ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53756

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 6, 5, 4, 6, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.035, 0.108, 0.182, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.108 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.033, 0.116, 0.198, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.116 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.080, 0.182, 0.283, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.182 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.113, 0.217, 0.321, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.217 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.097, 0.221, 0.344, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.221 std_dev=0.124
C5' A 0, 0.177, 0.367, 0.556, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.367 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.161, 0.355, 0.549, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.355 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.229, 0.456, 0.682, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.456 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.309, 0.551, 0.793, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.551 std_dev=0.242
O5' A 0, 0.161, 0.406, 0.651, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.406 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.312, 0.558, 0.803, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.558 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.354, 0.606, 0.859, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.606 std_dev=0.253
P B 0, 0.161, 0.416, 0.672, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.416 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.291, 0.559, 0.827, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.559 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.184, 0.456, 0.728, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.456 std_dev=0.272
C6 B 0, 0.195, 0.468, 0.741, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.468 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.333, 0.610, 0.886, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.610 std_dev=0.277
O4 B 0, 0.420, 0.723, 1.027, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.723 std_dev=0.303
C1' B 0, 0.212, 0.519, 0.826, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.519 std_dev=0.307
O2 B 0, 0.347, 0.673, 0.999, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.673 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.227, 0.560, 0.893, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.560 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.169, 0.510, 0.851, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.510 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.114, 0.459, 0.805, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.459 std_dev=0.345
P A 0, 0.266, 0.617, 0.968, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.617 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.296, 0.652, 1.008, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.652 std_dev=0.356
O3' B 0, 0.429, 0.829, 1.230, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.829 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.157, 0.607, 1.057, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.607 std_dev=0.450
C5' B 0, 0.142, 0.655, 1.168, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.655 std_dev=0.513
OP2 A 0, 0.261, 0.841, 1.421, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.841 std_dev=0.580
OP1 A 0, 0.295, 0.948, 1.602, 2.518 max_d=2.518 avg_d=0.948 std_dev=0.653
O2' B 0, 0.200, 0.940, 1.680, 3.412 max_d=3.412 avg_d=0.940 std_dev=0.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.22 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.17 0.23 0.39 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.03 0.01 0.11 0.19 0.14 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.12 0.06 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.16 0.28 0.20 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.05 0.26 0.39 0.58 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.13 0.21 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.05 0.28 0.41 0.57 0.27
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.12 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.24 0.30 0.43 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.16 0.21 0.34 0.14
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.22 0.32 0.49 0.21
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.05 0.28 0.46 0.65 0.30
O2 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.10 0.04 0.13 0.18 0.33 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.07 0.04 0.06 0.20 0.18 0.05
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.10 0.02 0.15 0.04 0.13 0.05 0.07 0.12 0.10 0.07 0.00 0.02 0.16 0.44 0.36 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.07 0.10 0.24 0.14
O5' 0.07 0.17 0.11 0.16 0.26 0.01 0.28 0.01 0.24 0.16 0.22 0.28 0.13 0.06 0.16 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.23 0.19 0.28 0.39 0.13 0.41 0.12 0.30 0.21 0.32 0.46 0.18 0.20 0.44 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.39 0.14 0.20 0.58 0.21 0.57 0.27 0.43 0.34 0.49 0.65 0.33 0.18 0.36 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.08 0.14 0.26 0.02 0.27 0.01 0.20 0.14 0.21 0.30 0.12 0.05 0.21 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.21 0.17 0.28 0.20 0.30 0.33 0.23 0.15 0.23 0.25 0.35 0.19 0.35 0.22 0.20 0.05 0.10 0.05
C2 0.26 0.20 0.23 0.17 0.23 0.22 0.24 0.30 0.22 0.17 0.22 0.28 0.34 0.20 0.30 0.22 0.25 0.09 0.20 0.09
C2' 0.22 0.18 0.18 0.16 0.30 0.18 0.34 0.34 0.25 0.15 0.23 0.23 0.30 0.19 0.35 0.20 0.22 0.09 0.12 0.09
C3' 0.19 0.18 0.21 0.11 0.33 0.11 0.34 0.22 0.22 0.13 0.25 0.20 0.22 0.16 0.39 0.22 0.10 0.03 0.06 0.02
C4 0.28 0.23 0.25 0.19 0.17 0.23 0.18 0.25 0.24 0.23 0.23 0.29 0.34 0.17 0.27 0.28 0.25 0.17 0.29 0.16
C4' 0.20 0.18 0.20 0.11 0.33 0.11 0.33 0.24 0.20 0.13 0.25 0.21 0.25 0.15 0.41 0.21 0.08 0.09 0.14 0.05
C5 0.27 0.21 0.24 0.19 0.22 0.23 0.17 0.25 0.22 0.20 0.24 0.25 0.33 0.17 0.34 0.30 0.23 0.22 0.30 0.19
C5' 0.20 0.20 0.25 0.12 0.36 0.11 0.33 0.18 0.20 0.15 0.28 0.21 0.25 0.19 0.45 0.24 0.08 0.20 0.27 0.13
C6 0.26 0.18 0.22 0.18 0.26 0.22 0.21 0.25 0.18 0.17 0.23 0.23 0.31 0.17 0.37 0.28 0.22 0.19 0.25 0.17
N1 0.26 0.19 0.22 0.17 0.26 0.21 0.26 0.28 0.20 0.16 0.23 0.25 0.32 0.17 0.35 0.24 0.22 0.08 0.18 0.09
N3 0.27 0.22 0.25 0.19 0.16 0.23 0.19 0.27 0.22 0.20 0.22 0.29 0.33 0.21 0.26 0.25 0.26 0.11 0.25 0.12
N4 0.30 0.27 0.27 0.21 0.17 0.24 0.24 0.26 0.28 0.27 0.26 0.32 0.38 0.20 0.20 0.29 0.25 0.19 0.32 0.17
O2 0.25 0.21 0.25 0.18 0.24 0.24 0.27 0.37 0.24 0.17 0.24 0.30 0.40 0.25 0.30 0.21 0.27 0.15 0.18 0.11
O2' 0.27 0.21 0.24 0.23 0.28 0.24 0.34 0.44 0.29 0.19 0.23 0.27 0.44 0.26 0.32 0.22 0.27 0.17 0.12 0.13
O3' 0.17 0.18 0.23 0.15 0.33 0.10 0.35 0.21 0.24 0.15 0.25 0.19 0.17 0.21 0.39 0.23 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.23 0.18 0.20 0.13 0.31 0.16 0.30 0.29 0.20 0.14 0.24 0.24 0.30 0.15 0.39 0.21 0.14 0.05 0.12 0.03
O5' 0.31 0.28 0.37 0.26 0.38 0.27 0.33 0.27 0.25 0.26 0.33 0.30 0.39 0.29 0.46 0.34 0.24 0.29 0.35 0.25
OP1 0.46 0.32 0.58 0.50 0.38 0.54 0.35 0.57 0.35 0.36 0.34 0.33 0.62 0.56 0.48 0.53 0.55 0.83 0.74 0.65
OP2 0.35 0.42 0.41 0.35 0.56 0.35 0.45 0.41 0.37 0.36 0.51 0.42 0.47 0.45 0.68 0.39 0.37 0.55 0.50 0.43
P 0.31 0.25 0.40 0.32 0.36 0.32 0.31 0.34 0.26 0.25 0.31 0.25 0.44 0.39 0.47 0.37 0.32 0.45 0.48 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.19 0.02 0.00 0.17 0.16 0.40 0.15
C2 0.02 0.00 0.14 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.13 0.01 0.09 0.32 0.22 0.29 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.02 0.13 0.11 0.16 0.03 0.10 0.25 0.00 0.02 0.07 0.01 0.34 0.39 0.43 0.31
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.26 0.00 0.29 0.03 0.26 0.16 0.22 0.18 0.02 0.01 0.28 0.02 0.26 0.37 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.17 0.00 0.03 0.52 0.34 0.31 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.07 0.08 0.20 0.02 0.14 0.00 0.01 0.14 0.34 0.08
C5 0.01 0.01 0.13 0.29 0.00 0.18 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.26 0.01 0.08 0.56 0.36 0.30 0.35
C5' 0.04 0.09 0.11 0.03 0.19 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.13 0.10 0.09 0.15 0.20 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.26 0.01 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.22 0.01 0.10 0.47 0.28 0.28 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.01 0.02 0.32 0.21 0.31 0.15
N3 0.02 0.00 0.10 0.22 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.01 0.06 0.42 0.28 0.28 0.25
O2 0.03 0.00 0.25 0.18 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.27 0.02 0.15 0.25 0.19 0.31 0.15
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.26 0.20 0.31 0.09 0.27 0.14 0.18 0.19 0.00 0.07 0.28 0.14 0.19 0.29 0.45 0.23
O3' 0.19 0.13 0.02 0.01 0.17 0.02 0.26 0.15 0.22 0.07 0.10 0.27 0.07 0.00 0.20 0.12 0.25 0.50 0.34 0.31
O4 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.20 0.00 0.03 0.56 0.39 0.36 0.39
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.15 0.14 0.12 0.03 0.00 0.09 0.12 0.49 0.22
O5' 0.17 0.32 0.34 0.26 0.52 0.01 0.56 0.01 0.47 0.32 0.42 0.25 0.19 0.25 0.56 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.22 0.39 0.37 0.34 0.14 0.36 0.17 0.28 0.21 0.28 0.19 0.29 0.50 0.39 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.29 0.43 0.25 0.31 0.34 0.30 0.29 0.28 0.31 0.28 0.31 0.45 0.34 0.36 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.31 0.21 0.34 0.08 0.35 0.01 0.25 0.15 0.25 0.15 0.23 0.31 0.39 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00