ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53759

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 3, 0, 1, 2, 1, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.018, 0.043, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.024, 0.056, 0.087, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.056 std_dev=0.032
N1 B 0, 0.136, 0.421, 0.706, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.421 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.171, 0.465, 0.759, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.465 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.232, 0.538, 0.844, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.538 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.227, 0.568, 0.909, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.568 std_dev=0.341
C6 B 0, 0.222, 0.586, 0.950, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.586 std_dev=0.364
C4 B 0, 0.260, 0.644, 1.028, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.644 std_dev=0.384
O2 B 0, 0.248, 0.639, 1.029, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.639 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.243, 0.665, 1.088, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.665 std_dev=0.423
O4 B 0, 0.376, 0.864, 1.353, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.864 std_dev=0.489
O4' B 0, 0.212, 0.710, 1.209, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.710 std_dev=0.499
O4' A 0, -0.276, 0.293, 0.861, 2.584 max_d=2.584 avg_d=0.293 std_dev=0.569
C2' B 0, 0.083, 0.682, 1.281, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.682 std_dev=0.599
C2' A 0, -0.277, 0.339, 0.956, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.339 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.017, 0.646, 1.276, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.646 std_dev=0.630
O2' A 0, -0.326, 0.429, 1.183, 3.462 max_d=3.462 avg_d=0.429 std_dev=0.755
C4' A 0, -0.359, 0.421, 1.200, 3.555 max_d=3.555 avg_d=0.421 std_dev=0.780
C3' B 0, -0.145, 0.643, 1.431, 3.689 max_d=3.689 avg_d=0.643 std_dev=0.788
C3' A 0, -0.423, 0.514, 1.451, 4.276 max_d=4.276 avg_d=0.514 std_dev=0.937
O2' B 0, 0.004, 0.947, 1.889, 3.640 max_d=3.640 avg_d=0.947 std_dev=0.943
O3' B 0, -0.279, 0.870, 2.019, 5.194 max_d=5.194 avg_d=0.870 std_dev=1.149
C5' B 0, -0.461, 0.807, 2.075, 5.895 max_d=5.895 avg_d=0.807 std_dev=1.268
O3' A 0, -0.611, 0.727, 2.065, 6.067 max_d=6.067 avg_d=0.727 std_dev=1.338
C5' A 0, -0.684, 0.737, 2.159, 6.440 max_d=6.440 avg_d=0.737 std_dev=1.421
O5' B 0, -0.696, 0.844, 2.384, 7.085 max_d=7.085 avg_d=0.844 std_dev=1.540
O5' A 0, -0.854, 0.894, 2.643, 7.692 max_d=7.692 avg_d=0.894 std_dev=1.748
P B 0, -1.120, 1.074, 3.267, 9.991 max_d=9.991 avg_d=1.074 std_dev=2.193
P A 0, -1.118, 1.208, 3.534, 10.446 max_d=10.446 avg_d=1.208 std_dev=2.326
OP2 B 0, -1.112, 1.232, 3.576, 10.735 max_d=10.735 avg_d=1.232 std_dev=2.344
OP2 A 0, -1.115, 1.368, 3.851, 11.191 max_d=11.191 avg_d=1.368 std_dev=2.483
OP1 B 0, -1.246, 1.323, 3.892, 11.735 max_d=11.735 avg_d=1.323 std_dev=2.569
OP1 A 0, -1.196, 1.485, 4.167, 12.099 max_d=12.099 avg_d=1.485 std_dev=2.681

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.36 0.10 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.16 0.01 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.18 0.42 0.69 0.52 0.51
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.05 0.06 0.14 0.00 0.02 0.00 0.16 0.25 0.09 0.15
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.28 0.06 0.11 0.11 0.36 0.02 0.01 0.01 0.21 0.21 0.09 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.40 0.80 0.52 0.45
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.06 0.00 0.23 0.00 0.27 0.04 0.13 0.07 0.41 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.25 0.00 0.23 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.26 0.15 0.66 0.99 0.83 0.72
C5' 0.02 0.27 0.01 0.01 0.12 0.00 0.40 0.00 0.43 0.07 0.19 0.13 0.61 0.05 0.03 0.01 0.01 0.14 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.27 0.00 0.43 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.26 0.20 0.66 0.89 0.72 0.67
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.26 0.56 0.25 0.27
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.13 0.39 0.75 0.53 0.49
N4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.03 0.43 0.85 0.61 0.50
O2 0.03 0.00 0.14 0.36 0.01 0.41 0.01 0.61 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.32 0.34 0.80 0.97 0.97 0.92
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.05 0.14 0.02 0.08 0.05 0.23 0.00 0.04 0.04 0.06 0.15 0.07 0.07
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.12 0.01 0.26 0.03 0.26 0.06 0.10 0.15 0.32 0.04 0.00 0.01 0.18 0.28 0.13 0.17
O4' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.13 0.03 0.34 0.04 0.01 0.00 0.03 0.29 0.15 0.10
O5' 0.11 0.42 0.16 0.21 0.40 0.01 0.66 0.01 0.66 0.26 0.39 0.43 0.80 0.06 0.18 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.36 0.69 0.25 0.21 0.80 0.09 0.99 0.14 0.89 0.56 0.75 0.85 0.97 0.15 0.28 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.52 0.09 0.09 0.52 0.17 0.83 0.28 0.72 0.25 0.53 0.61 0.97 0.07 0.13 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.51 0.15 0.17 0.45 0.03 0.72 0.01 0.67 0.27 0.49 0.50 0.92 0.07 0.17 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.17 0.56 0.39 0.29 0.30 0.42 0.58 0.33 0.14 0.16 0.30 0.71 0.61 0.36 0.51 0.55 0.79 0.71 0.82
C2 0.22 0.26 0.54 0.54 0.18 0.12 0.27 0.13 0.24 0.17 0.21 0.41 0.52 0.67 0.22 0.29 0.15 0.08 0.19 0.08
C2' 0.53 0.38 0.14 0.25 0.46 0.79 0.63 1.11 0.65 0.49 0.35 0.39 0.30 0.24 0.46 1.00 1.05 1.26 1.09 1.30
C3' 0.34 0.31 0.29 0.07 0.62 0.53 0.79 0.91 0.70 0.43 0.40 0.23 0.42 0.38 0.66 0.76 0.99 1.30 1.28 1.40
C4 0.20 0.28 0.37 0.37 0.17 0.13 0.15 0.11 0.12 0.17 0.26 0.36 0.36 0.42 0.23 0.23 0.20 0.19 0.36 0.21
C4' 0.23 0.22 0.79 0.58 0.49 0.09 0.60 0.44 0.42 0.19 0.29 0.32 1.01 0.94 0.60 0.28 0.56 0.99 1.05 1.06
C5 0.20 0.26 0.38 0.29 0.25 0.18 0.19 0.29 0.11 0.17 0.28 0.33 0.44 0.34 0.36 0.33 0.33 0.41 0.48 0.44
C5' 0.53 0.42 1.10 0.94 0.62 0.43 0.70 0.10 0.47 0.37 0.43 0.55 1.36 1.38 0.76 0.25 0.29 0.71 0.99 0.82
C6 0.19 0.22 0.44 0.30 0.30 0.25 0.32 0.44 0.18 0.13 0.24 0.30 0.54 0.40 0.40 0.42 0.48 0.64 0.67 0.68
N1 0.20 0.20 0.52 0.40 0.25 0.19 0.35 0.37 0.26 0.13 0.18 0.32 0.59 0.55 0.32 0.41 0.34 0.48 0.44 0.51
N3 0.20 0.29 0.44 0.49 0.18 0.17 0.20 0.18 0.17 0.17 0.26 0.41 0.40 0.58 0.22 0.19 0.32 0.30 0.47 0.30
N4 0.20 0.29 0.31 0.34 0.22 0.17 0.18 0.19 0.14 0.18 0.29 0.38 0.31 0.38 0.28 0.18 0.33 0.40 0.58 0.41
O2 0.27 0.30 0.61 0.69 0.19 0.19 0.29 0.20 0.29 0.21 0.24 0.48 0.60 0.86 0.21 0.28 0.29 0.24 0.33 0.19
O2' 0.67 0.44 0.31 0.48 0.41 1.05 0.57 1.39 0.62 0.55 0.35 0.51 0.47 0.40 0.39 1.17 1.24 1.56 1.23 1.50
O3' 0.55 0.46 0.21 0.29 0.73 0.85 0.92 1.29 0.87 0.61 0.53 0.32 0.20 0.16 0.76 0.99 1.38 1.84 1.67 1.89
O4' 0.45 0.34 1.02 0.81 0.40 0.26 0.48 0.21 0.37 0.32 0.30 0.45 1.21 1.09 0.49 0.17 0.25 0.61 0.65 0.66
O5' 0.67 0.54 1.19 1.11 0.69 0.68 0.79 0.40 0.57 0.51 0.51 0.70 1.38 1.51 0.84 0.49 0.33 0.38 0.75 0.54
OP1 1.02 0.94 1.45 1.40 1.07 1.12 1.04 0.83 0.77 0.83 0.94 1.13 1.74 1.90 1.26 0.84 0.49 0.43 0.69 0.39
OP2 0.87 0.66 1.29 1.47 0.63 1.22 0.65 1.11 0.36 0.54 0.50 0.99 1.43 1.81 0.90 0.86 0.87 0.66 0.31 0.45
P 1.00 0.79 1.50 1.53 0.76 1.19 0.79 0.92 0.60 0.72 0.67 1.04 1.72 2.00 0.93 0.85 0.63 0.30 0.44 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.02 0.00 0.10 0.11 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.13 0.21 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.20 0.01 0.20 0.46 0.56 0.63 0.59
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.09 0.03 0.10 0.21 0.01 0.02 0.05 0.01 0.24 0.25 0.33 0.26
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.27 0.00 0.32 0.02 0.30 0.16 0.23 0.29 0.02 0.01 0.28 0.03 0.09 0.16 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.27 0.00 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.22 0.00 0.04 0.44 0.51 0.60 0.51
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.31 0.09 0.15 0.40 0.17 0.02 0.17 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.32 0.01 0.30 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.01 0.18 0.65 0.70 0.79 0.70
C5' 0.04 0.34 0.10 0.02 0.30 0.01 0.49 0.00 0.49 0.16 0.30 0.65 0.08 0.11 0.33 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.31 0.01 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.02 0.22 0.62 0.61 0.64 0.61
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.02 0.23 0.24 0.26 0.24
N3 0.02 0.00 0.10 0.23 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.01 0.13 0.44 0.56 0.65 0.58
O2 0.03 0.00 0.21 0.29 0.01 0.40 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.32 0.01 0.38 0.83 0.97 1.04 1.03
O2' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.21 0.17 0.26 0.08 0.25 0.12 0.18 0.28 0.00 0.04 0.22 0.12 0.18 0.20 0.36 0.21
O3' 0.16 0.20 0.02 0.01 0.22 0.02 0.27 0.11 0.23 0.12 0.19 0.32 0.04 0.00 0.24 0.11 0.15 0.29 0.21 0.20
O4 0.02 0.01 0.05 0.28 0.00 0.17 0.01 0.33 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.24 0.00 0.05 0.48 0.59 0.70 0.58
O4' 0.00 0.20 0.01 0.03 0.04 0.00 0.18 0.02 0.22 0.02 0.13 0.38 0.12 0.11 0.05 0.00 0.09 0.11 0.13 0.13
O5' 0.10 0.46 0.24 0.09 0.44 0.02 0.65 0.01 0.62 0.23 0.44 0.83 0.18 0.15 0.48 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.56 0.25 0.16 0.51 0.06 0.70 0.05 0.61 0.24 0.56 0.97 0.20 0.29 0.59 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.63 0.33 0.12 0.60 0.03 0.79 0.02 0.64 0.26 0.65 1.04 0.36 0.21 0.70 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.59 0.26 0.11 0.51 0.03 0.70 0.02 0.61 0.24 0.58 1.03 0.21 0.20 0.58 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00