ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53776

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 7, 4, 5, 7, 12, 14, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.014, 0.044, 0.075, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.025, 0.058, 0.091, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.058 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.178, 0.297, 0.415, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.297 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.207, 0.338, 0.469, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.338 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.364, 0.536, 0.707, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.536 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.278, 0.452, 0.627, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.452 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.414, 0.607, 0.801, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.607 std_dev=0.194
C3' A 0, 0.335, 0.536, 0.737, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.536 std_dev=0.201
C5 B 0, 0.371, 0.575, 0.778, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.575 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.428, 0.662, 0.896, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.662 std_dev=0.234
O5' B 0, 0.386, 0.627, 0.867, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.627 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.490, 0.732, 0.974, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.732 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.498, 0.742, 0.986, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.742 std_dev=0.244
N4 B 0, 0.424, 0.686, 0.949, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.686 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.569, 0.833, 1.097, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.833 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.521, 0.810, 1.098, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.810 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.632, 0.923, 1.213, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.923 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.505, 0.809, 1.112, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.809 std_dev=0.304
O5' A 0, 0.448, 0.755, 1.063, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.755 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.666, 0.974, 1.282, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.974 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.541, 0.851, 1.162, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.851 std_dev=0.310
C5' A 0, 0.467, 0.782, 1.096, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.782 std_dev=0.314
P B 0, 0.447, 0.765, 1.084, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.765 std_dev=0.318
OP2 B 0, 0.419, 0.748, 1.076, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.748 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.708, 1.045, 1.383, 1.549 max_d=1.549 avg_d=1.045 std_dev=0.337
O2' B 0, 1.042, 1.438, 1.834, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.438 std_dev=0.396
O2 B 0, 0.655, 1.053, 1.451, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.053 std_dev=0.398
O3' B 0, 0.867, 1.273, 1.678, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.273 std_dev=0.406
P A 0, 0.506, 0.936, 1.366, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.936 std_dev=0.430
C5' B 0, 0.508, 0.945, 1.381, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.945 std_dev=0.436
OP1 B 0, 0.539, 1.040, 1.541, 2.950 max_d=2.950 avg_d=1.040 std_dev=0.501
OP2 A 0, 0.576, 1.133, 1.690, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.133 std_dev=0.557
OP1 A 0, 0.405, 1.228, 2.052, 3.717 max_d=3.717 avg_d=1.228 std_dev=0.824

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.09 0.29 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.03 0.17 0.46 0.38 0.21
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.11 0.20 0.17 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.10 0.10 0.14 0.02 0.01 0.01 0.17 0.21 0.20 0.13
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.04 0.23 0.60 0.54 0.29
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.17 0.15 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.05 0.23 0.58 0.53 0.29
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.19 0.01 0.19 0.00 0.15 0.11 0.17 0.22 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.16 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.05 0.20 0.47 0.41 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.15 0.40 0.33 0.19
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.20 0.55 0.47 0.26
N4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.04 0.24 0.66 0.59 0.32
O2 0.04 0.01 0.11 0.14 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.16 0.05 0.14 0.41 0.34 0.19
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.07 0.09 0.00 0.05 0.05 0.06 0.22 0.14 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.11 0.05 0.12 0.14 0.16 0.05 0.00 0.02 0.21 0.33 0.29 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.12 0.29 0.20 0.18
O5' 0.09 0.17 0.11 0.17 0.23 0.02 0.23 0.01 0.20 0.15 0.20 0.24 0.14 0.06 0.21 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.46 0.20 0.21 0.60 0.17 0.58 0.16 0.47 0.40 0.55 0.66 0.41 0.22 0.33 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.38 0.17 0.20 0.54 0.15 0.53 0.22 0.41 0.33 0.47 0.59 0.34 0.14 0.29 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.09 0.13 0.29 0.07 0.29 0.02 0.23 0.19 0.26 0.32 0.19 0.10 0.19 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.21 0.19 0.21 0.22 0.24 0.25 0.18 0.18 0.18 0.26 0.25 0.30 0.20 0.25 0.22 0.06 0.14 0.05
C2 0.24 0.20 0.21 0.16 0.17 0.19 0.21 0.17 0.15 0.16 0.17 0.24 0.28 0.29 0.17 0.22 0.20 0.10 0.21 0.09
C2' 0.23 0.19 0.20 0.21 0.24 0.22 0.28 0.29 0.23 0.19 0.20 0.28 0.21 0.27 0.22 0.24 0.26 0.08 0.15 0.11
C3' 0.23 0.22 0.19 0.20 0.30 0.17 0.32 0.19 0.27 0.22 0.25 0.34 0.21 0.24 0.20 0.24 0.09 0.04 0.08 0.01
C4 0.27 0.25 0.24 0.22 0.14 0.23 0.15 0.21 0.20 0.23 0.21 0.19 0.30 0.28 0.22 0.26 0.20 0.18 0.31 0.17
C4' 0.22 0.20 0.18 0.20 0.30 0.18 0.33 0.22 0.26 0.20 0.24 0.36 0.20 0.25 0.20 0.24 0.06 0.17 0.21 0.11
C5 0.26 0.22 0.22 0.20 0.18 0.23 0.14 0.21 0.18 0.21 0.21 0.25 0.26 0.26 0.20 0.27 0.21 0.22 0.31 0.20
C5' 0.28 0.31 0.26 0.28 0.43 0.24 0.44 0.25 0.36 0.31 0.36 0.49 0.29 0.28 0.28 0.28 0.15 0.25 0.36 0.21
C6 0.24 0.19 0.19 0.17 0.19 0.21 0.16 0.18 0.14 0.18 0.19 0.26 0.24 0.25 0.17 0.26 0.21 0.17 0.26 0.16
N1 0.24 0.19 0.19 0.16 0.18 0.19 0.20 0.17 0.14 0.16 0.17 0.25 0.25 0.27 0.16 0.24 0.20 0.08 0.20 0.09
N3 0.26 0.23 0.24 0.20 0.13 0.21 0.17 0.18 0.16 0.20 0.18 0.21 0.30 0.29 0.20 0.24 0.20 0.13 0.26 0.13
N4 0.30 0.30 0.28 0.27 0.19 0.27 0.22 0.27 0.25 0.28 0.27 0.18 0.34 0.30 0.27 0.28 0.21 0.22 0.34 0.20
O2 0.23 0.21 0.22 0.18 0.21 0.21 0.25 0.24 0.19 0.16 0.20 0.26 0.30 0.31 0.19 0.21 0.22 0.15 0.18 0.11
O2' 0.33 0.28 0.32 0.33 0.27 0.35 0.29 0.44 0.28 0.28 0.26 0.28 0.31 0.39 0.33 0.34 0.34 0.15 0.15 0.15
O3' 0.25 0.25 0.22 0.25 0.32 0.20 0.34 0.23 0.30 0.25 0.28 0.35 0.24 0.26 0.24 0.26 0.02 0.02 0.03 0.01
O4' 0.22 0.17 0.17 0.16 0.24 0.19 0.26 0.22 0.19 0.16 0.18 0.31 0.22 0.27 0.17 0.23 0.12 0.13 0.16 0.06
O5' 0.23 0.28 0.22 0.24 0.40 0.20 0.39 0.19 0.30 0.25 0.34 0.48 0.25 0.22 0.24 0.25 0.20 0.22 0.23 0.18
OP1 0.47 0.61 0.50 0.50 0.76 0.41 0.70 0.38 0.58 0.54 0.70 0.86 0.58 0.47 0.52 0.42 0.41 0.56 0.57 0.45
OP2 0.38 0.48 0.38 0.37 0.59 0.31 0.53 0.29 0.44 0.43 0.55 0.67 0.47 0.35 0.38 0.36 0.34 0.38 0.36 0.32
P 0.24 0.33 0.27 0.29 0.47 0.22 0.44 0.21 0.33 0.29 0.41 0.57 0.30 0.24 0.31 0.25 0.23 0.30 0.31 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.13 0.11 0.18 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.24 0.21 0.25 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.19 0.23 0.12 0.14
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.14 0.15 0.16 0.02 0.01 0.01 0.25 0.31 0.12 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.04 0.35 0.32 0.35 0.32
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.09 0.12 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.11 0.20 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.05 0.37 0.33 0.35 0.33
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.21 0.01 0.19 0.00 0.15 0.11 0.18 0.23 0.11 0.07 0.05 0.01 0.01 0.15 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.05 0.33 0.26 0.27 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.24 0.19 0.22 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.14 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.03 0.30 0.27 0.31 0.26
N4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.19 0.05 0.37 0.36 0.39 0.35
O2 0.04 0.01 0.13 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.18 0.04 0.20 0.18 0.23 0.16
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.07 0.11 0.00 0.04 0.05 0.07 0.15 0.14 0.09
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.16 0.03 0.17 0.05 0.14 0.08 0.16 0.19 0.18 0.04 0.00 0.02 0.21 0.36 0.18 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.07 0.26 0.13
O5' 0.13 0.24 0.19 0.25 0.35 0.02 0.37 0.01 0.33 0.24 0.30 0.37 0.20 0.07 0.21 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.21 0.23 0.31 0.32 0.11 0.33 0.15 0.26 0.19 0.27 0.36 0.18 0.15 0.36 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.25 0.12 0.12 0.35 0.20 0.35 0.27 0.27 0.22 0.31 0.39 0.23 0.14 0.18 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.14 0.20 0.32 0.05 0.33 0.02 0.26 0.19 0.26 0.35 0.16 0.09 0.22 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00