ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53770

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.000, 0.094, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O4 B 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.000, 0.164, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.164 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O4' B 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O2 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O3' B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O5' B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
P A 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
P B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
OP2 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.000, 0.390, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.390 std_dev=0.390
OP2 A 0, 0.000, 0.397, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.397 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
O2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03
C2 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C2' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02
C4 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03
C5 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
C5' 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02
C6 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03
N1 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02
N3 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
N4 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O2 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
O2' 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
O4' 0.06 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.08 0.03 0.05 0.09 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
P 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00