ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53768

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.001 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.012, 0.116, 0.221, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.116 std_dev=0.105
C2' A 0, 0.013, 0.131, 0.249, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.131 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.014, 0.166, 0.318, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.166 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.019, 0.173, 0.326, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.173 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.020, 0.201, 0.381, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.201 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.034, 0.289, 0.544, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.289 std_dev=0.255
C5' A 0, 0.023, 0.290, 0.557, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.290 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.110, 0.380, 0.649, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.380 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.112, 0.395, 0.679, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.395 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.102, 0.394, 0.686, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.394 std_dev=0.292
O5' A 0, 0.024, 0.325, 0.627, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.325 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.114, 0.420, 0.726, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.420 std_dev=0.306
O4 B 0, 0.110, 0.448, 0.785, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.448 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.134, 0.484, 0.834, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.484 std_dev=0.350
C2 B 0, 0.146, 0.500, 0.854, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.500 std_dev=0.354
P A 0, 0.046, 0.470, 0.894, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.470 std_dev=0.424
O2 B 0, 0.175, 0.608, 1.041, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.608 std_dev=0.433
OP2 A 0, 0.082, 0.525, 0.967, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.525 std_dev=0.443
C1' B 0, 0.148, 0.604, 1.061, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.604 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.118, 0.585, 1.052, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.585 std_dev=0.467
OP1 A 0, 0.032, 0.540, 1.048, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.540 std_dev=0.508
O5' B 0, 0.132, 0.667, 1.202, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.667 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.138, 0.715, 1.293, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.715 std_dev=0.578
C2' B 0, 0.192, 0.771, 1.349, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.771 std_dev=0.578
C4' B 0, 0.154, 0.743, 1.332, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.743 std_dev=0.589
P B 0, 0.132, 0.752, 1.373, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.752 std_dev=0.620
OP2 B 0, 0.133, 0.763, 1.393, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.763 std_dev=0.630
O2' B 0, 0.229, 0.860, 1.491, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.860 std_dev=0.631
C3' B 0, 0.198, 0.872, 1.546, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.872 std_dev=0.674
O3' B 0, 0.222, 0.976, 1.730, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.976 std_dev=0.754
OP1 B 0, 0.141, 0.923, 1.705, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.923 std_dev=0.782

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
O2 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.20 0.06 0.23 0.06 0.15 0.08 0.12 0.03 0.05 0.06 0.24 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03
C2 0.11 0.08 0.12 0.16 0.06 0.18 0.08 0.19 0.04 0.07 0.04 0.12 0.10 0.18 0.09 0.15 0.17 0.15 0.10 0.14
C2' 0.04 0.10 0.05 0.00 0.22 0.04 0.24 0.05 0.16 0.10 0.16 0.06 0.07 0.03 0.27 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05
C3' 0.08 0.15 0.09 0.04 0.27 0.01 0.26 0.02 0.18 0.14 0.21 0.13 0.12 0.02 0.33 0.02 0.02 0.06 0.12 0.07
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02
C4' 0.06 0.13 0.07 0.02 0.26 0.03 0.25 0.04 0.17 0.12 0.19 0.09 0.10 0.03 0.32 0.02 0.01 0.05 0.12 0.06
C5 0.13 0.15 0.15 0.11 0.26 0.06 0.25 0.06 0.20 0.16 0.19 0.12 0.17 0.08 0.28 0.07 0.09 0.11 0.16 0.12
C5' 0.08 0.15 0.09 0.03 0.26 0.03 0.24 0.03 0.17 0.13 0.21 0.12 0.12 0.03 0.33 0.02 0.02 0.06 0.12 0.07
C6 0.12 0.15 0.14 0.09 0.28 0.05 0.29 0.05 0.22 0.16 0.20 0.11 0.16 0.06 0.32 0.06 0.09 0.12 0.19 0.14
N1 0.04 0.06 0.04 0.03 0.18 0.06 0.21 0.06 0.14 0.07 0.11 0.04 0.06 0.07 0.22 0.04 0.03 0.00 0.06 0.02
N3 0.13 0.13 0.14 0.16 0.02 0.18 0.03 0.19 0.06 0.11 0.08 0.16 0.12 0.19 0.02 0.17 0.18 0.17 0.12 0.15
N4 0.07 0.08 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.03 0.07 0.06 0.06 0.02 0.04
O2 0.20 0.15 0.23 0.27 0.02 0.29 0.03 0.32 0.08 0.15 0.08 0.19 0.21 0.29 0.05 0.25 0.29 0.28 0.22 0.26
O2' 0.00 0.07 0.01 0.05 0.20 0.08 0.22 0.08 0.14 0.07 0.13 0.02 0.02 0.08 0.25 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04
O3' 0.10 0.18 0.11 0.06 0.28 0.02 0.26 0.01 0.18 0.15 0.23 0.16 0.14 0.04 0.34 0.04 0.04 0.09 0.15 0.10
O4' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.21 0.05 0.23 0.06 0.15 0.09 0.14 0.05 0.06 0.06 0.27 0.03 0.02 0.02 0.09 0.04
O5' 0.09 0.16 0.11 0.06 0.26 0.03 0.22 0.03 0.16 0.14 0.22 0.14 0.15 0.05 0.33 0.04 0.03 0.07 0.13 0.07
OP1 0.11 0.19 0.13 0.08 0.26 0.04 0.21 0.03 0.15 0.15 0.24 0.18 0.18 0.07 0.34 0.05 0.04 0.08 0.14 0.08
OP2 0.11 0.19 0.14 0.09 0.23 0.05 0.16 0.03 0.13 0.14 0.23 0.19 0.19 0.08 0.29 0.06 0.04 0.06 0.10 0.05
P 0.10 0.17 0.12 0.07 0.25 0.04 0.20 0.03 0.14 0.14 0.22 0.16 0.17 0.06 0.32 0.05 0.04 0.07 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.08 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.12 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.10 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
O5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.10 0.02 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.12 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00