ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 9, 6, 7, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.038, 0.065, 0.092, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.065 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.020, 0.059, 0.099, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.059 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.108, 0.178, 0.248, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.178 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.065, 0.170, 0.275, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.170 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.144, 0.263, 0.383, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.263 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.175, 0.305, 0.436, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.305 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.158, 0.302, 0.446, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.302 std_dev=0.144
N1 B 0, 0.178, 0.324, 0.470, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.324 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.252, 0.431, 0.609, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.431 std_dev=0.179
O3' A 0, 0.259, 0.446, 0.633, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.446 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.275, 0.464, 0.653, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.464 std_dev=0.189
O2 B 0, 0.376, 0.627, 0.879, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.627 std_dev=0.252
C1' B 0, 0.150, 0.404, 0.657, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.404 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.318, 0.571, 0.825, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.571 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.219, 0.488, 0.757, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.488 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.314, 0.585, 0.857, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.585 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.272, 0.553, 0.834, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.375, 0.667, 0.960, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.667 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.221, 0.523, 0.825, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.523 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.328, 0.637, 0.945, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.637 std_dev=0.309
P B 0, 0.263, 0.598, 0.933, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.598 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.276, 0.612, 0.949, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.612 std_dev=0.336
C5' B 0, 0.480, 0.819, 1.158, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.819 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.273, 0.620, 0.967, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.620 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.411, 0.764, 1.117, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.764 std_dev=0.353
O4 B 0, 0.455, 0.873, 1.291, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.873 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.272, 0.697, 1.122, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.697 std_dev=0.425
OP1 B 0, 0.358, 0.828, 1.299, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.828 std_dev=0.471
O5' A 0, 0.175, 0.650, 1.124, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.650 std_dev=0.474
O3' B 0, 0.386, 0.874, 1.363, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.874 std_dev=0.489
P A 0, 0.408, 0.967, 1.526, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.967 std_dev=0.559
OP2 A 0, 0.470, 1.077, 1.683, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.077 std_dev=0.606
OP1 A 0, 0.446, 1.150, 1.853, 3.638 max_d=3.638 avg_d=1.150 std_dev=0.703

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.12 0.33 0.20 0.18
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.28 0.49 0.43 0.37
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.17 0.41 0.19 0.21
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.03 0.14 0.07 0.11 0.12 0.15 0.02 0.01 0.02 0.22 0.40 0.15 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.39 0.58 0.59 0.51
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.19 0.15 0.07
C5 0.01 0.02 0.07 0.14 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.04 0.39 0.55 0.55 0.50
C5' 0.03 0.13 0.03 0.03 0.22 0.01 0.25 0.00 0.22 0.13 0.17 0.25 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.04 0.33 0.46 0.42 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.25 0.43 0.35 0.32
N3 0.03 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.35 0.55 0.54 0.45
N4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.04 0.42 0.63 0.66 0.56
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.16 0.06 0.25 0.48 0.39 0.32
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.10 0.09 0.16 0.00 0.04 0.07 0.10 0.34 0.17 0.15
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.03 0.15 0.07 0.11 0.14 0.16 0.04 0.00 0.01 0.20 0.39 0.18 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.00 0.09 0.22 0.18 0.12
O5' 0.12 0.28 0.17 0.22 0.39 0.03 0.39 0.01 0.33 0.25 0.35 0.42 0.25 0.10 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.49 0.41 0.40 0.58 0.19 0.55 0.10 0.46 0.43 0.55 0.63 0.48 0.34 0.39 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.43 0.19 0.15 0.59 0.15 0.55 0.20 0.42 0.35 0.54 0.66 0.39 0.17 0.18 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.37 0.21 0.22 0.51 0.07 0.50 0.01 0.40 0.32 0.45 0.56 0.32 0.15 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.11 0.13 0.30 0.12 0.24 0.24 0.16 0.15 0.28 0.23 0.20 0.13 0.33 0.12 0.14 0.05 0.11 0.06
C2 0.21 0.18 0.20 0.14 0.18 0.16 0.15 0.18 0.16 0.14 0.21 0.23 0.28 0.15 0.21 0.17 0.16 0.12 0.24 0.12
C2' 0.13 0.23 0.12 0.18 0.31 0.13 0.28 0.27 0.21 0.18 0.29 0.22 0.14 0.17 0.33 0.12 0.18 0.08 0.14 0.10
C3' 0.16 0.23 0.15 0.20 0.31 0.11 0.30 0.20 0.24 0.20 0.28 0.21 0.13 0.20 0.34 0.16 0.05 0.02 0.06 0.02
C4 0.21 0.20 0.20 0.15 0.14 0.16 0.20 0.15 0.21 0.16 0.21 0.27 0.25 0.15 0.20 0.18 0.19 0.18 0.34 0.19
C4' 0.15 0.24 0.12 0.19 0.35 0.10 0.33 0.24 0.25 0.20 0.31 0.22 0.12 0.19 0.39 0.13 0.04 0.05 0.16 0.06
C5 0.16 0.21 0.13 0.10 0.22 0.13 0.14 0.16 0.16 0.12 0.28 0.26 0.18 0.10 0.29 0.16 0.19 0.22 0.34 0.22
C5' 0.23 0.31 0.21 0.25 0.43 0.14 0.42 0.20 0.33 0.28 0.38 0.29 0.18 0.25 0.48 0.20 0.14 0.12 0.32 0.16
C6 0.14 0.22 0.10 0.09 0.28 0.11 0.17 0.15 0.12 0.12 0.30 0.25 0.17 0.09 0.34 0.15 0.18 0.19 0.29 0.20
N1 0.15 0.21 0.12 0.08 0.26 0.10 0.18 0.16 0.13 0.12 0.27 0.23 0.21 0.08 0.29 0.13 0.14 0.09 0.21 0.12
N3 0.24 0.18 0.25 0.18 0.14 0.18 0.18 0.16 0.21 0.18 0.18 0.25 0.31 0.19 0.19 0.19 0.19 0.14 0.29 0.16
N4 0.22 0.20 0.23 0.19 0.16 0.18 0.27 0.18 0.25 0.19 0.17 0.29 0.27 0.19 0.22 0.19 0.20 0.20 0.37 0.21
O2 0.22 0.17 0.24 0.19 0.17 0.22 0.15 0.27 0.17 0.15 0.19 0.22 0.34 0.21 0.19 0.20 0.19 0.19 0.21 0.15
O2' 0.24 0.31 0.26 0.32 0.33 0.30 0.31 0.44 0.27 0.27 0.34 0.31 0.26 0.32 0.34 0.25 0.31 0.14 0.14 0.15
O3' 0.14 0.20 0.17 0.25 0.28 0.13 0.27 0.23 0.22 0.18 0.25 0.18 0.11 0.26 0.30 0.15 0.01 0.02 0.03 0.01
O4' 0.14 0.25 0.11 0.15 0.37 0.10 0.32 0.24 0.21 0.18 0.33 0.24 0.17 0.14 0.42 0.11 0.08 0.03 0.10 0.03
O5' 0.46 0.49 0.43 0.39 0.54 0.35 0.54 0.27 0.50 0.48 0.51 0.48 0.44 0.36 0.55 0.44 0.35 0.27 0.42 0.31
OP1 0.73 0.79 0.72 0.66 0.84 0.62 0.83 0.54 0.78 0.77 0.82 0.77 0.70 0.62 0.86 0.69 0.59 0.44 0.63 0.50
OP2 0.64 0.73 0.62 0.54 0.79 0.49 0.75 0.37 0.68 0.69 0.77 0.72 0.62 0.51 0.83 0.58 0.41 0.28 0.38 0.29
P 0.57 0.64 0.54 0.48 0.72 0.43 0.69 0.34 0.63 0.61 0.68 0.63 0.54 0.44 0.75 0.53 0.40 0.30 0.46 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.10 0.23 0.06
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.02 0.04 0.25 0.15 0.18 0.13
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.07 0.17 0.01 0.02 0.05 0.01 0.20 0.23 0.13 0.12
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.13 0.05 0.10 0.17 0.02 0.01 0.10 0.01 0.27 0.30 0.12 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.37 0.22 0.19 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.01 0.11 0.24 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.05 0.38 0.23 0.19 0.24
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.11 0.09 0.06 0.04 0.12 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.05 0.33 0.19 0.18 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.24 0.15 0.19 0.12
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01 0.04 0.31 0.19 0.18 0.19
O2 0.04 0.00 0.17 0.17 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.20 0.02 0.07 0.19 0.13 0.19 0.10
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.14 0.00 0.04 0.05 0.04 0.08 0.19 0.16 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.04 0.15 0.05 0.12 0.20 0.04 0.00 0.13 0.02 0.25 0.38 0.19 0.25
O4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.04 0.39 0.24 0.22 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.09 0.08 0.34 0.14
O5' 0.11 0.25 0.20 0.27 0.37 0.01 0.38 0.01 0.33 0.24 0.31 0.19 0.08 0.25 0.39 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.15 0.23 0.30 0.22 0.11 0.23 0.11 0.19 0.15 0.19 0.13 0.19 0.38 0.24 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.18 0.13 0.12 0.19 0.24 0.19 0.28 0.18 0.19 0.18 0.19 0.16 0.19 0.22 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.12 0.20 0.23 0.03 0.24 0.01 0.17 0.12 0.19 0.10 0.06 0.25 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00