ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 13, 17, 19, 22, 12, 24, 8, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.043 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.012, 0.049, 0.086, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.049 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.013, 0.114, 0.215, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.114 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.043, 0.163, 0.283, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.163 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.113, 0.259, 0.406, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.259 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.047, 0.199, 0.350, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.199 std_dev=0.151
C5 B 0, 0.266, 0.438, 0.611, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.438 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.293, 0.470, 0.648, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.470 std_dev=0.178
C4 B 0, 0.327, 0.514, 0.701, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.514 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.191, 0.394, 0.598, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.394 std_dev=0.204
O2' A 0, 0.023, 0.246, 0.469, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.246 std_dev=0.223
N4 B 0, 0.291, 0.530, 0.769, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.530 std_dev=0.239
P B 0, 0.290, 0.535, 0.779, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.535 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.356, 0.603, 0.850, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.603 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.075, 0.335, 0.595, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.335 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.289, 0.556, 0.823, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.556 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.246, 0.516, 0.786, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.516 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.394, 0.669, 0.945, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.669 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.390, 0.699, 1.009, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.699 std_dev=0.310
C4' B 0, 0.252, 0.569, 0.886, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.569 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.117, 0.434, 0.752, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.434 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.400, 0.724, 1.048, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.724 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.405, 0.734, 1.063, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.734 std_dev=0.329
OP2 B 0, 0.285, 0.629, 0.973, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.629 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.447, 0.837, 1.228, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.837 std_dev=0.390
OP1 B 0, 0.335, 0.726, 1.116, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.726 std_dev=0.390
P A 0, 0.190, 0.613, 1.037, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.613 std_dev=0.423
O3' B 0, 0.526, 0.951, 1.376, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.951 std_dev=0.425
C5' B 0, 0.151, 0.579, 1.006, 3.452 max_d=3.452 avg_d=0.579 std_dev=0.427
O2 B 0, 0.486, 0.933, 1.381, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.933 std_dev=0.447
O2' B 0, 0.501, 1.022, 1.544, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.022 std_dev=0.521
OP2 A 0, 0.261, 0.819, 1.377, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.819 std_dev=0.558
OP1 A 0, 0.264, 0.868, 1.472, 3.228 max_d=3.228 avg_d=0.868 std_dev=0.604

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.18 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.15 0.29 0.30 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.12 0.19 0.20 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.10 0.11 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.20 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03 0.22 0.39 0.42 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.05 0.23 0.40 0.42 0.26
C5' 0.02 0.08 0.04 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.19 0.33 0.32 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.14 0.26 0.26 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.19 0.34 0.37 0.22
N4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.12 0.04 0.24 0.42 0.47 0.29
O2 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.12 0.05 0.13 0.25 0.27 0.15
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.10 0.08 0.11 0.06 0.09 0.05 0.08 0.12 0.09 0.00 0.04 0.06 0.08 0.16 0.20 0.10
O3' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.05 0.11 0.05 0.09 0.12 0.12 0.04 0.00 0.03 0.14 0.29 0.23 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.07 0.17 0.19 0.12
O5' 0.07 0.15 0.12 0.13 0.22 0.01 0.23 0.01 0.19 0.14 0.19 0.24 0.13 0.08 0.14 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.29 0.19 0.20 0.39 0.08 0.40 0.09 0.33 0.26 0.34 0.42 0.25 0.16 0.29 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.30 0.20 0.17 0.42 0.14 0.42 0.17 0.32 0.26 0.37 0.47 0.27 0.20 0.23 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.13 0.13 0.26 0.03 0.26 0.01 0.21 0.15 0.22 0.29 0.15 0.10 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.23 0.20 0.16 0.20 0.19 0.18 0.22 0.15 0.18 0.23 0.24 0.28 0.27 0.17 0.22 0.16 0.10 0.14 0.07
C2 0.27 0.27 0.24 0.20 0.18 0.22 0.15 0.21 0.16 0.21 0.26 0.23 0.34 0.30 0.19 0.25 0.19 0.14 0.25 0.11
C2' 0.22 0.21 0.17 0.13 0.19 0.15 0.19 0.22 0.16 0.17 0.20 0.21 0.25 0.24 0.14 0.20 0.18 0.10 0.16 0.10
C3' 0.23 0.22 0.18 0.10 0.24 0.14 0.23 0.11 0.19 0.20 0.23 0.27 0.24 0.24 0.12 0.23 0.08 0.08 0.10 0.01
C4 0.23 0.25 0.20 0.18 0.17 0.19 0.15 0.19 0.17 0.20 0.25 0.23 0.31 0.25 0.16 0.22 0.18 0.22 0.36 0.17
C4' 0.22 0.22 0.17 0.10 0.25 0.14 0.23 0.13 0.17 0.18 0.24 0.30 0.25 0.24 0.11 0.22 0.09 0.10 0.15 0.06
C5 0.19 0.22 0.16 0.15 0.19 0.17 0.13 0.19 0.14 0.17 0.24 0.26 0.26 0.21 0.14 0.20 0.18 0.25 0.36 0.18
C5' 0.23 0.26 0.20 0.14 0.32 0.17 0.30 0.13 0.23 0.22 0.30 0.39 0.26 0.25 0.15 0.24 0.16 0.19 0.26 0.15
C6 0.20 0.22 0.16 0.13 0.21 0.16 0.15 0.17 0.13 0.16 0.23 0.27 0.26 0.21 0.13 0.20 0.16 0.21 0.30 0.15
N1 0.23 0.24 0.19 0.14 0.20 0.17 0.16 0.17 0.14 0.18 0.24 0.24 0.29 0.25 0.14 0.21 0.15 0.14 0.23 0.09
N3 0.27 0.29 0.25 0.21 0.17 0.22 0.16 0.20 0.18 0.23 0.27 0.23 0.35 0.30 0.20 0.25 0.19 0.17 0.32 0.14
N4 0.24 0.26 0.21 0.20 0.18 0.20 0.19 0.22 0.20 0.21 0.26 0.22 0.32 0.26 0.18 0.23 0.20 0.25 0.40 0.20
O2 0.31 0.29 0.31 0.26 0.18 0.28 0.16 0.28 0.17 0.23 0.26 0.22 0.38 0.38 0.27 0.29 0.23 0.17 0.22 0.14
O2' 0.27 0.26 0.26 0.25 0.25 0.25 0.27 0.36 0.26 0.24 0.26 0.27 0.30 0.33 0.26 0.25 0.28 0.14 0.22 0.17
O3' 0.23 0.20 0.19 0.12 0.22 0.16 0.22 0.13 0.18 0.19 0.20 0.24 0.22 0.25 0.14 0.25 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.23 0.23 0.19 0.13 0.22 0.16 0.20 0.17 0.15 0.18 0.24 0.28 0.27 0.26 0.13 0.22 0.11 0.10 0.14 0.03
O5' 0.25 0.31 0.27 0.24 0.39 0.21 0.36 0.20 0.29 0.27 0.36 0.45 0.30 0.28 0.25 0.25 0.23 0.27 0.31 0.20
OP1 0.35 0.41 0.42 0.39 0.50 0.35 0.45 0.36 0.38 0.37 0.47 0.58 0.41 0.42 0.43 0.34 0.40 0.49 0.48 0.39
OP2 0.40 0.48 0.46 0.43 0.56 0.38 0.51 0.38 0.44 0.44 0.54 0.63 0.47 0.47 0.46 0.36 0.40 0.41 0.46 0.34
P 0.29 0.36 0.34 0.31 0.45 0.27 0.41 0.27 0.33 0.32 0.42 0.53 0.35 0.35 0.34 0.28 0.31 0.34 0.39 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.19 0.16 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.04 0.14 0.18 0.28 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05 0.09 0.02 0.06 0.05 0.15 0.00 0.02 0.01 0.16 0.24 0.21 0.15
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.12 0.08 0.13 0.13 0.14 0.02 0.01 0.01 0.15 0.20 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.03 0.19 0.24 0.41 0.22
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.09 0.05 0.10 0.02 0.00 0.02 0.20 0.12 0.10
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.05 0.21 0.24 0.41 0.23
C5' 0.03 0.10 0.05 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.13 0.18 0.09 0.06 0.07 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.18 0.18 0.32 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.13 0.16 0.24 0.12
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.17 0.20 0.35 0.18
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.12 0.03 0.21 0.28 0.47 0.26
O2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.16 0.07 0.12 0.19 0.24 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.10 0.15 0.06 0.13 0.07 0.10 0.15 0.12 0.00 0.05 0.07 0.10 0.30 0.21 0.17
O3' 0.08 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.07 0.12 0.05 0.10 0.12 0.16 0.05 0.00 0.05 0.17 0.29 0.22 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.07 0.05 0.00 0.06 0.21 0.18 0.15
O5' 0.08 0.14 0.16 0.15 0.19 0.02 0.21 0.01 0.18 0.13 0.17 0.21 0.12 0.10 0.17 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.18 0.24 0.20 0.24 0.20 0.24 0.11 0.18 0.16 0.20 0.28 0.19 0.30 0.29 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.28 0.21 0.16 0.41 0.12 0.41 0.13 0.32 0.24 0.35 0.47 0.24 0.21 0.22 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.13 0.15 0.11 0.22 0.10 0.23 0.01 0.17 0.12 0.18 0.26 0.12 0.17 0.17 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00