ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.033, 0.086, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.086 std_dev=0.053
N4 A 0, 0.028, 0.086, 0.143, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.086 std_dev=0.058
C6 B 0, 0.083, 0.244, 0.405, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.244 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.106, 0.292, 0.478, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.292 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.144, 0.361, 0.577, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.361 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.109, 0.342, 0.575, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.342 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.103, 0.383, 0.663, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.383 std_dev=0.280
O4 B 0, 0.126, 0.434, 0.743, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.434 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.130, 0.454, 0.779, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.454 std_dev=0.324
C2 B 0, 0.189, 0.517, 0.846, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.517 std_dev=0.328
O4' A 0, -0.072, 0.401, 0.874, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.401 std_dev=0.473
O2 B 0, 0.288, 0.784, 1.280, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.784 std_dev=0.496
O4' B 0, -0.033, 0.491, 1.016, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.491 std_dev=0.525
C2' A 0, 0.015, 0.562, 1.109, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.562 std_dev=0.547
C4' B 0, 0.168, 0.812, 1.455, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.812 std_dev=0.643
C3' A 0, 0.056, 0.701, 1.346, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.701 std_dev=0.645
C4' A 0, -0.074, 0.594, 1.262, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.594 std_dev=0.668
C3' B 0, 0.170, 0.890, 1.610, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.890 std_dev=0.720
C2' B 0, 0.091, 0.862, 1.633, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.862 std_dev=0.771
O3' A 0, 0.130, 0.936, 1.741, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.936 std_dev=0.805
OP2 B 0, 0.350, 1.195, 2.040, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.195 std_dev=0.845
O3' B 0, 0.220, 1.083, 1.945, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.083 std_dev=0.862
O5' A 0, -0.019, 0.874, 1.766, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.874 std_dev=0.892
O2' A 0, -0.001, 0.906, 1.814, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.906 std_dev=0.907
P B 0, 0.092, 1.057, 2.022, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.057 std_dev=0.965
C5' A 0, -0.044, 0.941, 1.925, 2.713 max_d=2.713 avg_d=0.941 std_dev=0.984
P A 0, 0.082, 1.221, 2.359, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.221 std_dev=1.138
O5' B 0, -0.058, 1.110, 2.279, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.110 std_dev=1.168
C5' B 0, 0.122, 1.295, 2.468, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.295 std_dev=1.173
OP1 B 0, 0.275, 1.488, 2.700, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.488 std_dev=1.213
OP2 A 0, 0.121, 1.351, 2.581, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.351 std_dev=1.230
O2' B 0, 0.035, 1.319, 2.602, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.319 std_dev=1.283
OP1 A 0, 0.070, 1.543, 3.016, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.543 std_dev=1.473

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.25 0.00 0.13 0.23 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.18 0.22 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.10 0.04 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.01 0.15 0.17 0.19 0.03 0.13 0.06 0.32 0.01 0.02 0.01 0.39 0.57 0.80 0.58
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.01 0.27 0.20 0.28 0.33 0.19 0.02 0.00 0.02 0.06 0.34 0.37 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.16 0.02 0.08 0.15 0.29 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.07 0.04 0.10 0.05 0.27 0.02 0.00 0.01 0.18 0.14 0.07
C5 0.01 0.00 0.15 0.31 0.00 0.16 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.41 0.23 0.10 0.12 0.19 0.29 0.19
C5' 0.06 0.06 0.17 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.05 0.05 0.11 0.09 0.18 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.19 0.27 0.01 0.16 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.18 0.14 0.08 0.09 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.05 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
N3 0.02 0.00 0.13 0.28 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.07 0.03 0.06 0.19 0.11
N4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.03 0.10 0.22 0.39 0.22
O2 0.03 0.00 0.32 0.19 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.22 0.18 0.08 0.13 0.10 0.08
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.30 0.27 0.41 0.09 0.38 0.17 0.16 0.33 0.23 0.00 0.04 0.19 0.27 0.49 0.95 0.54
O3' 0.25 0.08 0.02 0.00 0.16 0.02 0.23 0.18 0.18 0.05 0.05 0.20 0.22 0.04 0.00 0.18 0.20 0.17 0.21 0.12
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.07 0.03 0.18 0.19 0.18 0.00 0.07 0.07 0.10 0.10
O5' 0.13 0.04 0.39 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.08 0.04 0.03 0.10 0.08 0.27 0.20 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.05 0.57 0.34 0.15 0.18 0.19 0.06 0.09 0.06 0.06 0.22 0.13 0.49 0.17 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.09 0.80 0.37 0.29 0.14 0.29 0.03 0.13 0.10 0.19 0.39 0.10 0.95 0.21 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.06 0.58 0.24 0.17 0.07 0.19 0.00 0.11 0.06 0.11 0.22 0.08 0.54 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.20 0.41 0.38 0.17 0.39 0.17 0.86 0.10 0.14 0.19 0.27 0.26 0.39 0.25 0.03 0.39 0.24 0.23 0.25
C2 0.22 0.27 0.28 0.17 0.16 0.36 0.16 0.71 0.13 0.18 0.24 0.36 0.32 0.29 0.23 0.20 0.30 0.14 0.34 0.12
C2' 0.56 0.45 0.17 0.09 0.08 0.22 0.07 0.43 0.22 0.44 0.29 0.55 0.25 0.13 0.08 0.62 0.27 0.12 0.39 0.16
C3' 0.61 0.59 0.26 0.16 0.46 0.22 0.47 0.29 0.56 0.61 0.53 0.61 0.30 0.17 0.40 0.69 0.17 0.13 0.02 0.01
C4 0.20 0.28 0.25 0.06 0.20 0.17 0.13 0.44 0.12 0.18 0.29 0.34 0.35 0.12 0.30 0.10 0.42 0.44 0.59 0.37
C4' 0.45 0.39 0.25 0.16 0.28 0.10 0.30 0.45 0.38 0.42 0.34 0.42 0.25 0.15 0.25 0.46 0.08 0.16 0.25 0.11
C5 0.19 0.28 0.32 0.09 0.26 0.13 0.13 0.40 0.10 0.19 0.31 0.33 0.42 0.14 0.37 0.07 0.47 0.51 0.58 0.43
C5' 0.50 0.44 0.30 0.19 0.36 0.20 0.39 0.25 0.46 0.47 0.40 0.45 0.28 0.21 0.33 0.56 0.29 0.40 0.59 0.36
C6 0.19 0.28 0.38 0.17 0.26 0.18 0.16 0.50 0.10 0.19 0.30 0.32 0.40 0.22 0.36 0.08 0.40 0.37 0.41 0.31
N1 0.21 0.26 0.35 0.22 0.20 0.30 0.16 0.68 0.10 0.18 0.25 0.32 0.31 0.28 0.28 0.07 0.31 0.17 0.25 0.13
N3 0.21 0.28 0.26 0.09 0.16 0.28 0.17 0.57 0.14 0.18 0.26 0.36 0.32 0.21 0.23 0.20 0.32 0.27 0.49 0.23
N4 0.18 0.26 0.22 0.12 0.16 0.13 0.14 0.38 0.13 0.16 0.26 0.33 0.35 0.08 0.25 0.11 0.47 0.54 0.69 0.45
O2 0.24 0.26 0.30 0.25 0.13 0.49 0.17 0.87 0.14 0.18 0.19 0.37 0.40 0.40 0.17 0.33 0.35 0.18 0.32 0.16
O2' 0.21 0.19 0.58 0.45 0.54 0.24 0.69 0.67 0.54 0.22 0.32 0.21 0.36 0.37 0.61 0.35 0.44 0.25 0.91 0.44
O3' 0.48 0.41 0.33 0.21 0.34 0.18 0.39 0.31 0.45 0.45 0.35 0.42 0.32 0.16 0.31 0.61 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.24 0.25 0.37 0.33 0.20 0.32 0.11 0.76 0.15 0.22 0.25 0.29 0.23 0.33 0.26 0.11 0.25 0.18 0.11 0.11
O5' 0.51 0.51 0.42 0.23 0.46 0.24 0.47 0.10 0.51 0.52 0.48 0.52 0.42 0.20 0.43 0.57 0.38 0.55 0.58 0.40
OP1 0.59 0.59 0.64 0.41 0.58 0.41 0.60 0.28 0.61 0.61 0.58 0.59 0.66 0.32 0.57 0.68 0.49 0.68 0.73 0.45
OP2 0.58 0.60 0.89 0.55 0.61 0.43 0.61 0.40 0.60 0.59 0.61 0.59 1.01 0.45 0.63 0.54 0.36 0.66 0.41 0.32
P 0.51 0.54 0.63 0.36 0.53 0.30 0.53 0.20 0.54 0.53 0.54 0.54 0.66 0.26 0.53 0.56 0.37 0.61 0.57 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.26 0.01 0.00 0.19 0.28 0.55 0.28
C2 0.02 0.00 0.26 0.32 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.15 0.44 0.39 0.58 0.36
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.20 0.28 0.01 0.17 0.46 0.00 0.04 0.02 0.01 0.36 0.35 0.78 0.40
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.33 0.00 0.26 0.02 0.21 0.21 0.36 0.33 0.02 0.01 0.36 0.02 0.36 0.34 0.51 0.25
C4 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.17 0.00 0.01 0.67 0.59 0.69 0.53
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.17 0.07 0.07 0.09 0.28 0.02 0.13 0.00 0.01 0.24 0.48 0.13
C5 0.02 0.01 0.22 0.26 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.51 0.17 0.01 0.13 0.73 0.63 0.68 0.57
C5' 0.07 0.11 0.20 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.05 0.12 0.16 0.08 0.17 0.16 0.02 0.00 0.32 0.39 0.01
C6 0.02 0.00 0.28 0.21 0.01 0.17 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.49 0.14 0.01 0.17 0.66 0.54 0.61 0.50
N1 0.00 0.01 0.01 0.21 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.01 0.01 0.45 0.40 0.57 0.38
N3 0.02 0.00 0.17 0.36 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.01 0.11 0.55 0.48 0.63 0.44
O2 0.03 0.00 0.46 0.33 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.18 0.02 0.26 0.32 0.32 0.55 0.30
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.34 0.28 0.51 0.08 0.49 0.18 0.13 0.33 0.00 0.04 0.36 0.20 0.19 0.29 0.86 0.34
O3' 0.26 0.10 0.04 0.01 0.17 0.02 0.17 0.17 0.14 0.05 0.15 0.18 0.04 0.00 0.23 0.20 0.26 0.42 0.40 0.20
O4 0.01 0.01 0.02 0.36 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.23 0.00 0.02 0.70 0.64 0.73 0.57
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.02 0.17 0.01 0.11 0.26 0.20 0.20 0.02 0.00 0.34 0.54 0.68 0.53
O5' 0.19 0.44 0.36 0.36 0.67 0.01 0.73 0.00 0.66 0.45 0.55 0.32 0.19 0.26 0.70 0.34 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.28 0.39 0.35 0.34 0.59 0.24 0.63 0.32 0.54 0.40 0.48 0.32 0.29 0.42 0.64 0.54 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.55 0.58 0.78 0.51 0.69 0.48 0.68 0.39 0.61 0.57 0.63 0.55 0.86 0.40 0.73 0.68 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.36 0.40 0.25 0.53 0.13 0.57 0.01 0.50 0.38 0.44 0.30 0.34 0.20 0.57 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00