ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53767

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.022, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.003, 0.021, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.024
C4 A 0, -0.001, 0.026, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.027
C6 A 0, -0.004, 0.027, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2 A 0, -0.011, 0.035, 0.082, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.035 std_dev=0.047
N1 A 0, -0.008, 0.042, 0.091, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.042 std_dev=0.049
O2 A 0, -0.024, 0.076, 0.176, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.076 std_dev=0.100
N4 A 0, -0.022, 0.083, 0.187, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.083 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.118, 0.417, 0.717, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.417 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.102, 0.429, 0.757, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.429 std_dev=0.327
O4' A 0, 0.119, 0.459, 0.800, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.459 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.137, 0.508, 0.879, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.508 std_dev=0.371
O2' A 0, 0.133, 0.513, 0.893, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.513 std_dev=0.380
C4' A 0, 0.173, 0.606, 1.040, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.606 std_dev=0.433
C3' A 0, 0.181, 0.634, 1.086, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.634 std_dev=0.453
C1' B 0, 0.194, 0.677, 1.160, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.677 std_dev=0.483
O4' B 0, 0.185, 0.690, 1.195, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.690 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.260, 0.892, 1.525, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.892 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.265, 0.911, 1.558, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.911 std_dev=0.647
O3' A 0, 0.265, 0.912, 1.559, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.912 std_dev=0.647
C5 B 0, -0.104, 0.550, 1.205, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.550 std_dev=0.654
C3' B 0, 0.121, 0.777, 1.434, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.777 std_dev=0.657
C2 B 0, 0.086, 0.746, 1.405, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.746 std_dev=0.659
C4' B 0, 0.227, 0.913, 1.600, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.913 std_dev=0.687
P B 0, 0.217, 0.926, 1.634, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.926 std_dev=0.708
OP2 B 0, 0.075, 0.812, 1.548, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.812 std_dev=0.736
C5' A 0, 0.289, 1.073, 1.857, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.073 std_dev=0.784
C5' B 0, 0.320, 1.107, 1.895, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.107 std_dev=0.787
O5' A 0, 0.169, 0.993, 1.816, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.993 std_dev=0.823
O2 B 0, 0.134, 0.960, 1.786, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.960 std_dev=0.826
N3 B 0, -0.015, 0.832, 1.679, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.832 std_dev=0.847
O3' B 0, 0.202, 1.061, 1.920, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.061 std_dev=0.859
C4 B 0, -0.075, 0.792, 1.660, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.792 std_dev=0.867
O2' B 0, 0.378, 1.305, 2.231, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.305 std_dev=0.927
OP1 B 0, 0.398, 1.377, 2.357, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.377 std_dev=0.979
O4 B 0, 0.035, 1.132, 2.229, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.132 std_dev=1.097
P A 0, 0.381, 1.578, 2.775, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.578 std_dev=1.197
OP2 A 0, 0.543, 1.856, 3.168, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.856 std_dev=1.312
OP1 A 0, 0.818, 2.854, 4.890, 4.613 max_d=4.613 avg_d=2.854 std_dev=2.036

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.62 0.03 0.11
C2 0.06 0.00 0.07 0.07 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.09 0.07 0.04 1.12 0.13 0.25
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.09 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.39 0.04 0.09
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.11 0.02 0.00 0.02 0.04 0.11 0.04 0.05
C4 0.03 0.03 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.05 0.04 0.24 1.61 0.24 0.53
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.23 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.31 1.62 0.28 0.60
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.19 0.01 0.26 0.00 0.21 0.05 0.09 0.22 0.14 0.05 0.04 0.01 0.01 0.28 0.38 0.03
C6 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.12 0.23 1.30 0.20 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 1.01 0.12 0.24
N3 0.05 0.01 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.09 0.03 0.13 1.40 0.18 0.39
N4 0.05 0.05 0.09 0.04 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.15 0.06 0.04 0.29 1.75 0.29 0.62
O2 0.12 0.01 0.11 0.11 0.03 0.16 0.03 0.14 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.13 0.18 0.09 0.91 0.13 0.16
O2' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.12 0.03 0.09 0.05 0.06 0.03 0.11 0.15 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.07 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.13 0.01 0.00 0.01 0.05 0.21 0.07 0.04
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.01 0.00 0.08 0.41 0.13 0.03
O5' 0.01 0.04 0.03 0.04 0.24 0.01 0.31 0.01 0.23 0.05 0.13 0.29 0.09 0.02 0.05 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 1.12 0.39 0.11 1.61 0.05 1.62 0.28 1.30 1.01 1.40 1.75 0.91 0.21 0.21 0.41 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.13 0.04 0.04 0.24 0.23 0.28 0.38 0.20 0.12 0.18 0.29 0.13 0.07 0.07 0.13 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.09 0.05 0.53 0.02 0.60 0.03 0.44 0.24 0.39 0.62 0.16 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.14 0.02 0.33 0.07 0.28 0.19 0.16 0.11 0.27 0.17 0.33 0.08 0.39 0.06 0.08 0.02 0.04 0.03
C2 0.27 0.11 0.33 0.23 0.12 0.24 0.02 0.26 0.09 0.11 0.12 0.13 0.49 0.29 0.19 0.19 0.10 0.12 0.07 0.06
C2' 0.14 0.31 0.12 0.08 0.45 0.05 0.42 0.21 0.33 0.26 0.39 0.27 0.25 0.04 0.50 0.11 0.15 0.03 0.12 0.07
C3' 0.05 0.27 0.08 0.17 0.46 0.09 0.44 0.19 0.32 0.22 0.39 0.22 0.13 0.15 0.52 0.08 0.06 0.01 0.02 0.02
C4 0.21 0.03 0.21 0.18 0.13 0.22 0.20 0.20 0.24 0.14 0.10 0.07 0.28 0.20 0.18 0.22 0.27 0.13 0.09 0.08
C4' 0.08 0.23 0.08 0.17 0.42 0.07 0.40 0.22 0.28 0.18 0.34 0.18 0.17 0.14 0.48 0.08 0.07 0.02 0.12 0.06
C5 0.12 0.20 0.09 0.11 0.19 0.14 0.02 0.12 0.12 0.07 0.26 0.26 0.14 0.10 0.26 0.16 0.32 0.11 0.11 0.10
C5' 0.20 0.27 0.20 0.25 0.44 0.16 0.43 0.19 0.32 0.24 0.36 0.22 0.22 0.24 0.51 0.20 0.17 0.06 0.24 0.14
C6 0.08 0.23 0.06 0.07 0.33 0.11 0.19 0.10 0.07 0.10 0.33 0.24 0.17 0.06 0.40 0.13 0.27 0.09 0.11 0.10
N1 0.19 0.11 0.20 0.12 0.24 0.17 0.15 0.17 0.05 0.01 0.21 0.11 0.36 0.16 0.31 0.16 0.12 0.06 0.07 0.04
N3 0.29 0.16 0.35 0.27 0.14 0.28 0.16 0.26 0.22 0.20 0.16 0.14 0.45 0.32 0.18 0.24 0.17 0.14 0.10 0.07
N4 0.23 0.13 0.24 0.22 0.33 0.24 0.38 0.20 0.35 0.22 0.21 0.04 0.28 0.23 0.35 0.23 0.30 0.14 0.12 0.08
O2 0.31 0.17 0.43 0.29 0.12 0.26 0.04 0.31 0.06 0.14 0.14 0.23 0.64 0.38 0.18 0.17 0.05 0.15 0.05 0.07
O2' 0.29 0.39 0.27 0.26 0.49 0.25 0.48 0.38 0.42 0.37 0.45 0.37 0.35 0.22 0.52 0.30 0.29 0.08 0.12 0.13
O3' 0.09 0.35 0.17 0.27 0.55 0.08 0.54 0.24 0.42 0.30 0.46 0.29 0.02 0.25 0.60 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
O4' 0.11 0.19 0.10 0.11 0.39 0.08 0.36 0.21 0.24 0.14 0.31 0.14 0.26 0.08 0.45 0.09 0.07 0.02 0.09 0.05
O5' 0.35 0.32 0.31 0.28 0.44 0.30 0.43 0.20 0.38 0.32 0.38 0.28 0.35 0.26 0.49 0.36 0.17 0.04 0.11 0.06
OP1 1.06 1.06 0.90 0.62 0.96 0.66 0.94 0.34 0.96 1.02 1.01 1.09 1.03 0.53 0.90 0.92 0.27 0.43 0.48 0.35
OP2 0.51 0.88 0.59 0.59 1.14 0.34 0.96 0.28 0.73 0.72 1.06 0.86 0.48 0.57 1.29 0.36 0.46 0.08 0.41 0.24
P 0.51 0.45 0.44 0.36 0.52 0.38 0.55 0.24 0.52 0.47 0.46 0.42 0.50 0.33 0.54 0.49 0.22 0.07 0.21 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.30 0.29 0.13 0.12
C2 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.62 0.52 0.21 0.42
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.02 0.17 0.03 0.15 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.16 0.02 0.31 0.41 0.03 0.21
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.20 0.02 0.26 0.04 0.24 0.09 0.11 0.04 0.01 0.02 0.21 0.02 0.32 0.48 0.04 0.26
C4 0.08 0.04 0.14 0.20 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.05 0.03 0.05 0.12 0.24 0.01 0.07 0.86 0.70 0.49 0.65
C4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.13 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.09 0.04 0.04 0.04 0.14 0.00 0.01 0.21 0.31 0.02
C5 0.06 0.03 0.17 0.26 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.04 0.03 0.04 0.14 0.31 0.01 0.04 0.89 0.69 0.46 0.66
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.16 0.01 0.19 0.00 0.18 0.09 0.12 0.05 0.05 0.07 0.16 0.02 0.00 0.25 0.37 0.00
C6 0.04 0.01 0.15 0.24 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.28 0.02 0.03 0.80 0.60 0.25 0.52
N1 0.03 0.02 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.10 0.06 0.04 0.59 0.47 0.11 0.36
N3 0.07 0.02 0.08 0.11 0.03 0.09 0.03 0.12 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.13 0.04 0.07 0.75 0.62 0.37 0.55
O2 0.08 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.09 0.52 0.46 0.15 0.35
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.04 0.14 0.05 0.12 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.14 0.04 0.11 0.29 0.13 0.07
O3' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.24 0.04 0.31 0.07 0.28 0.10 0.13 0.07 0.02 0.00 0.26 0.04 0.20 0.51 0.06 0.25
O4 0.09 0.06 0.16 0.21 0.01 0.14 0.01 0.16 0.02 0.06 0.04 0.06 0.14 0.26 0.00 0.07 0.90 0.74 0.58 0.71
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.09 0.04 0.04 0.07 0.00 0.15 0.16 0.32 0.04
O5' 0.30 0.62 0.31 0.32 0.86 0.01 0.89 0.00 0.80 0.59 0.75 0.52 0.11 0.20 0.90 0.15 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.29 0.52 0.41 0.48 0.70 0.21 0.69 0.25 0.60 0.47 0.62 0.46 0.29 0.51 0.74 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.21 0.03 0.04 0.49 0.31 0.46 0.37 0.25 0.11 0.37 0.15 0.13 0.06 0.58 0.32 0.03 0.01 0.00 0.02
P 0.12 0.42 0.21 0.26 0.65 0.02 0.66 0.00 0.52 0.36 0.55 0.35 0.07 0.25 0.71 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00