ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53765

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.018, 0.048, 0.079, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.048 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.022, 0.059, 0.097, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.059 std_dev=0.037
N1 B 0, 0.319, 0.673, 1.026, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.673 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.280, 0.634, 0.989, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.634 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.323, 0.708, 1.093, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.708 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.177, 0.584, 0.992, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.584 std_dev=0.407
C5 B 0, 0.196, 0.648, 1.101, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.648 std_dev=0.453
C2 B 0, 0.308, 0.771, 1.235, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.771 std_dev=0.463
O2 B 0, 0.382, 0.904, 1.426, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.904 std_dev=0.522
C4 B 0, 0.184, 0.721, 1.258, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.721 std_dev=0.537
N3 B 0, 0.246, 0.789, 1.332, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.789 std_dev=0.543
C2' B 0, 0.369, 0.925, 1.481, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.925 std_dev=0.556
O4 B 0, 0.204, 0.825, 1.446, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.825 std_dev=0.621
C2' A 0, 0.110, 0.756, 1.402, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.756 std_dev=0.646
O4' A 0, 0.028, 0.675, 1.322, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.675 std_dev=0.647
C4' B 0, 0.277, 0.967, 1.658, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.967 std_dev=0.691
C5' B 0, 0.584, 1.317, 2.051, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.317 std_dev=0.733
O2' B 0, 0.696, 1.473, 2.250, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.473 std_dev=0.777
O5' B 0, 0.586, 1.408, 2.230, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.408 std_dev=0.822
C3' A 0, 0.149, 1.035, 1.921, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.035 std_dev=0.886
C4' A 0, 0.024, 1.032, 2.040, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.032 std_dev=1.008
C3' B 0, 0.738, 1.767, 2.796, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.767 std_dev=1.029
P B 0, 0.748, 1.780, 2.812, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.780 std_dev=1.032
O2' A 0, 0.126, 1.182, 2.238, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.182 std_dev=1.056
O3' A 0, 0.237, 1.318, 2.398, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.318 std_dev=1.080
OP2 B 0, 1.041, 2.332, 3.624, 3.599 max_d=3.599 avg_d=2.332 std_dev=1.291
C5' A 0, 0.172, 1.545, 2.918, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.545 std_dev=1.373
OP1 B 0, 0.750, 2.293, 3.837, 4.320 max_d=4.320 avg_d=2.293 std_dev=1.544
O3' B 0, 1.344, 3.020, 4.697, 5.073 max_d=5.073 avg_d=3.020 std_dev=1.677
O5' A 0, 0.118, 2.155, 4.191, 5.902 max_d=5.902 avg_d=2.155 std_dev=2.036
P A 0, 0.187, 2.698, 5.209, 7.382 max_d=7.382 avg_d=2.698 std_dev=2.511
OP2 A 0, 0.094, 2.922, 5.750, 8.070 max_d=8.070 avg_d=2.922 std_dev=2.828
OP1 A 0, 0.078, 3.345, 6.612, 9.529 max_d=9.529 avg_d=3.345 std_dev=3.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.35 0.00 0.31 0.41 0.46 0.30
C2 0.01 0.00 0.23 0.28 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.14 0.38 0.22 0.66 0.27
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.24 0.18 0.03 0.20 0.10 0.37 0.00 0.01 0.02 0.53 0.89 0.84 0.70
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.43 0.00 0.42 0.01 0.33 0.24 0.37 0.48 0.18 0.01 0.01 0.02 0.30 0.78 0.39 0.42
C4 0.02 0.01 0.09 0.43 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.17 0.03 0.74 0.46 1.11 0.62
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.00 0.25 0.01 0.25 0.09 0.07 0.19 0.12 0.29 0.02 0.00 0.02 0.31 0.14 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.42 0.00 0.25 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.23 0.12 0.92 0.68 1.21 0.79
C5' 0.09 0.09 0.24 0.01 0.23 0.01 0.31 0.00 0.27 0.11 0.13 0.26 0.15 0.06 0.21 0.01 0.01 0.35 0.33 0.01
C6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.25 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.43 0.14 0.16 0.85 0.64 0.98 0.69
N1 0.01 0.00 0.03 0.24 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.10 0.01 0.51 0.38 0.67 0.39
N3 0.01 0.00 0.20 0.37 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.11 0.52 0.25 0.87 0.40
N4 0.02 0.01 0.10 0.48 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.23 0.03 0.79 0.50 1.25 0.69
O2 0.03 0.00 0.37 0.18 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.33 0.24 0.19 0.24 0.47 0.15
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.34 0.29 0.46 0.06 0.43 0.21 0.17 0.36 0.19 0.00 0.02 0.20 0.53 1.00 1.04 0.76
O3' 0.35 0.14 0.01 0.01 0.17 0.02 0.23 0.21 0.14 0.10 0.05 0.23 0.33 0.02 0.00 0.24 0.29 0.75 0.44 0.40
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.11 0.03 0.24 0.20 0.24 0.00 0.09 0.08 0.26 0.18
O5' 0.31 0.38 0.53 0.30 0.74 0.02 0.92 0.01 0.85 0.51 0.52 0.79 0.19 0.53 0.29 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.41 0.22 0.89 0.78 0.46 0.31 0.68 0.35 0.64 0.38 0.25 0.50 0.24 1.00 0.75 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.66 0.84 0.39 1.11 0.14 1.21 0.33 0.98 0.67 0.87 1.25 0.47 1.04 0.44 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.27 0.70 0.42 0.62 0.06 0.79 0.01 0.69 0.39 0.40 0.69 0.15 0.76 0.40 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.35 0.21 0.25 0.32 0.18 0.22 0.26 0.19 0.25 0.38 0.39 0.24 0.24 0.34 0.19 0.36 0.34 0.23 0.29
C2 0.21 0.38 0.18 0.13 0.31 0.17 0.09 0.19 0.07 0.21 0.43 0.44 0.24 0.16 0.34 0.19 0.39 0.11 0.33 0.16
C2' 0.51 0.32 0.42 0.38 0.12 0.52 0.09 0.42 0.25 0.36 0.22 0.38 0.51 0.38 0.17 0.61 0.46 0.03 0.26 0.12
C3' 0.37 0.37 0.28 0.28 0.38 0.30 0.42 0.27 0.42 0.37 0.37 0.37 0.30 0.26 0.37 0.40 0.24 0.16 0.06 0.02
C4 0.16 0.28 0.11 0.11 0.24 0.09 0.20 0.13 0.17 0.14 0.34 0.38 0.19 0.08 0.33 0.16 0.61 0.40 0.78 0.49
C4' 0.28 0.30 0.15 0.14 0.19 0.18 0.21 0.22 0.20 0.22 0.27 0.39 0.28 0.15 0.20 0.29 0.12 0.23 0.08 0.02
C5 0.15 0.28 0.08 0.14 0.21 0.09 0.08 0.16 0.11 0.13 0.33 0.36 0.15 0.07 0.28 0.14 0.60 0.41 0.75 0.50
C5' 0.22 0.21 0.13 0.22 0.17 0.21 0.28 0.29 0.24 0.15 0.18 0.32 0.23 0.26 0.20 0.26 0.23 0.29 0.31 0.22
C6 0.15 0.30 0.10 0.14 0.27 0.08 0.07 0.14 0.07 0.15 0.36 0.36 0.15 0.07 0.32 0.14 0.49 0.24 0.49 0.34
N1 0.18 0.34 0.15 0.16 0.30 0.12 0.12 0.17 0.09 0.20 0.39 0.39 0.20 0.13 0.33 0.16 0.39 0.09 0.25 0.15
N3 0.18 0.34 0.16 0.07 0.31 0.12 0.19 0.13 0.14 0.17 0.41 0.43 0.23 0.11 0.38 0.18 0.50 0.23 0.59 0.33
N4 0.16 0.24 0.14 0.17 0.27 0.11 0.31 0.16 0.24 0.15 0.29 0.35 0.20 0.16 0.38 0.17 0.69 0.53 0.94 0.61
O2 0.28 0.44 0.27 0.24 0.33 0.28 0.15 0.33 0.13 0.28 0.45 0.49 0.31 0.30 0.34 0.27 0.33 0.27 0.18 0.18
O2' 0.21 0.24 0.19 0.21 0.74 0.39 0.82 0.31 0.53 0.19 0.49 0.13 0.35 0.24 0.86 0.46 0.45 0.17 0.86 0.35
O3' 0.28 0.27 0.12 0.15 0.22 0.18 0.23 0.15 0.19 0.22 0.25 0.34 0.27 0.20 0.23 0.34 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.31 0.42 0.24 0.22 0.25 0.19 0.07 0.26 0.10 0.28 0.41 0.53 0.33 0.20 0.26 0.26 0.26 0.30 0.08 0.18
O5' 0.15 0.25 0.29 0.44 0.70 0.23 0.86 0.39 0.66 0.34 0.42 0.14 0.08 0.46 0.81 0.14 0.44 0.31 0.76 0.41
OP1 0.30 0.31 0.58 0.85 0.77 0.53 1.03 0.79 0.85 0.46 0.44 0.29 0.34 0.96 0.87 0.26 0.88 0.68 1.39 0.94
OP2 0.60 0.80 0.85 0.96 1.28 0.57 1.38 0.62 1.14 0.85 0.99 0.61 0.62 1.01 1.43 0.43 0.81 0.59 1.09 0.69
P 0.21 0.32 0.45 0.64 0.77 0.33 0.94 0.50 0.74 0.41 0.48 0.23 0.21 0.70 0.89 0.14 0.63 0.39 0.99 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.24 0.20 0.27 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.01 0.04 0.44 0.32 0.46 0.28
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.08 0.09 0.01 0.04 0.14 0.00 0.01 0.04 0.00 0.29 0.41 0.27 0.21
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.21 0.10 0.12 0.11 0.02 0.00 0.20 0.01 0.35 0.57 0.14 0.29
C4 0.00 0.01 0.03 0.18 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.15 0.00 0.02 0.62 0.53 0.68 0.49
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.11 0.04 0.05 0.06 0.11 0.02 0.11 0.00 0.01 0.22 0.24 0.04
C5 0.00 0.01 0.08 0.23 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.22 0.01 0.04 0.67 0.59 0.68 0.54
C5' 0.03 0.05 0.08 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.17 0.08 0.11 0.02 0.03 0.07 0.20 0.01 0.01 0.33 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.21 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.02 0.05 0.61 0.50 0.52 0.44
N1 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.45 0.34 0.41 0.28
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.01 0.03 0.53 0.41 0.58 0.38
O2 0.04 0.00 0.14 0.11 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.23 0.01 0.08 0.35 0.22 0.40 0.19
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.11 0.11 0.09 0.03 0.08 0.07 0.15 0.23 0.00 0.03 0.12 0.08 0.12 0.24 0.20 0.03
O3' 0.11 0.11 0.01 0.00 0.15 0.02 0.22 0.07 0.19 0.05 0.09 0.23 0.03 0.00 0.17 0.08 0.26 0.68 0.23 0.34
O4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.11 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.02 0.65 0.58 0.74 0.54
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.08 0.08 0.08 0.02 0.00 0.10 0.06 0.30 0.15
O5' 0.24 0.44 0.29 0.35 0.62 0.01 0.67 0.01 0.61 0.45 0.53 0.35 0.12 0.26 0.65 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.32 0.41 0.57 0.53 0.22 0.59 0.33 0.50 0.34 0.41 0.22 0.24 0.68 0.58 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.46 0.27 0.14 0.68 0.24 0.68 0.38 0.52 0.41 0.58 0.40 0.20 0.23 0.74 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.28 0.21 0.29 0.49 0.04 0.54 0.01 0.44 0.28 0.38 0.19 0.03 0.34 0.54 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00