ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53764

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.013, 0.039, 0.066, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.019, 0.067, 0.115, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.067 std_dev=0.048
O2 A 0, 0.040, 0.109, 0.179, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.109 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.130, 0.339, 0.548, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.339 std_dev=0.209
C2' A 0, 0.034, 0.319, 0.604, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.319 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.300, 0.592, 0.884, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.592 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.262, 0.564, 0.866, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.564 std_dev=0.302
C6 B 0, 0.295, 0.610, 0.925, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.610 std_dev=0.315
O4' A 0, -0.062, 0.289, 0.639, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.289 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.149, 0.506, 0.863, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.506 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.346, 0.756, 1.166, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.756 std_dev=0.410
O2 B 0, 0.468, 0.921, 1.374, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.921 std_dev=0.453
C5 B 0, 0.269, 0.728, 1.188, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.728 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.225, 0.697, 1.168, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.697 std_dev=0.472
OP1 A 0, 0.202, 0.676, 1.150, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.676 std_dev=0.474
OP1 B 0, 0.247, 0.722, 1.197, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.722 std_dev=0.475
C4' B 0, 0.155, 0.658, 1.161, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.658 std_dev=0.503
N3 B 0, 0.320, 0.851, 1.382, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.851 std_dev=0.531
P A 0, 0.177, 0.712, 1.247, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.712 std_dev=0.535
C3' A 0, -0.027, 0.515, 1.056, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.515 std_dev=0.541
O2' B 0, 0.155, 0.710, 1.265, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.710 std_dev=0.555
C4 B 0, 0.282, 0.845, 1.408, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.845 std_dev=0.563
C3' B 0, 0.181, 0.747, 1.312, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.747 std_dev=0.565
C4' A 0, -0.095, 0.475, 1.046, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.475 std_dev=0.571
O5' B 0, 0.130, 0.746, 1.362, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.746 std_dev=0.616
O5' A 0, 0.096, 0.720, 1.345, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.720 std_dev=0.625
OP2 A 0, 0.202, 0.828, 1.455, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.828 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.208, 0.837, 1.465, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.837 std_dev=0.629
P B 0, 0.032, 0.677, 1.323, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.677 std_dev=0.645
OP2 B 0, 0.159, 0.818, 1.477, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.818 std_dev=0.659
O4 B 0, 0.359, 1.040, 1.721, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.040 std_dev=0.681
O3' B 0, 0.126, 0.870, 1.615, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.870 std_dev=0.744
O3' A 0, -0.016, 0.750, 1.516, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.750 std_dev=0.766
C5' A 0, -0.152, 0.823, 1.798, 2.948 max_d=2.948 avg_d=0.823 std_dev=0.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.18 0.08 0.44 0.26
C2 0.03 0.00 0.13 0.31 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.35 0.01 0.23 0.11 0.40 0.19
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.08 0.03 0.24 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.22 0.10
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.16 0.01 0.08 0.02 0.12 0.10 0.29 0.17 0.43 0.02 0.01 0.01 0.34 0.50 0.15 0.19
C4 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.17 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.04 0.34 0.17 0.35 0.16
C4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.01 0.05 0.08 0.21 0.19 0.19 0.06 0.01 0.01 0.02 0.13 0.37 0.18
C5 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.05 0.43 0.16 0.33 0.15
C5' 0.03 0.30 0.02 0.02 0.33 0.01 0.22 0.00 0.13 0.16 0.37 0.38 0.29 0.05 0.02 0.01 0.01 0.31 0.34 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.05 0.44 0.12 0.35 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.30 0.09 0.39 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.29 0.00 0.21 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.35 0.03 0.26 0.14 0.39 0.18
N4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.19 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.21 0.05 0.33 0.19 0.33 0.17
O2 0.07 0.01 0.24 0.43 0.01 0.19 0.01 0.29 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.51 0.05 0.17 0.09 0.41 0.20
O2' 0.03 0.06 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.07 0.11 0.00 0.03 0.09 0.04 0.12 0.37 0.28
O3' 0.02 0.35 0.01 0.01 0.19 0.01 0.10 0.02 0.13 0.10 0.35 0.21 0.51 0.03 0.00 0.02 0.27 0.71 0.24 0.31
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.02 0.00 0.06 0.19 0.56 0.39
O5' 0.18 0.23 0.25 0.34 0.34 0.02 0.43 0.01 0.44 0.30 0.26 0.33 0.17 0.04 0.27 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.11 0.26 0.50 0.17 0.13 0.16 0.31 0.12 0.09 0.14 0.19 0.09 0.12 0.71 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.40 0.22 0.15 0.35 0.37 0.33 0.34 0.35 0.39 0.39 0.33 0.41 0.37 0.24 0.56 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.19 0.10 0.19 0.16 0.18 0.15 0.01 0.13 0.17 0.18 0.17 0.20 0.28 0.31 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.19 0.28 0.28 0.35 0.28 0.41 0.17 0.10 0.20 0.11 0.23 0.35 0.36 0.25 0.49 0.07 0.16 0.07
C2 0.10 0.10 0.11 0.07 0.24 0.12 0.25 0.13 0.21 0.12 0.17 0.04 0.16 0.12 0.28 0.09 0.22 0.24 0.47 0.22
C2' 0.09 0.15 0.17 0.33 0.32 0.38 0.33 0.52 0.25 0.15 0.23 0.09 0.14 0.39 0.38 0.23 0.60 0.11 0.17 0.22
C3' 0.33 0.36 0.26 0.17 0.46 0.13 0.47 0.16 0.41 0.36 0.40 0.33 0.31 0.13 0.51 0.25 0.22 0.09 0.10 0.01
C4 0.15 0.04 0.14 0.15 0.19 0.21 0.21 0.24 0.18 0.10 0.14 0.09 0.16 0.16 0.26 0.22 0.30 0.19 0.43 0.16
C4' 0.28 0.36 0.23 0.19 0.54 0.13 0.56 0.14 0.48 0.37 0.44 0.29 0.23 0.13 0.60 0.22 0.08 0.41 0.37 0.23
C5 0.20 0.10 0.18 0.24 0.21 0.33 0.13 0.38 0.14 0.11 0.18 0.13 0.20 0.26 0.32 0.32 0.46 0.14 0.30 0.14
C5' 0.53 0.63 0.51 0.48 0.79 0.41 0.83 0.39 0.75 0.64 0.70 0.56 0.47 0.42 0.85 0.47 0.21 0.62 0.63 0.42
C6 0.19 0.11 0.20 0.28 0.26 0.36 0.18 0.42 0.08 0.09 0.20 0.11 0.22 0.31 0.36 0.32 0.53 0.10 0.23 0.16
N1 0.12 0.09 0.14 0.20 0.26 0.28 0.23 0.32 0.12 0.05 0.19 0.07 0.19 0.25 0.33 0.23 0.43 0.11 0.27 0.06
N3 0.13 0.11 0.15 0.12 0.24 0.12 0.26 0.10 0.23 0.15 0.18 0.05 0.17 0.13 0.26 0.12 0.19 0.26 0.52 0.25
N4 0.16 0.01 0.15 0.17 0.22 0.20 0.30 0.24 0.26 0.15 0.11 0.11 0.15 0.16 0.28 0.22 0.26 0.21 0.47 0.18
O2 0.17 0.16 0.17 0.13 0.25 0.12 0.30 0.17 0.29 0.21 0.19 0.10 0.20 0.12 0.27 0.11 0.12 0.33 0.53 0.33
O2' 0.29 0.23 0.39 0.53 0.31 0.57 0.33 0.67 0.28 0.24 0.25 0.25 0.38 0.63 0.36 0.39 0.69 0.15 0.17 0.25
O3' 0.46 0.45 0.40 0.30 0.51 0.29 0.52 0.19 0.48 0.46 0.47 0.45 0.47 0.23 0.55 0.43 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.05 0.16 0.05 0.11 0.39 0.15 0.40 0.20 0.29 0.15 0.27 0.07 0.13 0.16 0.47 0.06 0.28 0.30 0.27 0.11
O5' 0.18 0.30 0.20 0.25 0.51 0.23 0.44 0.25 0.29 0.23 0.42 0.27 0.18 0.27 0.63 0.20 0.27 0.49 0.20 0.15
OP1 0.30 0.36 0.39 0.53 0.56 0.49 0.52 0.61 0.40 0.34 0.47 0.32 0.34 0.61 0.69 0.36 0.68 0.45 0.69 0.60
OP2 0.31 0.42 0.33 0.38 0.62 0.31 0.56 0.39 0.44 0.38 0.53 0.38 0.30 0.41 0.75 0.27 0.41 0.47 0.43 0.35
P 0.20 0.33 0.24 0.32 0.56 0.27 0.50 0.35 0.36 0.28 0.45 0.27 0.20 0.35 0.70 0.20 0.38 0.39 0.39 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.20 0.49 0.27
C2 0.04 0.00 0.11 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.15 0.01 0.02 0.27 0.32 0.57 0.35
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.22 0.00 0.02 0.04 0.00 0.14 0.21 0.37 0.18
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.11 0.04 0.12 0.24 0.03 0.01 0.06 0.02 0.18 0.30 0.25 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.00 0.05 0.51 0.52 0.62 0.50
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.14 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.15 0.36 0.13
C5 0.04 0.01 0.08 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.07 0.55 0.54 0.62 0.51
C5' 0.04 0.16 0.02 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.12 0.16 0.19 0.07 0.04 0.14 0.01 0.01 0.25 0.33 0.02
C6 0.05 0.01 0.09 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.12 0.02 0.06 0.46 0.44 0.58 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.29 0.32 0.56 0.35
N3 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.01 0.01 0.38 0.42 0.59 0.42
O2 0.09 0.00 0.22 0.24 0.02 0.14 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.27 0.01 0.07 0.15 0.24 0.56 0.31
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07 0.07 0.08 0.03 0.08 0.18 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.17 0.39 0.20
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.04 0.12 0.04 0.13 0.27 0.04 0.00 0.09 0.02 0.11 0.38 0.16 0.11
O4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.57 0.59 0.64 0.55
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.00 0.11 0.19 0.46 0.26
O5' 0.15 0.27 0.14 0.18 0.51 0.02 0.55 0.01 0.46 0.29 0.38 0.15 0.06 0.11 0.57 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.20 0.32 0.21 0.30 0.52 0.15 0.54 0.25 0.44 0.32 0.42 0.24 0.17 0.38 0.59 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.57 0.37 0.25 0.62 0.36 0.62 0.33 0.58 0.56 0.59 0.56 0.39 0.16 0.64 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.35 0.18 0.14 0.50 0.13 0.51 0.02 0.43 0.35 0.42 0.31 0.20 0.11 0.55 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00