Doublet Group distance statistics: 53762

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1	A	0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.019
O2	A	0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.055 std_dev=0.033
N4	A	0, 0.007, 0.040, 0.073, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.040 std_dev=0.033
C2'	A	0, 0.050, 0.157, 0.263, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.157 std_dev=0.107
O4'	A	0, 0.014, 0.121, 0.228, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.121 std_dev=0.107
O2'	A	0, 0.082, 0.194, 0.307, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.194 std_dev=0.112
C4'	A	0, 0.069, 0.214, 0.358, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.214 std_dev=0.144
C3'	A	0, 0.084, 0.241, 0.399, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.241 std_dev=0.158
OP1	B	0, 0.238, 0.441, 0.645, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.441 std_dev=0.203
O4'	B	0, 0.225, 0.433, 0.641, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.433 std_dev=0.208
O3'	A	0, 0.107, 0.317, 0.526, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.317 std_dev=0.210
C6	B	0, 0.210, 0.432, 0.655, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.432 std_dev=0.222
C5	B	0, 0.220, 0.460, 0.700, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.460 std_dev=0.240
C1'	B	0, 0.186, 0.438, 0.690, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.438 std_dev=0.252
N1	B	0, 0.142, 0.397, 0.652, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.397 std_dev=0.255
C4	B	0, 0.197, 0.454, 0.711, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.454 std_dev=0.257
O4	B	0, 0.219, 0.486, 0.753, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.486 std_dev=0.267
P	B	0, 0.148, 0.417, 0.685, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.417 std_dev=0.268
N3	B	0, 0.178, 0.458, 0.737, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.458 std_dev=0.280
C2	B	0, 0.163, 0.444, 0.726, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.444 std_dev=0.282
C5'	A	0, 0.153, 0.438, 0.723, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.438 std_dev=0.285
C5'	B	0, 0.274, 0.578, 0.881, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.578 std_dev=0.303
OP2	B	0, 0.246, 0.562, 0.877, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.562 std_dev=0.316
O5'	B	0, 0.249, 0.565, 0.882, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.565 std_dev=0.317
O2	B	0, 0.171, 0.503, 0.835, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.503 std_dev=0.332
O5'	A	0, 0.184, 0.546, 0.908, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.546 std_dev=0.362
C4'	B	0, 0.284, 0.656, 1.028, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.656 std_dev=0.372
C2'	B	0, 0.221, 0.642, 1.064, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.642 std_dev=0.422
P	A	0, 0.290, 0.800, 1.310, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.800 std_dev=0.510
OP1	A	0, 0.283, 0.884, 1.485, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.884 std_dev=0.601
OP2	A	0, 0.392, 1.000, 1.608, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.000 std_dev=0.608
C3'	B	0, 0.238, 0.849, 1.460, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.849 std_dev=0.611
O2'	B	0, 0.225, 0.851, 1.477, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.851 std_dev=0.626
O3'	B	0, 0.183, 1.121, 2.059, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.121 std_dev=0.938

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.09	0.11	0.16	0.09
C2	0.02	0.00	0.05	0.04	0.01	0.03	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.05	0.02	0.16	0.18	0.27	0.19
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.06	0.09	0.00	0.01	0.00	0.04	0.14	0.15	0.08
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.05	0.06	0.07	0.01	0.01	0.00	0.05	0.15	0.09	0.06
C4	0.03	0.01	0.05	0.05	0.00	0.06	0.01	0.12	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.05	0.05	0.06	0.19	0.24	0.34	0.26
C4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.06	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.04	0.08	0.04	0.04	0.01	0.00	0.01	0.12	0.06	0.03
C5	0.03	0.01	0.04	0.05	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.04	0.06	0.06	0.19	0.24	0.32	0.26
C5'	0.02	0.07	0.01	0.02	0.12	0.00	0.13	0.00	0.11	0.07	0.09	0.14	0.06	0.04	0.01	0.01	0.01	0.12	0.03	0.01
C6	0.03	0.01	0.04	0.05	0.02	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.03	0.06	0.06	0.18	0.19	0.25	0.20
N1	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.15	0.16	0.23	0.16
N3	0.02	0.00	0.05	0.05	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.05	0.03	0.17	0.21	0.31	0.22
N4	0.04	0.01	0.06	0.06	0.01	0.08	0.03	0.14	0.03	0.03	0.00	0.00	0.02	0.06	0.06	0.07	0.19	0.28	0.38	0.29
O2	0.03	0.01	0.09	0.07	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.10	0.09	0.03	0.15	0.17	0.26	0.17
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.05	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.06	0.06	0.10	0.00	0.02	0.03	0.03	0.14	0.11	0.05
O3'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.06	0.02	0.05	0.06	0.09	0.02	0.00	0.01	0.09	0.21	0.10	0.08
O4'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.06	0.02	0.03	0.07	0.03	0.03	0.01	0.00	0.08	0.08	0.13	0.08
O5'	0.09	0.16	0.04	0.05	0.19	0.01	0.19	0.01	0.18	0.15	0.17	0.19	0.15	0.03	0.09	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.11	0.18	0.14	0.15	0.24	0.12	0.24	0.12	0.19	0.16	0.21	0.28	0.17	0.14	0.21	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.16	0.27	0.15	0.09	0.34	0.06	0.32	0.03	0.25	0.23	0.31	0.38	0.26	0.11	0.10	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.19	0.08	0.06	0.26	0.03	0.26	0.01	0.20	0.16	0.22	0.29	0.17	0.05	0.08	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.13	0.15	0.13	0.26	0.15	0.26	0.19	0.20	0.11	0.21	0.14	0.22	0.18	0.29	0.12	0.15	0.06	0.09	0.03
C2	0.20	0.16	0.18	0.17	0.24	0.19	0.20	0.21	0.13	0.10	0.22	0.21	0.39	0.36	0.29	0.18	0.19	0.11	0.11	0.07
C2'	0.13	0.16	0.21	0.12	0.24	0.15	0.24	0.19	0.21	0.16	0.21	0.15	0.18	0.16	0.24	0.12	0.15	0.11	0.04	0.07
C3'	0.19	0.19	0.35	0.08	0.25	0.12	0.29	0.14	0.28	0.21	0.22	0.17	0.20	0.06	0.24	0.14	0.06	0.01	0.08	0.01
C4	0.28	0.22	0.25	0.28	0.20	0.21	0.15	0.21	0.14	0.18	0.21	0.29	0.29	0.30	0.27	0.22	0.23	0.13	0.13	0.10
C4'	0.17	0.20	0.34	0.08	0.33	0.12	0.37	0.15	0.31	0.22	0.26	0.17	0.20	0.06	0.34	0.12	0.04	0.08	0.15	0.06
C5	0.22	0.16	0.16	0.30	0.19	0.19	0.15	0.19	0.13	0.14	0.17	0.22	0.16	0.18	0.28	0.20	0.24	0.11	0.14	0.11
C5'	0.24	0.28	0.45	0.10	0.42	0.14	0.46	0.15	0.39	0.30	0.34	0.24	0.39	0.08	0.43	0.16	0.04	0.17	0.22	0.12
C6	0.17	0.12	0.11	0.25	0.23	0.16	0.21	0.19	0.14	0.09	0.17	0.16	0.15	0.14	0.29	0.17	0.22	0.09	0.13	0.09
N1	0.15	0.13	0.12	0.17	0.25	0.15	0.23	0.19	0.16	0.09	0.21	0.16	0.24	0.22	0.29	0.15	0.19	0.08	0.11	0.06
N3	0.27	0.20	0.26	0.23	0.21	0.21	0.16	0.21	0.13	0.15	0.22	0.27	0.42	0.40	0.27	0.22	0.22	0.14	0.12	0.10
N4	0.32	0.28	0.33	0.33	0.20	0.24	0.16	0.22	0.18	0.24	0.24	0.38	0.32	0.32	0.25	0.24	0.25	0.14	0.15	0.12
O2	0.16	0.17	0.17	0.16	0.25	0.21	0.21	0.22	0.15	0.11	0.23	0.21	0.49	0.46	0.29	0.16	0.16	0.12	0.12	0.08
O2'	0.15	0.16	0.22	0.17	0.23	0.20	0.23	0.21	0.20	0.16	0.21	0.15	0.28	0.21	0.24	0.14	0.14	0.15	0.03	0.09
O3'	0.23	0.21	0.43	0.10	0.22	0.14	0.24	0.15	0.26	0.23	0.21	0.20	0.26	0.14	0.19	0.17	0.02	0.01	0.01	0.00
O4'	0.11	0.16	0.22	0.10	0.30	0.12	0.33	0.16	0.25	0.15	0.23	0.15	0.13	0.12	0.34	0.11	0.09	0.04	0.13	0.03
O5'	0.26	0.30	0.46	0.06	0.43	0.12	0.47	0.13	0.39	0.31	0.36	0.27	0.49	0.06	0.44	0.17	0.11	0.13	0.18	0.11
OP1	0.39	0.45	0.65	0.24	0.55	0.24	0.56	0.27	0.48	0.43	0.50	0.42	0.80	0.23	0.57	0.23	0.20	0.32	0.30	0.26
OP2	0.41	0.48	0.58	0.22	0.59	0.23	0.56	0.23	0.47	0.45	0.53	0.46	0.79	0.20	0.62	0.28	0.15	0.23	0.28	0.19
P	0.35	0.42	0.56	0.15	0.55	0.18	0.56	0.19	0.46	0.41	0.48	0.39	0.69	0.12	0.58	0.22	0.10	0.19	0.23	0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.03	0.08	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.33	0.06	0.00	0.17	0.14	0.30	0.21
C2	0.02	0.00	0.11	0.19	0.02	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.24	0.26	0.04	0.07	0.08	0.12	0.28	0.18
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.07	0.01	0.12	0.22	0.14	0.02	0.08	0.21	0.00	0.04	0.09	0.01	0.44	0.40	0.56	0.48
C3'	0.01	0.19	0.01	0.00	0.32	0.00	0.36	0.01	0.33	0.21	0.25	0.15	0.01	0.01	0.33	0.02	0.07	0.13	0.11	0.07
C4	0.05	0.02	0.07	0.32	0.00	0.07	0.01	0.06	0.02	0.04	0.01	0.03	0.41	0.13	0.01	0.05	0.04	0.12	0.25	0.15
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.12	0.06	0.04	0.05	0.31	0.03	0.08	0.00	0.01	0.10	0.03	0.02
C5	0.03	0.01	0.12	0.36	0.01	0.11	0.00	0.06	0.01	0.02	0.00	0.01	0.39	0.24	0.01	0.04	0.05	0.13	0.27	0.17
C5'	0.08	0.06	0.22	0.01	0.06	0.00	0.06	0.00	0.05	0.05	0.07	0.08	0.08	0.20	0.05	0.01	0.01	0.11	0.02	0.01
C6	0.03	0.01	0.14	0.33	0.02	0.12	0.01	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.32	0.19	0.03	0.06	0.05	0.12	0.29	0.19
N1	0.01	0.01	0.02	0.21	0.04	0.06	0.02	0.05	0.01	0.00	0.03	0.01	0.21	0.11	0.05	0.01	0.09	0.12	0.29	0.19
N3	0.03	0.01	0.08	0.25	0.01	0.04	0.00	0.07	0.02	0.03	0.00	0.01	0.34	0.16	0.04	0.07	0.04	0.12	0.27	0.16
O2	0.03	0.01	0.21	0.15	0.03	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.46	0.05	0.10	0.11	0.12	0.28	0.18
O2'	0.02	0.24	0.00	0.01	0.41	0.31	0.39	0.08	0.32	0.21	0.34	0.16	0.00	0.03	0.45	0.22	0.31	0.27	0.61	0.38
O3'	0.33	0.26	0.04	0.01	0.13	0.03	0.24	0.20	0.19	0.11	0.16	0.46	0.03	0.00	0.16	0.25	0.24	0.53	0.36	0.33
O4	0.06	0.04	0.09	0.33	0.01	0.08	0.01	0.05	0.03	0.05	0.04	0.05	0.45	0.16	0.00	0.06	0.06	0.12	0.22	0.13
O4'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.07	0.10	0.22	0.25	0.06	0.00	0.09	0.11	0.13	0.10
O5'	0.17	0.08	0.44	0.07	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.09	0.04	0.11	0.31	0.24	0.06	0.09	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.14	0.12	0.40	0.13	0.12	0.10	0.13	0.11	0.12	0.12	0.12	0.12	0.27	0.53	0.12	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.30	0.28	0.56	0.11	0.25	0.03	0.27	0.02	0.29	0.29	0.27	0.28	0.61	0.36	0.22	0.13	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.21	0.18	0.48	0.07	0.15	0.02	0.17	0.01	0.19	0.19	0.16	0.18	0.38	0.33	0.13	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00