 0.45 0.14
C4' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.10 0.09 0.16 0.23 0.16 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.03 0.40 0.10
C5 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.31 0.00 0.34 0.34 0.08
C5' 0.02 0.28 0.03 0.04 0.15 0.01 0.12 0.00 0.19 0.08 0.26 0.32 0.23 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.17 0.01 0.25 0.02
C6 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.29 0.00 0.40 0.28 0.09
C8 0.00 0.00 0.11 0.17 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.18 0.00 0.40 0.00 0.17 0.39 0.02
N1 0.00 0.00 0.15 0.26 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.30 0.03 0.21 0.01 0.44 0.35 0.14
N2 0.01 0.00 0.26 0.40 0.01 0.23 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.49 0.03 0.09 0.01 0.45 0.46 0.21
N3 0.00 0.00 0.21 0.30 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.33 0.02 0.13 0.00 0.36 0.48 0.18
N7 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.41 0.00 0.25 0.27 0.00
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.00 0.23 0.49 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.17 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.41 0.07
O3' 0.01 0.38 0.02 0.00 0.15 0.03 0.06 0.07 0.15 0.18 0.30 0.49 0.33 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.20 0.11 0.20 0.05 0.14
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.21 0.66 0.26
O5' 0.09 0.15 0.19 0.26 0.22 0.02 0.31 0.01 0.29 0.40 0.21 0.09 0.13 0.41 0.24 0.07 0.20 0.06 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.33 0.00 0.41 0.19 0.05
OP1 0.17 0.42 0.00 0.09 0.32 0.03 0.34 0.01 0.40 0.17 0.44 0.45 0.36 0.25 0.23 0.02 0.20 0.21 0.01 0.41 0.00 0.00 0.00
OP2 0.57 0.44 0.34 0.16 0.45 0.40 0.34 0.25 0.28 0.39 0.35 0.46 0.48 0.27 0.49 0.41 0.05 0.66 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.18 0.02 0.09 0.14 0.10 0.08 0.02 0.09 0.02 0.14 0.21 0.18 0.00 0.12 0.07 0.14 0.26 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00