ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 15, 19, 20, 20, 23, 15, 16, 15, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.058, 0.083, 0.109, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.083 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.038, 0.066, 0.095, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.066 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.055, 0.131, 0.206, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.131 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.046, 0.121, 0.197, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.121 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.089, 0.191, 0.292, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.191 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.111, 0.233, 0.356, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.233 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.117, 0.244, 0.370, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.244 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.228, 0.408, 0.588, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.408 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.183, 0.367, 0.552, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.367 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.253, 0.460, 0.667, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.460 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.249, 0.465, 0.682, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.465 std_dev=0.217
C5' A 0, 0.180, 0.407, 0.634, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.407 std_dev=0.227
O4 B 0, 0.270, 0.529, 0.787, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.529 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.309, 0.584, 0.859, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.584 std_dev=0.275
P B 0, 0.263, 0.546, 0.828, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.546 std_dev=0.282
N1 B 0, 0.294, 0.579, 0.864, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.579 std_dev=0.285
O5' B 0, 0.395, 0.685, 0.975, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.685 std_dev=0.290
OP2 B 0, 0.307, 0.611, 0.915, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.611 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.326, 0.637, 0.949, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.637 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.343, 0.664, 0.986, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.664 std_dev=0.321
C5' B 0, 0.282, 0.627, 0.972, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.627 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.405, 0.765, 1.126, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.765 std_dev=0.361
C4' B 0, 0.362, 0.727, 1.091, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.727 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.393, 0.786, 1.179, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.786 std_dev=0.393
O2 B 0, 0.433, 0.848, 1.262, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.848 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.498, 0.924, 1.349, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.924 std_dev=0.425
C2' B 0, 0.508, 0.987, 1.465, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.987 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.687, 1.249, 1.811, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.249 std_dev=0.562
O5' A 0, 0.010, 0.576, 1.141, 3.228 max_d=3.228 avg_d=0.576 std_dev=0.566
O2' B 0, 0.655, 1.299, 1.944, 4.046 max_d=4.046 avg_d=1.299 std_dev=0.644
P A 0, 0.100, 0.852, 1.603, 4.015 max_d=4.015 avg_d=0.852 std_dev=0.752
OP1 A 0, 0.287, 1.209, 2.130, 5.473 max_d=5.473 avg_d=1.209 std_dev=0.922
OP2 A 0, 0.141, 1.151, 2.161, 6.873 max_d=6.873 avg_d=1.151 std_dev=1.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.16 0.14 0.20 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.03 0.31 0.24 0.46 0.31
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.15 0.20 0.19 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.05 0.08 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.18 0.27 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.43 0.41 0.72 0.50
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.04 0.46 0.43 0.73 0.52
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.16 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.40 0.33 0.55 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.30 0.22 0.41 0.29
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.37 0.33 0.61 0.41
N4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.04 0.46 0.48 0.81 0.56
O2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.12 0.05 0.24 0.19 0.37 0.23
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.06 0.12 0.00 0.05 0.05 0.06 0.20 0.18 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.11 0.05 0.09 0.12 0.12 0.05 0.00 0.02 0.18 0.33 0.24 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.14 0.17 0.16 0.12
O5' 0.16 0.31 0.15 0.18 0.43 0.02 0.46 0.01 0.40 0.30 0.37 0.46 0.24 0.06 0.18 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.24 0.20 0.27 0.41 0.14 0.43 0.16 0.33 0.22 0.33 0.48 0.19 0.20 0.33 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.46 0.19 0.18 0.72 0.15 0.73 0.20 0.55 0.41 0.61 0.81 0.37 0.18 0.24 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.31 0.14 0.18 0.50 0.05 0.52 0.01 0.41 0.29 0.41 0.56 0.23 0.09 0.20 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.24 0.21 0.16 0.20 0.20 0.20 0.22 0.18 0.20 0.23 0.30 0.27 0.16 0.24 0.23 0.18 0.05 0.10 0.05
C2 0.30 0.27 0.27 0.22 0.16 0.25 0.17 0.24 0.20 0.24 0.23 0.33 0.33 0.22 0.21 0.28 0.22 0.11 0.18 0.11
C2' 0.23 0.22 0.19 0.15 0.22 0.17 0.22 0.22 0.19 0.20 0.22 0.26 0.24 0.15 0.24 0.22 0.19 0.08 0.09 0.08
C3' 0.22 0.21 0.18 0.11 0.22 0.14 0.22 0.14 0.19 0.20 0.21 0.23 0.20 0.13 0.24 0.23 0.08 0.04 0.07 0.02
C4 0.30 0.30 0.27 0.24 0.19 0.24 0.21 0.21 0.25 0.28 0.26 0.34 0.32 0.22 0.19 0.28 0.23 0.16 0.24 0.16
C4' 0.22 0.22 0.18 0.11 0.23 0.14 0.23 0.15 0.20 0.20 0.22 0.25 0.21 0.13 0.26 0.22 0.07 0.09 0.12 0.05
C5 0.27 0.27 0.24 0.21 0.22 0.21 0.21 0.20 0.23 0.25 0.26 0.30 0.28 0.19 0.24 0.26 0.22 0.18 0.24 0.17
C5' 0.23 0.24 0.19 0.13 0.28 0.14 0.27 0.13 0.23 0.22 0.26 0.26 0.21 0.16 0.32 0.23 0.07 0.20 0.19 0.12
C6 0.26 0.25 0.22 0.18 0.21 0.20 0.20 0.19 0.21 0.23 0.24 0.29 0.26 0.17 0.25 0.26 0.20 0.15 0.20 0.14
N1 0.27 0.25 0.23 0.18 0.19 0.21 0.18 0.21 0.19 0.22 0.23 0.30 0.28 0.17 0.23 0.25 0.19 0.08 0.15 0.09
N3 0.32 0.29 0.30 0.25 0.15 0.26 0.18 0.23 0.24 0.27 0.24 0.35 0.35 0.24 0.19 0.29 0.23 0.14 0.22 0.14
N4 0.32 0.32 0.30 0.27 0.22 0.25 0.24 0.22 0.27 0.30 0.30 0.36 0.34 0.25 0.20 0.29 0.24 0.19 0.27 0.18
O2 0.31 0.27 0.30 0.26 0.18 0.28 0.19 0.29 0.20 0.23 0.24 0.36 0.38 0.28 0.23 0.30 0.24 0.15 0.17 0.13
O2' 0.27 0.27 0.24 0.22 0.25 0.23 0.25 0.30 0.24 0.25 0.26 0.32 0.30 0.23 0.26 0.25 0.23 0.15 0.10 0.12
O3' 0.21 0.20 0.18 0.12 0.21 0.14 0.22 0.13 0.19 0.19 0.20 0.21 0.19 0.16 0.23 0.24 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.24 0.24 0.19 0.13 0.21 0.17 0.22 0.19 0.19 0.20 0.22 0.29 0.25 0.13 0.25 0.23 0.12 0.07 0.12 0.03
O5' 0.34 0.41 0.33 0.31 0.48 0.24 0.46 0.21 0.40 0.38 0.45 0.41 0.30 0.31 0.53 0.32 0.28 0.26 0.37 0.25
OP1 0.44 0.51 0.49 0.50 0.61 0.39 0.58 0.37 0.52 0.49 0.56 0.49 0.45 0.54 0.66 0.40 0.46 0.49 0.64 0.48
OP2 0.48 0.64 0.49 0.45 0.76 0.35 0.68 0.29 0.58 0.57 0.72 0.63 0.46 0.47 0.84 0.41 0.35 0.37 0.41 0.30
P 0.38 0.48 0.39 0.38 0.58 0.28 0.54 0.24 0.46 0.44 0.54 0.47 0.36 0.40 0.64 0.34 0.32 0.32 0.44 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.03 0.01 0.09 0.09 0.23 0.13
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.05 0.14 0.14 0.25 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.08 0.02 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.19 0.24 0.16
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.02 0.15 0.09 0.13 0.13 0.02 0.01 0.16 0.01 0.12 0.18 0.13 0.09
C4 0.03 0.01 0.05 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.12 0.00 0.04 0.22 0.21 0.29 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.06 0.11 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.01 0.05 0.23 0.22 0.28 0.22
C5' 0.03 0.07 0.06 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.13 0.02 0.01 0.10 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.01 0.06 0.20 0.17 0.25 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.14 0.12 0.24 0.14
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.02 0.04 0.18 0.17 0.27 0.18
O2 0.04 0.01 0.15 0.13 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.19 0.03 0.08 0.12 0.12 0.25 0.15
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.11 0.13 0.07 0.11 0.07 0.11 0.14 0.00 0.05 0.14 0.08 0.11 0.17 0.26 0.14
O3' 0.10 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.07 0.13 0.06 0.11 0.19 0.05 0.00 0.15 0.07 0.16 0.28 0.19 0.18
O4 0.03 0.02 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.15 0.00 0.04 0.24 0.25 0.31 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.08 0.07 0.04 0.00 0.08 0.10 0.25 0.16
O5' 0.09 0.14 0.16 0.12 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.14 0.18 0.12 0.11 0.16 0.24 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.14 0.19 0.18 0.21 0.09 0.22 0.10 0.17 0.12 0.17 0.12 0.17 0.28 0.25 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.25 0.24 0.13 0.29 0.15 0.28 0.11 0.25 0.24 0.27 0.25 0.26 0.19 0.31 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.16 0.09 0.21 0.05 0.22 0.02 0.17 0.14 0.18 0.15 0.14 0.18 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00