ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53777

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 10, 1, 6, 4, 4, 14, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.037, 0.058, 0.078, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.058 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.025, 0.051, 0.078, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.051 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.090, 0.192, 0.293, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.192 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.148, 0.289, 0.430, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.289 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.226, 0.379, 0.532, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.379 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.279, 0.476, 0.674, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.476 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.283, 0.484, 0.685, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.484 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.320, 0.527, 0.733, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.527 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.247, 0.454, 0.661, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.454 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.264, 0.488, 0.712, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.488 std_dev=0.224
N4 B 0, 0.319, 0.565, 0.810, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.565 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.352, 0.624, 0.895, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.624 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.331, 0.606, 0.881, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.606 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.382, 0.665, 0.949, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.665 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.399, 0.692, 0.985, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.692 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.458, 0.771, 1.083, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.771 std_dev=0.313
C2 B 0, 0.406, 0.729, 1.052, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.729 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.441, 0.765, 1.090, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.765 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.437, 0.782, 1.126, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.782 std_dev=0.344
O5' A 0, 0.382, 0.729, 1.076, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.729 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.510, 0.865, 1.219, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.865 std_dev=0.355
P B 0, 0.555, 0.928, 1.301, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.928 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.463, 0.848, 1.233, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.848 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.588, 0.979, 1.371, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.979 std_dev=0.391
O2 B 0, 0.494, 0.938, 1.381, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.938 std_dev=0.443
C3' B 0, 0.434, 0.897, 1.360, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.897 std_dev=0.463
C2' B 0, 0.460, 0.936, 1.412, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.936 std_dev=0.476
OP1 B 0, 0.750, 1.262, 1.775, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.262 std_dev=0.513
P A 0, 0.522, 1.111, 1.700, 3.665 max_d=3.665 avg_d=1.111 std_dev=0.589
O2' B 0, 0.752, 1.413, 2.074, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.413 std_dev=0.661
O3' B 0, 0.705, 1.418, 2.132, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.418 std_dev=0.714
OP1 A 0, 0.644, 1.413, 2.183, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.413 std_dev=0.769
OP2 A 0, 0.478, 1.354, 2.231, 4.866 max_d=4.866 avg_d=1.354 std_dev=0.876

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.31 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.03 0.15 0.38 0.43 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.08 0.21 0.17 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.12 0.06 0.07 0.10 0.09 0.02 0.01 0.01 0.14 0.20 0.18 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.22 0.47 0.67 0.30
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.19 0.12 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.23 0.49 0.68 0.32
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.13 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.20 0.41 0.51 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.15 0.35 0.37 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.19 0.42 0.56 0.23
N4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.23 0.51 0.75 0.34
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.06 0.12 0.37 0.35 0.16
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.03 0.05 0.06 0.30 0.11 0.11
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.03 0.14 0.06 0.09 0.13 0.11 0.03 0.00 0.02 0.19 0.37 0.25 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.11 0.35 0.16 0.18
O5' 0.08 0.15 0.08 0.14 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.15 0.19 0.23 0.12 0.06 0.19 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.38 0.21 0.20 0.47 0.19 0.49 0.12 0.41 0.35 0.42 0.51 0.37 0.30 0.37 0.35 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.43 0.17 0.18 0.67 0.12 0.68 0.21 0.51 0.37 0.56 0.75 0.35 0.11 0.25 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.06 0.12 0.30 0.07 0.32 0.02 0.25 0.16 0.23 0.34 0.16 0.11 0.20 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.21 0.17 0.20 0.20 0.24 0.24 0.23 0.21 0.22 0.23 0.32 0.28 0.18 0.24 0.17 0.06 0.10 0.06
C2 0.32 0.31 0.29 0.24 0.18 0.26 0.24 0.27 0.25 0.27 0.25 0.20 0.40 0.36 0.25 0.29 0.24 0.13 0.17 0.12
C2' 0.22 0.20 0.17 0.16 0.21 0.18 0.24 0.24 0.22 0.18 0.20 0.23 0.24 0.22 0.18 0.22 0.18 0.10 0.10 0.08
C3' 0.19 0.19 0.12 0.13 0.25 0.12 0.28 0.16 0.24 0.18 0.21 0.29 0.20 0.15 0.16 0.21 0.08 0.02 0.06 0.01
C4 0.27 0.30 0.24 0.19 0.17 0.21 0.24 0.21 0.24 0.24 0.27 0.19 0.38 0.29 0.19 0.24 0.24 0.18 0.28 0.19
C4' 0.20 0.20 0.13 0.13 0.26 0.14 0.29 0.18 0.24 0.18 0.23 0.31 0.24 0.18 0.16 0.21 0.08 0.05 0.10 0.03
C5 0.23 0.26 0.18 0.16 0.19 0.18 0.22 0.20 0.22 0.21 0.26 0.24 0.32 0.22 0.17 0.22 0.23 0.23 0.31 0.22
C5' 0.20 0.23 0.13 0.14 0.32 0.12 0.34 0.15 0.27 0.21 0.28 0.39 0.24 0.15 0.17 0.21 0.06 0.13 0.19 0.09
C6 0.23 0.24 0.17 0.15 0.21 0.18 0.23 0.20 0.22 0.20 0.24 0.26 0.30 0.22 0.17 0.23 0.20 0.19 0.26 0.19
N1 0.26 0.26 0.22 0.17 0.19 0.20 0.24 0.22 0.23 0.22 0.24 0.23 0.33 0.28 0.18 0.25 0.19 0.10 0.17 0.10
N3 0.32 0.33 0.30 0.24 0.18 0.26 0.25 0.25 0.26 0.28 0.28 0.20 0.43 0.36 0.25 0.28 0.25 0.15 0.22 0.15
N4 0.27 0.31 0.25 0.20 0.19 0.21 0.25 0.21 0.24 0.25 0.29 0.19 0.39 0.30 0.20 0.24 0.26 0.22 0.31 0.21
O2 0.37 0.32 0.36 0.32 0.18 0.34 0.23 0.35 0.26 0.29 0.25 0.20 0.44 0.44 0.33 0.35 0.28 0.19 0.13 0.15
O2' 0.25 0.22 0.22 0.20 0.21 0.22 0.24 0.30 0.22 0.20 0.21 0.23 0.27 0.29 0.23 0.23 0.23 0.16 0.11 0.12
O3' 0.16 0.16 0.11 0.15 0.25 0.12 0.28 0.16 0.23 0.16 0.20 0.29 0.15 0.11 0.19 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00
O4' 0.24 0.24 0.18 0.14 0.23 0.17 0.27 0.21 0.23 0.20 0.23 0.28 0.30 0.25 0.16 0.23 0.13 0.03 0.09 0.02
O5' 0.28 0.36 0.26 0.26 0.45 0.21 0.43 0.22 0.35 0.32 0.41 0.52 0.35 0.24 0.28 0.27 0.22 0.28 0.28 0.23
OP1 0.35 0.44 0.34 0.36 0.58 0.35 0.52 0.39 0.41 0.39 0.53 0.70 0.42 0.33 0.41 0.37 0.39 0.66 0.56 0.50
OP2 0.49 0.69 0.48 0.43 0.84 0.36 0.74 0.34 0.61 0.59 0.80 0.96 0.67 0.44 0.43 0.41 0.35 0.46 0.45 0.37
P 0.30 0.42 0.29 0.29 0.55 0.24 0.50 0.24 0.40 0.36 0.50 0.65 0.40 0.26 0.31 0.28 0.25 0.39 0.38 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.17 0.08
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.12 0.06 0.20 0.18 0.23 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.13 0.20 0.11 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.11 0.12 0.14 0.02 0.01 0.01 0.18 0.26 0.13 0.16
C4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.04 0.30 0.28 0.33 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.16 0.05 0.31 0.29 0.32 0.29
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.06 0.27 0.22 0.24 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.19 0.16 0.20 0.15
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.05 0.25 0.23 0.29 0.23
N4 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.16 0.04 0.32 0.33 0.38 0.32
O2 0.05 0.01 0.16 0.14 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.17 0.18 0.11 0.16 0.15 0.21 0.14
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.08 0.05 0.17 0.00 0.05 0.04 0.06 0.19 0.12 0.07
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.03 0.16 0.07 0.14 0.16 0.18 0.05 0.00 0.02 0.17 0.35 0.22 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.11 0.04 0.02 0.00 0.08 0.07 0.23 0.12
O5' 0.09 0.20 0.13 0.18 0.30 0.02 0.31 0.01 0.27 0.19 0.25 0.32 0.16 0.06 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.18 0.20 0.26 0.28 0.11 0.29 0.11 0.22 0.16 0.23 0.33 0.15 0.19 0.35 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.23 0.11 0.13 0.33 0.15 0.32 0.17 0.24 0.20 0.29 0.38 0.21 0.12 0.22 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.17 0.10 0.16 0.28 0.03 0.29 0.02 0.22 0.15 0.23 0.32 0.14 0.07 0.22 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00