ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53760

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.015, 0.048, 0.081, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.009, 0.046, 0.083, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.046 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.002, 0.171, 0.340, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.171 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.100, 0.279, 0.458, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.279 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.003, 0.203, 0.403, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.203 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.116, 0.364, 0.613, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.364 std_dev=0.248
C4' A 0, 0.026, 0.279, 0.532, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.279 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.099, 0.372, 0.646, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.372 std_dev=0.274
O2' A 0, -0.011, 0.288, 0.587, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.288 std_dev=0.299
C3' A 0, 0.008, 0.317, 0.626, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.317 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.139, 0.465, 0.791, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.465 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.122, 0.488, 0.854, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.488 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.045, 0.419, 0.794, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.419 std_dev=0.374
N3 B 0, 0.062, 0.458, 0.855, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.458 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.159, 0.564, 0.969, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.564 std_dev=0.405
O3' A 0, 0.019, 0.469, 0.918, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.469 std_dev=0.450
O5' B 0, 0.155, 0.607, 1.059, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.607 std_dev=0.452
C4' B 0, 0.184, 0.642, 1.099, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.642 std_dev=0.457
C5' A 0, 0.027, 0.488, 0.948, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.488 std_dev=0.460
C5' B 0, 0.112, 0.612, 1.112, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.612 std_dev=0.500
O2 B 0, 0.171, 0.686, 1.201, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.686 std_dev=0.515
P B 0, 0.129, 0.646, 1.163, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.646 std_dev=0.517
O4 B 0, 0.024, 0.567, 1.109, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.567 std_dev=0.542
OP2 B 0, 0.201, 0.745, 1.289, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.745 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.243, 0.814, 1.386, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.814 std_dev=0.572
C2' B 0, 0.211, 0.799, 1.386, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.799 std_dev=0.587
OP1 B 0, 0.099, 0.802, 1.506, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.802 std_dev=0.703
O5' A 0, -0.038, 0.689, 1.416, 2.542 max_d=2.542 avg_d=0.689 std_dev=0.727
P A 0, 0.064, 0.830, 1.596, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.830 std_dev=0.766
OP2 A 0, 0.089, 0.885, 1.681, 2.995 max_d=2.995 avg_d=0.885 std_dev=0.796
O2' B 0, 0.286, 1.106, 1.927, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.106 std_dev=0.820
O3' B 0, 0.295, 1.199, 2.103, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.199 std_dev=0.904
OP1 A 0, -0.087, 1.175, 2.437, 4.435 max_d=4.435 avg_d=1.175 std_dev=1.262

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.20 0.40 0.21
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.40 0.45 0.40 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.05 0.18 0.00 0.02 0.01 0.24 0.37 0.29 0.10
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.04 0.15 0.05 0.10 0.11 0.18 0.02 0.01 0.02 0.31 0.54 0.22 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.59 0.58 0.50 0.27
C4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.16 0.36 0.13
C5 0.01 0.00 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.18 0.03 0.62 0.50 0.49 0.28
C5' 0.02 0.06 0.02 0.04 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.05 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.02 0.01 0.31 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.03 0.53 0.37 0.42 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.38 0.35 0.39 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.50 0.55 0.45 0.22
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.64 0.66 0.56 0.33
O2 0.03 0.00 0.18 0.18 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.21 0.03 0.31 0.43 0.39 0.18
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.10 0.06 0.19 0.00 0.05 0.04 0.10 0.26 0.30 0.11
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.12 0.03 0.18 0.07 0.17 0.05 0.11 0.14 0.21 0.05 0.00 0.02 0.25 0.69 0.21 0.27
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.09 0.19 0.48 0.32
O5' 0.17 0.40 0.24 0.31 0.59 0.02 0.62 0.01 0.53 0.38 0.50 0.64 0.31 0.10 0.25 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.45 0.37 0.54 0.58 0.16 0.50 0.31 0.37 0.35 0.55 0.66 0.43 0.26 0.69 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.40 0.29 0.22 0.50 0.36 0.49 0.36 0.42 0.39 0.45 0.56 0.39 0.30 0.21 0.48 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.18 0.10 0.19 0.27 0.13 0.28 0.02 0.21 0.17 0.22 0.33 0.18 0.11 0.27 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.17 0.23 0.13 0.21 0.14 0.26 0.11 0.19 0.15 0.14 0.25 0.33 0.12 0.30 0.20 0.15 0.06 0.11 0.06
C2 0.33 0.23 0.31 0.19 0.13 0.21 0.16 0.14 0.19 0.24 0.16 0.31 0.39 0.21 0.20 0.25 0.12 0.09 0.22 0.11
C2' 0.18 0.14 0.15 0.11 0.25 0.11 0.29 0.14 0.21 0.12 0.18 0.16 0.23 0.10 0.31 0.15 0.19 0.10 0.12 0.11
C3' 0.16 0.20 0.15 0.20 0.38 0.14 0.40 0.19 0.30 0.19 0.28 0.16 0.15 0.22 0.44 0.16 0.05 0.02 0.06 0.01
C4 0.27 0.24 0.22 0.13 0.17 0.15 0.19 0.13 0.19 0.23 0.20 0.30 0.29 0.14 0.25 0.20 0.17 0.18 0.33 0.20
C4' 0.17 0.19 0.14 0.18 0.39 0.12 0.43 0.20 0.31 0.19 0.27 0.17 0.19 0.20 0.48 0.15 0.06 0.07 0.18 0.08
C5 0.22 0.22 0.16 0.14 0.26 0.12 0.24 0.13 0.19 0.18 0.24 0.26 0.21 0.15 0.36 0.17 0.24 0.25 0.36 0.26
C5' 0.24 0.29 0.25 0.32 0.51 0.21 0.53 0.25 0.40 0.29 0.39 0.25 0.22 0.35 0.60 0.22 0.18 0.19 0.35 0.20
C6 0.22 0.18 0.17 0.15 0.26 0.13 0.27 0.12 0.19 0.17 0.20 0.23 0.23 0.16 0.37 0.19 0.23 0.22 0.30 0.23
N1 0.27 0.18 0.23 0.13 0.20 0.14 0.24 0.07 0.19 0.18 0.15 0.25 0.30 0.12 0.28 0.20 0.14 0.09 0.19 0.11
N3 0.33 0.26 0.31 0.19 0.13 0.22 0.16 0.16 0.20 0.26 0.17 0.32 0.38 0.21 0.21 0.25 0.13 0.12 0.28 0.15
N4 0.28 0.29 0.24 0.15 0.16 0.17 0.19 0.17 0.19 0.24 0.23 0.36 0.31 0.16 0.25 0.20 0.20 0.22 0.37 0.23
O2 0.40 0.29 0.42 0.30 0.13 0.31 0.13 0.26 0.19 0.27 0.21 0.39 0.51 0.35 0.18 0.31 0.19 0.19 0.23 0.19
O2' 0.23 0.18 0.23 0.18 0.23 0.19 0.26 0.24 0.20 0.16 0.19 0.24 0.32 0.17 0.28 0.20 0.28 0.18 0.12 0.16
O3' 0.12 0.22 0.17 0.26 0.38 0.14 0.40 0.23 0.30 0.20 0.30 0.17 0.13 0.29 0.44 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.22 0.16 0.18 0.12 0.32 0.12 0.37 0.15 0.26 0.16 0.20 0.21 0.28 0.12 0.41 0.18 0.08 0.04 0.15 0.04
O5' 0.44 0.58 0.43 0.43 0.78 0.34 0.76 0.32 0.62 0.54 0.68 0.54 0.41 0.43 0.89 0.38 0.38 0.29 0.43 0.35
OP1 0.79 1.02 0.86 0.88 1.31 0.72 1.26 0.74 1.05 0.95 1.18 0.96 0.78 0.90 1.44 0.67 0.84 0.94 1.03 0.90
OP2 0.48 0.56 0.50 0.53 0.73 0.43 0.71 0.40 0.61 0.54 0.64 0.52 0.46 0.57 0.84 0.46 0.34 0.32 0.39 0.31
P 0.35 0.52 0.39 0.42 0.78 0.30 0.75 0.32 0.58 0.48 0.65 0.47 0.33 0.45 0.91 0.29 0.36 0.43 0.53 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.14 0.14 0.18 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.26 0.24 0.30 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.07 0.01 0.19 0.23 0.16 0.16
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.09 0.04 0.08 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.26 0.29 0.18 0.23
C4 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.04 0.38 0.37 0.44 0.38
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.00 0.03 0.11 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.05 0.39 0.37 0.42 0.38
C5' 0.04 0.12 0.02 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.15 0.09 0.07 0.04 0.21 0.02 0.01 0.13 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.02 0.05 0.34 0.29 0.31 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.25 0.22 0.26 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.33 0.31 0.38 0.32
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.21 0.19 0.28 0.19
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.06 0.05 0.10 0.19 0.14 0.10
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.12 0.04 0.13 0.04 0.11 0.05 0.10 0.11 0.07 0.00 0.15 0.03 0.27 0.35 0.25 0.27
O4 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.05 0.40 0.41 0.49 0.43
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.11 0.11 0.20 0.09
O5' 0.14 0.26 0.19 0.26 0.38 0.03 0.39 0.01 0.34 0.25 0.33 0.21 0.10 0.27 0.40 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.24 0.23 0.29 0.37 0.11 0.37 0.13 0.29 0.22 0.31 0.19 0.19 0.35 0.41 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.30 0.16 0.18 0.44 0.17 0.42 0.24 0.31 0.26 0.38 0.28 0.14 0.25 0.49 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.16 0.23 0.38 0.03 0.38 0.02 0.29 0.21 0.32 0.19 0.10 0.27 0.43 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00