ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 14, 24, 25, 11, 18, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.017, 0.025, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.027, 0.037, 0.047, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.023, 0.033, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.022, 0.033, 0.044, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.033 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.041, 0.068, 0.096, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.068 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.045, 0.076, 0.106, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.076 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.071, 0.148, 0.226, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.148 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.046, 0.128, 0.209, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.128 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.116, 0.226, 0.336, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.226 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.124, 0.235, 0.346, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.235 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.081, 0.206, 0.330, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.206 std_dev=0.125
C4 B 0, 0.192, 0.338, 0.485, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.338 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.254, 0.417, 0.581, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.417 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.239, 0.413, 0.588, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.413 std_dev=0.174
N3 B 0, 0.196, 0.381, 0.565, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.381 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.208, 0.397, 0.587, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.397 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.264, 0.455, 0.646, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.455 std_dev=0.191
N4 B 0, 0.188, 0.380, 0.571, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.380 std_dev=0.192
O5' B 0, 0.190, 0.387, 0.583, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.387 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.087, 0.288, 0.488, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.288 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.196, 0.412, 0.628, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.412 std_dev=0.216
O4' B 0, 0.239, 0.459, 0.680, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.459 std_dev=0.220
C5' B 0, 0.208, 0.429, 0.650, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.429 std_dev=0.221
P B 0, 0.120, 0.351, 0.582, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.351 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.273, 0.527, 0.781, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.527 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.242, 0.496, 0.750, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.496 std_dev=0.254
O2 B 0, 0.222, 0.494, 0.765, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.494 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.284, 0.586, 0.887, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.586 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.214, 0.521, 0.828, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.521 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.081, 0.418, 0.754, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.418 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.282, 0.632, 0.982, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.632 std_dev=0.350
OP1 B 0, 0.164, 0.527, 0.891, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.527 std_dev=0.364
O3' B 0, 0.332, 0.737, 1.141, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.737 std_dev=0.404
P A 0, 0.538, 1.015, 1.493, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.015 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.284, 0.792, 1.300, 3.532 max_d=3.532 avg_d=0.792 std_dev=0.508
OP1 A 0, 0.713, 1.305, 1.897, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.305 std_dev=0.592
OP2 A 0, 0.530, 1.322, 2.114, 4.832 max_d=4.832 avg_d=1.322 std_dev=0.792

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.12 0.17 0.21 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.23 0.27 0.42 0.24
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.13 0.20 0.17 0.12
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.02 0.01 0.01 0.17 0.26 0.19 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.32 0.38 0.63 0.35
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.12 0.17 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.05 0.33 0.39 0.64 0.36
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.05 0.29 0.32 0.48 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.22 0.25 0.37 0.22
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.28 0.33 0.54 0.30
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.04 0.34 0.42 0.71 0.39
O2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.12 0.04 0.19 0.24 0.35 0.20
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.06 0.05 0.07 0.16 0.16 0.07
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.10 0.05 0.08 0.11 0.12 0.06 0.00 0.02 0.17 0.36 0.30 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.11 0.18 0.20 0.14
O5' 0.12 0.23 0.13 0.17 0.32 0.02 0.33 0.01 0.29 0.22 0.28 0.34 0.19 0.07 0.17 0.11 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.17 0.27 0.20 0.26 0.38 0.12 0.39 0.17 0.32 0.25 0.33 0.42 0.24 0.16 0.36 0.18 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.42 0.17 0.19 0.63 0.17 0.64 0.23 0.48 0.37 0.54 0.71 0.35 0.16 0.30 0.20 0.04 0.02 0.00 0.02
P 0.13 0.24 0.12 0.15 0.35 0.04 0.36 0.02 0.29 0.22 0.30 0.39 0.20 0.07 0.18 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.18 0.17 0.14 0.18 0.17 0.20 0.17 0.19 0.16 0.18 0.22 0.22 0.21 0.15 0.20 0.16 0.15 0.13 0.05
C2 0.20 0.19 0.18 0.16 0.15 0.16 0.18 0.16 0.18 0.16 0.19 0.19 0.24 0.21 0.15 0.18 0.17 0.20 0.22 0.10
C2' 0.17 0.17 0.15 0.13 0.19 0.15 0.21 0.17 0.19 0.15 0.18 0.22 0.19 0.18 0.14 0.18 0.18 0.11 0.13 0.08
C3' 0.15 0.16 0.13 0.09 0.22 0.11 0.23 0.11 0.19 0.15 0.19 0.25 0.17 0.14 0.11 0.16 0.07 0.13 0.09 0.02
C4 0.16 0.16 0.14 0.16 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.18 0.20 0.20 0.17 0.15 0.16 0.17 0.27 0.32 0.16
C4' 0.15 0.16 0.13 0.09 0.22 0.12 0.24 0.11 0.19 0.15 0.19 0.27 0.18 0.15 0.11 0.17 0.07 0.15 0.11 0.05
C5 0.14 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.12 0.17 0.22 0.17 0.16 0.15 0.16 0.17 0.28 0.33 0.17
C5' 0.16 0.20 0.16 0.12 0.28 0.12 0.28 0.11 0.22 0.18 0.24 0.34 0.20 0.16 0.15 0.16 0.08 0.24 0.18 0.13
C6 0.15 0.14 0.14 0.13 0.17 0.14 0.17 0.16 0.15 0.13 0.17 0.23 0.17 0.16 0.14 0.17 0.16 0.25 0.28 0.14
N1 0.18 0.17 0.15 0.13 0.17 0.15 0.19 0.15 0.17 0.15 0.18 0.22 0.20 0.18 0.13 0.18 0.15 0.20 0.21 0.08
N3 0.19 0.19 0.17 0.17 0.14 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.19 0.19 0.23 0.20 0.16 0.17 0.17 0.24 0.27 0.13
N4 0.17 0.18 0.16 0.18 0.15 0.15 0.17 0.16 0.17 0.16 0.19 0.19 0.21 0.18 0.18 0.16 0.18 0.30 0.35 0.18
O2 0.25 0.23 0.23 0.20 0.16 0.20 0.18 0.20 0.20 0.20 0.22 0.19 0.29 0.28 0.20 0.22 0.19 0.20 0.19 0.12
O2' 0.24 0.22 0.24 0.22 0.20 0.24 0.22 0.24 0.23 0.21 0.21 0.22 0.25 0.26 0.23 0.25 0.24 0.14 0.10 0.12
O3' 0.15 0.16 0.14 0.10 0.21 0.12 0.23 0.11 0.19 0.16 0.18 0.24 0.17 0.14 0.14 0.17 0.04 0.03 0.03 0.01
O4' 0.18 0.16 0.15 0.11 0.20 0.15 0.22 0.14 0.18 0.15 0.18 0.25 0.20 0.19 0.12 0.19 0.10 0.17 0.12 0.04
O5' 0.27 0.34 0.30 0.28 0.42 0.23 0.40 0.22 0.34 0.31 0.38 0.47 0.33 0.28 0.30 0.24 0.25 0.34 0.34 0.25
OP1 0.37 0.42 0.48 0.48 0.49 0.39 0.46 0.40 0.41 0.40 0.46 0.55 0.41 0.45 0.53 0.34 0.45 0.53 0.57 0.47
OP2 0.39 0.53 0.46 0.42 0.63 0.33 0.56 0.32 0.47 0.46 0.60 0.72 0.51 0.45 0.45 0.33 0.35 0.47 0.45 0.36
P 0.30 0.38 0.36 0.34 0.47 0.25 0.43 0.24 0.37 0.35 0.43 0.53 0.37 0.34 0.36 0.26 0.29 0.35 0.39 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.12 0.14 0.08
C2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.13 0.22 0.24 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.02 0.08 0.05 0.16 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.19 0.14
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.02 0.13 0.09 0.13 0.15 0.14 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.03 0.19 0.33 0.33 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.08 0.07 0.10 0.02 0.00 0.02 0.10 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.05 0.20 0.33 0.32 0.23
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.15 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.11 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.06 0.17 0.25 0.24 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.12 0.19 0.20 0.13
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.16 0.28 0.29 0.19
N4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.16 0.03 0.21 0.37 0.37 0.26
O2 0.05 0.01 0.16 0.14 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.17 0.08 0.12 0.20 0.21 0.14
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.11 0.10 0.12 0.07 0.11 0.06 0.10 0.13 0.15 0.00 0.05 0.08 0.09 0.17 0.19 0.12
O3' 0.07 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.13 0.07 0.13 0.16 0.17 0.05 0.00 0.05 0.12 0.24 0.20 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.05 0.00 0.07 0.09 0.11 0.08
O5' 0.07 0.13 0.11 0.07 0.19 0.02 0.20 0.01 0.17 0.12 0.16 0.21 0.12 0.09 0.12 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.12 0.22 0.18 0.16 0.33 0.10 0.33 0.11 0.25 0.19 0.28 0.37 0.20 0.17 0.24 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.24 0.19 0.13 0.33 0.05 0.32 0.06 0.24 0.20 0.29 0.37 0.21 0.19 0.20 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.14 0.10 0.23 0.03 0.23 0.02 0.18 0.13 0.19 0.26 0.14 0.12 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00