ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53769

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.006, 0.034, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.004, 0.034, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.002, 0.069, 0.137, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.069 std_dev=0.068
O4' B 0, 0.043, 0.323, 0.603, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.323 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.049, 0.331, 0.612, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.331 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.121, 0.426, 0.730, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.426 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.104, 0.413, 0.723, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.413 std_dev=0.310
C2 B 0, 0.129, 0.456, 0.783, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.456 std_dev=0.327
O2 B 0, 0.134, 0.472, 0.810, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.472 std_dev=0.338
C6 B 0, 0.127, 0.474, 0.821, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.474 std_dev=0.347
N3 B 0, 0.147, 0.501, 0.855, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.501 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.153, 0.530, 0.907, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.530 std_dev=0.377
C4 B 0, 0.160, 0.546, 0.932, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.546 std_dev=0.386
O4 B 0, 0.178, 0.628, 1.079, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.628 std_dev=0.451
C4' B 0, 0.023, 0.557, 1.092, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.557 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.110, 0.748, 1.386, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.748 std_dev=0.638
O2' B 0, 0.051, 0.859, 1.667, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.859 std_dev=0.808
C3' B 0, 0.042, 0.916, 1.791, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.916 std_dev=0.874
OP1 B 0, 0.145, 1.034, 1.923, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.034 std_dev=0.889
O5' B 0, 0.052, 0.994, 1.935, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.994 std_dev=0.942
P B 0, 0.090, 1.108, 2.126, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.108 std_dev=1.018
O4' A 0, -0.291, 0.843, 1.977, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.843 std_dev=1.134
C2' A 0, -0.287, 0.874, 2.035, 2.515 max_d=2.515 avg_d=0.874 std_dev=1.161
C4' A 0, -0.288, 1.009, 2.305, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.009 std_dev=1.296
OP2 B 0, 0.079, 1.380, 2.681, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.380 std_dev=1.301
O3' B 0, -0.057, 1.506, 3.068, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.506 std_dev=1.563
O2' A 0, -0.396, 1.201, 2.798, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.201 std_dev=1.597
C3' A 0, -0.397, 1.211, 2.819, 3.484 max_d=3.484 avg_d=1.211 std_dev=1.608
O3' A 0, -0.469, 1.551, 3.572, 4.405 max_d=4.405 avg_d=1.551 std_dev=2.020
C5' A 0, -0.595, 1.974, 4.543, 5.603 max_d=5.603 avg_d=1.974 std_dev=2.569
O5' A 0, -0.682, 2.239, 5.160, 6.364 max_d=6.364 avg_d=2.239 std_dev=2.921
OP1 A 0, -0.596, 3.291, 7.179, 8.751 max_d=8.751 avg_d=3.291 std_dev=3.888
P A 0, -0.861, 3.073, 7.007, 8.626 max_d=8.626 avg_d=3.073 std_dev=3.934
OP2 A 0, -0.890, 3.627, 8.144, 9.994 max_d=9.994 avg_d=3.627 std_dev=4.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.00 0.23 0.09 0.25 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.24 0.01 0.27 0.03 0.39 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.20 0.26 0.07 0.31 0.11 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.30 0.47 0.34 0.24
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.13 0.00 0.40 0.01 0.45 0.11 0.14 0.14 0.58 0.01 0.01 0.01 0.33 0.73 0.30 0.36
C4 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.10 0.01 0.70 0.23 1.02 0.46
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.06 0.00 0.34 0.01 0.40 0.05 0.19 0.07 0.56 0.13 0.03 0.00 0.01 0.28 0.10 0.01
C5 0.01 0.03 0.05 0.40 0.00 0.34 0.00 0.62 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.24 0.31 0.21 1.16 0.69 1.64 1.02
C5' 0.03 0.39 0.01 0.01 0.16 0.01 0.62 0.00 0.68 0.12 0.28 0.18 0.86 0.12 0.01 0.01 0.00 0.44 0.31 0.02
C6 0.01 0.03 0.08 0.45 0.01 0.40 0.00 0.68 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.23 0.32 0.29 1.15 0.71 1.48 0.98
N1 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.00 0.50 0.18 0.62 0.27
N3 0.02 0.00 0.08 0.14 0.00 0.19 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.20 0.23 0.25 0.33 0.13
N4 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.02 0.76 0.26 1.16 0.53
O2 0.07 0.01 0.15 0.58 0.02 0.56 0.04 0.86 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.26 0.45 0.44 0.43 0.69 0.65 0.80
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.14 0.13 0.24 0.12 0.23 0.07 0.04 0.16 0.26 0.00 0.08 0.12 0.22 0.47 0.26 0.21
O3' 0.06 0.20 0.03 0.01 0.10 0.03 0.31 0.01 0.32 0.05 0.13 0.12 0.45 0.08 0.00 0.04 0.18 0.90 0.24 0.38
O4' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.01 0.29 0.00 0.20 0.02 0.44 0.12 0.04 0.00 0.10 0.06 0.02 0.12
O5' 0.23 0.07 0.30 0.33 0.70 0.01 1.16 0.00 1.15 0.50 0.23 0.76 0.43 0.22 0.18 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.09 0.31 0.47 0.73 0.23 0.28 0.69 0.44 0.71 0.18 0.25 0.26 0.69 0.47 0.90 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.11 0.34 0.30 1.02 0.10 1.64 0.31 1.48 0.62 0.33 1.16 0.65 0.26 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.27 0.24 0.36 0.46 0.01 1.02 0.02 0.98 0.27 0.13 0.53 0.80 0.21 0.38 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.12 0.18 0.28 0.10 0.28 0.09 0.26 0.10 0.12 0.11 0.12 0.59 0.77 0.10 0.04 0.05 0.09 0.08 0.08
C2 0.11 0.11 0.16 0.17 0.10 0.20 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.28 0.71 0.10 0.03 0.09 0.03 0.03 0.03
C2' 0.82 0.49 0.98 0.58 0.40 0.65 0.49 0.67 0.61 0.63 0.39 0.45 1.41 0.08 0.33 0.79 0.77 0.74 0.67 0.70
C3' 0.57 0.23 0.63 0.32 0.39 0.65 0.59 0.88 0.67 0.49 0.24 0.06 0.92 0.27 0.36 0.80 0.95 1.20 0.96 1.06
C4 0.12 0.12 0.13 0.09 0.12 0.02 0.13 0.07 0.14 0.13 0.12 0.10 0.08 0.33 0.11 0.02 0.34 0.14 0.24 0.20
C4' 0.25 0.30 0.37 0.80 0.09 0.47 0.11 0.24 0.08 0.17 0.22 0.49 0.03 1.41 0.09 0.12 0.08 0.32 0.12 0.20
C5 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.03 0.17 0.13 0.19 0.18 0.15 0.14 0.24 0.24 0.15 0.10 0.41 0.20 0.33 0.29
C5' 0.64 0.67 0.95 1.33 0.19 0.73 0.08 0.29 0.08 0.44 0.49 1.01 0.78 2.09 0.15 0.28 0.13 0.59 0.21 0.36
C6 0.20 0.15 0.19 0.04 0.14 0.05 0.15 0.07 0.17 0.18 0.14 0.14 0.40 0.36 0.14 0.11 0.29 0.14 0.22 0.20
N1 0.19 0.14 0.20 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.13 0.46 0.59 0.11 0.05 0.13 0.04 0.06 0.06
N3 0.09 0.10 0.13 0.05 0.10 0.13 0.11 0.04 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.55 0.10 0.04 0.19 0.06 0.09 0.08
N4 0.08 0.08 0.10 0.18 0.12 0.05 0.16 0.15 0.15 0.10 0.09 0.07 0.07 0.21 0.11 0.04 0.43 0.22 0.35 0.29
O2 0.09 0.10 0.17 0.30 0.09 0.27 0.08 0.20 0.08 0.09 0.10 0.10 0.30 0.91 0.09 0.07 0.05 0.08 0.11 0.09
O2' 0.89 0.64 1.18 0.68 0.38 0.60 0.38 0.50 0.51 0.67 0.49 0.74 1.80 0.30 0.30 0.69 0.58 0.43 0.44 0.43
O3' 0.80 0.43 0.97 0.68 0.52 0.95 0.72 1.14 0.81 0.67 0.40 0.26 1.37 0.20 0.47 0.98 1.16 1.44 1.18 1.26
O4' 0.58 0.48 0.70 1.14 0.27 0.97 0.23 0.74 0.30 0.45 0.38 0.60 0.33 1.68 0.22 0.57 0.52 0.27 0.39 0.34
O5' 0.48 0.31 0.97 1.44 0.27 0.81 0.47 0.37 0.30 0.14 0.07 0.67 0.84 2.20 0.37 0.14 0.10 0.59 0.32 0.46
OP1 1.14 1.02 1.81 2.18 0.45 1.31 0.24 0.90 0.41 0.84 0.79 1.34 1.64 2.55 0.36 0.71 0.84 0.28 0.37 0.13
OP2 0.41 0.34 1.12 1.31 0.59 0.30 0.98 0.47 0.76 0.05 0.04 0.94 1.42 2.20 0.71 0.25 0.73 1.90 1.37 1.62
P 1.01 0.87 1.69 2.05 0.13 1.12 0.15 0.50 0.05 0.62 0.57 1.31 1.70 2.81 0.05 0.49 0.31 0.78 0.24 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.26 0.05 0.00 0.06 0.09 0.28 0.19
C2 0.02 0.00 0.06 0.19 0.02 0.08 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.14 0.03 0.03 0.15 0.01 0.11 0.05
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.13 0.07 0.02 0.06 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.35 0.28 0.59 0.44
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.36 0.01 0.38 0.02 0.33 0.22 0.28 0.06 0.02 0.01 0.39 0.02 0.04 0.06 0.07 0.04
C4 0.04 0.02 0.05 0.36 0.00 0.18 0.01 0.24 0.02 0.03 0.01 0.03 0.38 0.17 0.01 0.04 0.37 0.13 0.15 0.14
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.17 0.10 0.12 0.03 0.29 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04
C5 0.04 0.03 0.07 0.38 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.03 0.02 0.03 0.31 0.24 0.02 0.04 0.42 0.13 0.17 0.16
C5' 0.03 0.10 0.13 0.02 0.24 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.17 0.04 0.14 0.21 0.26 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.33 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.18 0.03 0.03 0.32 0.06 0.02 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.03 0.10 0.03 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.06 0.04 0.02 0.15 0.00 0.13 0.06
N3 0.03 0.01 0.06 0.28 0.01 0.12 0.02 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.40 0.05 0.02 0.03 0.26 0.07 0.03 0.05
O2 0.04 0.01 0.10 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.36 0.32 0.05 0.05 0.04 0.04 0.19 0.11
O2' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.38 0.29 0.31 0.14 0.22 0.23 0.40 0.36 0.00 0.02 0.41 0.19 0.22 0.05 0.59 0.31
O3' 0.26 0.14 0.01 0.01 0.17 0.01 0.24 0.21 0.18 0.06 0.05 0.32 0.02 0.00 0.21 0.14 0.19 0.39 0.26 0.24
O4 0.05 0.03 0.06 0.39 0.01 0.19 0.02 0.26 0.03 0.04 0.02 0.05 0.41 0.21 0.00 0.05 0.41 0.16 0.23 0.20
O4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.19 0.14 0.05 0.00 0.05 0.06 0.17 0.12
O5' 0.06 0.15 0.35 0.04 0.37 0.01 0.42 0.00 0.32 0.15 0.26 0.04 0.22 0.19 0.41 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.09 0.01 0.28 0.06 0.13 0.06 0.13 0.07 0.06 0.00 0.07 0.04 0.05 0.39 0.16 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.11 0.59 0.07 0.15 0.06 0.17 0.01 0.02 0.13 0.03 0.19 0.59 0.26 0.23 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.05 0.44 0.04 0.14 0.04 0.16 0.01 0.05 0.06 0.05 0.11 0.31 0.24 0.20 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00